X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmElValSet.cxx;h=5d33ab6474792e64eee66ef5addd2f7f60a91097;hb=a4c5c2742a2db55720d4aedec1b2c51a94a19c60;hp=9b001c5d5563532e406415ada44597dfe2944c26;hpb=ee65673385a2d6192d7d64ed0339bd47515de805;p=gdcm.git

diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx
index 9b001c5d..5d33ab64 100644
--- a/src/gdcmElValSet.cxx
+++ b/src/gdcmElValSet.cxx
@@ -4,8 +4,18 @@
 #include "gdcmUtil.h"
 #include "gdcmElValSet.h"
 
-#define DEBUG 0
-
+gdcmElValSet::~gdcmElValSet() {
+   for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag) {
+      gdcmElValue* EntryToDelete = tag->second;
+      if ( EntryToDelete )
+         delete EntryToDelete;
+   }
+   tagHt.clear();
+   // Since Add() adds symetrical in both tagHt and NameHt we can
+   // assume all the pointed gdcmElValues are allready cleaned-up when
+   // we cleaned tagHt.
+   NameHt.clear();
+}
 
 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
 	return tagHt;
@@ -72,8 +82,18 @@ int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
 	TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 	if ( ! tagHt.count(key))
 		return 0;
-	tagHt[key]->SetValue(content);
-	tagHt[key]->SetLength(content.length());	 
+	tagHt[key]->SetValue(content);	
+	string vr = tagHt[key]->GetVR();
+	guint32 lgr;
+
+	if( (vr == "US") || (vr == "SS") ) 
+	   lgr = 2;
+	else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
+	   lgr = 4;
+	else 
+	   lgr = content.length();
+	   
+	tagHt[key]->SetLength(lgr); 
 	return 1;
 }
 
@@ -81,7 +101,17 @@ int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
 	if ( ! NameHt.count(TagName))
 		return 0;
 	NameHt[TagName]->SetValue(content);
-	NameHt[TagName]->SetLength(content.length());
+	string vr = NameHt[TagName]->GetVR();
+	guint32 lgr;
+
+	if( (vr == "US") || (vr == "SS") ) 
+	   lgr = 2;
+	else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
+	   lgr = 4;
+	else 
+	   lgr = content.length();
+	   
+	NameHt[TagName]->SetLength(lgr);
 	return 1;		
 }
 
@@ -118,90 +148,85 @@ int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) {
 	return 1 ;		
 }
 
-void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence) {
-	// On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
-	// au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
-	// dans l'image native
-	//
-	// cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
-				
-	// On fait de l'implicit VR little Endian 
-	// (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
-	// On force le TRANSFERT SYNTAX UID
+
+
+void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
    guint16 gr, el;
    string vr;
-   guint32 lgrCalcGroupe=0;
-   gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
-   guint16 grCourant = 0;
-				
-	TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
-	
-	elem = tag->second;
-	gr   = elem->GetGroup();
-	el   = elem->GetElement();
-			
-	if (el != 0x0000) {
-		if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
-		gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
-		elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ);	// on le cree
-		elemZPrec->SetLength(4);
-		Add(elemZPrec);				// On l'accroche à sa place
-	} else {
-		elemZPrec = elem;
-		if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
-	}
-	lgrCalcGroupe = 0;
-	if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
-	grCourant = gr;
-	
-	for (tag = ++tagHt.begin();
-		  tag != tagHt.end();
-		  ++tag){
-		  
-		elem = tag->second;
-		gr = elem->GetGroup();
-		el = elem->GetElement();
-      vr = elem->GetVR();
+   
+   gdcmElValue *elem;
+   char trash[10];
+   string str_trash;
+   GroupKey key;
+   GroupHT groupHt;
+   TagKey tk;
+   gdcmElValue *elemZ;
+   
+   for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+        tag2 != tagHt.end();
+        ++tag2){
 
-      if (SkipSequence && vr == "SQ")
+      elem  = tag2->second;
+      gr = elem->GetGroup();
+      el = elem->GetElement();
+      vr = elem->GetVR(); 
+                 
+      sprintf(trash, "%04x", gr);
+      key = trash;
+                  
+      if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
          // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
-         // WARNING : risque de pb 
+         // WARNING : pb CERTAIN
          //           si on est descendu 'a l'interieur' des SQ 
-         continue;
-            //
-            //
-		if ( (gr != grCourant) /*&&	// On arrive sur un nv Groupe	  
-		     (el != 0xfffe) */	) {
-			    
-			if (el != 0x0000) {
-			 	gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
-				elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
-				elemZ->SetLength(4);
-				Add(elemZ);	 		// On l'accroche à sa place 
-				if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
-			} else { 
-				elemZ=elem;
-				if(DEBUG)printf("maj elemZ\n");
-			}
-			
-			ostringstream f;
-			f << lgrCalcGroupe; 
-			//sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
-			elemZPrec->SetValue(f.str());
-			if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant);
-			if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),
-							elemZPrec->GetValue().c_str());
-			if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
-			elemZPrec=elemZ;
-			lgrCalcGroupe = 0;
-			grCourant     = gr;	
-			if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);			
-		} else {			// On n'EST PAS sur un nv Groupe
-			lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();  // Gr + Num + Lgr + LgrElem
-			if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",
-								elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
-		}		
-	}
+         //
+         // --> la descente a l'interieur' des SQ 
+         // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
+             
+      if ( groupHt.count(key) == 0) { 
+         if (el ==0x0000) {
+            groupHt[key] = 0;
+         } else {
+            groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
+         } 
+      } else {       
+         if (type = ExplicitVR) {
+            if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
+               groupHt[key] +=  4;
+            }
+         }
+         groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); 
+      } 
+   }
+  
+     if(0)
+     for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
+        g != groupHt.end();
+        ++g){        
+        printf("groupKey %s : %d\n",g->first.c_str(),g->second);
+     }
+       
+  
+   unsigned short int gr_bid;
+  
+   for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
+        g != groupHt.end();
+        ++g){ 
+  
+      sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
+      tk = g->first + "|0000";
+                     
+      if ( tagHt.count(tk) == 0) { 
+         gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");       
+         elemZ = new gdcmElValue(tagZ);
+         elemZ->SetLength(4);
+         Add(elemZ);
+      } else {
+         elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000);
+      }     
+      sprintf(trash ,"%d",g->second);
+      str_trash=trash;
+      elemZ->SetValue(str_trash);
+   }   
 }
 
 void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
@@ -211,13 +236,15 @@ void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
    string vr;
    guint32 val_uint32;
    guint16 val_uint16;
-
+   
    vector<string> tokens;
 
    void *ptr;
 
-	// restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
-   for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+   // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian 
+   // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
+
+   for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin();
         tag2 != tagHt.end();
         ++tag2){
 
@@ -226,7 +253,6 @@ void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
       lgr = tag2->second->GetLength();
       val = tag2->second->GetValue().c_str();
       vr =  tag2->second->GetVR();
-      if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
 
       if ( type == ACR ) { 
          if (gr < 0x0008) continue;
@@ -234,7 +260,6 @@ void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
          if (vr == "SQ" ) continue;
       } 
 
-
       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
 
@@ -274,6 +299,7 @@ void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
          }
          continue;
       }
+      tokens.clear();
 
       // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
       if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
@@ -287,11 +313,21 @@ int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
    if (type == ImplicitVR) {
       string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
       SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
+      
       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
-      //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0.
+      //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
+      
       SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
    }
+   
+   	// Question :
+	// Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non ,
+	// (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
+	// WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
+	// no way
+	
+	
    if (type == ExplicitVR) {
       string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
       SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
@@ -300,9 +336,9 @@ int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
    }
 
    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
-      UpdateGroupLength();
+      UpdateGroupLength(false,type);
    if ( type == ACR)
-      UpdateGroupLength(true);
+      UpdateGroupLength(true,ACR);
 
    WriteElements(type, _fp);