X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmElValSet.cxx;h=8a6470395a3932ecc7bcc0ee03aa5d4d4ffc8d01;hb=bb2cb788a245b6377a70de3e8a502dab036165ab;hp=2b5656fe225a6c900cdb5e42cfce8404dde8d7da;hpb=51b61705e90b352de08519835fa1c63b81bca616;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx index 2b5656fe..8a647039 100644 --- a/src/gdcmElValSet.cxx +++ b/src/gdcmElValSet.cxx @@ -1,63 +1,631 @@ -#include "gdcm.h" +// gdcmElValSet.cxx + +#include #include "gdcmUtil.h" +#include "gdcmElValSet.h" + +#define DEBUG 0 + -TagElValueHT & ElValSet::GetTagHt(void) { +TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) { return tagHt; } -void ElValSet::Add(ElValue * newElValue) { - tagHt[newElValue->GetKey()] = newElValue; +void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) { + tagHt [newElValue->GetKey()] = newElValue; NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue; } -void ElValSet::Print(ostream & os) { +void gdcmElValSet::Print(ostream & os) { for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag){ os << tag->first << ": "; os << "[" << tag->second->GetValue() << "]"; os << "[" << tag->second->GetName() << "]"; - os << "[" << tag->second->GetVR() << "]" << endl; + os << "[" << tag->second->GetVR() << "]"; + os << " lgr : " << tag->second->GetLength(); + os << endl; } -} +} -void ElValSet::PrintByName(ostream & os) { +void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) { for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin(); tag != NameHt.end(); ++tag){ os << tag->first << ": "; os << "[" << tag->second->GetValue() << "]"; - os << "[" << tag->second->GetKey() << "]"; + os << "[" << tag->second->GetKey() << "]"; os << "[" << tag->second->GetVR() << "]" << endl; } } -ElValue* ElValSet::GetElement(guint32 group, guint32 element) { +gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) - return (ElValue*)0; + return (gdcmElValue*)0; if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValue", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElementByNumber", "multiple entries for this key (FIXME) !"); return tagHt.find(key)->second; } -string ElValSet::GetElValue(guint32 group, guint32 element) { +gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) { + if ( ! NameHt.count(TagName)) + return (gdcmElValue*)0; + if (NameHt.count(TagName) > 1) + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElement", + "multipe entries for this key (FIXME) !"); + return NameHt.find(TagName)->second; +} + +string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) - return "UNFOUND"; + return "gdcm::Unfound"; if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValue", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber", "multiple entries for this key (FIXME) !"); return tagHt.find(key)->second->GetValue(); } -string ElValSet::GetElValue(string TagName) { +string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) - return "UNFOUND"; + return "gdcm::Unfound"; if (NameHt.count(TagName) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValue", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValue", "multipe entries for this key (FIXME) !"); return NameHt.find(TagName)->second->GetValue(); } + +int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content, + guint32 group, guint32 element) { + +// TODO : comprendre pourquoi ils sont déclares comme des guint32, alors que c'est des guint16 + + TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); + if ( ! tagHt.count(key)) + return 0; + if (tagHt.count(key) > 1) { + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByNumber", + "multiple entries for this key (FIXME) !"); + return (0); + } + + tagHt[key]->SetValue(content); + + // Question : m à j LgrElem ? + tagHt[key]->SetLength(strlen(content.c_str())); + + // FIXME should we really update the element length ? + tagHt[key]->SetLength(content.length()); + + return(1); +} + +int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) { + if ( ! NameHt.count(TagName)) + return 0; + if (NameHt.count(TagName) > 1) { + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName", + "multipe entries for this key (FIXME) !"); + return 0; + } + NameHt.find(TagName)->second->SetValue(content); + NameHt.find(TagName)->second->SetLength(strlen(content.c_str())); + return(1); +} + +/** + * \ingroup gdcmElValSet + * \brief Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present + * in the TagHt dictionary. One of the potential usage is + * to add gdcm generated additional informartion to the ElValSet + * (see gdcmHeader::AddAndDefaultElements). + * @param group The generated tag must belong to this group. + * @return The element of tag with given group which is fee. + */ +guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint32 group) { + for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) { + TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem); + if (tagHt.count(key) == 0) + return elem; + } + return UINT32_MAX; +} + +int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l, + guint32 group, guint32 element) { + TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); + if ( ! tagHt.count(key)) + return 0; + tagHt[key]->SetLength(l); + return 1 ; +} + + +int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) { + if ( ! NameHt.count(TagName)) + return 0; + NameHt.find(TagName)->second->SetLength(l); + return 1 ; +} + +// Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today + +int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) { + + guint16 gr, el; + guint32 lgr; + const char * val; + string vr; + guint32 val_uint32; + guint16 val_uint16; + + vector tokens; + + void *ptr; + + string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; + + // Utilisées pour le calcul Group Length + guint32 lgrCalcGroupe=0; + gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; + guint16 grCourant = 0; + + // Question : + // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , + // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) + // + + // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' + // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu + // dans l'image native + // + // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c + + // On fait de l'implicit VR little Endian + // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) + // On force le TRANSFERT SYNTAX UID + + SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); + SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas + + TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if (el != 0x0000) { + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n"); + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZPrec->SetLength(4); + Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place + } else { + elemZPrec = elem; + if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); + } + lgrCalcGroupe = 0; + if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + grCourant = gr; + + for (tag = ++tagHt.begin(); + tag != tagHt.end(); + ++tag){ + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe + (el != 0xfffe) */ ) { + + if (el != 0x0000) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); // On l'accroche à sa place + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); + } else { + elemZ=elem; + if(DEBUG)printf("maj elemZ\n"); + } + + ostringstream f; + f << lgrCalcGroupe; + //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); + elemZPrec->SetValue(f.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str()); + if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; + elemZPrec=elemZ; + lgrCalcGroupe = 0; + grCourant = gr; + if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); + } + } + + // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + + for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + gr = tag2->second->GetGroup(); + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); + + fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group + fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element + + //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR + + // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) + + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());} + + if (vr == "US" || vr == "SS") { + for (unsigned int i=0; i tokens; + + void *ptr; + + //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write + + // Utilisées pour le calcul Group Length + + guint32 lgrCalcGroupe=0; + gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; + guint16 grCourant = 0; + + // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' + // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu + // dans l'image native + // + // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c + + TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if (el != 0x0000) { + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n"); + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZPrec->SetLength(4); + Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place + } else { + elemZPrec = elem; + if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); + } + lgrCalcGroupe = 0; + if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + grCourant = gr; + + for (tag = ++tagHt.begin(); + tag != tagHt.end(); + ++tag){ + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + vr = elem->GetVR(); + + if (vr == "SQ") continue; // pas SEQUENCE en ACR-NEMA + // WARNING : risque de pb + // si on est descendu 'a l'interieur' des SQ + + if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe + (el != 0xfffe) */ ) { + + if (el != 0x0000) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); // On l'accroche à sa place + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); + } else { + elemZ=elem; + if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n"); + } + + ostringstream f; + f << lgrCalcGroupe; + elemZPrec->SetValue(f.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str()); + if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; + elemZPrec=elemZ; + lgrCalcGroupe = 0; + grCourant = gr; + if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); + } + } + + // Si on fait de l'implicit VR little Endian + // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) + // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID + + // supprime par rapport à Write + //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); + //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas + + // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + + for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + gr = tag2->second->GetGroup(); + // saut des groupes speciaux DICOM V3 + if (gr < 0x0008) continue; // ajouté par rapport à Write + // saut des groupes impairs + if (gr %2) continue; // ajouté par rapport à Write + + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); + + fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group + fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element + + // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) + + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + if (vr == "US" || vr == "SS") { + + for (unsigned int i=0; i tokens; + + void *ptr; + + string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1"; + + // Utilisées pour le calcul Group Length + guint32 lgrCalcGroupe=0; + gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; + guint16 grCourant = 0; + + // Question : + // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , + // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) + // + + // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' + // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu + // dans l'image native + // + // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c + + + // On fait de l'Explicit VR little Endian + + + SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); + SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas // ??? + + TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if (el != 0x0000) { + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n"); + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZPrec->SetLength(4); + Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place + } else { + elemZPrec = elem; + if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); + } + lgrCalcGroupe = 0; + if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + grCourant = gr; + + for (tag = ++tagHt.begin(); + tag != tagHt.end(); + ++tag){ + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe + (el != 0xfffe) */ ) { + + if (el != 0x0000) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); // On l'accroche à sa place + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); + } else { + elemZ=elem; + if(DEBUG)printf("maj elemZ\n"); + } + + ostringstream f; + f << lgrCalcGroupe; + //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); + elemZPrec->SetValue(f.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str()); + if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; + elemZPrec=elemZ; + lgrCalcGroupe = 0; + grCourant = gr; + if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); + } + } + + // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + + for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + gr = tag2->second->GetGroup(); + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); + + fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group + fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element + + // On est en EXPLICIT VR + if (gr == 0x0002) { + fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + + if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) { + fwrite ( &z, (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); + + } else { + shortLgr=lgr; + fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + } + } else { + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); + } + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + if (vr == "US" || vr == "SS") { + for (unsigned int i=0; i