X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmElValSet.cxx;h=beb99fd364d5dc826c64b7b4c0ccfe39d9a88276;hb=595f90023c498f01bba240043841088ba5d45872;hp=b71d2784ac265a6f705ec62101f07d7b2ea5dd77;hpb=c912efe3318a297cfa8ce267ab57cfee973c8125;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx index b71d2784..beb99fd3 100644 --- a/src/gdcmElValSet.cxx +++ b/src/gdcmElValSet.cxx @@ -1,8 +1,12 @@ -// $Id: gdcmElValSet.cxx,v 1.18 2003/03/12 23:38:58 frog Exp $ +// gdcmElValSet.cxx +#include #include "gdcmUtil.h" #include "gdcmElValSet.h" +#define DEBUG 0 + + TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) { return tagHt; } @@ -19,7 +23,9 @@ void gdcmElValSet::Print(ostream & os) { os << tag->first << ": "; os << "[" << tag->second->GetValue() << "]"; os << "[" << tag->second->GetName() << "]"; - os << "[" << tag->second->GetVR() << "]" << endl; + os << "[" << tag->second->GetVR() << "]"; + os << " lgr : " << tag->second->GetLength(); + os << endl; } } @@ -34,421 +40,270 @@ void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) { } } -gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) { +gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint16 group, guint16 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return (gdcmElValue*)0; - if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElementByNumber", - "multiple entries for this key (FIXME) !"); return tagHt.find(key)->second; } gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return (gdcmElValue*)0; - if (NameHt.count(TagName) > 1) - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElement", - "multipe entries for this key (FIXME) !"); return NameHt.find(TagName)->second; } -string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) { +string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint16 group, guint16 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return "gdcm::Unfound"; - if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber", - "multiple entries for this key (FIXME) !"); return tagHt.find(key)->second->GetValue(); } string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return "gdcm::Unfound"; - if (NameHt.count(TagName) > 1) - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValue", - "multipe entries for this key (FIXME) !"); return NameHt.find(TagName)->second->GetValue(); } + int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content, - guint32 group, guint32 element) { + guint16 group, guint16 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return 0; - if (tagHt.count(key) > 1) { - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByNumber", - "multiple entries for this key (FIXME) !"); - return (0); - } tagHt[key]->SetValue(content); - - // Question : m à j LgrElem ? - tagHt[key]->SetLength(strlen(content.c_str())); - - // FIXME should we really update the element length ? tagHt[key]->SetLength(content.length()); - - return(1); + return 1; } int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return 0; - if (NameHt.count(TagName) > 1) { - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName", - "multipe entries for this key (FIXME) !"); - return 0; - } - NameHt.find(TagName)->second->SetValue(content); - NameHt.find(TagName)->second->SetLength(strlen(content.c_str())); - return(1); + NameHt[TagName]->SetValue(content); + NameHt[TagName]->SetLength(content.length()); + return 1; } +/** + * \ingroup gdcmElValSet + * \brief Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present + * in the TagHt dictionary. + * @param group The generated tag must belong to this group. + * @return The element of tag with given group which is fee. + */ +guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) { + for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) { + TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem); + if (tagHt.count(key) == 0) + return elem; + } + return UINT32_MAX; +} -int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l, - guint32 group, guint32 element) { +int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 length, + guint16 group, guint16 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return 0; - if (tagHt.count(key) > 1) { - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber", - "multiple entries for this key (FIXME) !"); - return (0); - } - // FIXME JPR: comments in English please ! - // m à j LgrElem - tagHt[key]->SetLength(l); - return(1); + tagHt[key]->SetLength(length); + return 1 ; } -int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) { +int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return 0; - if (NameHt.count(TagName) > 1) { - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName", - "multipe entries for this key (FIXME) !"); - return 0; - } - NameHt.find(TagName)->second->SetLength(l); - return(1); + NameHt.find(TagName)->second->SetLength(length); + return 1 ; } -int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) { -// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) +void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) { + guint16 gr, el; + string vr; + + gdcmElValue *elem; + char trash[10]; + string str_trash; + GroupKey key; + GroupHT groupHt; + TagKey tk; + gdcmElValue *elemZ; + + for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + elem = tag2->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + vr = elem->GetVR(); + + sprintf(trash, "%04x", gr); + key = trash; + + if (SkipSequence && vr == "SQ") continue; + // pas SEQUENCE en ACR-NEMA + // WARNING : pb CERTAIN + // si on est descendu 'a l'interieur' des SQ + // + // --> la descente a l'interieur' des SQ + // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable... + + if ( groupHt.count(key) == 0) { + if (el ==0x0000) { + groupHt[key] = 0; + } else { + groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); + } + } else { + if (type = ExplicitVR) { + if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) { + groupHt[key] += 4; + } + } + groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); + } + } + + unsigned short int gr_bid; + + for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin(); + g != groupHt.end(); + ++g){ + + tk = g->first + "|0000"; + sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid); + + if ( tagHt.count(tk) == 0) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); + } else { + elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000); + } + str_trash=trash; + elemZ->SetValue(str_trash); + } + + // Liberer groupHt ! + +} - guint16 gr, el; - guint32 lgr; - const char * val; - string vr; - guint32 val_uint32; - gint32 val_int32; - guint16 val_uint16; - gint16 val_int16; - - vector tokens; - - void *ptr; - char str_lgrCalcGroupe[10]; - - string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; - - // Utilisées pour le calcul Group Length - int deja = 0; - guint32 lgrCalcGroupe=0; - gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; - guint16 grCourant = 0; - - // Question : - // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , - // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) - // - - // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' - // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu - // dans l'image native - // - // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c - - if (0) // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment! - - for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); - tag != tagHt.end(); - ++tag){ +void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) { + guint16 gr, el; + guint32 lgr; + const char * val; + string vr; + guint32 val_uint32; + guint16 val_uint16; + + vector tokens; + + void *ptr; + + // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian + // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + + for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + gr = tag2->second->GetGroup(); + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); + + if ( type == ACR ) { + if (gr < 0x0008) continue; + if (gr %2) continue; + if (vr == "SQ" ) continue; + } + + fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group + fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element + + if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) { + // On est en EXPLICIT VR + guint16 z=0, shortLgr; + fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + + if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) { + fwrite ( &z, (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); + + } else { + shortLgr=lgr; + fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + } + } else { + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); + } + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + if (vr == "US" || vr == "SS") { + for (unsigned int i=0; isecond; - printf("gr %04x el %04x lgr %d\n",elem->GetGroup(), elem->GetElement(), elem->GetLength()); - - if ( (elem->GetGroup() != grCourant) && - (elem->GetGroup() != 0xfffe) ) { // On arrive sur un nv Groupe - - printf("Nouv Groupegr %04x el %04x \n",elem->GetGroup(), elem->GetElement()); - - elemZ = elem; - - if(elemZ->GetElement() != 0x0000) { // pas d'element 'Lgr groupe' - // On crée - gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(grCourant, 0x0000, "UL"); - elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree - elemZ->SetLength(4); - Add(elemZ); // On l'accroche à sa place - } - - if (deja) { - //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); - elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe); - lgrCalcGroupe = 0; - } - deja = 1; - - lgrCalcGroupe = 12; //2 + 2 + 4 + 4; // Gr + Num + Lgr + LgrGroupe - printf ("lgrCalcGroupe %d\n",lgrCalcGroupe); - - elemZPrec = elemZ; - grCourant = elem->GetGroup(); - - } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe - - printf ("lgrCalcGroupe avant : %d LgrElem %d\n",lgrCalcGroupe,elem->GetLength()); - - lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem - - printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe); - } - } +int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) { + + if (type == ImplicitVR) { + string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; + SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); + + //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation": + // values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null + // Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0. + SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); + } + + // Question : + // Comment pourrait-on si le DcmHeader vient d'un fichoer DicomV3 ou non , + // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) + // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA + // no way - // Si on fait de l'implicit VR little Endian - // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) - // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID - - SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); - SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas - - // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) - for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); - tag2 != tagHt.end(); - ++tag2){ - - gr = tag2->second->GetGroup(); - el = tag2->second->GetElement(); - lgr = tag2->second->GetLength(); - val = tag2->second->GetValue().c_str(); - vr = tag2->second->GetVR(); - - fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group - fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element - - //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR - - // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) - - fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr - - tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); - Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); - - //printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); - //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());} - - - if (vr == "US" || vr == "SS") { - /* - val_int16 = atoi(val); - ptr = &val_int16; - fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); - continue; - */ - - for (unsigned int i=0; i tokens; - - void *ptr; - char str_lgrCalcGroupe[10]; - - //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write - - // Utilisées pour le calcul Group Length - int deja = 0; - guint32 lgrCalcGroupe=0; - gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; - guint16 grCourant = 0; - - // Question : - // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , - // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) - // - - // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' - // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu - // dans l'image native - // - // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c - - if (1) // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment! - - for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); - tag != tagHt.end(); - ++tag){ - - elem = tag->second; - //printf("gr %04x el %04x lgr %d\n",elem->GetGroup(), elem->GetElement(), elem->GetLength()); - - if ( (elem->GetGroup() != grCourant) && - (elem->GetGroup() != 0xfffe) ) { // On arrive sur un nv Groupe - - //printf("Nouv Groupegr %04x el %04x \n",elem->GetGroup(), elem->GetElement()); - - elemZ = elem; - - if(elemZ->GetElement() != 0x0000) { // pas d'element 'Lgr groupe' - // On crée - gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(grCourant, 0x0000, "UL"); - elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree - elemZ->SetLength(4); - Add(elemZ); // On l'accroche à sa place - } - - if (deja) { - //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); - elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe); - lgrCalcGroupe = 0; - } - deja = 1; - - lgrCalcGroupe = 12; //2 + 2 + 4 + 4; // Gr + Num + Lgr + LgrGroupe - //printf ("lgrCalcGroupe %d\n",lgrCalcGroupe); - - elemZPrec = elemZ; - grCourant = elem->GetGroup(); - - } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe - - //printf ("lgrCalcGroupe avant : %d LgrElem %d\n",lgrCalcGroupe,elem->GetLength()); - - lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem - - //printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe); - } - } - - // Si on fait de l'implicit VR little Endian - // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) - // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID - - // supprime par rapport à Write - //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); - //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas - - // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) - - for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); - tag2 != tagHt.end(); - ++tag2){ - - gr = tag2->second->GetGroup(); - // saut des groupes speciaux DICOM V3 - if (gr < 0x0008) continue; // ajouté par rapport à Write - // saut des groupes impairs - if (gr %2) continue; // ajouté par rapport à Write - - el = tag2->second->GetElement(); - lgr = tag2->second->GetLength(); - val = tag2->second->GetValue().c_str(); - vr = tag2->second->GetVR(); - - fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group - fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element - - // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) - - fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr - - tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); - Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); - - if (vr == "US" || vr == "SS") { - - for (unsigned int i=0; i