X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmElValSet.cxx;h=fa1aa113b9a24bdd94f38b698f0f652af6edb075;hb=863fe0bf3841e950f63be7a16c13beed5b60b7d8;hp=fe5df93739c928d7815f837bc2d43db4d2a47c08;hpb=4ea2f357cc50dd9238c6bdf4f29c275aab1aa1a9;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx index fe5df937..fa1aa113 100644 --- a/src/gdcmElValSet.cxx +++ b/src/gdcmElValSet.cxx @@ -3,9 +3,20 @@ #include #include "gdcmUtil.h" #include "gdcmElValSet.h" +using namespace std; -#define DEBUG 0 - +gdcmElValSet::~gdcmElValSet() { + for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag) { + gdcmElValue* EntryToDelete = tag->second; + if ( EntryToDelete ) + delete EntryToDelete; + } + tagHt.clear(); + // Since Add() adds symetrical in both tagHt and NameHt we can + // assume all the pointed gdcmElValues are allready cleaned-up when + // we cleaned tagHt. + NameHt.clear(); +} TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) { return tagHt; @@ -72,8 +83,17 @@ int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content, TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return 0; - tagHt[key]->SetValue(content); - tagHt[key]->SetLength(content.length()); + tagHt[key]->SetValue(content); + string vr = tagHt[key]->GetVR(); + guint32 lgr; + + if( (vr == "US") || (vr == "SS") ) + lgr = 2; + else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") ) + lgr = 4; + else + lgr = content.length(); + tagHt[key]->SetLength(lgr); return 1; } @@ -81,7 +101,21 @@ int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return 0; NameHt[TagName]->SetValue(content); - NameHt[TagName]->SetLength(content.length()); + string vr = NameHt[TagName]->GetVR(); + guint32 lgr; + + if( (vr == "US") || (vr == "SS") ) + lgr = 2; + else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") ) + lgr = 4; + else + lgr = content.length(); + +// TODO : WARNING: le cas de l'element des pixels (7fe0,0010) n'est pas traite +// par SetElValueByName +// il faudra utiliser SetElValueByNumber + + NameHt[TagName]->SetLength(lgr); return 1; } @@ -118,116 +152,19 @@ int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) { return 1 ; } -void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence) { - // TODO : reecrire entierement : une HTable dans la quelle on stocke les groupes, puis leur lgr - // Voir juste apres - // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' - // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu - // dans l'image native - // - // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c - - // On fait de l'implicit VR little Endian - // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) - // On force le TRANSFERT SYNTAX UID - guint16 gr, el; - string vr; - guint32 lgrCalcGroupe=0; - gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; - guint16 grCourant = 0; - - TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); - - elem = tag->second; - gr = elem->GetGroup(); - el = elem->GetElement(); - - if (el != 0x0000) { - if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n"); - gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); - elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree - elemZPrec->SetLength(4); - Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place - } else { - elemZPrec = elem; - if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); - } - lgrCalcGroupe = 0; - if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); - grCourant = gr; - - for (tag = ++tagHt.begin(); - tag != tagHt.end(); - ++tag){ - - elem = tag->second; - gr = elem->GetGroup(); - el = elem->GetElement(); - vr = elem->GetVR(); - - if (SkipSequence && vr == "SQ") continue; - // pas SEQUENCE en ACR-NEMA - // WARNING : pb CERTAIN - // si on est descendu 'a l'interieur' des SQ - - if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe - (el != 0xfffe) */ ) { - - if (el != 0x0000) { - gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); - elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree - elemZ->SetLength(4); - Add(elemZ); // On l'accroche à sa place - if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); - } else { - elemZ=elem; - if(DEBUG)printf("maj elemZ\n"); - } - - ostringstream f; - f << lgrCalcGroupe; - //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); - elemZPrec->SetValue(f.str()); - if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant); - if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(), - elemZPrec->GetValue().c_str()); - if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; - elemZPrec=elemZ; - lgrCalcGroupe = 0; - grCourant = gr; - // BUG : - // calcule lgr erronnée si ExplicitVR et VR =OB, SQ, etc - // - if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); - } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe - lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem - if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n", - elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); - } - } - - // BUG : - // Ecriture incorrecte si (7FE0 0000) absent et aucun element apres groupe 7FE0 :-( - // A JETTER ! - // -} - -// -// Remplacera UpdateGroupLength -// Commite par precaution. -// Ne pas utiliser -// - -void gdcmElValSet::UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence, FileType type) { +void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) { guint16 gr, el; string vr; gdcmElValue *elem; char trash[10]; + string str_trash; GroupKey key; GroupHT groupHt; + TagKey tk; + gdcmElValue *elemZ; for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); tag2 != tagHt.end(); @@ -237,10 +174,10 @@ void gdcmElValSet::UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence, FileType type) { gr = elem->GetGroup(); el = elem->GetElement(); vr = elem->GetVR(); - + sprintf(trash, "%04x", gr); key = trash; - + if (SkipSequence && vr == "SQ") continue; // pas SEQUENCE en ACR-NEMA // WARNING : pb CERTAIN @@ -250,7 +187,11 @@ void gdcmElValSet::UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence, FileType type) { // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable... if ( groupHt.count(key) == 0) { - groupHt[key] = 2 + 2 + 4 + 4; // creation automatique, par affectation ??? + if (el ==0x0000) { + groupHt[key] = 0; + } else { + groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); + } } else { if (type = ExplicitVR) { if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) { @@ -258,14 +199,40 @@ void gdcmElValSet::UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence, FileType type) { } } groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); - } + } } - - // Liberer groupHt ! + + if(0) + for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin(); + g != groupHt.end(); + ++g){ + printf("groupKey %s : %d\n",g->first.c_str(),g->second); + } + + + unsigned short int gr_bid; + + for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin(); + g != groupHt.end(); + ++g){ + + sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid); + tk = g->first + "|0000"; + + if ( tagHt.count(tk) == 0) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); + } else { + elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000); + } + sprintf(trash ,"%d",g->second); + str_trash=trash; + elemZ->SetValue(str_trash); + } } - - void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) { guint16 gr, el; guint32 lgr; @@ -290,7 +257,6 @@ void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) { lgr = tag2->second->GetLength(); val = tag2->second->GetValue().c_str(); vr = tag2->second->GetVR(); - if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); if ( type == ACR ) { if (gr < 0x0008) continue; @@ -337,6 +303,7 @@ void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) { } continue; } + tokens.clear(); // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element ! if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break; @@ -353,12 +320,13 @@ int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) { //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation": // values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null - // Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0. + // Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0 + SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); } // Question : - // Comment pourrait-on si le DcmHeader vient d'un fichoer DicomV3 ou non , + // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non , // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA // no way @@ -372,9 +340,9 @@ int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) { } if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) - UpdateGroupLength(); + UpdateGroupLength(false,type); if ( type == ACR) - UpdateGroupLength(true); + UpdateGroupLength(true,ACR); WriteElements(type, _fp);