X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmElValSet.cxx;h=fe5df93739c928d7815f837bc2d43db4d2a47c08;hb=4ea2f357cc50dd9238c6bdf4f29c275aab1aa1a9;hp=6c140ae11eac05b9ac122a172d0497d1ee198bbb;hpb=1f5594f4e2bc55ccc70ff04cd66acc7cd8da74c8;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx index 6c140ae1..fe5df937 100644 --- a/src/gdcmElValSet.cxx +++ b/src/gdcmElValSet.cxx @@ -1,11 +1,10 @@ -// $Header: /cvs/public/gdcm/src/Attic/gdcmElValSet.cxx,v 1.17 2003/03/12 21:33:20 frog Exp $ +// gdcmElValSet.cxx +#include #include "gdcmUtil.h" #include "gdcmElValSet.h" - -#include -static void Tokenize (const string& str, vector& tokens, const string& delimiters = " "); +#define DEBUG 0 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) { @@ -24,7 +23,9 @@ void gdcmElValSet::Print(ostream & os) { os << tag->first << ": "; os << "[" << tag->second->GetValue() << "]"; os << "[" << tag->second->GetName() << "]"; - os << "[" << tag->second->GetVR() << "]" << endl; + os << "[" << tag->second->GetVR() << "]"; + os << " lgr : " << tag->second->GetLength(); + os << endl; } } @@ -39,437 +40,343 @@ void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) { } } -gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) { +gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint16 group, guint16 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return (gdcmElValue*)0; - if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElementByNumber", - "multiple entries for this key (FIXME) !"); return tagHt.find(key)->second; } gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return (gdcmElValue*)0; - if (NameHt.count(TagName) > 1) - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElement", - "multipe entries for this key (FIXME) !"); return NameHt.find(TagName)->second; } -string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) { +string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint16 group, guint16 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return "gdcm::Unfound"; - if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber", - "multiple entries for this key (FIXME) !"); return tagHt.find(key)->second->GetValue(); } string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return "gdcm::Unfound"; - if (NameHt.count(TagName) > 1) - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValue", - "multipe entries for this key (FIXME) !"); return NameHt.find(TagName)->second->GetValue(); } + int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content, - guint32 group, guint32 element) { + guint16 group, guint16 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return 0; - if (tagHt.count(key) > 1) { - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByNumber", - "multiple entries for this key (FIXME) !"); - return (0); - } tagHt[key]->SetValue(content); - - // Question : m à j LgrElem ? - tagHt[key]->SetLength(strlen(content.c_str())); - - // FIXME should we really update the element length ? tagHt[key]->SetLength(content.length()); - - return(1); + return 1; } int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return 0; - if (NameHt.count(TagName) > 1) { - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName", - "multipe entries for this key (FIXME) !"); - return 0; - } - NameHt.find(TagName)->second->SetValue(content); - NameHt.find(TagName)->second->SetLength(strlen(content.c_str())); - return(1); + NameHt[TagName]->SetValue(content); + NameHt[TagName]->SetLength(content.length()); + return 1; } +/** + * \ingroup gdcmElValSet + * \brief Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present + * in the TagHt dictionary. + * @param group The generated tag must belong to this group. + * @return The element of tag with given group which is fee. + */ +guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) { + for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) { + TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem); + if (tagHt.count(key) == 0) + return elem; + } + return UINT32_MAX; +} -int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l, - guint32 group, guint32 element) { +int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 length, + guint16 group, guint16 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return 0; - if (tagHt.count(key) > 1) { - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber", - "multiple entries for this key (FIXME) !"); - return (0); - } - // FIXME JPR: comments in English please ! - // m à j LgrElem - tagHt[key]->SetLength(l); - return(1); + tagHt[key]->SetLength(length); + return 1 ; } -int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) { +int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return 0; - if (NameHt.count(TagName) > 1) { - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName", - "multipe entries for this key (FIXME) !"); - return 0; - } - NameHt.find(TagName)->second->SetLength(l); - return(1); + NameHt.find(TagName)->second->SetLength(length); + return 1 ; } +void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence) { -int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) { - -// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) - - guint16 gr, el; - guint32 lgr; - const char * val; - string vr; - guint32 val_uint32; - gint32 val_int32; - guint16 val_uint16; - gint16 val_int16; - - vector tokens; - - void *ptr; - char str_lgrCalcGroupe[10]; - - string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; - - // Utilisées pour le calcul Group Length - int deja = 0; - guint32 lgrCalcGroupe=0; - gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; - guint16 grCourant = 0; - - // Question : - // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , - // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) - // + // TODO : reecrire entierement : une HTable dans la quelle on stocke les groupes, puis leur lgr + // Voir juste apres // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu // dans l'image native // // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c - - if (0) // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment! - - for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); - tag != tagHt.end(); - ++tag){ - - elem = tag->second; - printf("gr %04x el %04x lgr %d\n",elem->GetGroup(), elem->GetElement(), elem->GetLength()); - - if ( (elem->GetGroup() != grCourant) && - (elem->GetGroup() != 0xfffe) ) { // On arrive sur un nv Groupe - - printf("Nouv Groupegr %04x el %04x \n",elem->GetGroup(), elem->GetElement()); - - elemZ = elem; - - if(elemZ->GetElement() != 0x0000) { // pas d'element 'Lgr groupe' - // On crée - gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(grCourant, 0x0000, "UL"); - elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree - elemZ->SetLength(4); - Add(elemZ); // On l'accroche à sa place - } - - if (deja) { - //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); - elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe); - lgrCalcGroupe = 0; - } - deja = 1; - - lgrCalcGroupe = 12; //2 + 2 + 4 + 4; // Gr + Num + Lgr + LgrGroupe - printf ("lgrCalcGroupe %d\n",lgrCalcGroupe); - - elemZPrec = elemZ; - grCourant = elem->GetGroup(); - - } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe - - printf ("lgrCalcGroupe avant : %d LgrElem %d\n",lgrCalcGroupe,elem->GetLength()); - - lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem - - printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe); - } - } - - // Si on fait de l'implicit VR little Endian + + // On fait de l'implicit VR little Endian // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) - // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID + // On force le TRANSFERT SYNTAX UID + guint16 gr, el; + string vr; + guint32 lgrCalcGroupe=0; + gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; + guint16 grCourant = 0; - SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); - SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas - - // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); - for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); - tag2 != tagHt.end(); - ++tag2){ - - gr = tag2->second->GetGroup(); - el = tag2->second->GetElement(); - lgr = tag2->second->GetLength(); - val = tag2->second->GetValue().c_str(); - vr = tag2->second->GetVR(); - - fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group - fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element - - //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR - - // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) - - fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr - - tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); - Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); - - //printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); - //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());} - - - if (vr == "US" || vr == "SS") { - /* - val_int16 = atoi(val); - ptr = &val_int16; - fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); - continue; - */ - - for (unsigned int i=0; isecond; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); - - for (unsigned int i=0; iSetLength(4); + Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place + } else { + elemZPrec = elem; + if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); } - - return(1); -} - - - - -int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) { - - -// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) -// ATTENTION : fusioner le code avec celui de lValSet::Write - - - guint16 gr, el; - guint32 lgr; - const char * val; - string vr; - guint32 val_uint32; - gint32 val_int32; - guint16 val_uint16; - gint16 val_int16; - - vector tokens; - - void *ptr; - char str_lgrCalcGroupe[10]; - - //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write - - // Utilisées pour le calcul Group Length - int deja = 0; - guint32 lgrCalcGroupe=0; - gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; - guint16 grCourant = 0; + lgrCalcGroupe = 0; + if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + grCourant = gr; - // Question : - // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , - // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) - // - - // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' - // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu - // dans l'image native - // - // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c - - if (1) // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment! - - for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); + for (tag = ++tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag){ - + elem = tag->second; - //printf("gr %04x el %04x lgr %d\n",elem->GetGroup(), elem->GetElement(), elem->GetLength()); - - if ( (elem->GetGroup() != grCourant) && - (elem->GetGroup() != 0xfffe) ) { // On arrive sur un nv Groupe - - //printf("Nouv Groupegr %04x el %04x \n",elem->GetGroup(), elem->GetElement()); - - elemZ = elem; - - if(elemZ->GetElement() != 0x0000) { // pas d'element 'Lgr groupe' - // On crée - gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(grCourant, 0x0000, "UL"); + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + vr = elem->GetVR(); + + if (SkipSequence && vr == "SQ") continue; + // pas SEQUENCE en ACR-NEMA + // WARNING : pb CERTAIN + // si on est descendu 'a l'interieur' des SQ + + if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe + (el != 0xfffe) */ ) { + + if (el != 0x0000) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree elemZ->SetLength(4); - Add(elemZ); // On l'accroche à sa place - } - - if (deja) { - //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); - elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe); - lgrCalcGroupe = 0; + Add(elemZ); // On l'accroche à sa place + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); + } else { + elemZ=elem; + if(DEBUG)printf("maj elemZ\n"); } - deja = 1; - - lgrCalcGroupe = 12; //2 + 2 + 4 + 4; // Gr + Num + Lgr + LgrGroupe - //printf ("lgrCalcGroupe %d\n",lgrCalcGroupe); - elemZPrec = elemZ; - grCourant = elem->GetGroup(); - - } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe - - //printf ("lgrCalcGroupe avant : %d LgrElem %d\n",lgrCalcGroupe,elem->GetLength()); - - lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem - - //printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe); + ostringstream f; + f << lgrCalcGroupe; + //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); + elemZPrec->SetValue(f.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(), + elemZPrec->GetValue().c_str()); + if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; + elemZPrec=elemZ; + lgrCalcGroupe = 0; + grCourant = gr; + // BUG : + // calcule lgr erronnée si ExplicitVR et VR =OB, SQ, etc + // + if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n", + elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); } } - // Si on fait de l'implicit VR little Endian - // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) - // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID - - // supprime par rapport à Write - //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); - //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas - - // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) - - for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); - tag2 != tagHt.end(); - ++tag2){ - - gr = tag2->second->GetGroup(); - // saut des groupes speciaux DICOM V3 - if (gr < 0x0008) continue; // ajouté par rapport à Write - // saut des groupes impairs - if (gr %2) continue; // ajouté par rapport à Write - - el = tag2->second->GetElement(); - lgr = tag2->second->GetLength(); - val = tag2->second->GetValue().c_str(); - vr = tag2->second->GetVR(); - - fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group - fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element - - // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) - - fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr - - tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); - Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); - - if (vr == "US" || vr == "SS") { - - for (unsigned int i=0; isecond; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + vr = elem->GetVR(); + + sprintf(trash, "%04x", gr); + key = trash; + + if (SkipSequence && vr == "SQ") continue; + // pas SEQUENCE en ACR-NEMA + // WARNING : pb CERTAIN + // si on est descendu 'a l'interieur' des SQ + // + // --> la descente a l'interieur' des SQ + // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable... + + if ( groupHt.count(key) == 0) { + groupHt[key] = 2 + 2 + 4 + 4; // creation automatique, par affectation ??? + } else { + if (type = ExplicitVR) { + if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) { + groupHt[key] += 4; + } + } + groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); + } + } + + // Liberer groupHt ! } +void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) { + guint16 gr, el; + guint32 lgr; + const char * val; + string vr; + guint32 val_uint32; + guint16 val_uint16; + + vector tokens; + + void *ptr; + + // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian + // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + + for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + gr = tag2->second->GetGroup(); + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); + + if ( type == ACR ) { + if (gr < 0x0008) continue; + if (gr %2) continue; + if (vr == "SQ" ) continue; + } + + fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group + fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element + + if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) { + // On est en EXPLICIT VR + guint16 z=0, shortLgr; + fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + + if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) { + fwrite ( &z, (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); + + } else { + shortLgr=lgr; + fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + } + } else { + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); + } + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + if (vr == "US" || vr == "SS") { + for (unsigned int i=0; i& tokens, const string& delimiters = " ") { - string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters,0); - string::size_type pos = str.find_first_of(delimiters,lastPos); - while (string::npos != pos || string::npos != lastPos) { - tokens.push_back(str.substr(lastPos, pos - lastPos)); - lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos); - pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos); - } + if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) + UpdateGroupLength(); + if ( type == ACR) + UpdateGroupLength(true); + + WriteElements(type, _fp); + + return(1); }