X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=0a71c03e104d1099805d51b33570bd7dc62618ad;hb=b6c826571b5f85de9256b0973df29e916c40d243;hp=af3f1fefed9617492feab70acec76c88d6ee5b1a;hpb=f22035516061f75820d0accadee770ddefa06e2b;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index af3f1fef..0a71c03e 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -1,6 +1,6 @@ // gdcmFile.cxx -#include "gdcm.h" +#include "gdcmFile.h" static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); @@ -22,8 +22,8 @@ static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); * @return */ -gdcmFile::gdcmFile(string & filename) - :gdcmHeader(filename.c_str()) +gdcmFile::gdcmFile(string & filename) + :gdcmHeader(filename.c_str()) { } @@ -52,7 +52,7 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { // Nombre de Frames str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) { + if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { nbFrames = 1; } else { nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); @@ -61,7 +61,7 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - if (str_nb == "UNFOUND" ) { + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); @@ -83,44 +83,29 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus */ +/* void * gdcmFile::GetImageData (void) { - char* Pixels; - int nbLignes, nbCol; + char* _Pixels; - int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe; + int nb, nbu, highBit, signe; string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; unsigned short int mask = 0xffff; - - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); - - // Nombre de Frames - str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } - - // Nombre de Bits Alloues - str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - if (str_nb == "UNFOUND" ) { + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); } - + // Nombre de Bits Utilises str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); - if (str_nbu == "UNFOUND" ) { + if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { nbu = nb; } else { nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); @@ -129,34 +114,34 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { // Position du Bit de Poids Fort str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); - if (str_highBit == "UNFOUND" ) { + if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { highBit = nb - 1; } else { highBit = atoi(str_highBit.c_str() ); } - // Signe des Pixels + // Signe des Pixels 0 : Unsigned str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); - if (str_signe == "UNFOUND" ) { + if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { signe = 1; } else { signe = atoi(str_signe.c_str() ); } // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); + size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); - //Pixels = (char *) g_malloc(lgrTotale); - Pixels = (char *) malloc(lgrTotale); + //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale); + _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale); - GetPixels(lgrTotale, Pixels); + GetPixels(lgrTotale, _Pixels); // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est if (nb != 8) { int _sw = GetSwapCode(); - _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb); + _Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb); } // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est @@ -167,21 +152,55 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { // --> ne marchera pas dans ce cas if (nbu!=nb){ mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)lgrTotale/(nb/8); - unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; + int l=(int)_lgrTotale/(nb/8); + unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels; for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; deb ++; } - } - - printf ("on est sorti\n"); + } + // On l'affecte à un champ du dcmFile - // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader + Pixels = _Pixels; + lgrTotale = _lgrTotale; - return (Pixels); + // et on le retourne + // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça + + return (_Pixels); } +*/ + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE + * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image + * + * @param rien + * + * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus + */ + +void * gdcmFile::GetImageData (void) { + char * _Pixels; + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker? + _Pixels = (char *) malloc(taille); + GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille); + + // On l'affecte à un champ du dcmFile + Pixels = _Pixels; + lgrTotale = taille; + + // et on le retourne + // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça + + return(_Pixels); +} + + ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** @@ -195,35 +214,35 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { * @return */ -int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { +int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { + +// Question : +// dans quel cas la Maxize sert-elle a quelque chose? +// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize? +// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize? + void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData - int nbLignes, nbCol; - int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe; + int nb, nbu, highBit, signe; string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; unsigned short int mask = 0xffff; - - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); - - // Nombre de Frames - str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker? + + // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb + // -> on résoud à la goret - // Nombre de Bits Alloues - str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale; + + GetPixels(MaxSize, destination); + + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - if (str_nb == "UNFOUND" ) { + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); @@ -232,7 +251,7 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { // Nombre de Bits Utilises str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); - if (str_nbu == "UNFOUND" ) { + if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { nbu = nb; } else { nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); @@ -241,7 +260,7 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { // Position du Bit de Poids Fort str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); - if (str_highBit == "UNFOUND" ) { + if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { highBit = nb - 1; } else { highBit = atoi(str_highBit.c_str() ); @@ -250,27 +269,17 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { // Signe des Pixels str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); - if (str_signe == "UNFOUND" ) { + if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { signe = 1; } else { signe = atoi(str_signe.c_str() ); } - - // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); - - // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb . A VOIR - - lgrTotale = MaxSize; // pour garder le code identique avec GetImageData - //Pixels = (char *) malloc(lgrTotale); // pour garder le code identique avec GetImageData - - GetPixels(lgrTotale, Pixels); // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est if (nb != 8) { int _sw = GetSwapCode(); - _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb); + _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb); } // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est @@ -281,22 +290,20 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { // --> ne marchera pas dans ce cas if (nbu!=nb){ mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)lgrTotale/(nb/8); + int l=(int)MaxSize/(nb/8); unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; deb ++; } } - - printf ("on est sorti\n"); - + // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader - //return (Pixels); // pour garder le code identique avec GetImageData return 1; } + // // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs // @@ -372,5 +379,113 @@ if( nb == 32 ) return; } +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image + * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement + * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile) + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); +} + + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom + * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * \ (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + + FILE * fp1; + char* filePreamble; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + // Ecriture Dicom File Preamble + filePreamble=(char*)calloc(128,1); + fwrite(filePreamble,128,1,fp1); + fwrite("DICM",4,1,fp1); + + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le ElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElVals().Write(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + + fclose (fp1); + return(1); +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA + * \ (a l'attention des logiciels cliniques + * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... + * \ si un header DICOM est fourni en entree, + * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) + * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * \ (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le ElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElVals().WriteAcr(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + + fclose (fp1); + return(1); +}