X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=2b09d36d2aadcc76671dde736a5fadac633d794f;hb=208af9d6c03679fd7eb2045badc0f5ee8e263aff;hp=ae8c02b063d49042dd17212981fb78973822bc9c;hpb=ee65673385a2d6192d7d64ed0339bd47515de805;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index ae8c02b0..2b09d36d 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -1,8 +1,9 @@ // gdcmFile.cxx #include "gdcmFile.h" - -static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); +#include "gdcmUtil.h" +#include "iddcmjpeg.h" +using namespace std; ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** @@ -25,127 +26,170 @@ static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); gdcmFile::gdcmFile(string & filename) :gdcmHeader(filename.c_str()) { + SetPixelDataSizeFromHeader(); } gdcmFile::gdcmFile(const char * filename) :gdcmHeader(filename) { + SetPixelDataSizeFromHeader(); } - -///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile - * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image + * \brief calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les + * pixels de l'image * ou DES images dans le cas d'un multiframe * ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels * (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens). * * @return longueur a allouer */ - -size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { - int nb; - string str_nb; - - str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { - nb = 16; - } else { - nb = atoi(str_nb.c_str() ); +void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) { + int nb; + string str_nb; + + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { + nb = 16; + } else { + nb = atoi(str_nb.c_str() ); if (nb == 12) nb =16; - } - - size_t lgrTotale = GetXSize() * GetYSize() * GetZSize() *(nb/8); - return (lgrTotale); + } + lgrTotale = GetXSize() * GetYSize() * GetZSize() * (nb/8); } - - -///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile - * \brief TODO - * \warning WARNING - * + * \brief Returns the size (in bytes) of required memory to hold + * the pixel data represented in this file. + * @return The size of pixel data in bytes. */ -void * gdcmFile::GetImageData (void) { - char * _Pixels; - // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker? - _Pixels = (char *) malloc(taille); - GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille); - - // On l'affecte à un champ du dcmFile - Pixels = _Pixels; - lgrTotale = taille; - - // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça - - return(_Pixels); +size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { + return (lgrTotale); } - - -///////////////////////////////////////////////////////////////// /** - * \ingroup gdcmFile - * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur - * les Pixels d'une image NON COMPRESSEE - * \Warning Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image - * - * @param destination - * @param MaxSize + * \ingroup gdcmFile + * \brief Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the + * caller specified memory location. + * @param destination Where the pixel data should be stored. * - * @return TODO JPR */ +bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) { + if ( !OpenFile()) + return false; + + if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) { + CloseFile(); + return false; + } + + if ( !IsDicomV3() || + IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() || + IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() || + IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax() || + IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) { + + size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp); + if ( ItemRead != 1 ) { + CloseFile(); + return false; + } else { + CloseFile(); + return true; + } + } + + if (IsJPEGLossless()) { + int ln; + fseek(fp,4,SEEK_CUR); + fread(&ln,4,1,fp); + if(GetSwapCode()) + ln=SwapLong(ln); + //if (DEBUG) + printf ("ln %d\n",ln); + fseek(fp,ln,SEEK_CUR); + fseek(fp,4,SEEK_CUR); + fread(&ln,4,1,fp); + if(GetSwapCode()) + ln=SwapLong(ln); + //if (DEBUG) + printf ("ln image comprimée %d\n",ln); + + ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); + if(jpg == NULL) { + CloseFile(); + return false; + } + memcpy(destination,jpg->DataImg,lgrTotale); + _IdDcmJpegFree (jpg); + CloseFile(); + return true; + } + + printf ("Sorry, TransfertSyntax not yet taken into account ...\n"); + CloseFile(); + return false; -int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { +} -// Question : -// dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose? -// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize? -// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize? +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Allocates necessary memory, copies the pixel data + * (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone. + * @return Pointer to newly allocated pixel data. + */ +void * gdcmFile::GetImageData (void) { + PixelData = (void *) malloc(lgrTotale); + GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale); + return(PixelData); +} - - void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's + * memory space. + * @param destination Address (in caller's memory space) at which the + * pixel data should be copied + * @param MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize + * is not sufficient to hold the pixel data the copy is not + * executed (i.e. no partial copy). + * @return On success, the number of bytes actually copied. Zero on + * failure e.g. MaxSize is lower than necessary. + */ - int nb, nbu, highBit, signe; - string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; - - unsigned short int mask = 0xffff; - - // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker? - - // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb - // -> on résoud à la goret - - if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale; +size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { + + int nb, nbu, highBit, signe; + string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; + + if ( lgrTotale > MaxSize ) { + dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger" + "than caller's expected MaxSize"); + return (size_t)0; + } - GetPixels(MaxSize, destination); + (void)ReadPixelData(destination); - // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel - str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); } - // Nombre de Bits Utilises + // Nombre de Bits Utilises str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); - if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { nbu = nb; } else { nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); } - // Position du Bit de Poids Fort + // Position du Bit de Poids Fort str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); - if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { highBit = nb - 1; } else { @@ -154,39 +198,41 @@ int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { // Signe des Pixels str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); - if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { signe = 1; } else { signe = atoi(str_signe.c_str() ); } - // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est - if (nb != 8) { - int _sw = GetSwapCode(); - - _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb); - } - - // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est - // - // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits - // avec moins de 32 bits utilises - // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ... - // --> ne marchera pas dans ce cas - if (nbu!=nb){ - mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)MaxSize/(nb/8); - unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; - for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; - deb ++; - } - } - - // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader - - return 1; + // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est + if (nb != 8) + SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb); + + // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est + if (nbu != nb){ + int l = (int)lgrTotale / (nb/8); + if (nb == 16) { + guint16 mask = 0xffff; + mask = mask >> (nb-nbu); + guint16 *deb = (guint16 *)destination; + for(int i = 0; i> (nbu-highBit-1)) & mask; + deb ++; + } + } else if (nb == 32 ) { + guint32 mask = 0xffffffff; + mask = mask >> (nb-nbu); + guint32 *deb = (guint32 *)destination; + for(int i = 0; i> (nbu-highBit-1)) & mask; + deb ++; + } + } else { + dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image"); + return (size_t)0; + } + } + return lgrTotale; } @@ -194,7 +240,7 @@ int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs // -static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb) { +void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) { guint32 s32; guint16 fort,faible; int i; @@ -270,20 +316,20 @@ return; * \ingroup gdcmFile * \brief TODO JPR * \warning doit-etre etre publique ? FIXME JPR + * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions * - * @param Data TODO JPR + * @param inData TODO JPR * @param ExpectedSize TODO JPR * * @return TODO JPR */ -int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) { - - SetImageDataSize(ExpectedSize); - - Pixels = Data; - lgrTotale = ExpectedSize; - - return(1); +int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) { + SetImageDataSize(ExpectedSize); + PixelData = inData; + lgrTotale = ExpectedSize; + + + return(1); } @@ -293,6 +339,7 @@ int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) { * \brief TODO JPR * \ * \warning WARNING doit-etre etre publique ? FIXME JPR + * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions * * @param ImageDataSize TODO JPR * @@ -301,15 +348,15 @@ int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) { void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) { string content1; - string content2; char car[20]; // suppose que le ElValue (0x7fe0, 0x0010) existe ... sprintf(car,"%d",ImageDataSize); - content2=car; - SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010); - + + gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010); + a->SetLength(ImageDataSize); + ImageDataSize+=8; sprintf(car,"%d",ImageDataSize); content1=car; @@ -339,7 +386,7 @@ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { return (0); } - fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1); + fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1); fclose (fp1); return(1); } @@ -383,12 +430,12 @@ int gdcmFile::WriteDcmExplVR (string nomFichier) { ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile - * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA + * \brief Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels * (a l'attention des logiciels cliniques * qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... - * si un header DICOM est fourni en entree, + * \warning si un header DICOM est fourni en entree, * les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) - * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel * (Equivalent a IdDcmWrite) * @@ -419,7 +466,7 @@ int gdcmFile::WriteBase (string nomFichier, FileType type) { } gdcmHeader::Write(fp1, type); - fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1); fclose (fp1); return(1); }