X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=5ae6e8b769fd95e82ad9530a98fe814c63f72b67;hb=45c3270f0afbdb22a10da1fa2c993125ca960304;hp=fad23001113e8e3501fbeeeed717408723f1d809;hpb=9d031783e53f1fe0b29a82f073b383d79948221f;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index fad23001..5ae6e8b7 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -1,6 +1,6 @@ // gdcmFile.cxx -#include "gdcm.h" +#include "gdcmFile.h" static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); @@ -8,35 +8,34 @@ static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); /** * \ingroup gdcmFile * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant - * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) - * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks - * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure. - * \Note: the in-memory representation of all available tags found in - * \the DICOM header is post-poned to first header information access. - * \This avoid a double parsing of public part of the header when - * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be - * \seen as a side effect). + * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) + * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks + * for DICOM compliance. Returns NULL on failure. + * \Note the in-memory representation of all available tags found in + * the DICOM header is post-poned to first header information access. + * This avoid a double parsing of public part of the header when + * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be + * seen as a side effect). * - * @param + * @param filename file to be opened for parsing * * @return */ -gdcmFile::gdcmFile(string & filename) - :gdcmHeader(filename.c_str()) +gdcmFile::gdcmFile(string & filename) + :gdcmHeader(filename.c_str()) { } ///////////////////////////////////////////////////////////////// +// FIXME JPR: comments in English please ! /** * \ingroup gdcmFile * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image - * \ ou DES images dans le cas d'un multiframe - * \ ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels - * \ (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens). - * - * @param void Rien en entree + * ou DES images dans le cas d'un multiframe + * ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels + * (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens). * * @return longueur a allouer */ @@ -52,7 +51,7 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { // Nombre de Frames str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) { + if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { nbFrames = 1; } else { nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); @@ -61,7 +60,7 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - if (str_nb == "UNFOUND" ) { + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); @@ -69,49 +68,77 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); return (lgrTotale); +} + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief TODO + * \warning WARNING + * + */ +void * gdcmFile::GetImageData (void) { + char * _Pixels; + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker? + _Pixels = (char *) malloc(taille); + GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille); + + // On l'affecte à un champ du dcmFile + Pixels = _Pixels; + lgrTotale = taille; + + // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça + + return(_Pixels); } + + ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile - * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE - * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image + * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur + * les Pixels d'une image NON COMPRESSEE + * \Warning Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image * - * @param rien + * @param destination + * @param MaxSize * - * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus + * @return TODO JPR */ -void * gdcmFile::GetImageData (void) { +int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { + +// Question : +// dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose? +// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize? +// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize? + - char* Pixels; - int nbLignes, nbCol; + void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData - int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe; + int nb, nbu, highBit, signe; string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; unsigned short int mask = 0xffff; - - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); - - // Nombre de Frames - str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker? + + // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb + // -> on résoud à la goret - // Nombre de Bits Alloues - str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale; + + GetPixels(MaxSize, destination); + + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - if (str_nb == "UNFOUND" ) { + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); @@ -120,7 +147,7 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { // Nombre de Bits Utilises str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); - if (str_nbu == "UNFOUND" ) { + if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { nbu = nb; } else { nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); @@ -129,7 +156,7 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { // Position du Bit de Poids Fort str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); - if (str_highBit == "UNFOUND" ) { + if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { highBit = nb - 1; } else { highBit = atoi(str_highBit.c_str() ); @@ -138,25 +165,17 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { // Signe des Pixels str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); - if (str_signe == "UNFOUND" ) { + if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { signe = 1; } else { signe = atoi(str_signe.c_str() ); } - - // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); - - //Pixels = (char *) g_malloc(lgrTotale); - Pixels = (char *) malloc(lgrTotale); - - GetPixels(lgrTotale, Pixels); // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est if (nb != 8) { int _sw = GetSwapCode(); - _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb); // A REMETTRE + _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb); } // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est @@ -167,19 +186,17 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { // --> ne marchera pas dans ce cas if (nbu!=nb){ mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)lgrTotale/(nb/8); + int l=(int)MaxSize/(nb/8); unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; deb ++; } } - - printf ("on est sorti\n"); - + // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader - return (Pixels); + return 1; } @@ -258,5 +275,205 @@ if( nb == 32 ) return; } +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief TODO JPR + * \warning doit-etre etre publique ? FIXME JPR + * + * @param Data TODO JPR + * @param ExpectedSize TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ +int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) { + + SetImageDataSize(ExpectedSize); + + Pixels = Data; + lgrTotale = ExpectedSize; + + return(1); +} + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief TODO JPR + * \ + * \warning WARNING doit-etre etre publique ? FIXME JPR + * + * @param ImageDataSize TODO JPR + * + */ + +void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) { + + string content1; + string content2; + char car[20]; + + // suppose que le ElValue (0x7fe0, 0x0010) existe ... + + sprintf(car,"%d",ImageDataSize); + content2=car; + SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010); + + ImageDataSize+=8; + sprintf(car,"%d",ImageDataSize); + content1=car; + SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000); +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image + * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement + * (Equivalent a IdImaWriteRawFile) FIXME JPR + * + * @param nomFichier TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ + +int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); +} + + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom + * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * (Equivalent a IdDcmWrite) FIXME JPR + * + * @param nomFichier TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ + +int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + + FILE * fp1; + char* filePreamble; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + // Ecriture Dicom File Preamble + filePreamble=(char*)calloc(128,1); + fwrite(filePreamble,128,1,fp1); + fwrite("DICM",4,1,fp1); + + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElValSet().Write(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); +} + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \ TODO + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteDcmExplVR (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + + FILE * fp1; + char* filePreamble; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + // Ecriture Dicom File Preamble + filePreamble=(char*)calloc(128,1); + fwrite(filePreamble,128,1,fp1); + fwrite("DICM",4,1,fp1); + + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElValSet().WriteExplVR(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + + fclose (fp1); + return(1); +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA + * (a l'attention des logiciels cliniques + * qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... + * si un header DICOM est fourni en entree, + * les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) + * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param nomFichier TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ + +int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElValSet().WriteAcr(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + + fclose (fp1); + return(1); +}