X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=77894940153ff8144284afd98681fe4c26bf2b3f;hb=551b84c1dc82294c4fc7356da0b5b1b3d74f7645;hp=bf9cf3e3328061374f6bb8128b9d93ae3bcd4ec7;hpb=135451ffa2be2f260c1c0fba60a212f8ebe63c62;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index bf9cf3e3..77894940 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -2,8 +2,6 @@ #include "gdcm.h" -#define DEBUG 1 - static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); ///////////////////////////////////////////////////////////////// @@ -24,10 +22,9 @@ static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); * @return */ -gdcmFile::gdcmFile(string & filename) - :gdcmHeader(filename.c_str()) +gdcmFile::gdcmFile(string & filename) + :gdcmHeader(filename.c_str()) { - if (DEBUG) printf("On a echappe a gdcmHeader !\n"); } @@ -52,10 +49,6 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { // Nombre de Colonnes nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); -printf("nbCol %d\n",nbCol); -printf("nbLig %d\n",nbLignes); - - // Nombre de Frames str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); @@ -64,7 +57,6 @@ printf("nbLig %d\n",nbLignes); } else { nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); } -printf("nbFrames %d\n",nbFrames); // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); @@ -75,8 +67,6 @@ printf("nbFrames %d\n",nbFrames); nb = atoi(str_nb.c_str() ); } -printf("nb %d\n",nb); - size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); return (lgrTotale); @@ -93,40 +83,25 @@ printf("nb %d\n",nb); * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus */ +/* void * gdcmFile::GetImageData (void) { char* _Pixels; - int nbLignes, nbCol; - int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe; + int nb, nbu, highBit, signe; string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; unsigned short int mask = 0xffff; - - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); - // Nombre de Frames - str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - - if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } - - // Nombre de Bits Alloues - str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); } - + // Nombre de Bits Utilises str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); @@ -155,7 +130,7 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { } // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t _lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); + size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale); _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale); @@ -183,10 +158,7 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask; deb ++; } - } - - printf ("on est sorti\n"); - + } // On l'affecte à un champ du dcmFile Pixels = _Pixels; @@ -198,6 +170,37 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { return (_Pixels); } +*/ + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE + * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image + * + * @param rien + * + * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus + */ + +void * gdcmFile::GetImageData (void) { + char * _Pixels; + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker? + _Pixels = (char *) malloc(taille); + GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille); + + // On l'affecte à un champ du dcmFile + Pixels = _Pixels; + lgrTotale = taille; + + // et on le retourne + // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça + + return(_Pixels); +} + + ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** @@ -211,33 +214,33 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { * @return */ -int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { +int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { + +// Question : +// dans quel cas la Maxize sert-elle a quelque chose? +// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize? +// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize? + void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData - int nbLignes, nbCol; - int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe; + int nb, nbu, highBit, signe; string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; unsigned short int mask = 0xffff; - - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); - - // Nombre de Frames - str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker? + + // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb + // -> on résoud à la goret + + if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale; - // Nombre de Bits Alloues - str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + GetPixels(MaxSize, destination); + + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; @@ -271,22 +274,12 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { } else { signe = atoi(str_signe.c_str() ); } - - // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); - - // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb . A VOIR - - lgrTotale = MaxSize; // pour garder le code identique avec GetImageData - //Pixels = (char *) malloc(lgrTotale); // pour garder le code identique avec GetImageData - - GetPixels(lgrTotale, Pixels); // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est if (nb != 8) { int _sw = GetSwapCode(); - _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb); + _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb); } // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est @@ -297,22 +290,20 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { // --> ne marchera pas dans ce cas if (nbu!=nb){ mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)lgrTotale/(nb/8); + int l=(int)MaxSize/(nb/8); unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; deb ++; } } - - printf ("on est sorti\n"); - + // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader - //return (Pixels); // pour garder le code identique avec GetImageData return 1; } + // // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs // @@ -388,16 +379,13 @@ if( nb == 32 ) return; } - - - ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. - * \ C'est à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement - * \(Equivalent a IdImaWriteRawFile) + * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement + * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile) * * @param * @@ -415,6 +403,51 @@ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1); fclose (fp1); + return(1); +} + + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom + * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * \ (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + + FILE * fp1; + char* filePreamble; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + // Ecriture Dicom File Preamble + filePreamble=(char*)calloc(128,1); + fwrite(filePreamble,128,1,fp1); + fwrite("DICM",4,1,fp1); + + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le ElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElVals().Write(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + + fclose (fp1); + return(1); }