X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=94f86cb7e88c62d58d9f0eff77e2c7e45b7014b9;hb=9f643008e8a960617fb30ed9dcd454612657e5d2;hp=5ae6e8b769fd95e82ad9530a98fe814c63f72b67;hpb=45c3270f0afbdb22a10da1fa2c993125ca960304;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index 5ae6e8b7..94f86cb7 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -1,8 +1,15 @@ // gdcmFile.cxx #include "gdcmFile.h" +#include "gdcmUtil.h" -static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); + +// TODO : remove DEBUG +#define DEBUG 0 + + +#include "iddcmjpeg.h" +using namespace std; ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** @@ -25,137 +32,230 @@ static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); gdcmFile::gdcmFile(string & filename) :gdcmHeader(filename.c_str()) { + SetPixelDataSizeFromHeader(); } +gdcmFile::gdcmFile(const char * filename) + :gdcmHeader(filename) +{ + SetPixelDataSizeFromHeader(); +} -///////////////////////////////////////////////////////////////// -// FIXME JPR: comments in English please ! /** * \ingroup gdcmFile - * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image + * \brief calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les + * pixels de l'image * ou DES images dans le cas d'un multiframe * ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels * (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens). * * @return longueur a allouer */ - -size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { - int nbLignes, nbCol, nbFrames, nb; - string str_nbFrames, str_nb; - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); - - // Nombre de Frames - str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } - - // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel - str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - - if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { - nb = 16; - } else { - nb = atoi(str_nb.c_str() ); - } - - size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); - return (lgrTotale); +void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) { + int nb; + string str_nb; + + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { + nb = 16; + } else { + nb = atoi(str_nb.c_str() ); + if (nb == 12) nb =16; + } + lgrTotale = GetXSize() * GetYSize() * GetZSize() * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();; } - - ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile - * \brief TODO - * \warning WARNING - * + * \brief Returns the size (in bytes) of required memory to hold + * the pixel data represented in this file. + * @return The size of pixel data in bytes. */ -void * gdcmFile::GetImageData (void) { - char * _Pixels; - // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker? - _Pixels = (char *) malloc(taille); - GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille); - - // On l'affecte à un champ du dcmFile - Pixels = _Pixels; - lgrTotale = taille; - - // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça - - return(_Pixels); +size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { + return (lgrTotale); } - ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** - * \ingroup gdcmFile - * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur - * les Pixels d'une image NON COMPRESSEE - * \Warning Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image - * - * @param destination - * @param MaxSize + * \ingroup gdcmFile + * \brief Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the + * caller specified memory location. + * @param destination where the pixel data should be stored. * - * @return TODO JPR */ +bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) { + if ( !OpenFile()) + return false; + + printf("GetPixelOffset() %d\n",GetPixelOffset() ); + + if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) { + CloseFile(); + return false; + } + + if ( !IsDicomV3() || + IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() || + IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() || + IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax() || + IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) { + + size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp); + if ( ItemRead != 1 ) { + CloseFile(); + return false; + } else { + CloseFile(); + return true; + } + } + + // ------------------------------- Position on begining of Jpeg Pixels + + int ln; + fseek(fp,4,SEEK_CUR); + fread(&ln,4,1,fp); + if(GetSwapCode()) + ln=SwapLong(ln); + if (DEBUG) + printf ("ln %d\n",ln); + fseek(fp,ln,SEEK_CUR); + fseek(fp,4,SEEK_CUR); + fread(&ln,4,1,fp); + if(GetSwapCode()) + ln=SwapLong(ln); + if (DEBUG) + printf ("ln image comprimée %d\n",ln); + + // ------------------------------- JPEG LossLess : call to Jpeg Libido + + if (IsJPEGLossless()) { + + ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); + if(jpg == NULL) { + CloseFile(); + return false; + } + + int nb; + string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { + nb = 16; + } else { + nb = atoi(str_nb.c_str() ); + if (nb == 12) nb =16; + } + int nBytes= nb/8; + int * dataJpg = jpg->DataImg; + int taille = GetXSize() * GetYSize() * GetZSize() * GetSamplesPerPixel(); + + switch (nBytes) { + case 1: + { + unsigned short *dest = (unsigned short *)destination; + for (int i=0; i + // TODO : eplucher icelui pour traiter *egalement* bits=16 + + int nBS; + if ((nBS = GetBitsStored()) != 12) { + printf("Sorry, Bits Stored = %d not yet taken into account\n",nBS); + return false; + } + + bool res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination); + return res; +} -int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Allocates necessary memory, copies the pixel data + * (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone. + * @return Pointer to newly allocated pixel data. + */ +void * gdcmFile::GetImageData (void) { + PixelData = (void *) malloc(lgrTotale); + GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale); + return(PixelData); +} -// Question : -// dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose? -// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize? -// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize? +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's + * memory space. + * @param destination Address (in caller's memory space) at which the + * pixel data should be copied + * @param MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize + * is not sufficient to hold the pixel data the copy is not + * executed (i.e. no partial copy). + * @return On success, the number of bytes actually copied. Zero on + * failure e.g. MaxSize is lower than necessary. + */ - - void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData +size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { - int nb, nbu, highBit, signe; - string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; - - unsigned short int mask = 0xffff; - - // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker? - - // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb - // -> on résoud à la goret - - if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale; + int nb, nbu, highBit, signe; + string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; + + if ( lgrTotale > MaxSize ) { + dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger" + "than caller's expected MaxSize"); + return (size_t)0; + } - GetPixels(MaxSize, destination); + (void)ReadPixelData(destination); - // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel - str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); } - // Nombre de Bits Utilises + // Nombre de Bits Utilises str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); - if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { nbu = nb; } else { nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); } - // Position du Bit de Poids Fort + // Position du Bit de Poids Fort str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); - if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { highBit = nb - 1; } else { @@ -164,39 +264,78 @@ int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { // Signe des Pixels str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); - if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { signe = 1; } else { signe = atoi(str_signe.c_str() ); } - // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est - if (nb != 8) { - int _sw = GetSwapCode(); - - _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb); - } - - // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est - // - // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits - // avec moins de 32 bits utilises - // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ... - // --> ne marchera pas dans ce cas - if (nbu!=nb){ - mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)MaxSize/(nb/8); - unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; - for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; - deb ++; - } - } - - // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader - - return 1; + // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est + if (nb != 8) + SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb); + + // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est + if (nbu != nb){ + int l = (int)lgrTotale / (nb/8); + if (nb == 16) { + guint16 mask = 0xffff; + mask = mask >> (nb-nbu); + guint16 *deb = (guint16 *)destination; + for(int i = 0; i> (nbu-highBit-1)) & mask; + deb ++; + } + } else if (nb == 32 ) { + guint32 mask = 0xffffffff; + mask = mask >> (nb-nbu); + guint32 *deb = (guint32 *)destination; + for(int i = 0; i> (nbu-highBit-1)) & mask; + deb ++; + } + } else { + dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image"); + return (size_t)0; + } + } + + // --- + string str_PlanarConfiguration = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0006); + int PlanarConfiguration; + if (str_PlanarConfiguration == "gdcm::Unfound" ) { + PlanarConfiguration = 0; + } else { + PlanarConfiguration = atoi(str_PlanarConfiguration.c_str() ); + } + // --- + + // TODO : replace by + // if (GetPlanarConfiguration() == 1) { + // after unfreeze + + if (PlanarConfiguration == 1) { // need to make RGB Pixels + int l = lgrTotale/3 ; + + char * a = (char *)destination; + char * b = a + l; + char * c = b + l; + char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale); + // TODO : + // any trick not to have to allocate temporary buffer is welcome ... + char *x = newDest; + for (int j=0;j>8) - | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8); - break; + case 21: + case 3412: + case 2143: + case 4321: + + for(i=0;i>8) + | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8); + break; - default: - printf("valeur de SWAP (16 bits) non autorisee : %d\n", swap); - } + default: + printf("valeur de SWAP (16 bits) non autorisee : %d\n", swap); + } if( nb == 32 ) - - switch (swap) { - case 0: - case 1234: - break; - - case 4321: - for(i=0;i>16; - fort= (fort>>8) | (fort<<8); - faible=(faible>>8) | (faible<<8); - s32=faible; - ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort; - } - break; - - case 2143: - for(i=0;i>16; - fort= (fort>>8) | (fort<<8); - faible=(faible>>8) | (faible<<8); - s32=fort; - ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible; - } - break; + switch (swap) { + case 0: + case 1234: + break; + + case 4321: + for(i=0;i>16; + fort= (fort>>8) | (fort<<8); + faible=(faible>>8) | (faible<<8); + s32=faible; + ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort; + } + break; + + case 2143: + for(i=0;i>16; + fort= (fort>>8) | (fort<<8); + faible=(faible>>8) | (faible<<8); + s32=fort; + ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible; + } + break; - case 3412: - for(i=0;i>16; - s32=faible; - ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort; - } - break; + case 3412: + for(i=0;i>16; + s32=faible; + ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort; + } + break; - default: - printf("valeur de SWAP (32 bits) non autorisee : %d\n", swap); - } + default: + printf("valeur de SWAP (32 bits) non autorisee : %d\n", swap); + } return; } @@ -280,20 +417,18 @@ return; * \ingroup gdcmFile * \brief TODO JPR * \warning doit-etre etre publique ? FIXME JPR + * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions * - * @param Data TODO JPR + * @param inData TODO JPR * @param ExpectedSize TODO JPR * * @return TODO JPR */ -int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) { - - SetImageDataSize(ExpectedSize); - - Pixels = Data; - lgrTotale = ExpectedSize; - - return(1); +int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) { + SetImageDataSize(ExpectedSize); + PixelData = inData; + lgrTotale = ExpectedSize; + return(1); } @@ -303,6 +438,7 @@ int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) { * \brief TODO JPR * \ * \warning WARNING doit-etre etre publique ? FIXME JPR + * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions * * @param ImageDataSize TODO JPR * @@ -310,20 +446,20 @@ int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) { void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) { - string content1; - string content2; - char car[20]; + string content1; + char car[20]; - // suppose que le ElValue (0x7fe0, 0x0010) existe ... + // suppose que le ElValue (0x7fe0, 0x0010) existe ... - sprintf(car,"%d",ImageDataSize); - content2=car; - SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010); - - ImageDataSize+=8; - sprintf(car,"%d",ImageDataSize); - content1=car; - SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000); + sprintf(car,"%d",ImageDataSize); + + gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010); + a->SetLength(ImageDataSize); + + ImageDataSize+=8; + sprintf(car,"%d",ImageDataSize); + content1=car; + SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000); } @@ -342,16 +478,16 @@ void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) { int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { - FILE * fp1; - fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); - if (fp1 == NULL) { - printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); - return (0); - } + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } - fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1); - fclose (fp1); - return(1); + fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); } @@ -369,84 +505,45 @@ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { * @return TODO JPR */ -int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { - -// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) - - FILE * fp1; - char* filePreamble; - fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); - if (fp1 == NULL) { - printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); - return (0); - } - - // Ecriture Dicom File Preamble - filePreamble=(char*)calloc(128,1); - fwrite(filePreamble,128,1,fp1); - fwrite("DICM",4,1,fp1); - - // un accesseur de + est obligatoire ??? - // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader - // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) - - GetPubElValSet().Write(fp1); - - fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); +int gdcmFile::WriteDcmImplVR (string nomFichier) { + return WriteBase(nomFichier, ImplicitVR); +} - fclose (fp1); - return(1); +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * + * @param nomFichier TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ + +int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* nomFichier) { + return WriteDcmImplVR (string (nomFichier)); } - ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile - * \ TODO * - * @param + * @param nomFichier TODO JPR * - * @return + * @return TODO JPR */ int gdcmFile::WriteDcmExplVR (string nomFichier) { - -// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) - - FILE * fp1; - char* filePreamble; - fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); - if (fp1 == NULL) { - printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); - return (0); - } - - // Ecriture Dicom File Preamble - filePreamble=(char*)calloc(128,1); - fwrite(filePreamble,128,1,fp1); - fwrite("DICM",4,1,fp1); - - // un accesseur de + est obligatoire ??? - // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader - // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) - - GetPubElValSet().WriteExplVR(fp1); - - fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); - - fclose (fp1); - return(1); + return WriteBase(nomFichier, ExplicitVR); } ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile - * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA + * \brief Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels * (a l'attention des logiciels cliniques * qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... - * si un header DICOM est fourni en entree, + * \warning si un header DICOM est fourni en entree, * les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) - * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel * (Equivalent a IdDcmWrite) * @@ -456,24 +553,37 @@ int gdcmFile::WriteDcmExplVR (string nomFichier) { */ int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) { + return WriteBase(nomFichier, ACR); +} -// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) - - FILE * fp1; - fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); - if (fp1 == NULL) { - printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); - return (0); - } - - // un accesseur de + est obligatoire ??? - // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader - // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) - - GetPubElValSet().WriteAcr(fp1); - - fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); - - fclose (fp1); - return(1); +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * + * @param FileName TODO JPR + * @param type TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ +int gdcmFile::WriteBase (string FileName, FileType type) { + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str()); + return (0); + } + + if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) { + char * filePreamble; + // Ecriture Dicom File Preamble + filePreamble=(char*)calloc(128,1); + fwrite(filePreamble,128,1,fp1); + fwrite("DICM",4,1,fp1); + } + + gdcmHeader::Write(fp1, type); + fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); }