X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=a586dc7dc935aa1bd34481b27ff84984c052cde7;hb=bb267016446eab423df841903f11dff35e4898f8;hp=11f9b015aebae994137936a80914bb1a0b00d583;hpb=d0e0404925f8a3dc6f771ed598c75f9dea95912d;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index 11f9b015..a586dc7d 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -1,8 +1,6 @@ // gdcmFile.cxx -#include "gdcm.h" - -#define DEBUG 1 +#include "gdcmFile.h" static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); @@ -10,28 +8,28 @@ static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); /** * \ingroup gdcmFile * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant - * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) - * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks - * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure. - * \Note: the in-memory representation of all available tags found in - * \the DICOM header is post-poned to first header information access. - * \This avoid a double parsing of public part of the header when - * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be - * \seen as a side effect). + * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) + * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks + * for DICOM compliance. Returns NULL on failure. + * \Note the in-memory representation of all available tags found in + * the DICOM header is post-poned to first header information access. + * This avoid a double parsing of public part of the header when + * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be + * seen as a side effect). * - * @param + * @param filename file to be opened for parsing * * @return */ -gdcmFile::gdcmFile(string & filename) - :gdcmHeader(filename.c_str()) +gdcmFile::gdcmFile(string & filename) + :gdcmHeader(filename.c_str()) { - if (DEBUG) printf("On a echappe a gdcmHeader !\n"); } ///////////////////////////////////////////////////////////////// +// FIXME JPR: comments in English please ! /** * \ingroup gdcmFile * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image @@ -52,10 +50,6 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { // Nombre de Colonnes nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); -printf("nbCol %d\n",nbCol); -printf("nbLig %d\n",nbLignes); - - // Nombre de Frames str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); @@ -64,7 +58,6 @@ printf("nbLig %d\n",nbLignes); } else { nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); } -printf("nbFrames %d\n",nbFrames); // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); @@ -75,8 +68,6 @@ printf("nbFrames %d\n",nbFrames); nb = atoi(str_nb.c_str() ); } -printf("nb %d\n",nb); - size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); return (lgrTotale); @@ -93,40 +84,25 @@ printf("nb %d\n",nb); * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus */ +/* void * gdcmFile::GetImageData (void) { char* _Pixels; - int nbLignes, nbCol; - int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe; + int nb, nbu, highBit, signe; string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; unsigned short int mask = 0xffff; - - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); - - // Nombre de Frames - str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } - - // Nombre de Bits Alloues - str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); } - + // Nombre de Bits Utilises str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); @@ -155,7 +131,7 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { } // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t _lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); + size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale); _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale); @@ -183,10 +159,7 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask; deb ++; } - } - - printf ("on est sorti\n"); - + } // On l'affecte à un champ du dcmFile Pixels = _Pixels; @@ -198,6 +171,37 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { return (_Pixels); } +*/ + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE + * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image + * + * @param rien + * + * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus + */ + +void * gdcmFile::GetImageData (void) { + char * _Pixels; + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker? + _Pixels = (char *) malloc(taille); + GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille); + + // On l'affecte à un champ du dcmFile + Pixels = _Pixels; + lgrTotale = taille; + + // et on le retourne + // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça + + return(_Pixels); +} + + ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** @@ -211,33 +215,33 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { * @return */ -int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { +int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { + +// Question : +// dans quel cas la Maxize sert-elle a quelque chose? +// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize? +// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize? + void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData - int nbLignes, nbCol; - int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe; + int nb, nbu, highBit, signe; string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; unsigned short int mask = 0xffff; - - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); - - // Nombre de Frames - str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker? - // Nombre de Bits Alloues - str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb + // -> on résoud à la goret + + if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale; + + GetPixels(MaxSize, destination); + + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; @@ -271,22 +275,12 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { } else { signe = atoi(str_signe.c_str() ); } - - // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); - - // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb . A VOIR - - lgrTotale = MaxSize; // pour garder le code identique avec GetImageData - //Pixels = (char *) malloc(lgrTotale); // pour garder le code identique avec GetImageData - - GetPixels(lgrTotale, Pixels); // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est if (nb != 8) { int _sw = GetSwapCode(); - _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb); + _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb); } // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est @@ -297,22 +291,20 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { // --> ne marchera pas dans ce cas if (nbu!=nb){ mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)lgrTotale/(nb/8); + int l=(int)MaxSize/(nb/8); unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; deb ++; } } - - printf ("on est sorti\n"); - + // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader - //return (Pixels); // pour garder le code identique avec GetImageData return 1; } + // // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs // @@ -388,16 +380,13 @@ if( nb == 32 ) return; } - - - ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement - * \ Equivalent a IdImaWriteRawFile) + * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile) * * @param * @@ -425,8 +414,8 @@ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { * \ingroup gdcmFile * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. - * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement - * \ Equivalent a IdDcmWrite) + * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * \ (Equivalent a IdDcmWrite) * * @param * @@ -435,7 +424,6 @@ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { - // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) FILE * fp1; @@ -447,17 +435,58 @@ int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { } // Ecriture Dicom File Preamble - //filePreamble=(char*)g_malloc0(128); // voir pourquoi ca ne passe pas a la compile filePreamble=(char*)calloc(128,1); fwrite(filePreamble,128,1,fp1); fwrite("DICM",4,1,fp1); - if(DEBUG) printf("Ecriture File Preamble\n"); // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + GetPubElVals().Write(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); fclose (fp1); return(1); } +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA + * \ (a l'attention des logiciels cliniques + * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... + * \ si un header DICOM est fourni en entree, + * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) + * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * \ (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElVals().WriteAcr(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); +}