X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=c103e111bfe3711ef8e087351dd9e4e4507d0e1d;hb=4a0c2407ec81e041c2e43781acec4c78c83fc487;hp=cb69387531a50ab4b7529af62f59cc5c4ecbdb94;hpb=51b61705e90b352de08519835fa1c63b81bca616;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index cb693875..c103e111 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -1,7 +1,431 @@ -#include "gdcm.h" +// gdcmFile.cxx -gdcmFile::gdcmFile(string & filename) - :gdcmHeader(filename.c_str()) +#include "gdcmFile.h" +#include "gdcmUtil.h" +#include "iddcmjpeg.h" + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant + * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) + * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks + * for DICOM compliance. Returns NULL on failure. + * \Note the in-memory representation of all available tags found in + * the DICOM header is post-poned to first header information access. + * This avoid a double parsing of public part of the header when + * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be + * seen as a side effect). + * + * @param filename file to be opened for parsing + * + * @return + */ + +gdcmFile::gdcmFile(string & filename) + :gdcmHeader(filename.c_str()) +{ + SetPixelDataSizeFromHeader(); +} + +gdcmFile::gdcmFile(const char * filename) + :gdcmHeader(filename) { + SetPixelDataSizeFromHeader(); +} + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les + * pixels de l'image + * ou DES images dans le cas d'un multiframe + * ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels + * (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens). + * + * @return longueur a allouer + */ + +void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) { + int nb; + string str_nb; + + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { + nb = 16; + } else { + nb = atoi(str_nb.c_str() ); + if (nb == 12) nb =16; + } + lgrTotale = GetXSize() * GetYSize() * GetZSize() * (nb/8); +} + +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Accessor + */ +size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { + return (lgrTotale); +} + + +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the + * caller specified memory location. + * @param destination Where the pixel data should be stored. + * + */ +bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) { + if ( !OpenFile()) + return false; + if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) { + CloseFile(); + return false; + } + if (IsJPEGLossless()) { + destination = _IdDcmJpegRead(fp); + } else { + size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp); + if ( ItemRead != 1 ) { + CloseFile(); + return false; + } + } + CloseFile(); + return true; +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Allocates necessary memory, copies the pixel data + * (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone and return a + * pointer to it: + */ +void * gdcmFile::GetImageData (void) { + PixelData = (void *) malloc(lgrTotale); + GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale); + return(PixelData); +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur + * les Pixels d'une image + * + * @param destination + * @param MaxSize + * + * @return The number of bytes actually copied. + */ + +size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { + + int nb, nbu, highBit, signe; + string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; + + if ( lgrTotale > MaxSize ) { + dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger" + "than caller's expected MaxSize"); + return (size_t)0; + } + + (void)ReadPixelData(destination); + + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { + nb = 16; + } else { + nb = atoi(str_nb.c_str() ); + } + + // Nombre de Bits Utilises + str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); + if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { + nbu = nb; + } else { + nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); + } + + // Position du Bit de Poids Fort + str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); + if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { + highBit = nb - 1; + } else { + highBit = atoi(str_highBit.c_str() ); + } + + // Signe des Pixels + str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); + if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { + signe = 1; + } else { + signe = atoi(str_signe.c_str() ); + } + + // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est + if (nb != 8) + SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb); + + // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est + if (nbu != nb){ + int l = (int)lgrTotale / (nb/8); + if (nb == 16) { + guint16 mask = 0xffff; + mask = mask >> (nb-nbu); + guint16 *deb = (guint16 *)destination; + for(int i = 0; i> (nbu-highBit-1)) & mask; + deb ++; + } + } else if (nb == 32 ) { + guint32 mask = 0xffffffff; + mask = mask >> (nb-nbu); + guint32 *deb = (guint32 *)destination; + for(int i = 0; i> (nbu-highBit-1)) & mask; + deb ++; + } + } else { + dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image"); + return (size_t)0; + } + } + return lgrTotale; +} + + +// +// Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs +// + +void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) { +guint32 s32; +guint16 fort,faible; +int i; + +if(nb == 16) + + switch(swap) { + case 0: + case 12: + case 1234: + break; + + case 21: + case 3412: + case 2143: + case 4321: + + for(i=0;i>8) + | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8); + break; + + default: + printf("valeur de SWAP (16 bits) non autorisee : %d\n", swap); + } + +if( nb == 32 ) + + switch (swap) { + case 0: + case 1234: + break; + + case 4321: + for(i=0;i>16; + fort= (fort>>8) | (fort<<8); + faible=(faible>>8) | (faible<<8); + s32=faible; + ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort; + } + break; + + case 2143: + for(i=0;i>16; + fort= (fort>>8) | (fort<<8); + faible=(faible>>8) | (faible<<8); + s32=fort; + ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible; + } + break; + + case 3412: + for(i=0;i>16; + s32=faible; + ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort; + } + break; + + default: + printf("valeur de SWAP (32 bits) non autorisee : %d\n", swap); + } +return; +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief TODO JPR + * \warning doit-etre etre publique ? FIXME JPR + * + * @param Data TODO JPR + * @param ExpectedSize TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ +int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) { + SetImageDataSize(ExpectedSize); + PixelData = inData; + lgrTotale = ExpectedSize; + return(1); +} + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief TODO JPR + * \ + * \warning WARNING doit-etre etre publique ? FIXME JPR + * + * @param ImageDataSize TODO JPR + * + */ + +void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) { + + string content1; + string content2; + char car[20]; + + // suppose que le ElValue (0x7fe0, 0x0010) existe ... + + sprintf(car,"%d",ImageDataSize); + content2=car; + SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010); + + ImageDataSize+=8; + sprintf(car,"%d",ImageDataSize); + content1=car; + SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000); +} + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image + * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement + * (Equivalent a IdImaWriteRawFile) FIXME JPR + * + * @param nomFichier TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ + +int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); +} + + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom + * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * (Equivalent a IdDcmWrite) FIXME JPR + * + * @param nomFichier TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ + +int gdcmFile::WriteDcmImplVR (string nomFichier) { + return WriteBase(nomFichier, ImplicitVR); +} + +int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* nomFichier) { + return WriteDcmImplVR (string (nomFichier)); +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * + * @param nomFichier TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ + +int gdcmFile::WriteDcmExplVR (string nomFichier) { + return WriteBase(nomFichier, ExplicitVR); +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels + * (a l'attention des logiciels cliniques + * qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... + * \warning si un header DICOM est fourni en entree, + * les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) + * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param nomFichier TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ + +int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) { + return WriteBase(nomFichier, ACR); +} + +int gdcmFile::WriteBase (string nomFichier, FileType type) { + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) { + char * filePreamble; + // Ecriture Dicom File Preamble + filePreamble=(char*)calloc(128,1); + fwrite(filePreamble,128,1,fp1); + fwrite("DICM",4,1,fp1); + } + + gdcmHeader::Write(fp1, type); + fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); }