X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=e0e2c66e3540fc3e10721e6db79064d4c74302a1;hb=ea7d6b73b6e3707747332e25bcc3f4ad4cd76c9c;hp=4791ca7f5c724da2cb6e17fc6976c69a78e2ba9a;hpb=deba96a5f8b1fb7ce4fd411cd3f13872f5437813;p=gdcm.git

diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx
index 4791ca7f..e0e2c66e 100644
--- a/src/gdcmFile.cxx
+++ b/src/gdcmFile.cxx
@@ -1,8 +1,6 @@
 // gdcmFile.cxx
 
-#include "gdcm.h"
-
-#define DEBUG 1
+#include "gdcmFile.h"
 
 static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
 
@@ -10,28 +8,28 @@ static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
 /**
  * \ingroup   gdcmFile
  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
- * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
- * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
- * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
- * \Note: the in-memory representation of all available tags found in
- * \the DICOM header is post-poned to first header information access.
- * \This avoid a double parsing of public part of the header when
- * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
- * \seen as a side effect).   
+ *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
+ *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
+ *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
+ * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
+ *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
+ *        This avoid a double parsing of public part of the header when
+ *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
+ *        seen as a side effect).   
  *
- * @param 
+ * @param filename file to be opened for parsing
  *
  * @return	
  */
  
-gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
-	:gdcmHeader(filename.c_str())
+gdcmFile::gdcmFile(string & filename) 
+	:gdcmHeader(filename.c_str())	
 {
-	if (DEBUG) printf("On a echappe a gdcmHeader !\n");
 }
 
 
 /////////////////////////////////////////////////////////////////
+// FIXME JPR: comments in English please !
 /**
  * \ingroup   gdcmFile
  * \brief     Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image
@@ -55,7 +53,7 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 	// Nombre de Frames	
 	str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
 	
-	if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) {
+	if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) {
 		nbFrames = 1;
 	} else {
 		nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
@@ -64,7 +62,7 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 	// Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel	
 	str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 
-	if (str_nb == "UNFOUND" ) {
+	if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
 		nb = 16;
 	} else {
 		nb = atoi(str_nb.c_str() );
@@ -72,123 +70,39 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 
 	size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
 	return (lgrTotale);
-
 }
 
+
+
 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 /**
  * \ingroup   gdcmFile
- * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
- * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
+ * \brief TODO
+ * \warning WARNING
  *
- * @param rien
+ * @param 
  *
- * @return	Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
+ * @return
  */
 
 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
-	
-	char* _Pixels;
-	int nbLignes, nbCol;
-
-	int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe;
-	string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
-	
-	unsigned short int mask = 0xffff;
-		
-	// Nombre de Lignes	
-	nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
-	// Nombre de Colonnes	
-	nbCol   =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
-
-	// Nombre de Frames	
-	str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
-
-	
-	if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) {
-		nbFrames = 1;
-	} else {
-		nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
-	}
-	
-	// Nombre de Bits Alloues	
-	str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
-
-	if (str_nb == "UNFOUND" ) {
-		nb = 16;
-	} else {
-		nb = atoi(str_nb.c_str() );
-	}
-	
-	// Nombre de Bits Utilises	
-	str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
-
-	if (str_nbu == "UNFOUND" ) {
-		nbu = nb;
-	} else {
-		nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
-	}	
-	
-	// Position du Bit de Poids Fort	
-	str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
-
-	if (str_highBit == "UNFOUND" ) {
-		highBit = nb - 1;
-	} else {
-		highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
-	}
-		
-	// Signe des Pixels 0 : Unsigned
-	str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
-
-	if (str_signe == "UNFOUND" ) {
-		signe = 1;
-	} else {
-		signe = atoi(str_signe.c_str() );
-	}
-	
+	char * _Pixels;
 	// Longueur en Octets des Pixels a lire
-	size_t _lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
-	
-	//Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale);
-	_Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale);
-	
-	GetPixels(lgrTotale, _Pixels);
-
-	// On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
-	if (nb != 8) {
-		int _sw = GetSwapCode();
-
-		_Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb);
-	}
-	
-	// On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
-	//
-	// ATTENTION :  Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits 
-	//			avec moins de 32 bits utilises
-	//			et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
-	// 			--> ne marchera pas dans ce cas 
-	if (nbu!=nb){
-		mask = mask >> (nb-nbu);
-		int l=(int)_lgrTotale/(nb/8);
-		unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels;
-		for(int i=0;i<l;i++) {
-				*deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
-				deb ++;
-		}
-	}
-		
-	printf ("on est sorti\n");
+	size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker?
+	_Pixels = (char *) malloc(taille);
+	GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille);
 	
-	// On l'affecte à un champ du dcmFile
+		// On l'affecte à un champ du dcmFile	
+	Pixels =    _Pixels;
+	lgrTotale = taille;
 	
-	Pixels = _Pixels;
-	lgrTotale = _lgrTotale;
+	// ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
 	
-	return (_Pixels);		
+	return(_Pixels);
 }
 
 
+
 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 /**
  * \ingroup   gdcmFile
@@ -201,35 +115,35 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) {
  * @return	
  */
 
-int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) {
+int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
+
+// Question :
+//	dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose?
+// 	que fait-on si la taille de l'image est + gde    que Maxize?
+// 	que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize?
+
 	
 	void * Pixels = destination;  // pour garder le code identique avec GetImageData
-	int nbLignes, nbCol;
 
-	int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe;
+	int nb, nbu, highBit, signe;
 	string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 	
 	unsigned short int mask = 0xffff;
-		
-	// Nombre de Lignes	
-	nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
-	// Nombre de Colonnes	
-	nbCol   =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
-
-	// Nombre de Frames	
-	str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
-
 	
-	if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) {
-		nbFrames = 1;
-	} else {
-		nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
-	}
+	// Longueur en Octets des Pixels a lire
+	size_t _lgrTotale = GetImageDataSize();	// ne faudrait-il pas la stocker?
+	
+	// si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb 
+	// -> on résoud à la goret
 	
-	// Nombre de Bits Alloues	
-	str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
+	if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale;
+	
+	GetPixels(MaxSize, destination);
+			
+	// Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel	
+	str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 
-	if (str_nb == "UNFOUND" ) {
+	if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
 		nb = 16;
 	} else {
 		nb = atoi(str_nb.c_str() );
@@ -238,7 +152,7 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) {
 	// Nombre de Bits Utilises	
 	str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 
-	if (str_nbu == "UNFOUND" ) {
+	if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
 		nbu = nb;
 	} else {
 		nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
@@ -247,7 +161,7 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) {
 	// Position du Bit de Poids Fort	
 	str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 
-	if (str_highBit == "UNFOUND" ) {
+	if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
 		highBit = nb - 1;
 	} else {
 		highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
@@ -256,27 +170,17 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) {
 	// Signe des Pixels 
 	str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 
-	if (str_signe == "UNFOUND" ) {
+	if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
 		signe = 1;
 	} else {
 		signe = atoi(str_signe.c_str() );
 	}
-	
-	// Longueur en Octets des Pixels a lire
-	size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
-	
-	// si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb . A VOIR
-	
-	lgrTotale = MaxSize;					// pour garder le code identique avec GetImageData
-	//Pixels = (char *) malloc(lgrTotale);	// pour garder le code identique avec GetImageData
-	
-	GetPixels(lgrTotale, Pixels);
 
 	// On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
 	if (nb != 8) {
 		int _sw = GetSwapCode();
 
-		_Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb);
+		_Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb);
 	}
 	
 	// On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
@@ -287,22 +191,20 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) {
 	// 			--> ne marchera pas dans ce cas 
 	if (nbu!=nb){
 		mask = mask >> (nb-nbu);
-		int l=(int)lgrTotale/(nb/8);
+		int l=(int)MaxSize/(nb/8);
 		unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels;
 		for(int i=0;i<l;i++) {
 				*deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 				deb ++;
 		}
 	}
-		
-	printf ("on est sorti\n");
-	
+			
 	// VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader
 	
-	//return (Pixels);				// pour garder le code identique avec GetImageData	
 	return 1; 
 }
 
+
 //
 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
 //
@@ -378,7 +280,55 @@ if( nb == 32 )
 return;
 }
 
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup   gdcmFile
+ * \brief TODO
+ * \warning WARNING doit-etre etre publique ? 
+ *
+ * @param 
+ *
+ * @return	
+ */
+
+int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) {
+	
+	SetImageDataSize(ExpectedSize);
+	
+	Pixels =    Data;
+	lgrTotale = ExpectedSize;
+	
+	return(1);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup   gdcmFile
+ * \brief TODO
+ * \
+ * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
+ *
+ * @param 
+ *
+ * @return
+ */
 
+void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
+
+ 	string content1;
+ 	string content2;
+ 	char car[20];
+ 	
+ 	sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
+ 	content2=car;
+ 	SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010);
+ 	
+ 	ImageDataSize+=8;
+ 	sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
+ 	content1=car;	
+ 	SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
+}
 
 
 /////////////////////////////////////////////////////////////////
@@ -386,8 +336,8 @@ return;
  * \ingroup   gdcmFile
  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
  * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
- * \ C'est à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
- * \(Equivalent a IdImaWriteRawFile) 
+ * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
+ * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile) 
  *
  * @param 
  *
@@ -405,6 +355,89 @@ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) {
 	
 	fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1);
 	fclose (fp1);
+	return(1);
 }
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup   gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
+ * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * \ (Equivalent a IdDcmWrite) 
+ *
+ * @param 
+ *
+ * @return	
+ */
+
+int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+
+	FILE * fp1;
+	char* filePreamble;
+	fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+	if (fp1 == NULL) {
+		printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+		return (0);
+	} 
+	
+	//	Ecriture Dicom File Preamble
+	filePreamble=(char*)calloc(128,1);
+	fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
+	fwrite("DICM",4,1,fp1);
+
+	// un accesseur de + est obligatoire ???
+	// pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader 
+	// ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
 	
+	GetPubElVals().Write(fp1);
+		
+	fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
 
+	fclose (fp1);
+	return(1);
+}
+	
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup   gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA 
+ * \ (a l'attention des logiciels cliniques 
+ * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
+ * \ si un header DICOM est fourni en entree,
+ * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
+ * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * \ (Equivalent a IdDcmWrite) 
+ *
+ * @param 
+ *
+ * @return	
+ */
+
+int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+
+	FILE * fp1;
+	fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+	if (fp1 == NULL) {
+		printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+		return (0);
+	} 
+
+	// un accesseur de + est obligatoire ???
+	// pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader 
+	// ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
+	
+	GetPubElVals().WriteAcr(fp1);
+		
+	fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
+
+	fclose (fp1);
+	return(1);
+}