X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=e0e2c66e3540fc3e10721e6db79064d4c74302a1;hb=ea7d6b73b6e3707747332e25bcc3f4ad4cd76c9c;hp=8337ce87c5fbdd37f832d838eeca44885de13690;hpb=81ed6935092ed908ca5c1af450f04c84baacf568;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index 8337ce87..e0e2c66e 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -1,6 +1,6 @@ // gdcmFile.cxx -#include "gdcm.h" +#include "gdcmFile.h" static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); @@ -8,16 +8,16 @@ static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); /** * \ingroup gdcmFile * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant - * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) - * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks - * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure. - * \Note: the in-memory representation of all available tags found in - * \the DICOM header is post-poned to first header information access. - * \This avoid a double parsing of public part of the header when - * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be - * \seen as a side effect). + * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) + * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks + * for DICOM compliance. Returns NULL on failure. + * \Note the in-memory representation of all available tags found in + * the DICOM header is post-poned to first header information access. + * This avoid a double parsing of public part of the header when + * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be + * seen as a side effect). * - * @param + * @param filename file to be opened for parsing * * @return */ @@ -29,6 +29,7 @@ gdcmFile::gdcmFile(string & filename) ///////////////////////////////////////////////////////////////// +// FIXME JPR: comments in English please ! /** * \ingroup gdcmFile * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image @@ -69,107 +70,39 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); return (lgrTotale); - } + + ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile - * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE - * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image + * \brief TODO + * \warning WARNING * - * @param rien + * @param * - * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus + * @return */ void * gdcmFile::GetImageData (void) { - - char* _Pixels; - - int nb, nbu, highBit, signe; - string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; - - unsigned short int mask = 0xffff; - - // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel - str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - - if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { - nb = 16; - } else { - nb = atoi(str_nb.c_str() ); - } - - // Nombre de Bits Utilises - str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); - - if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { - nbu = nb; - } else { - nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); - } - - // Position du Bit de Poids Fort - str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); - - if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { - highBit = nb - 1; - } else { - highBit = atoi(str_highBit.c_str() ); - } - - // Signe des Pixels 0 : Unsigned - str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); - - if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { - signe = 1; - } else { - signe = atoi(str_signe.c_str() ); - } - + char * _Pixels; // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); + size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker? + _Pixels = (char *) malloc(taille); + GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille); - //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale); - _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale); + // On l'affecte à un champ du dcmFile + Pixels = _Pixels; + lgrTotale = taille; - GetPixels(lgrTotale, _Pixels); - - // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est - if (nb != 8) { - int _sw = GetSwapCode(); - - _Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb); - } - - // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est - // - // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits - // avec moins de 32 bits utilises - // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ... - // --> ne marchera pas dans ce cas - if (nbu!=nb){ - mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)_lgrTotale/(nb/8); - unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels; - for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; - deb ++; - } - } - // On l'affecte à un champ du dcmFile - - Pixels = _Pixels; - lgrTotale = _lgrTotale; - - // et on le retourne // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça - return (_Pixels); + return(_Pixels); } + ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile @@ -182,10 +115,10 @@ void * gdcmFile::GetImageData (void) { * @return */ -int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { +int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { // Question : -// dans quel cas la Maxize sert-elle a quelque chose? +// dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose? // que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize? // que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize? @@ -200,14 +133,13 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { // Longueur en Octets des Pixels a lire size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker? - // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb . A VOIR + // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb + // -> on résoud à la goret - lgrTotale = MaxSize; // pour garder le code identique avec GetImageData - //Pixels = (char *) malloc(lgrTotale); // pour garder le code identique avec GetImageData + if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale; - GetPixels(lgrTotale, Pixels); - - + GetPixels(MaxSize, destination); + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); @@ -244,12 +176,11 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { signe = atoi(str_signe.c_str() ); } - // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est if (nb != 8) { int _sw = GetSwapCode(); - _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb); + _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb); } // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est @@ -260,7 +191,7 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { // --> ne marchera pas dans ce cas if (nbu!=nb){ mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)lgrTotale/(nb/8); + int l=(int)MaxSize/(nb/8); unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; @@ -270,10 +201,10 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader - //return (Pixels); // pour garder le code identique avec GetImageData return 1; } + // // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs // @@ -349,13 +280,64 @@ if( nb == 32 ) return; } +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief TODO + * \warning WARNING doit-etre etre publique ? + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) { + + SetImageDataSize(ExpectedSize); + + Pixels = Data; + lgrTotale = ExpectedSize; + + return(1); +} + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief TODO + * \ + * \warning WARNING doit-etre etre publique ? + * + * @param + * + * @return + */ + +void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) { + + string content1; + string content2; + char car[20]; + + sprintf(car,"%d",ImageDataSize); + content2=car; + SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010); + + ImageDataSize+=8; + sprintf(car,"%d",ImageDataSize); + content1=car; + SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000); +} + + ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement - * \ Equivalent a IdImaWriteRawFile) + * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile) * * @param * @@ -383,7 +365,7 @@ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { * \ingroup gdcmFile * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. - * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement. + * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel * \ (Equivalent a IdDcmWrite) * * @param @@ -393,7 +375,6 @@ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { - // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) FILE * fp1; @@ -410,7 +391,7 @@ int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { fwrite("DICM",4,1,fp1); // un accesseur de + est obligatoire ??? - // pourtant le ElValSet contenu dans le gdcmHeader + // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) GetPubElVals().Write(fp1); @@ -421,4 +402,42 @@ int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { return(1); } +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA + * \ (a l'attention des logiciels cliniques + * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... + * \ si un header DICOM est fourni en entree, + * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) + * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * \ (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElVals().WriteAcr(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); +}