]> Creatis software - gdcm.git/commitdiff
Stage 2 of names normalization
authorjpr <jpr>
Fri, 21 Jan 2005 12:37:15 +0000 (12:37 +0000)
committerjpr <jpr>
Fri, 21 Jan 2005 12:37:15 +0000 (12:37 +0000)
Forgot to cvs add gdcmFile.* :-(

src/gdcmFile.cxx [new file with mode: 0644]
src/gdcmFile.h [new file with mode: 0644]

diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx
new file mode 100644 (file)
index 0000000..4adfcd3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1398 @@
+/*=========================================================================
+                                                                                
+  Program:   gdcm
+  Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
+  Language:  C++
+  Date:      $Date: 2005/01/21 12:37:15 $
+  Version:   $Revision: 1.196 $
+                                                                                
+  Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
+  l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
+  http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
+                                                                                
+     This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
+     the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
+     PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
+                                                                                
+=========================================================================*/
+
+#include "gdcmFile.h"
+#include "gdcmGlobal.h"
+#include "gdcmUtil.h"
+#include "gdcmDebug.h"
+#include "gdcmTS.h"
+#include "gdcmValEntry.h"
+#include "gdcmBinEntry.h"
+#include <stdio.h> //sscanf
+
+#include <vector>
+
+namespace gdcm 
+{
+//-----------------------------------------------------------------------------
+// Constructor / Destructor
+/**
+ * \brief  Constructor 
+ * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
+ */
+File::File( std::string const &filename ):
+            Document( filename )
+{    
+   // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
+   // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
+   // (Image Location") . This entry contains the number of
+   // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
+   // is found by indirection through the "Image Location").
+   // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
+   // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
+   // When the "Image Location" is Missing we default to group 0x7fe0.
+   // Note: this IS the right place for the code
+   // Image Location
+   const std::string &imgLocation = GetEntry(0x0028, 0x0200);
+   if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      // default value
+      GrPixel = 0x7fe0;
+   }
+   else
+   {
+      GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
+   }   
+
+   // sometimes Image Location value doesn't follow 
+   // the supposed processor endianness. 
+   // see gdcmData/cr172241.dcm      
+   if ( GrPixel == 0xe07f )
+   {
+      GrPixel = 0x7fe0;
+   }
+
+   if ( GrPixel != 0x7fe0 )
+   {
+      // This is a kludge for old dirty Philips imager.
+      NumPixel = 0x1010;
+   }
+   else
+   {
+      NumPixel = 0x0010;
+   }
+
+   // Now, we know GrPixel and NumPixel.
+   // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
+   // and force VR to match with BitsAllocated.
+   DocEntry *entry = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel); 
+   if ( entry != 0 )
+   {
+
+      std::string PixelVR;
+      // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
+      // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
+      if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 ) 
+         PixelVR = "OB";
+      else
+         PixelVR = "OW";
+
+      DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
+                             GrPixel, NumPixel,
+                             PixelVR, "PXL", "Pixel Data");
+      entry->SetDictEntry( newEntry );
+   }
+}
+
+/**
+ * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
+ */
+File::File()
+           :Document()
+{
+   InitializeDefaultFile();
+}
+
+/**
+ * \brief   Canonical destructor.
+ */
+File::~File ()
+{
+}
+
+/**
+ * \brief Performs some consistency checking on various 'File related' 
+ *       (as opposed to 'DicomDir related') entries 
+ *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels 
+ * @param fileName file name to write to
+ * @param filetype Type of the File to be written 
+ *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
+ */
+bool File::Write(std::string fileName, FileType filetype)
+{
+   std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(), 
+                                         std::ios::out | std::ios::binary);
+   if (*fp == NULL)
+   {
+      gdcmVerboseMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
+      return false;
+   }
+
+   // Bits Allocated
+   if ( GetEntry(0x0028,0x0100) ==  "12")
+   {
+      SetEntry("16", 0x0028,0x0100);
+   }
+
+  /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
+
+   int i_lgPix = GetEntryLength(GrPixel, NumPixel);
+   if (i_lgPix != -2)
+   {
+      // no (GrPixel, NumPixel) element
+      std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
+      s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
+      ReplaceOrCreate(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
+   }
+
+   // FIXME : should be nice if we could move it to File
+   //         (or in future gdcmPixelData class)
+
+   // Drop Palette Color, if necessary
+   
+   if ( GetEntry(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
+   {
+      // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !   
+      // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
+      // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
+
+      DocEntry *e = GetDocEntry(0x0028,0x01101);
+      if (e)
+      {
+         RemoveEntryNoDestroy(e);
+      }
+      e = GetDocEntry(0x0028,0x1102);
+      if (e)
+      {
+         RemoveEntryNoDestroy(e);
+      }
+      e = GetDocEntry(0x0028,0x1103);
+      if (e)
+      {
+         RemoveEntryNoDestroy(e);
+      }
+      e = GetDocEntry(0x0028,0x01201);
+      if (e)
+      {
+         RemoveEntryNoDestroy(e);
+      }
+      e = GetDocEntry(0x0028,0x1202);
+      if (e)
+      {
+         RemoveEntryNoDestroy(e);
+      }
+      e = GetDocEntry(0x0028,0x1203);
+      if (e)
+      {
+          RemoveEntryNoDestroy(e);
+      }
+   }
+
+/*
+#ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
+   // Super Super hack that will make gdcm a BOMB ! but should
+   // Fix temporarily the dashboard
+   BinEntry *b = GetBinEntry(GrPixel,NumPixel);
+   if ( GetPixelSize() ==  16 )
+   {
+      uint16_t *im16 = (uint16_t*)b->GetBinArea();
+      int lgr = b->GetLength();
+      for( int i = 0; i < lgr / 2; i++ )
+      {
+         im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
+      }
+   }
+#endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
+*/
+
+   Document::WriteContent(fp,filetype);
+
+/*
+#ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
+   // Flip back the pixel ... I told you this is a hack
+   if ( GetPixelSize() ==  16 )
+   {
+      uint16_t *im16 = (uint16_t*)b->GetBinArea();
+      int lgr = b->GetLength();
+      for( int i = 0; i < lgr / 2; i++ )
+      {
+         im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
+      }
+   }
+#endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
+*/
+
+   fp->close();
+   delete fp;
+
+   return true;
+}
+
+//-----------------------------------------------------------------------------
+// Print
+
+
+//-----------------------------------------------------------------------------
+// Public
+
+/**
+ * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
+ *         decides whether or not the current File was properly parsed
+ *         and contains the mandatory information for being considered as
+ *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
+ * @return true when File is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
+ *         false otherwise. 
+ */
+bool File::IsReadable()
+{
+   if( !Document::IsReadable() )
+   {
+      return false;
+   }
+
+   const std::string &res = GetEntry(0x0028, 0x0005);
+   if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
+   {
+      return false; // Image Dimensions
+   }
+   if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0100) )
+   {
+      return false; // "Bits Allocated"
+   }
+   if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0101) )
+   {
+      return false; // "Bits Stored"
+   }
+   if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0102) )
+   {
+      return false; // "High Bit"
+   }
+   if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0103) )
+   {
+      return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
+   }
+
+   return true;
+}
+
+/**
+ * \brief   Retrieve the number of columns of image.
+ * @return  The encountered size when found, 0 by default.
+ *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
+ */
+int File::GetXSize()
+{
+   const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0011);
+   if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      return 0;
+   }
+
+   return atoi( strSize.c_str() );
+}
+
+/**
+ * \brief   Retrieve the number of lines of image.
+ * \warning The defaulted value is 1 as opposed to File::GetXSize()
+ * @return  The encountered size when found, 1 by default 
+ *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
+ */
+int File::GetYSize()
+{
+   const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0010);
+   if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      return atoi( strSize.c_str() );
+   }
+   if ( IsDicomV3() )
+   {
+      return 0;
+   }
+
+   // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
+   // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
+   return 1;
+}
+
+/**
+ * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
+ *          of frames of a multiframe.
+ * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
+ *          dimension. When Missing we consider the third dimension as
+ *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
+ * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
+ */
+int File::GetZSize()
+{
+   // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
+   // as the third dimension.
+   const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0008);
+   if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      return atoi( strSize.c_str() );
+   }
+
+   // We then consider the "Planes" entry as the third dimension 
+   const std::string &strSize2 = GetEntry(0x0028,0x0012);
+   if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      return atoi( strSize2.c_str() );
+   }
+
+   return 1;
+}
+
+/**
+  * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
+  *             else 1.0
+  * @return X dimension of a pixel
+  */
+float File::GetXSpacing()
+{
+   float xspacing, yspacing;
+   const std::string &strSpacing = GetEntry(0x0028,0x0030);
+
+   if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
+      return 1.;
+   }
+
+   int nbValues;
+   if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), 
+         "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
+   {
+      // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
+      if ( nbValues == 1 )
+      {
+         xspacing = yspacing;
+      }
+
+      if ( xspacing == 0.0 )
+         xspacing = 1.0;
+
+      return xspacing;
+
+   }
+
+   // to avoid troubles with David Clunie's-like images
+   if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
+      return 1.;
+
+   if ( xspacing == 0.)
+   {
+      gdcmVerboseMacro("gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
+      // seems to be a bug in the header ...
+      nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
+      gdcmAssertMacro( nbValues == 2 );
+   }
+
+   return xspacing;
+}
+
+/**
+  * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
+  *             else 1.0
+  * @return Y dimension of a pixel
+  */
+float File::GetYSpacing()
+{
+   float yspacing = 1.;
+   std::string strSpacing = GetEntry(0x0028,0x0030);
+  
+   if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro("Unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
+      return 1.;
+    }
+
+   // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
+   sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
+
+   if ( yspacing == 0.0 )
+      yspacing = 1.0;
+
+   return yspacing;
+} 
+
+/**
+ * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
+ *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
+ *                 else 1.0
+ * @return Z dimension of a voxel-to be
+ */
+float File::GetZSpacing()
+{
+   // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
+   // Les coupes peuvent etre :
+   //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
+   //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
+   //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
+   // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
+   //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
+   //   Si le Spacing Between Slices est Missing, 
+   //   on suppose que les coupes sont jointives
+   
+   const std::string &strSpacingBSlices = GetEntry(0x0018,0x0088);
+
+   if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro("Unfound Spacing Between Slices (0018,0088)");
+      const std::string &strSliceThickness = GetEntry(0x0018,0x0050);       
+      if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
+      {
+         gdcmVerboseMacro("Unfound Slice Thickness (0018,0050)");
+         return 1.;
+      }
+      else
+      {
+         // if no 'Spacing Between Slices' is found, 
+         // we assume slices join together
+         // (no overlapping, no interslice gap)
+         // if they don't, we're fucked up
+         return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
+      }
+   }
+   //else
+   return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
+}
+
+/**
+ *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
+ * @return Rescale Intercept
+ */
+float File::GetRescaleIntercept()
+{
+   float resInter = 0.;
+   /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
+   const std::string &strRescInter = GetEntry(0x0028,0x1052);
+   if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
+      {
+         // bug in the element 0x0028,0x1052
+         gdcmVerboseMacro( "Rescale Intercept (0028,1052) is empty." );
+      }
+   }
+
+   return resInter;
+}
+
+/**
+ *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
+ * @return Rescale Slope
+ */
+float File::GetRescaleSlope()
+{
+   float resSlope = 1.;
+   //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
+   std::string strRescSlope = GetEntry(0x0028,0x1053);
+   if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
+      {
+         // bug in the element 0x0028,0x1053
+         gdcmVerboseMacro( "Rescale Slope (0028,1053) is empty.");
+      }
+   }
+
+   return resSlope;
+}
+
+/**
+ * \brief This function is intended to user who doesn't want 
+ *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
+ *   (or a monochrome one ...) 
+ * \warning to be used with GetImagePixels()
+ * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
+ */
+int File::GetNumberOfScalarComponents()
+{
+   if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
+   {
+      return 3;
+   }
+      
+   // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
+   // (in order no to be messed up by old RGB images)
+   if ( GetEntry(0x0028,0x0100) == "24" )
+   {
+      return 3;
+   }
+       
+   std::string strPhotometricInterpretation = GetEntry(0x0028,0x0004);
+
+   if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
+   {
+      if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
+      {
+         return 3;
+      }
+      else
+      {
+         return 1;
+      }
+   }
+
+   // beware of trailing space at end of string      
+   // DICOM tags are never of odd length
+   if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   || 
+        Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
+        Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
+   {
+      return 1;
+   }
+   else
+   {
+      // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
+      return 3;
+   }
+}
+
+/**
+ * \brief This function is intended to user that DOESN'T want 
+ *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
+ *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs - 
+ * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
+ * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
+ */
+int File::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
+{
+   // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
+   // (in order no to be messed up by old RGB images)
+   if ( File::GetEntry(0x0028,0x0100) == "24" )
+   {
+      return 3;
+   }
+
+   // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
+   return GetSamplesPerPixel();
+}
+
+//
+// --------------  Remember ! ----------------------------------
+//
+// Image Position Patient                              (0020,0032):
+// If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
+// If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
+//                                   or Location       (0020,0050) 
+// as the Z coordinate, 
+// 0. for all the coordinates if nothing is found
+
+// \todo find a way to inform the caller nothing was found
+// \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
+//
+// ---------------------------------------------------------------
+//
+
+/**
+ * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
+ *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
+ *                 else 0.
+ * @return up-left image corner X position
+ */
+float File::GetXOrigin()
+{
+   float xImPos, yImPos, zImPos;  
+   std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
+
+   if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
+      strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
+      if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
+      {
+         gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
+         /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
+         return 0.;
+      }
+   }
+
+   if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
+   {
+      return 0.;
+   }
+
+   return xImPos;
+}
+
+/**
+ * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
+ *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
+ *                 else 0.
+ * @return up-left image corner Y position
+ */
+float File::GetYOrigin()
+{
+   float xImPos, yImPos, zImPos;
+   std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
+
+   if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
+      strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
+      if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
+      {
+         gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
+         /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
+         return 0.;
+      }  
+   }
+
+   if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
+   {
+      return 0.;
+   }
+
+   return yImPos;
+}
+
+/**
+ * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
+ *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
+ *                 else from 0020,1041 : Slice Location
+ *                 else from 0020,0050 : Location
+ *                 else 0.
+ * @return up-left image corner Z position
+ */
+float File::GetZOrigin()
+{
+   float xImPos, yImPos, zImPos; 
+   std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
+
+   if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
+      {
+         gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
+         return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
+      }
+      else
+      {
+         return zImPos;
+      }
+   }
+
+   strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
+   if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      if( sscanf( strImPos.c_str(), 
+          "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
+      {
+         gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
+         return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
+      }
+      else
+      {
+         return zImPos;
+      }
+   }
+
+   std::string strSliceLocation = GetEntry(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
+   if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
+      {
+         gdcmVerboseMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
+         return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
+      }
+      else
+      {
+         return zImPos;
+      }
+   }
+   gdcmVerboseMacro( "Unfound Slice Location (0020,1041)");
+
+   std::string strLocation = GetEntry(0x0020,0x0050);
+   if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
+      {
+         gdcmVerboseMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
+         return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
+      }
+      else
+      {
+         return zImPos;
+      }
+   }
+   gdcmVerboseMacro( "Unfound Location (0020,0050)");  
+
+   return 0.; // Hopeless
+}
+
+/**
+ * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
+ * @return image number
+ */
+int File::GetImageNumber()
+{
+   // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
+   // parameter and converts the string stored at that location to an integer
+   // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
+   // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
+   // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
+   // atoi() can only do single decimal integer conversions.
+   //0020 0013 IS REL Image Number
+   std::string strImNumber = GetEntry(0x0020,0x0013);
+   if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      return atoi( strImNumber.c_str() );
+   }
+   return 0;   //Hopeless
+}
+
+/**
+ * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
+ * @return Modality Type
+ */
+ModalityType File::GetModality()
+{
+   // 0008 0060 CS ID Modality
+   std::string strModality = GetEntry(0x0008,0x0060);
+   if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
+   {
+           if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
+      else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
+      else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
+      else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
+      else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
+      else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
+      else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
+      else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
+      else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
+      else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
+      else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
+      else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
+      else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
+      else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
+      else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
+      else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
+      else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
+      else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
+      else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
+      else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
+      else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
+      else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
+      else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
+      else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
+      else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
+      else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
+      else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
+      else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
+      else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
+      else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
+      else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
+      else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
+      else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
+      else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
+      else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
+      else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
+      else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
+      else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
+      else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
+      else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
+
+      else
+      {
+         /// \todo throw error return value ???
+         /// specified <> unknown in our database
+         return Unknow;
+      }
+   }
+
+   return Unknow;
+}
+
+/**
+ * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
+ *          (as opposite to number of Bits Allocated)
+ * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
+ *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
+ */
+int File::GetBitsStored()
+{
+   std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0101 );
+   if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro("(0028,0101) is supposed to be mandatory");
+      return 0;  // It's supposed to be mandatory
+                 // the caller will have to check
+   }
+   return atoi( strSize.c_str() );
+}
+
+/**
+ * \brief   Retrieve the high bit position.
+ * \warning The method defaults to 0 when information is Missing.
+ *          The responsability of checking this value is left to the caller.
+ * @return  The high bit positin when present. 0 when Missing.
+ */
+int File::GetHighBitPosition()
+{
+   std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0102 );
+   if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "(0028,0102) is supposed to be mandatory");
+      return 0;
+   }
+   return atoi( strSize.c_str() );
+}
+
+/**
+ * \brief   Check whether the pixels are signed or UNsigned data.
+ * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is Missing.
+ *          The responsability of checking this value is left to the caller.
+ * @return  True when signed, false when UNsigned
+ */
+bool File::IsSignedPixelData()
+{
+   std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0103 );
+   if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "(0028,0103) is supposed to be mandatory");
+      return false;
+   }
+   int sign = atoi( strSize.c_str() );
+   if ( sign == 0 ) 
+   {
+      return false;
+   }
+   return true;
+}
+
+/**
+ * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
+ *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
+ * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
+ *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
+ */
+int File::GetBitsAllocated()
+{
+   std::string strSize = GetEntry(0x0028,0x0100);
+   if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "(0028,0100) is supposed to be mandatory");
+      return 0; // It's supposed to be mandatory
+                // the caller will have to check
+   }
+   return atoi( strSize.c_str() );
+}
+
+/**
+ * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
+ *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
+ * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
+ *          (Gray level Pixels)
+ */
+int File::GetSamplesPerPixel()
+{
+   const std::string& strSize = GetEntry(0x0028,0x0002);
+   if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "(0028,0002) is supposed to be mandatory");
+      return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
+                // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
+   }
+   return atoi( strSize.c_str() );
+}
+
+/**
+ * \brief   Check whether this a monochrome picture or not by accessing
+ *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
+ * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
+ */
+bool File::IsMonochrome()
+{
+   const std::string& PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
+   if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
+      || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
+   {
+      return true;
+   }
+   if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "Not found : Photometric Interpretation (0028,0004)");
+   }
+   return false;
+}
+
+/**
+ * \brief   Check whether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
+ *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
+ * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
+ */
+bool File::IsPaletteColor()
+{
+   std::string PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
+   if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
+   {
+      return true;
+   }
+   if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "Not found : Palette color (0028,0004)");
+   }
+   return false;
+}
+
+/**
+ * \brief   Check whether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
+ *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
+ * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
+ */
+bool File::IsYBRFull()
+{
+   std::string PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
+   if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
+   {
+      return true;
+   }
+   if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "Not found : YBR Full (0028,0004)");
+   }
+   return false;
+}
+
+/**
+ * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
+ *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
+ * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
+ */
+int File::GetPlanarConfiguration()
+{
+   std::string strSize = GetEntry(0x0028,0x0006);
+   if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "Not found : Planar Configuration (0028,0006)");
+      return 0;
+   }
+   return atoi( strSize.c_str() );
+}
+
+/**
+ * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
+ * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
+ *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
+ */
+int File::GetPixelSize()
+{
+   // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
+   // (in order no to be messed up by old RGB images)
+   //   if (File::GetEntry(0x0028,0x0100) == "24")
+   //      return 3;
+
+   std::string pixelType = GetPixelType();
+   if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
+   {
+      return 1;
+   }
+   if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
+   {
+      return 2;
+   }
+   if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
+   {
+      return 4;
+   }
+   if ( pixelType == "FD" )
+   {
+      return 8;
+   }
+   gdcmVerboseMacro( "Unknown pixel type");
+   return 0;
+}
+
+/**
+ * \brief   Build the Pixel Type of the image.
+ *          Possible values are:
+ *          - 8U  unsigned  8 bit,
+ *          - 8S    signed  8 bit,
+ *          - 16U unsigned 16 bit,
+ *          - 16S   signed 16 bit,
+ *          - 32U unsigned 32 bit,
+ *          - 32S   signed 32 bit,
+ *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
+ * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
+ *          24 bit images appear as 8 bit
+ * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
+ */
+std::string File::GetPixelType()
+{
+   std::string bitsAlloc = GetEntry(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
+   if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "Missing  Bits Allocated (0028,0100)");
+      bitsAlloc = "16"; // default and arbitrary value, not to polute the output
+   }
+
+   if ( bitsAlloc == "64" )
+   {
+      return "FD";
+   }
+   else if ( bitsAlloc == "12" )
+   {
+      // It will be unpacked
+      bitsAlloc = "16";
+   }
+   else if ( bitsAlloc == "24" )
+   {
+      // (in order no to be messed up
+      bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
+   }
+
+   std::string sign = GetEntry(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
+
+   if (sign == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      gdcmVerboseMacro( "Missing Pixel Representation (0028,0103)");
+      sign = "U"; // default and arbitrary value, not to polute the output
+   }
+   else if ( sign == "0" )
+   {
+      sign = "U";
+   }
+   else
+   {
+      sign = "S";
+   }
+   return bitsAlloc + sign;
+}
+
+
+/**
+ * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file) 
+ *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
+ * @return Pixel Offset
+ */
+size_t File::GetPixelOffset()
+{
+   DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
+   if ( pxlElement )
+   {
+      return pxlElement->GetOffset();
+   }
+   else
+   {
+#ifdef GDCM_DEBUG
+      std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
+                << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
+                << std::endl;  
+#endif //GDCM_DEBUG
+      return 0;
+   }
+}
+
+/// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
+/**
+ * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
+ * @return Pixel Element Length, as stored in the header
+ *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels 
+ *          -in case of embeded compressed image-)
+ *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
+ */
+size_t File::GetPixelAreaLength()
+{
+   DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
+   if ( pxlElement )
+   {
+      return pxlElement->GetLength();
+   }
+   else
+   {
+#ifdef GDCM_DEBUG
+      std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
+                << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
+                << std::endl;
+#endif //GDCM_DEBUG
+      return 0;
+   }
+}
+
+/**
+  * \brief tells us if LUT are used
+  * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
+  *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
+  *          how to deal with them
+  *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
+  * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found 
+  */
+bool File::HasLUT()
+{
+   // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables    
+   // LutDescriptorRed    
+   if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1101) )
+   {
+      return false;
+   }
+   // LutDescriptorGreen 
+   if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1102) )
+   {
+      return false;
+   }
+   // LutDescriptorBlue 
+   if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1103) )
+   {
+      return false;
+   }
+   // Red Palette Color Lookup Table Data
+   if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1201) )
+   {
+      return false;
+   }
+   // Green Palette Color Lookup Table Data       
+   if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1202) )
+   {
+      return false;
+   }
+   // Blue Palette Color Lookup Table Data      
+   if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1203) )
+   {
+      return false;
+   }
+
+   // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
+   //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...   
+   return true;
+}
+
+/**
+  * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
+  *             else 0
+  * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
+  *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
+  * @ return bit number of each LUT item 
+  */
+int File::GetLUTNbits()
+{
+   std::vector<std::string> tokens;
+   int lutNbits;
+
+   //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
+   //                                = Lookup Table Desc-Blue
+   // Consistency already checked in GetLUTLength
+   std::string lutDescription = GetEntry(0x0028,0x1101);
+   if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      return 0;
+   }
+
+   tokens.clear(); // clean any previous value
+   Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
+   //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
+   //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
+
+   lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
+   tokens.clear();
+
+   return lutNbits;
+}
+
+
+//-----------------------------------------------------------------------------
+// Protected
+
+/**
+ * \brief anonymize a File (removes Patient's personal info)
+ *        (read the code to see which ones ...)
+ */
+bool File::AnonymizeFile()
+{
+   // If exist, replace by spaces
+   SetEntry ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone   
+   SetEntry ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
+   SetEntry ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
+
+   DocEntry* patientNameHE = GetDocEntry (0x0010, 0x0010);
+  
+   if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
+   {
+      std::string studyInstanceUID =  GetEntry (0x0020, 0x000d);
+      if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
+      {
+         ReplaceOrCreate(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
+      }
+      else
+      {
+         ReplaceOrCreate("anonymised", 0x0010, 0x0010);
+      }
+   }
+
+  // Just for fun :-(
+  // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
+
+//0008 0012 DA ID Instance Creation Date
+//0008 0020 DA ID Study Date
+//0008 0021 DA ID Series Date
+//0008 0022 DA ID Acquisition Date
+//0008 0023 DA ID Content Date
+//0008 0024 DA ID Overlay Date
+//0008 0025 DA ID Curve Date
+//0008 002a DT ID Acquisition Datetime
+//0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
+//0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
+//0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
+//0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
+//0032 0032 DA SDY Study Verified Date
+//0032 0034 DA SDY Study Read Date
+//0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
+//0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
+//0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
+//0032 1050 DA SDY Study Completion Date
+//0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
+//0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
+//0038 0020 DA VIS Admitting Date
+//0038 0030 DA VIS Discharge Date
+//0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
+//0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
+//0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
+//0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
+//0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
+//0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
+//0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
+//0040 a030 DT PRC Verification Date Time
+//0040 a032 DT PRC Observation Date Time
+//0040 a120 DT PRC DateTime
+//0040 a121 DA PRC Date
+//0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
+//0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
+//0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
+//0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
+//2100 0040 DA PJ Creation Date
+//3006 0008 DA SSET Structure Set Date
+//3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
+//3008 0054 DA ??? First Treatment Date
+//3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
+//3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
+//3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
+//3008 0250 DA ??? Treatment Date
+//300a 0006 DA RT RT Plan Date
+//300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
+//300e 0004 DA RT Review Date
+
+   return true;
+}
+
+/**
+  * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
+  * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
+  * @return cosines of image orientation patient
+  */
+void File::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
+{
+   std::string strImOriPat;
+   //iop is supposed to be float[6]
+   iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
+
+   // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
+   if ( (strImOriPat = GetEntry(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f", 
+          &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
+      {
+         gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037). Less than 6 values were found." );
+      }
+   }
+   //For ACR-NEMA
+   // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
+   else if ( (strImOriPat = GetEntry(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
+   {
+      if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f", 
+          &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
+      {
+         gdcmVerboseMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). Less than 6 values were found." );
+      }
+   }
+}
+
+/**
+ * \brief Initialize a default DICOM File that should contain all the
+ *        field require by other reader. DICOM standard does not 
+ *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
+ *        This is not perfect as we are writting a CT image...
+ */
+void File::InitializeDefaultFile()
+{
+   typedef struct
+   {
+      const char *value;
+      uint16_t group;
+      uint16_t elem;
+   } DICOM_DEFAULT_VALUE;
+
+   std::string date = Util::GetCurrentDate();
+   std::string time = Util::GetCurrentTime();
+   std::string uid  = Util::CreateUniqueUID();
+   std::string uidMedia = uid;
+   std::string uidClass = uid + ".1";
+   std::string uidInst  = uid + ".10";
+   std::string uidStudy = uid + ".100";
+   std::string uidSerie = uid + ".1000";
+
+   static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
+    { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
+    { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
+    { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
+    { "1.2.840.10008.1.2.1 ",      0x0002, 0x0010}, // Transfer Syntax UID (Explicit VR Little Endian)
+    { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
+    { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
+
+    { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
+    { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
+    { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
+    { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
+    { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality    
+    { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
+    { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
+    { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
+
+    { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
+    { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
+
+    { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
+    { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
+    { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
+    { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
+
+    { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
+    { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
+    { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
+    { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
+    { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 12 or 16
+    { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    <= BitsAllocated
+    { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       <= BitsAllocated - 1
+    { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
+    { 0, 0, 0 }
+   };
+
+   // default value
+   // Special case this is the image (not a string)
+   GrPixel = 0x7fe0;
+   NumPixel = 0x0010;
+   ReplaceOrCreate(0, 0, GrPixel, NumPixel);
+
+   // All remaining strings:
+   unsigned int i = 0;
+   DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
+   while( current.value )
+   {
+      ReplaceOrCreate(current.value, current.group, current.elem);
+      current = defaultvalue[++i];
+   }
+}
+
+
+//-----------------------------------------------------------------------------
+// Private
+
+//-----------------------------------------------------------------------------
+
+} // end namespace gdcm
diff --git a/src/gdcmFile.h b/src/gdcmFile.h
new file mode 100644 (file)
index 0000000..106ce06
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,185 @@
+/*=========================================================================
+                                                                                
+  Program:   gdcm
+  Module:    $RCSfile: gdcmFile.h,v $
+  Language:  C++
+  Date:      $Date: 2005/01/21 12:37:15 $
+  Version:   $Revision: 1.98 $
+                                                                                
+  Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
+  l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
+  http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
+                                                                                
+     This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
+     the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
+     PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
+                                                                                
+=========================================================================*/
+
+#ifndef GDCMFILE_H
+#define GDCMFILE_H
+
+#include "gdcmDocument.h"
+
+namespace gdcm 
+{
+
+//-----------------------------------------------------------------------------
+// Dicom Part 3.3 Compliant
+enum ModalityType {
+   Unknow,
+   AU,       // Voice Audio
+   AS,       // Angioscopy
+   BI,       // Biomagnetic Imaging
+   CF,       // Cinefluorography
+   CP,       // Culposcopy
+   CR,       // Computed Radiography
+   CS,       // Cystoscopy
+   CT,       // Computed Tomography
+   DD,       // Duplex Dopler
+   DF,       // Digital Fluoroscopy
+   DG,       // Diaphanography
+   DM,       // Digital Microscopy
+   DS,       // Digital Substraction Angiography
+   DX,       // Digital Radiography
+   ECG,      // Echocardiography
+   EPS,      // Basic Cardiac EP
+   ES,       // Endoscopy
+   FA,       // Fluorescein Angiography
+   FS,       // Fundoscopy
+   HC,       // Hard Copy
+   HD,       // Hemodynamic
+   LP,       // Laparoscopy
+   LS,       // Laser Surface Scan
+   MA,       // Magnetic Resonance Angiography
+   MR,       // Magnetic Resonance
+   NM,       // Nuclear Medicine
+   OT,       // Other
+   PT,       // Positron Emission Tomography
+   RF,       // Radio Fluoroscopy
+   RG,       // Radiographic Imaging
+   RTDOSE,   // Radiotherapy Dose
+   RTIMAGE,  // Radiotherapy Image
+   RTPLAN,   // Radiotherapy Plan
+   RTSTRUCT, // Radiotherapy Structure Set
+   SM,       // Microscopic Imaging
+   ST,       // Single-photon Emission Computed Tomography
+   TG,       // Thermography
+   US,       // Ultrasound
+   VF,       // Videofluorography
+   XA,       // X-Ray Angiography
+   XC        // Photographic Imaging
+};
+
+//-----------------------------------------------------------------------------
+/**
+ * \brief DICOM elements and their corresponding values (and
+ * additionaly the corresponding DICOM dictionary entry) of the header
+ * of a DICOM file.
+ *
+ * The typical usage of instances of class File is to classify a set of
+ * dicom files according to header information e.g. to create a file hierarchy
+ * reflecting the Patient/Study/Serie informations, or extracting a given
+ * SerieId. Accessing the content (image[s] or volume[s]) is beyond the
+ * functionality of this class and belongs to gdmcFile.
+ * \note  The various entries of the explicit value representation (VR) shall
+ *        be managed within a dictionary which is shared by all File
+ *        instances.
+ * \note  The File::Set*Tag* family members cannot be defined as
+ *        protected due to Swig limitations for as Has_a dependency between
+ *        File and FileHelper.
+ */
+
+//-----------------------------------------------------------------------------
+
+class GDCM_EXPORT File : public Document
+{
+protected:
+   /// \brief In some cases (e.g. for some ACR-NEMA images) the Entry Element
+   /// Number of the 'Pixel Element' is *not* found at 0x0010. In order to
+   /// make things easier the parser shall store the proper value in
+   /// NumPixel to provide a unique access facility. 
+   uint16_t NumPixel;
+   /// \brief In some cases (e.g. for some ACR-NEMA images) the header entry for
+   /// the group of pixels is *not* found at 0x7fe0. In order to
+   /// make things easier the parser shall store the proper value in
+   /// GrPixel to provide a unique access facility.
+   uint16_t GrPixel;
+
+public:
+   File();
+   File( std::string const &filename );
+   ~File();
+
+   // Standard values and informations contained in the header
+   bool IsReadable();
+
+   // Some heuristic based accessors, end user intended 
+   int GetBitsStored();
+   int GetBitsAllocated();
+   int GetSamplesPerPixel();
+   int GetPlanarConfiguration();
+   int GetPixelSize();
+   int GetHighBitPosition();
+   bool IsSignedPixelData();
+   bool IsMonochrome();
+   bool IsPaletteColor();
+   bool IsYBRFull();
+
+   std::string GetPixelType();
+   size_t GetPixelOffset();
+   size_t GetPixelAreaLength();
+
+   //Some image informations needed for third package imaging library
+   int GetXSize();
+   int GetYSize();
+   int GetZSize();
+
+   float GetXSpacing();
+   float GetYSpacing();
+   float GetZSpacing();
+
+   // Useful for rescaling graylevel:
+   float GetRescaleIntercept();
+   float GetRescaleSlope();
+
+   int GetNumberOfScalarComponents();
+   int GetNumberOfScalarComponentsRaw();
+
+   int GetImageNumber();
+   ModalityType GetModality();
+
+   float GetXOrigin();
+   float GetYOrigin();
+   float GetZOrigin();
+
+   bool   HasLUT();
+   int    GetLUTNbits();
+
+   /// Accessor to \ref File::GrPixel
+   uint16_t GetGrPixel()  { return GrPixel; }
+   
+   /// Accessor to \ref File::NumPixel
+   uint16_t GetNumPixel() { return NumPixel; }
+
+   bool Write(std::string fileName, FileType filetype);
+
+   /// Initialize DICOM File when none
+   void InitializeDefaultFile();
+protected:
+   /// Replace patient's specific information by 'anonymous'
+   bool AnonymizeFile();
+
+   /// Helper function needed to organize DICOM files based on 
+   /// their x,y,z position
+   void GetImageOrientationPatient( float iop[6] );
+
+private:
+  friend class SerieHeader;
+};
+} // end namespace gdcm
+
+//-----------------------------------------------------------------------------
+#endif