]> Creatis software - clitk.git/commitdiff
First doxygen support with option BUILD_DOXYGEN in cmake and "make Documentation".
authorsrit <srit>
Tue, 12 Apr 2011 08:29:59 +0000 (08:29 +0000)
committersrit <srit>
Tue, 12 Apr 2011 08:29:59 +0000 (08:29 +0000)
CMakeLists.txt
Doxygen/CMakeLists.txt [new file with mode: 0644]
Doxygen/DoxygenFooter.html [new file with mode: 0644]
Doxygen/DoxygenHeader.html [new file with mode: 0644]
Doxygen/DoxygenStyle.css [new file with mode: 0644]
Doxygen/MainPage.dox [new file with mode: 0644]
Doxygen/doxygen.config.in [new file with mode: 0644]
Doxygen/itkdoxygen.pl.in [new file with mode: 0644]
Doxygen/itkgroup.pl [new file with mode: 0644]
Doxygen/vxl_doxy.pl [new file with mode: 0644]

index c007a11c870295618cbd5497d25253bf1a5fa006..6f3a808b32ac68a1442317950512230e03110907 100644 (file)
@@ -51,6 +51,15 @@ ELSE (${LIBSTATGRAB} MATCHES "LIBSTATGRAB-NOTFOUND")
 ENDIF (${LIBSTATGRAB} MATCHES "LIBSTATGRAB-NOTFOUND")  
 #=========================================================
 
+#=========================================================
+# If the user choose to build documentation, then search for Doxygen executables.
+OPTION(BUILD_DOXYGEN "Build Doxygen Documentation" OFF)
+IF(BUILD_DOXYGEN)
+  FIND_PACKAGE(Doxygen)
+  ADD_SUBDIRECTORY(Doxygen)
+ENDIF(BUILD_DOXYGEN)
+#=========================================================
+
 #=========================================================
 # Building in the source tree is forbidden
 IF(PROJECT_BINARY_DIR STREQUAL ${PROJECT_SOURCE_DIR})
diff --git a/Doxygen/CMakeLists.txt b/Doxygen/CMakeLists.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f8f745c
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,24 @@
+#
+# Build the documentation
+#
+INCLUDE (${CMAKE_ROOT}/Modules/Documentation.cmake)
+
+IF (BUILD_DOXYGEN)
+
+  #
+  # Configure the script and the doxyfile, then add target
+  #
+  CONFIGURE_FILE(${PROJECT_SOURCE_DIR}/Doxygen/doxygen.config.in
+                 ${PROJECT_BINARY_DIR}/Doxygen/doxygen.config)
+
+  CONFIGURE_FILE(${PROJECT_SOURCE_DIR}/Doxygen/itkdoxygen.pl.in
+                 ${PROJECT_BINARY_DIR}/Doxygen/itkdoxygen.pl)
+
+  ADD_CUSTOM_TARGET(Documentation 
+    COMMAND ${DOXYGEN_EXECUTABLE} ${PROJECT_BINARY_DIR}/Doxygen/doxygen.config
+    MAIN_DEPENDENCY ${PROJECT_BINARY_DIR}/Doxygen/doxygen.config
+    DEPENDS         ${PROJECT_BINARY_DIR}/Doxygen/itkdoxygen.pl
+    WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}/Doxygen
+    )
+
+ENDIF (BUILD_DOXYGEN)
diff --git a/Doxygen/DoxygenFooter.html b/Doxygen/DoxygenFooter.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..bd398db
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,8 @@
+<hr><address><small>
+Generated at $datetime for $projectname  by <a href="http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/index.html"> <img 
+src="http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/doxygen.png" alt="doxygen"
+align="middle" border=0 width=110 height=53>
+</a> $doxygenversion written by <a href="mailto:dimitri@stack.nl">Dimitri van Heesch</a>,
+ &copy;&nbsp;1997-2000</small></address>
+</body>
+</html>
diff --git a/Doxygen/DoxygenHeader.html b/Doxygen/DoxygenHeader.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..565c395
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,23 @@
+<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
+<html><head>
+<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
+<title>$title</title>
+<link href="DoxygenStyle.css" rel="stylesheet" type="text/css">
+</head><body bgcolor="#ffffff">
+
+
+<!--  Section customized for INSIGHT : Tue Jul 17 01:02:45 2001 -->
+<center>
+<a href="index.html" class="qindex">Main Page</a>&nbsp;&nbsp; 
+<a href="modules.html" class="qindex">Groups</a>&nbsp;&nbsp;
+<a href="namespaces.html" class="qindex">Namespace List</a>&nbsp;&nbsp;
+<a href="hierarchy.html" class="qindex">Class Hierarchy</a>&nbsp;&nbsp;
+<a href="classes.html" class="qindex">Alphabetical List</a>&nbsp;&nbsp;
+<a href="annotated.html" class="qindex">Compound List</a>&nbsp;&nbsp; 
+<a href="files.html" class="qindex">File List</a>&nbsp;&nbsp; 
+<a href="namespacemembers.html" class="qindex">Namespace Members</a>&nbsp;&nbsp;
+<a href="functions.html" class="qindex">Compound Members</a>&nbsp;&nbsp; 
+<a href="globals.html" class="qindex">File Members</a>&nbsp;&nbsp;
+<a href="pages.html" class="qindex">Concepts</a></center>
+
+
diff --git a/Doxygen/DoxygenStyle.css b/Doxygen/DoxygenStyle.css
new file mode 100644 (file)
index 0000000..347be7a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,358 @@
+BODY,H1,H2,H3,H4,H5,H6,P,CENTER,TD,TH,UL,DL,DIV {
+       font-family: Geneva, Arial, Helvetica, sans-serif;
+}
+BODY,TD {
+      font-size: 90%;
+}
+H1 {
+       text-align: center;
+      font-size: 160%;
+}
+H2 {
+      font-size: 120%;
+}
+H3 {
+      font-size: 100%;
+}
+CAPTION { font-weight: bold }
+DIV.qindex {
+       width: 100%;
+       background-color: #e8eef2;
+       border: 1px solid #84b0c7;
+       text-align: center;
+       margin: 2px;
+       padding: 2px;
+       line-height: 140%;
+}
+DIV.nav {
+       width: 100%;
+       background-color: #e8eef2;
+       border: 1px solid #84b0c7;
+       text-align: center;
+       margin: 2px;
+       padding: 2px;
+       line-height: 140%;
+}
+DIV.navtab {
+      background-color: #e8eef2;
+      border: 1px solid #84b0c7;
+      text-align: center;
+      margin: 2px;
+      margin-right: 15px;
+      padding: 2px;
+}
+TD.navtab {
+      font-size: 70%;
+}
+A.qindex {
+      text-decoration: none;
+      font-weight: bold;
+      color: #1A419D;
+}
+A.qindex:visited {
+      text-decoration: none;
+      font-weight: bold;
+      color: #1A419D
+}
+A.qindex:hover {
+       text-decoration: none;
+       background-color: #ddddff;
+}
+A.qindexHL {
+       text-decoration: none;
+       font-weight: bold;
+       background-color: #6666cc;
+       color: #ffffff;
+       border: 1px double #9295C2;
+}
+A.qindexHL:hover {
+       text-decoration: none;
+       background-color: #6666cc;
+       color: #ffffff;
+}
+A.qindexHL:visited { text-decoration: none; background-color: #6666cc; color: #ffffff }
+A.el { text-decoration: none; font-weight: bold }
+A.elRef { font-weight: bold }
+A.code:link { text-decoration: none; font-weight: normal; color: #0000FF}
+A.code:visited { text-decoration: none; font-weight: normal; color: #0000FF}
+A.codeRef:link { font-weight: normal; color: #0000FF}
+A.codeRef:visited { font-weight: normal; color: #0000FF}
+A:hover { text-decoration: none; background-color: #f2f2ff }
+DL.el { margin-left: -1cm }
+.fragment {
+      font-family: monospace, fixed;
+      font-size: 95%;
+}
+PRE.fragment {
+       border: 1px solid #CCCCCC;
+       background-color: #f5f5f5;
+       margin-top: 4px;
+       margin-bottom: 4px;
+       margin-left: 2px;
+       margin-right: 8px;
+       padding-left: 6px;
+       padding-right: 6px;
+       padding-top: 4px;
+       padding-bottom: 4px;
+}
+DIV.ah { background-color: black; font-weight: bold; color: #ffffff; margin-bottom: 3px; margin-top: 3px }
+
+DIV.groupHeader {
+      margin-left: 16px;
+      margin-top: 12px;
+      margin-bottom: 6px;
+      font-weight: bold;
+}
+DIV.groupText { margin-left: 16px; font-style: italic; font-size: 90% }
+BODY {
+       background: white;
+       color: black;
+       margin-right: 20px;
+       margin-left: 20px;
+}
+TD.indexkey {
+       background-color: #e8eef2;
+       font-weight: bold;
+       padding-right  : 10px;
+       padding-top    : 2px;
+       padding-left   : 10px;
+       padding-bottom : 2px;
+       margin-left    : 0px;
+       margin-right   : 0px;
+       margin-top     : 2px;
+       margin-bottom  : 2px;
+       border: 1px solid #CCCCCC;
+}
+TD.indexvalue {
+       background-color: #e8eef2;
+       font-style: italic;
+       padding-right  : 10px;
+       padding-top    : 2px;
+       padding-left   : 10px;
+       padding-bottom : 2px;
+       margin-left    : 0px;
+       margin-right   : 0px;
+       margin-top     : 2px;
+       margin-bottom  : 2px;
+       border: 1px solid #CCCCCC;
+}
+TR.memlist {
+  background-color: #f0f0f0;
+}
+P.formulaDsp { text-align: center; }
+IMG.formulaDsp { }
+IMG.formulaInl { vertical-align: middle; }
+SPAN.keyword       { color: #008000 }
+SPAN.keywordtype   { color: #604020 }
+SPAN.keywordflow   { color: #e08000 }
+SPAN.comment       { color: #800000 }
+SPAN.preprocessor  { color: #806020 }
+SPAN.stringliteral { color: #002080 }
+SPAN.charliteral   { color: #008080 }
+.mdescLeft {
+      padding: 0px 8px 4px 8px;
+       font-size: 80%;
+       font-style: italic;
+       background-color: #FAFAFA;
+       border-top: 1px none #E0E0E0;
+       border-right: 1px none #E0E0E0;
+       border-bottom: 1px none #E0E0E0;
+       border-left: 1px none #E0E0E0;
+       margin: 0px;
+}
+.mdescRight {
+      padding: 0px 8px 4px 8px;
+       font-size: 80%;
+       font-style: italic;
+       background-color: #FAFAFA;
+       border-top: 1px none #E0E0E0;
+       border-right: 1px none #E0E0E0;
+       border-bottom: 1px none #E0E0E0;
+       border-left: 1px none #E0E0E0;
+       margin: 0px;
+}
+.memItemLeft {
+       padding: 1px 0px 0px 8px;
+       margin: 4px;
+       border-top-width: 1px;
+       border-right-width: 1px;
+       border-bottom-width: 1px;
+       border-left-width: 1px;
+       border-top-color: #E0E0E0;
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+       font-size: 80%;
+}
+.memItemRight {
+       padding: 1px 8px 0px 8px;
+       margin: 4px;
+       border-top-width: 1px;
+       border-right-width: 1px;
+       border-bottom-width: 1px;
+       border-left-width: 1px;
+       border-top-color: #E0E0E0;
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+       border-top-style: solid;
+       border-right-style: none;
+       border-bottom-style: none;
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+       background-color: #FAFAFA;
+       font-size: 80%;
+}
+.memTemplItemLeft {
+       padding: 1px 0px 0px 8px;
+       margin: 4px;
+       border-top-width: 1px;
+       border-right-width: 1px;
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+       border-top-style: none;
+       border-right-style: none;
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+       font-size: 80%;
+}
+.memTemplItemRight {
+       padding: 1px 8px 0px 8px;
+       margin: 4px;
+       border-top-width: 1px;
+       border-right-width: 1px;
+       border-bottom-width: 1px;
+       border-left-width: 1px;
+       border-top-color: #E0E0E0;
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+       border-left-color: #E0E0E0;
+       border-top-style: none;
+       border-right-style: none;
+       border-bottom-style: none;
+       border-left-style: none;
+       background-color: #FAFAFA;
+       font-size: 80%;
+}
+.memTemplParams {
+       padding: 1px 0px 0px 8px;
+       margin: 4px;
+       border-top-width: 1px;
+       border-right-width: 1px;
+       border-bottom-width: 1px;
+       border-left-width: 1px;
+       border-top-color: #E0E0E0;
+       border-right-color: #E0E0E0;
+       border-bottom-color: #E0E0E0;
+       border-left-color: #E0E0E0;
+       border-top-style: solid;
+       border-right-style: none;
+       border-bottom-style: none;
+       border-left-style: none;
+      color: #606060;
+       background-color: #FAFAFA;
+       font-size: 80%;
+}
+.search     { color: #003399;
+             font-weight: bold;
+}
+FORM.search {
+             margin-bottom: 0px;
+             margin-top: 0px;
+}
+INPUT.search { font-size: 75%;
+              color: #000080;
+              font-weight: normal;
+              background-color: #e8eef2;
+}
+TD.tiny      { font-size: 75%;
+}
+a {
+       color: #1A41A8;
+}
+a:visited {
+       color: #2A3798;
+}
+.dirtab { padding: 4px;
+         border-collapse: collapse;
+         border: 1px solid #84b0c7;
+}
+TH.dirtab { background: #e8eef2;
+           font-weight: bold;
+}
+HR { height: 1px;
+    border: none;
+    border-top: 1px solid black;
+}
+
+/* Style for detailed member documentation */
+.memtemplate {
+ font-size: 80%;
+ color: #606060;
+ font-weight: normal;
+}
+.memnav {
+ background-color: #e8eef2;
+ border: 1px solid #84b0c7;
+ text-align: center;
+ margin: 2px;
+ margin-right: 15px;
+ padding: 2px;
+}
+.memitem {
+ padding: 4px;
+ background-color: #eef3f5;
+ border-width: 1px;
+ border-style: solid;
+ border-color: #dedeee;
+ -moz-border-radius: 8px 8px 8px 8px;
+}
+.memname {
+ white-space: nowrap;
+ font-weight: bold;
+}
+.memdoc{
+ padding-left: 10px;
+}
+.memproto {
+ background-color: #d5e1e8;
+ width: 100%;
+ border-width: 1px;
+ border-style: solid;
+ border-color: #84b0c7;
+ font-weight: bold;
+ -moz-border-radius: 8px 8px 8px 8px;
+}
+.paramkey {
+ text-align: right;
+}
+.paramtype {
+ white-space: nowrap;
+}
+.paramname {
+ color: #602020;
+ font-style: italic;
+ white-space: nowrap;
+}
+/* End Styling for detailed member documentation */
+
+/* for the tree view */
+.ftvtree {
+       font-family: sans-serif;
+       margin:0.5em;
+}
+.directory { font-size: 9pt; font-weight: bold; }
+.directory h3 { margin: 0px; margin-top: 1em; font-size: 11pt; }
+.directory > h3 { margin-top: 0; }
+.directory p { margin: 0px; white-space: nowrap; }
+.directory div { display: none; margin: 0px; }
+.directory img { vertical-align: -30%; }
diff --git a/Doxygen/MainPage.dox b/Doxygen/MainPage.dox
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f150e0c
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,12 @@
+/**
+ *
+ * \mainpage  Command Line Insight Toolkit
+ *
+ * \section homepage Home Page
+ *
+ * http://vv.creatis.insa-lyon.fr/
+ *
+ * \section howto How to use this documentation
+ *
+ */
+
diff --git a/Doxygen/doxygen.config.in b/Doxygen/doxygen.config.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..57e7867
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1365 @@
+# Doxyfile 1.4.3-20050530
+
+# This file describes the settings to be used by the documentation system
+# doxygen (www.doxygen.org) for a project
+#
+# All text after a hash (#) is considered a comment and will be ignored
+# The format is:
+#       TAG = value [value, ...]
+# For lists items can also be appended using:
+#       TAG += value [value, ...]
+# Values that contain spaces should be placed between quotes (" ")
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Project related configuration options
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The PROJECT_NAME tag is a single word (or a sequence of words surrounded 
+# by quotes) that should identify the project.
+
+PROJECT_NAME           = CLITK
+
+# The PROJECT_NUMBER tag can be used to enter a project or revision number. 
+# This could be handy for archiving the generated documentation or 
+# if some version control system is used.
+
+PROJECT_NUMBER         = @VV_VERSION_MAJOR@.@VV_VERSION_MINOR@.@VV_VERSION_PATCH@
+
+# The OUTPUT_DIRECTORY tag is used to specify the (relative or absolute) 
+# base path where the generated documentation will be put. 
+# If a relative path is entered, it will be relative to the location 
+# where doxygen was started. If left blank the current directory will be used.
+
+OUTPUT_DIRECTORY       = @PROJECT_BINARY_DIR@/Doxygen
+
+# If the CREATE_SUBDIRS tag is set to YES, then doxygen will create 
+# 4096 sub-directories (in 2 levels) under the output directory of each output 
+# format and will distribute the generated files over these directories. 
+# Enabling this option can be useful when feeding doxygen a huge amount of 
+# source files, where putting all generated files in the same directory would 
+# otherwise cause performance problems for the file system.
+# ITKcommments: Links specific to ITK will then require relative paths or absolute
+# paths and will create issues. 
+CREATE_SUBDIRS         = NO
+
+# The OUTPUT_LANGUAGE tag is used to specify the language in which all 
+# documentation generated by doxygen is written. Doxygen will use this 
+# information to generate all constant output in the proper language. 
+# The default language is English, other supported languages are: 
+# Brazilian, Catalan, Chinese, Chinese-Traditional, Croatian, Czech, Danish, 
+# Dutch, Finnish, French, German, Greek, Hungarian, Italian, Japanese, 
+# Japanese-en (Japanese with English messages), Korean, Korean-en, Norwegian, 
+# Polish, Portuguese, Romanian, Russian, Serbian, Slovak, Slovene, Spanish, 
+# Swedish, and Ukrainian.
+
+OUTPUT_LANGUAGE        = English
+
+# This tag can be used to specify the encoding used in the generated output. 
+# The encoding is not always determined by the language that is chosen, 
+# but also whether or not the output is meant for Windows or non-Windows users. 
+# In case there is a difference, setting the USE_WINDOWS_ENCODING tag to YES 
+# forces the Windows encoding (this is the default for the Windows binary), 
+# whereas setting the tag to NO uses a Unix-style encoding (the default for 
+# all platforms other than Windows).
+
+USE_WINDOWS_ENCODING   = NO
+
+# If the BRIEF_MEMBER_DESC tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# include brief member descriptions after the members that are listed in 
+# the file and class documentation (similar to JavaDoc). 
+# Set to NO to disable this.
+
+BRIEF_MEMBER_DESC      = NO
+
+# If the REPEAT_BRIEF tag is set to YES (the default) Doxygen will prepend 
+# the brief description of a member or function before the detailed description. 
+# Note: if both HIDE_UNDOC_MEMBERS and BRIEF_MEMBER_DESC are set to NO, the 
+# brief descriptions will be completely suppressed.
+
+REPEAT_BRIEF           = YES
+
+# This tag implements a quasi-intelligent brief description abbreviator 
+# that is used to form the text in various listings. Each string 
+# in this list, if found as the leading text of the brief description, will be 
+# stripped from the text and the result after processing the whole list, is 
+# used as the annotated text. Otherwise, the brief description is used as-is. 
+# If left blank, the following values are used ("$name" is automatically 
+# replaced with the name of the entity): "The $name class" "The $name widget" 
+# "The $name file" "is" "provides" "specifies" "contains" 
+# "represents" "a" "an" "the"
+
+ABBREVIATE_BRIEF       = 
+
+# If the ALWAYS_DETAILED_SEC and REPEAT_BRIEF tags are both set to YES then 
+# Doxygen will generate a detailed section even if there is only a brief 
+# description.
+
+ALWAYS_DETAILED_SEC    = NO
+
+# If the INLINE_INHERITED_MEMB tag is set to YES, doxygen will show all 
+# inherited members of a class in the documentation of that class as if those 
+# members were ordinary class members. Constructors, destructors and assignment 
+# operators of the base classes will not be shown.
+
+INLINE_INHERITED_MEMB  = YES
+
+# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then Doxygen will prepend the full 
+# path before files name in the file list and in the header files. If set 
+# to NO the shortest path that makes the file name unique will be used.
+
+FULL_PATH_NAMES        = NO
+
+# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then the STRIP_FROM_PATH tag 
+# can be used to strip a user-defined part of the path. Stripping is 
+# only done if one of the specified strings matches the left-hand part of 
+# the path. The tag can be used to show relative paths in the file list. 
+# If left blank the directory from which doxygen is run is used as the 
+# path to strip.
+
+STRIP_FROM_PATH        = @PROJECT_BINARY_DIR@/
+
+# The STRIP_FROM_INC_PATH tag can be used to strip a user-defined part of 
+# the path mentioned in the documentation of a class, which tells 
+# the reader which header file to include in order to use a class. 
+# If left blank only the name of the header file containing the class 
+# definition is used. Otherwise one should specify the include paths that 
+# are normally passed to the compiler using the -I flag.
+
+STRIP_FROM_INC_PATH    = 
+
+# If the SHORT_NAMES tag is set to YES, doxygen will generate much shorter 
+# (but less readable) file names. This can be useful is your file systems 
+# doesn't support long names like on DOS, Mac, or CD-ROM.
+
+SHORT_NAMES            = NO
+
+# If the JAVADOC_AUTOBRIEF tag is set to YES then Doxygen 
+# will interpret the first line (until the first dot) of a JavaDoc-style 
+# comment as the brief description. If set to NO, the JavaDoc 
+# comments will behave just like the Qt-style comments (thus requiring an 
+# explicit @brief command for a brief description.
+
+JAVADOC_AUTOBRIEF      = NO
+
+# The MULTILINE_CPP_IS_BRIEF tag can be set to YES to make Doxygen 
+# treat a multi-line C++ special comment block (i.e. a block of //! or /// 
+# comments) as a brief description. This used to be the default behaviour. 
+# The new default is to treat a multi-line C++ comment block as a detailed 
+# description. Set this tag to YES if you prefer the old behaviour instead.
+
+MULTILINE_CPP_IS_BRIEF = NO
+
+# If the DETAILS_AT_TOP tag is set to YES then Doxygen 
+# will output the detailed description near the top, like JavaDoc.
+# If set to NO, the detailed description appears after the member 
+# documentation.
+
+DETAILS_AT_TOP         = YES
+
+# If the INHERIT_DOCS tag is set to YES (the default) then an undocumented 
+# member inherits the documentation from any documented member that it 
+# re-implements.
+
+INHERIT_DOCS           = YES
+
+# If member grouping is used in the documentation and the DISTRIBUTE_GROUP_DOC 
+# tag is set to YES, then doxygen will reuse the documentation of the first 
+# member in the group (if any) for the other members of the group. By default 
+# all members of a group must be documented explicitly.
+
+DISTRIBUTE_GROUP_DOC   = YES
+
+# If the SEPARATE_MEMBER_PAGES tag is set to YES, then doxygen will produce 
+# a new page for each member. If set to NO, the documentation of a member will 
+# be part of the file/class/namespace that contains it.
+
+SEPARATE_MEMBER_PAGES  = NO
+
+# The TAB_SIZE tag can be used to set the number of spaces in a tab. 
+# Doxygen uses this value to replace tabs by spaces in code fragments.
+
+TAB_SIZE               = 2
+
+# This tag can be used to specify a number of aliases that acts 
+# as commands in the documentation. An alias has the form "name=value". 
+# For example adding "sideeffect=\par Side Effects:\n" will allow you to 
+# put the command \sideeffect (or @sideeffect) in the documentation, which 
+# will result in a user-defined paragraph with heading "Side Effects:". 
+# You can put \n's in the value part of an alias to insert newlines.
+
+ALIASES                = 
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C tag to YES if your project consists of C 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for C. 
+# For instance, some of the names that are used will be different. The list 
+# of all members will be omitted, etc.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C  = NO
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA tag to YES if your project consists of Java sources 
+# only. Doxygen will then generate output that is more tailored for Java. 
+# For instance, namespaces will be presented as packages, qualified scopes 
+# will look different, etc.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA   = NO
+
+# Set the SUBGROUPING tag to YES (the default) to allow class member groups of 
+# the same type (for instance a group of public functions) to be put as a 
+# subgroup of that type (e.g. under the Public Functions section). Set it to 
+# NO to prevent subgrouping. Alternatively, this can be done per class using 
+# the \nosubgrouping command.
+
+SUBGROUPING            = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Build related configuration options
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the EXTRACT_ALL tag is set to YES doxygen will assume all entities in 
+# documentation are documented, even if no documentation was available. 
+# Private class members and static file members will be hidden unless 
+# the EXTRACT_PRIVATE and EXTRACT_STATIC tags are set to YES
+
+EXTRACT_ALL            = YES
+
+# If the EXTRACT_PRIVATE tag is set to YES all private members of a class 
+# will be included in the documentation.
+
+EXTRACT_PRIVATE        = NO
+
+# If the EXTRACT_STATIC tag is set to YES all static members of a file 
+# will be included in the documentation.
+
+EXTRACT_STATIC         = YES
+
+# If the EXTRACT_LOCAL_CLASSES tag is set to YES classes (and structs) 
+# defined locally in source files will be included in the documentation. 
+# If set to NO only classes defined in header files are included.
+
+EXTRACT_LOCAL_CLASSES  = YES
+
+# This flag is only useful for Objective-C code. When set to YES local 
+# methods, which are defined in the implementation section but not in 
+# the interface are included in the documentation. 
+# If set to NO (the default) only methods in the interface are included.
+
+EXTRACT_LOCAL_METHODS  = NO
+
+# If the HIDE_UNDOC_MEMBERS tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# undocumented members of documented classes, files or namespaces. 
+# If set to NO (the default) these members will be included in the 
+# various overviews, but no documentation section is generated. 
+# This option has no effect if EXTRACT_ALL is enabled.
+
+HIDE_UNDOC_MEMBERS     = NO
+
+# If the HIDE_UNDOC_CLASSES tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# undocumented classes that are normally visible in the class hierarchy. 
+# If set to NO (the default) these classes will be included in the various 
+# overviews. This option has no effect if EXTRACT_ALL is enabled.
+
+HIDE_UNDOC_CLASSES     = NO
+
+# If the HIDE_FRIEND_COMPOUNDS tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# friend (class|struct|union) declarations. 
+# If set to NO (the default) these declarations will be included in the 
+# documentation.
+
+HIDE_FRIEND_COMPOUNDS  = NO
+
+# If the HIDE_IN_BODY_DOCS tag is set to YES, Doxygen will hide any 
+# documentation blocks found inside the body of a function. 
+# If set to NO (the default) these blocks will be appended to the 
+# function's detailed documentation block.
+
+HIDE_IN_BODY_DOCS      = NO
+
+# The INTERNAL_DOCS tag determines if documentation 
+# that is typed after a \internal command is included. If the tag is set 
+# to NO (the default) then the documentation will be excluded. 
+# Set it to YES to include the internal documentation.
+
+INTERNAL_DOCS          = NO
+
+# If the CASE_SENSE_NAMES tag is set to NO then Doxygen will only generate 
+# file names in lower-case letters. If set to YES upper-case letters are also 
+# allowed. This is useful if you have classes or files whose names only differ 
+# in case and if your file system supports case sensitive file names. Windows 
+# and Mac users are advised to set this option to NO.
+
+CASE_SENSE_NAMES       = YES
+
+# If the HIDE_SCOPE_NAMES tag is set to NO (the default) then Doxygen 
+# will show members with their full class and namespace scopes in the 
+# documentation. If set to YES the scope will be hidden.
+
+HIDE_SCOPE_NAMES       = NO
+
+# If the SHOW_INCLUDE_FILES tag is set to YES (the default) then Doxygen 
+# will put a list of the files that are included by a file in the documentation 
+# of that file.
+
+SHOW_INCLUDE_FILES     = YES
+
+# If the INLINE_INFO tag is set to YES (the default) then a tag [inline] 
+# is inserted in the documentation for inline members.
+
+INLINE_INFO            = YES
+
+# If the SORT_MEMBER_DOCS tag is set to YES (the default) then doxygen 
+# will sort the (detailed) documentation of file and class members 
+# alphabetically by member name. If set to NO the members will appear in 
+# declaration order.
+
+SORT_MEMBER_DOCS       = YES
+
+# If the SORT_BRIEF_DOCS tag is set to YES then doxygen will sort the 
+# brief documentation of file, namespace and class members alphabetically 
+# by member name. If set to NO (the default) the members will appear in 
+# declaration order.
+
+SORT_BRIEF_DOCS        = YES
+
+# If the SORT_BY_SCOPE_NAME tag is set to YES, the class list will be 
+# sorted by fully-qualified names, including namespaces. If set to 
+# NO (the default), the class list will be sorted only by class name, 
+# not including the namespace part. 
+# Note: This option is not very useful if HIDE_SCOPE_NAMES is set to YES.
+# Note: This option applies only to the class list, not to the 
+# alphabetical list.
+
+SORT_BY_SCOPE_NAME     = NO
+
+# The GENERATE_TODOLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the todo list. This list is created by putting \todo 
+# commands in the documentation.
+
+GENERATE_TODOLIST      = YES
+
+# The GENERATE_TESTLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the test list. This list is created by putting \test 
+# commands in the documentation.
+
+GENERATE_TESTLIST      = YES
+
+# The GENERATE_BUGLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the bug list. This list is created by putting \bug 
+# commands in the documentation.
+
+GENERATE_BUGLIST       = YES
+
+# The GENERATE_DEPRECATEDLIST tag can be used to enable (YES) or 
+# disable (NO) the deprecated list. This list is created by putting 
+# \deprecated commands in the documentation.
+
+GENERATE_DEPRECATEDLIST= YES
+
+# The ENABLED_SECTIONS tag can be used to enable conditional 
+# documentation sections, marked by \if sectionname ... \endif.
+
+ENABLED_SECTIONS       = 
+
+# The MAX_INITIALIZER_LINES tag determines the maximum number of lines 
+# the initial value of a variable or define consists of for it to appear in 
+# the documentation. If the initializer consists of more lines than specified 
+# here it will be hidden. Use a value of 0 to hide initializers completely. 
+# The appearance of the initializer of individual variables and defines in the 
+# documentation can be controlled using \showinitializer or \hideinitializer 
+# command in the documentation regardless of this setting.
+
+MAX_INITIALIZER_LINES  = 30
+
+# Set the SHOW_USED_FILES tag to NO to disable the list of files generated 
+# at the bottom of the documentation of classes and structs. If set to YES the 
+# list will mention the files that were used to generate the documentation.
+
+SHOW_USED_FILES        = YES
+
+# If the sources in your project are distributed over multiple directories 
+# then setting the SHOW_DIRECTORIES tag to YES will show the directory hierarchy 
+# in the documentation.
+
+SHOW_DIRECTORIES       = YES
+
+# The FILE_VERSION_FILTER tag can be used to specify a program or script that 
+# doxygen should invoke to get the current version for each file (typically from the 
+# version control system). Doxygen will invoke the program by executing (via 
+# popen()) the command <command> <input-file>, where <command> is the value of 
+# the FILE_VERSION_FILTER tag, and <input-file> is the name of an input file 
+# provided by doxygen. Whatever the progam writes to standard output 
+# is used as the file version. See the manual for examples.
+#
+# FILE_VERSION_FILTER    = "@PROJECT_SOURCE_DIR@/Doxygen/cvsVersionFilter.sh"
+#
+
+FILE_VERSION_FILTER    = 
+
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to warning and progress messages
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The QUIET tag can be used to turn on/off the messages that are generated 
+# by doxygen. Possible values are YES and NO. If left blank NO is used.
+
+QUIET                  = NO
+
+# The WARNINGS tag can be used to turn on/off the warning messages that are 
+# generated by doxygen. Possible values are YES and NO. If left blank 
+# NO is used.
+
+WARNINGS               = YES
+
+# If WARN_IF_UNDOCUMENTED is set to YES, then doxygen will generate warnings 
+# for undocumented members. If EXTRACT_ALL is set to YES then this flag will 
+# automatically be disabled.
+
+WARN_IF_UNDOCUMENTED   = YES
+
+# If WARN_IF_DOC_ERROR is set to YES, doxygen will generate warnings for 
+# potential errors in the documentation, such as not documenting some 
+# parameters in a documented function, or documenting parameters that 
+# don't exist or using markup commands wrongly.
+
+WARN_IF_DOC_ERROR      = YES
+
+# This WARN_NO_PARAMDOC option can be abled to get warnings for 
+# functions that are documented, but have no documentation for their parameters 
+# or return value. If set to NO (the default) doxygen will only warn about 
+# wrong or incomplete parameter documentation, but not about the absence of 
+# documentation.
+
+WARN_NO_PARAMDOC       = NO
+
+# The WARN_FORMAT tag determines the format of the warning messages that 
+# doxygen can produce. The string should contain the $file, $line, and $text 
+# tags, which will be replaced by the file and line number from which the 
+# warning originated and the warning text. Optionally the format may contain 
+# $version, which will be replaced by the version of the file (if it could 
+# be obtained via FILE_VERSION_FILTER)
+
+WARN_FORMAT            = "$file:$line: $text"
+
+# The WARN_LOGFILE tag can be used to specify a file to which warning 
+# and error messages should be written. If left blank the output is written 
+# to stderr.
+
+WARN_LOGFILE           = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the input files
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The INPUT tag can be used to specify the files and/or directories that contain 
+# documented source files. You may enter file names like "myfile.cpp" or 
+# directories like "/usr/src/myproject". Separate the files or directories 
+# with spaces.
+
+INPUT                  = "@PROJECT_SOURCE_DIR@" "@PROJECT_SOURCE_DIR@/Doxygen"
+
+# If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
+# FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
+# and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
+# blank the following patterns are tested: 
+# *.c *.cc *.cxx *.cpp *.c++ *.java *.ii *.ixx *.ipp *.i++ *.inl *.h *.hh *.hxx 
+# *.hpp *.h++ *.idl *.odl *.cs *.php *.php3 *.inc *.m *.mm
+
+FILE_PATTERNS          = *.h *.dox
+
+# The RECURSIVE tag can be used to turn specify whether or not subdirectories 
+# should be searched for input files as well. Possible values are YES and NO. 
+# If left blank NO is used.
+
+RECURSIVE              = YES
+
+# The EXCLUDE tag can be used to specify files and/or directories that should 
+# excluded from the INPUT source files. This way you can easily exclude a 
+# subdirectory from a directory tree whose root is specified with the INPUT tag.
+
+EXCLUDE                = 
+
+# The EXCLUDE_SYMLINKS tag can be used select whether or not files or 
+# directories that are symbolic links (a Unix filesystem feature) are excluded 
+# from the input.
+
+EXCLUDE_SYMLINKS       = NO
+
+# If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
+# EXCLUDE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard patterns to exclude 
+# certain files from those directories.
+
+EXCLUDE_PATTERNS       = "*_ggo.h"
+
+# The EXAMPLE_PATH tag can be used to specify one or more files or 
+# directories that contain example code fragments that are included (see 
+# the \include command).
+
+EXAMPLE_PATH           = 
+
+# If the value of the EXAMPLE_PATH tag contains directories, you can use the 
+# EXAMPLE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
+# and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
+# blank all files are included.
+
+EXAMPLE_PATTERNS       = *.cxx
+
+# If the EXAMPLE_RECURSIVE tag is set to YES then subdirectories will be 
+# searched for input files to be used with the \include or \dontinclude 
+# commands irrespective of the value of the RECURSIVE tag. 
+# Possible values are YES and NO. If left blank NO is used.
+
+EXAMPLE_RECURSIVE      = YES
+
+# The IMAGE_PATH tag can be used to specify one or more files or 
+# directories that contain image that are included in the documentation (see 
+# the \image command).
+
+IMAGE_PATH             = "@PROJECT_SOURCE_DIR@/Art"
+
+# The INPUT_FILTER tag can be used to specify a program that doxygen should 
+# invoke to filter for each input file. Doxygen will invoke the filter program 
+# by executing (via popen()) the command <filter> <input-file>, where <filter> 
+# is the value of the INPUT_FILTER tag, and <input-file> is the name of an 
+# input file. Doxygen will then use the output that the filter program writes 
+# to standard output.  If FILTER_PATTERNS is specified, this tag will be 
+# ignored.
+
+INPUT_FILTER           = "perl @PROJECT_BINARY_DIR@/Doxygen/itkdoxygen.pl"
+
+# The FILTER_PATTERNS tag can be used to specify filters on a per file pattern 
+# basis.  Doxygen will compare the file name with each pattern and apply the 
+# filter if there is a match.  The filters are a list of the form: 
+# pattern=filter (like *.cpp=my_cpp_filter). See INPUT_FILTER for further 
+# info on how filters are used. If FILTER_PATTERNS is empty, INPUT_FILTER 
+# is applied to all files.
+
+FILTER_PATTERNS        = 
+
+# If the FILTER_SOURCE_FILES tag is set to YES, the input filter (if set using 
+# INPUT_FILTER) will be used to filter the input files when producing source 
+# files to browse (i.e. when SOURCE_BROWSER is set to YES).
+
+FILTER_SOURCE_FILES    = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to source browsing
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the SOURCE_BROWSER tag is set to YES then a list of source files will 
+# be generated. Documented entities will be cross-referenced with these sources. 
+# Note: To get rid of all source code in the generated output, make sure also 
+# VERBATIM_HEADERS is set to NO.
+
+SOURCE_BROWSER         = YES
+
+# Setting the INLINE_SOURCES tag to YES will include the body 
+# of functions and classes directly in the documentation.
+
+INLINE_SOURCES         = NO
+
+# Setting the STRIP_CODE_COMMENTS tag to YES (the default) will instruct 
+# doxygen to hide any special comment blocks from generated source code 
+# fragments. Normal C and C++ comments will always remain visible.
+
+STRIP_CODE_COMMENTS    = YES
+
+# If the REFERENCED_BY_RELATION tag is set to YES (the default) 
+# then for each documented function all documented 
+# functions referencing it will be listed.
+
+REFERENCED_BY_RELATION = YES
+
+# If the REFERENCES_RELATION tag is set to YES (the default) 
+# then for each documented function all documented entities 
+# called/used by that function will be listed.
+
+REFERENCES_RELATION    = YES
+
+# If the USE_HTAGS tag is set to YES then the references to source code 
+# will point to the HTML generated by the htags(1) tool instead of doxygen 
+# built-in source browser. The htags tool is part of GNU's global source 
+# tagging system (see http://www.gnu.org/software/global/global.html). You 
+# will need version 4.8.6 or higher.
+
+USE_HTAGS              = NO
+
+# If the VERBATIM_HEADERS tag is set to YES (the default) then Doxygen 
+# will generate a verbatim copy of the header file for each class for 
+# which an include is specified. Set to NO to disable this.
+
+VERBATIM_HEADERS       = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the alphabetical class index
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the ALPHABETICAL_INDEX tag is set to YES, an alphabetical index 
+# of all compounds will be generated. Enable this if the project 
+# contains a lot of classes, structs, unions or interfaces.
+
+ALPHABETICAL_INDEX     = YES
+
+# If the alphabetical index is enabled (see ALPHABETICAL_INDEX) then 
+# the COLS_IN_ALPHA_INDEX tag can be used to specify the number of columns 
+# in which this list will be split (can be a number in the range [1..20])
+
+COLS_IN_ALPHA_INDEX    = 3
+
+# In case all classes in a project start with a common prefix, all 
+# classes will be put under the same header in the alphabetical index. 
+# The IGNORE_PREFIX tag can be used to specify one or more prefixes that 
+# should be ignored while generating the index headers.
+
+IGNORE_PREFIX          = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the HTML output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_HTML tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate HTML output.
+
+GENERATE_HTML          = YES
+
+# The HTML_OUTPUT tag is used to specify where the HTML docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `html' will be used as the default path.
+
+HTML_OUTPUT            = html
+
+# The HTML_FILE_EXTENSION tag can be used to specify the file extension for 
+# each generated HTML page (for example: .htm,.php,.asp). If it is left blank 
+# doxygen will generate files with .html extension.
+
+HTML_FILE_EXTENSION    = .html
+
+# The HTML_HEADER tag can be used to specify a personal HTML header for 
+# each generated HTML page. If it is left blank doxygen will generate a 
+# standard header.
+
+HTML_HEADER            = "@PROJECT_SOURCE_DIR@/Doxygen/DoxygenHeader.html"
+
+# The HTML_FOOTER tag can be used to specify a personal HTML footer for 
+# each generated HTML page. If it is left blank doxygen will generate a 
+# standard footer.
+
+HTML_FOOTER            = "@PROJECT_SOURCE_DIR@/Doxygen/DoxygenFooter.html"
+
+# The HTML_STYLESHEET tag can be used to specify a user-defined cascading 
+# style sheet that is used by each HTML page. It can be used to 
+# fine-tune the look of the HTML output. If the tag is left blank doxygen 
+# will generate a default style sheet. Note that doxygen will try to copy 
+# the style sheet file to the HTML output directory, so don't put your own 
+# stylesheet in the HTML output directory as well, or it will be erased!
+
+HTML_STYLESHEET        =   "@PROJECT_SOURCE_DIR@/Doxygen/DoxygenStyle.css"
+
+# If the HTML_ALIGN_MEMBERS tag is set to YES, the members of classes, 
+# files or namespaces will be aligned in HTML using tables. If set to 
+# NO a bullet list will be used.
+
+HTML_ALIGN_MEMBERS     = YES
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, additional index files 
+# will be generated that can be used as input for tools like the 
+# Microsoft HTML help workshop to generate a compressed HTML help file (.chm) 
+# of the generated HTML documentation.
+
+GENERATE_HTMLHELP      = NO
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the CHM_FILE tag can 
+# be used to specify the file name of the resulting .chm file. You 
+# can add a path in front of the file if the result should not be 
+# written to the html output directory.
+
+CHM_FILE               = 
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the HHC_LOCATION tag can 
+# be used to specify the location (absolute path including file name) of 
+# the HTML help compiler (hhc.exe). If non-empty doxygen will try to run 
+# the HTML help compiler on the generated index.hhp.
+
+HHC_LOCATION           = 
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the GENERATE_CHI flag 
+# controls if a separate .chi index file is generated (YES) or that 
+# it should be included in the master .chm file (NO).
+
+GENERATE_CHI           = NO
+
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the BINARY_TOC flag 
+# controls whether a binary table of contents is generated (YES) or a 
+# normal table of contents (NO) in the .chm file.
+
+BINARY_TOC             = NO
+
+# The TOC_EXPAND flag can be set to YES to add extra items for group members 
+# to the contents of the HTML help documentation and to the tree view.
+
+TOC_EXPAND             = NO
+
+# The DISABLE_INDEX tag can be used to turn on/off the condensed index at 
+# top of each HTML page. The value NO (the default) enables the index and 
+# the value YES disables it.
+
+DISABLE_INDEX          = YES
+
+# This tag can be used to set the number of enum values (range [1..20]) 
+# that doxygen will group on one line in the generated HTML documentation.
+
+ENUM_VALUES_PER_LINE   = 1
+
+# If the GENERATE_TREEVIEW tag is set to YES, a side panel will be
+# generated containing a tree-like index structure (just like the one that 
+# is generated for HTML Help). For this to work a browser that supports 
+# JavaScript, DHTML, CSS and frames is required (for instance Mozilla 1.0+, 
+# Netscape 6.0+, Internet explorer 5.0+, or Konqueror). Windows users are 
+# probably better off using the HTML help feature.
+
+GENERATE_TREEVIEW      = NO
+
+# If the treeview is enabled (see GENERATE_TREEVIEW) then this tag can be 
+# used to set the initial width (in pixels) of the frame in which the tree 
+# is shown.
+
+TREEVIEW_WIDTH         = 250
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the LaTeX output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_LATEX tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate Latex output.
+
+GENERATE_LATEX         = NO
+
+# The LATEX_OUTPUT tag is used to specify where the LaTeX docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `latex' will be used as the default path.
+
+LATEX_OUTPUT           = latex
+
+# The LATEX_CMD_NAME tag can be used to specify the LaTeX command name to be 
+# invoked. If left blank `latex' will be used as the default command name.
+
+LATEX_CMD_NAME         = latex
+
+# The MAKEINDEX_CMD_NAME tag can be used to specify the command name to 
+# generate index for LaTeX. If left blank `makeindex' will be used as the 
+# default command name.
+
+MAKEINDEX_CMD_NAME     = makeindex
+
+# If the COMPACT_LATEX tag is set to YES Doxygen generates more compact 
+# LaTeX documents. This may be useful for small projects and may help to 
+# save some trees in general.
+
+COMPACT_LATEX          = NO
+
+# The PAPER_TYPE tag can be used to set the paper type that is used 
+# by the printer. Possible values are: a4, a4wide, letter, legal and 
+# executive. If left blank a4wide will be used.
+
+PAPER_TYPE             = letter
+
+# The EXTRA_PACKAGES tag can be to specify one or more names of LaTeX 
+# packages that should be included in the LaTeX output.
+
+EXTRA_PACKAGES         = 
+
+# The LATEX_HEADER tag can be used to specify a personal LaTeX header for 
+# the generated latex document. The header should contain everything until 
+# the first chapter. If it is left blank doxygen will generate a 
+# standard header. Notice: only use this tag if you know what you are doing!
+
+LATEX_HEADER           = 
+
+# If the PDF_HYPERLINKS tag is set to YES, the LaTeX that is generated 
+# is prepared for conversion to pdf (using ps2pdf). The pdf file will 
+# contain links (just like the HTML output) instead of page references 
+# This makes the output suitable for online browsing using a pdf viewer.
+
+PDF_HYPERLINKS         = YES
+
+# If the USE_PDFLATEX tag is set to YES, pdflatex will be used instead of 
+# plain latex in the generated Makefile. Set this option to YES to get a 
+# higher quality PDF documentation.
+
+USE_PDFLATEX           = YES
+
+# If the LATEX_BATCHMODE tag is set to YES, doxygen will add the \\batchmode. 
+# command to the generated LaTeX files. This will instruct LaTeX to keep 
+# running if errors occur, instead of asking the user for help. 
+# This option is also used when generating formulas in HTML.
+
+LATEX_BATCHMODE        = YES
+
+# If LATEX_HIDE_INDICES is set to YES then doxygen will not 
+# include the index chapters (such as File Index, Compound Index, etc.) 
+# in the output.
+
+LATEX_HIDE_INDICES     = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the RTF output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_RTF tag is set to YES Doxygen will generate RTF output 
+# The RTF output is optimized for Word 97 and may not look very pretty with 
+# other RTF readers or editors.
+
+GENERATE_RTF           = NO
+
+# The RTF_OUTPUT tag is used to specify where the RTF docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `rtf' will be used as the default path.
+
+RTF_OUTPUT             = rtf
+
+# If the COMPACT_RTF tag is set to YES Doxygen generates more compact 
+# RTF documents. This may be useful for small projects and may help to 
+# save some trees in general.
+
+COMPACT_RTF            = NO
+
+# If the RTF_HYPERLINKS tag is set to YES, the RTF that is generated 
+# will contain hyperlink fields. The RTF file will 
+# contain links (just like the HTML output) instead of page references. 
+# This makes the output suitable for online browsing using WORD or other 
+# programs which support those fields. 
+# Note: wordpad (write) and others do not support links.
+
+RTF_HYPERLINKS         = NO
+
+# Load stylesheet definitions from file. Syntax is similar to doxygen's 
+# config file, i.e. a series of assignments. You only have to provide 
+# replacements, missing definitions are set to their default value.
+
+RTF_STYLESHEET_FILE    = 
+
+# Set optional variables used in the generation of an rtf document. 
+# Syntax is similar to doxygen's config file.
+
+RTF_EXTENSIONS_FILE    = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the man page output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_MAN tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate man pages
+
+GENERATE_MAN           = NO
+
+# The MAN_OUTPUT tag is used to specify where the man pages will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `man' will be used as the default path.
+
+MAN_OUTPUT             = man
+
+# The MAN_EXTENSION tag determines the extension that is added to 
+# the generated man pages (default is the subroutine's section .3)
+
+MAN_EXTENSION          = .3
+
+# If the MAN_LINKS tag is set to YES and Doxygen generates man output, 
+# then it will generate one additional man file for each entity 
+# documented in the real man page(s). These additional files 
+# only source the real man page, but without them the man command 
+# would be unable to find the correct page. The default is NO.
+
+MAN_LINKS              = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the XML output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_XML tag is set to YES Doxygen will 
+# generate an XML file that captures the structure of 
+# the code including all documentation.
+
+GENERATE_XML           = NO
+
+# The XML_OUTPUT tag is used to specify where the XML pages will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `xml' will be used as the default path.
+
+XML_OUTPUT             = xml
+
+# The XML_SCHEMA tag can be used to specify an XML schema, 
+# which can be used by a validating XML parser to check the 
+# syntax of the XML files.
+
+XML_SCHEMA             = 
+
+# The XML_DTD tag can be used to specify an XML DTD, 
+# which can be used by a validating XML parser to check the 
+# syntax of the XML files.
+
+XML_DTD                = 
+
+# If the XML_PROGRAMLISTING tag is set to YES Doxygen will 
+# dump the program listings (including syntax highlighting 
+# and cross-referencing information) to the XML output. Note that 
+# enabling this will significantly increase the size of the XML output.
+
+XML_PROGRAMLISTING     = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options for the AutoGen Definitions output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_AUTOGEN_DEF tag is set to YES Doxygen will 
+# generate an AutoGen Definitions (see autogen.sf.net) file 
+# that captures the structure of the code including all 
+# documentation. Note that this feature is still experimental 
+# and incomplete at the moment.
+
+GENERATE_AUTOGEN_DEF   = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the Perl module output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_PERLMOD tag is set to YES Doxygen will 
+# generate a Perl module file that captures the structure of 
+# the code including all documentation. Note that this 
+# feature is still experimental and incomplete at the 
+# moment.
+
+GENERATE_PERLMOD       = NO
+
+# If the PERLMOD_LATEX tag is set to YES Doxygen will generate 
+# the necessary Makefile rules, Perl scripts and LaTeX code to be able 
+# to generate PDF and DVI output from the Perl module output.
+
+PERLMOD_LATEX          = NO
+
+# If the PERLMOD_PRETTY tag is set to YES the Perl module output will be 
+# nicely formatted so it can be parsed by a human reader.  This is useful 
+# if you want to understand what is going on.  On the other hand, if this 
+# tag is set to NO the size of the Perl module output will be much smaller 
+# and Perl will parse it just the same.
+
+PERLMOD_PRETTY         = YES
+
+# The names of the make variables in the generated doxyrules.make file 
+# are prefixed with the string contained in PERLMOD_MAKEVAR_PREFIX. 
+# This is useful so different doxyrules.make files included by the same 
+# Makefile don't overwrite each other's variables.
+
+PERLMOD_MAKEVAR_PREFIX = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the preprocessor   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# evaluate all C-preprocessor directives found in the sources and include 
+# files.
+
+ENABLE_PREPROCESSING   = YES
+
+# If the MACRO_EXPANSION tag is set to YES Doxygen will expand all macro 
+# names in the source code. If set to NO (the default) only conditional 
+# compilation will be performed. Macro expansion can be done in a controlled 
+# way by setting EXPAND_ONLY_PREDEF to YES.
+
+MACRO_EXPANSION        = YES
+
+# If the EXPAND_ONLY_PREDEF and MACRO_EXPANSION tags are both set to YES 
+# then the macro expansion is limited to the macros specified with the 
+# PREDEFINED and EXPAND_AS_PREDEFINED tags.
+
+EXPAND_ONLY_PREDEF     = YES
+
+# If the SEARCH_INCLUDES tag is set to YES (the default) the includes files 
+# in the INCLUDE_PATH (see below) will be search if a #include is found.
+
+SEARCH_INCLUDES        = NO
+
+# The INCLUDE_PATH tag can be used to specify one or more directories that 
+# contain include files that are not input files but should be processed by 
+# the preprocessor.
+
+INCLUDE_PATH           = 
+
+# You can use the INCLUDE_FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard 
+# patterns (like *.h and *.hpp) to filter out the header-files in the 
+# directories. If left blank, the patterns specified with FILE_PATTERNS will 
+# be used.
+
+INCLUDE_FILE_PATTERNS  = 
+
+# The PREDEFINED tag can be used to specify one or more macro names that 
+# are defined before the preprocessor is started (similar to the -D option of 
+# gcc). The argument of the tag is a list of macros of the form: name 
+# or name=definition (no spaces). If the definition and the = are 
+# omitted =1 is assumed. To prevent a macro definition from being 
+# undefined via #undef or recursively expanded use the := operator 
+# instead of the = operator.
+
+PREDEFINED  =  "itkNotUsed(x)="\
+               "itkStaticConstMacro(name,type,value)=static const type name = value"\
+               "itkSetInputMacro(name, type, number)= \
+                  virtual void Set##name##Input(const type *_arg); \
+                  virtual void SetInput##number(const type *_arg);" \
+               "itkGetInputMacro(name, type, number)= \
+                  virtual const type * Get##name##Input() const; \
+                  virtual const type * GetInput##number() const;" \
+               "itkSetMacro(name,type)= \
+                  virtual void Set##name (type _arg);" \
+               "itkGetMacro(name,type)= \
+                  virtual type Get##name ();" \
+               "itkGetConstMacro(name,type)= \
+                  virtual type Get##name () const;" \
+               "itkSetStringMacro(name)= \
+                  virtual void Set##name (const char* _arg);" \
+               "itkGetStringMacro(name)= \
+                  virtual const char* Get##name () const;" \
+               "itkSetClampMacro(name,type,min,max)= \
+                  virtual void Set##name (type _arg);" \
+               "itkSetObjectMacro(name,type)= \
+                  virtual void Set##name (type* _arg);" \
+               "itkGetObjectMacro(name,type)= \
+                  virtual type* Get##name ();" \
+               "itkSetConstObjectMacro(name,type)= \
+                  virtual void Set##name ( const type* _arg);" \
+               "itkGetConstObjectMacro(name,type)= \
+                  virtual const type* Get##name ();" \
+               "itkGetConstReferenceMacro(name,type)= \
+                  virtual const type& Get##name ();" \
+               "itkSetEnumMacro(name,type)= \
+                  virtual void Set##name (const type _arg);" \
+               "itkGetEnumMacro(name,type)= \
+                  virtual type Get##name () const;" \
+               "itkGetConstReferenceObjectMacro(name,type)= \
+                  virtual const type::Pointer& Get##name () const;" \
+               "itkSetDecoratedInputMacro(name, type, number)= \
+                  virtual void Set##name##Input(const SimpleDataObjectDecorator<type> *_arg); \
+                  virtual void SetInput##number(const SimpleDataObjectDecorator<type> *_arg); \
+                  virtual const SimpleDataObjectDecorator<type> * Get##name##Input() const; \
+                  virtual const SimpleDataObjectDecorator<type> * GetInput##number() const; \
+                  virtual void Set##name(const type &_arg);" \
+               "itkSetDecoratedObjectInputMacro(name, type, number)= \
+                  virtual void Set##name##Input(const DataObjectDecorator<type> *_arg); \
+                  virtual void SetInput##number(const DataObjectDecorator<type> *_arg); \
+                  virtual const DataObjectDecorator<type> * Get##name##Input() const; \
+                  virtual const DataObjectDecorator<type> * GetInput##number() const; \
+                  virtual void Set##name(const type *_arg);" \
+               "itkBooleanMacro(name)= \
+                  virtual void name##On (); \
+                  virtual void name##Off ();" \
+               "itkSetVector2Macro(name,type)= \
+                  virtual void Set##name (type _arg1, type _arg2) \
+                  virtual void Set##name (type _arg[2]);" \
+               "itkGetVector2Macro(name,type)= \
+                  virtual type* Get##name () const; \
+                  virtual void Get##name (type& _arg1, type& _arg2) const; \
+                  virtual void Get##name (type _arg[2]) const;" \
+               "itkSetVector3Macro(name,type)= \
+                  virtual void Set##name (type _arg1, type _arg2, type _arg3) \
+                  virtual void Set##name (type _arg[3]);" \
+               "itkGetVector3Macro(name,type)= \
+                  virtual type* Get##name () const; \
+                  virtual void Get##name (type& _arg1, type& _arg2, type& _arg3) const; \
+                  virtual void Get##name (type _arg[3]) const;" \
+               "itkSetVector4Macro(name,type)= \
+                  virtual void Set##name (type _arg1, type _arg2, type _arg3, type _arg4) \
+                  virtual void Set##name (type _arg[4]);" \
+               "itkGetVector4Macro(name,type)= \
+                  virtual type* Get##name () const; \
+                  virtual void Get##name (type& _arg1, type& _arg2, type& _arg3, type& _arg4) const; \
+                  virtual void Get##name (type _arg[4]) const;" \
+               "itkSetVector6Macro(name,type)= \
+                  virtual void Set##name (type _arg1, type _arg2, type _arg3, type _arg4, type _arg5, type _arg6) \
+                  virtual void Set##name (type _arg[6]);" \
+               "itkGetVector6Macro(name,type)= \
+                  virtual type* Get##name () const; \
+                  virtual void Get##name (type& _arg1, type& _arg2, type& _arg3, type& _arg4, type& _arg5, type& _arg6) const; \
+                  virtual void Get##name (type _arg[6]) const;" \
+               "itkSetVectorMacro(name,type,count)= \
+                  virtual void Set##name(type data[]);" \
+               "itkGetVectorMacro(name,type,count)= \
+                  virtual type* Get##name () const;" \
+               "itkNewMacro(type)= \
+                  static Pointer New();" \
+               "itkFactorylessNewMacro(x)= \
+                  static Pointer New(void); \
+                  virtual ::itk::LightObject::Pointer CreateAnother(void) const;" \
+               "itkTypeMacro(thisClass,superclass)= \
+                  virtual const char *GetNameOfClass() const;" \
+               "itkEventMacro(thisClass,superclass)= \
+                  class thisClass : public superclass {};" \
+               "itkConceptMacro(thisName,thisConcept)= \
+                  /** This class requires thisName \
+                      in the form of thisConcept */   \
+                  typedef thisConcept thisName;" \
+               "vcl_numeric_limits= \
+                  std::numeric_limits" \
+               "ITK_TYPENAME= \
+                  typename" \
+               "itkTemplateFloatingToIntegerMacro(name)= \
+                  template <TReturn, typename TInput> name( TInput x )" \
+               "FEM_ABSTRACT_CLASS(thisClass,parentClass)= \
+                  public:                                               \
+                    /** Standard "Self" typedef.*/                      \
+                    typedef thisClass Self;                             \
+                    /** Standard "Superclass" typedef. */               \
+                    typedef parentClass Superclass;                     \
+                    /** Pointer or SmartPointer to an object. */        \
+                    typedef Self* Pointer;                              \
+                    /** Const pointer or SmartPointer to an object. */  \
+                    typedef const Self* ConstPointer;                   \
+                  private:"                                             \
+               "FEM_CLASS(thisClass,parentClass)= \
+                  FEM_ABSTRACT_CLASS(thisClass,parentClass)             \
+                  public:                                               \
+                    /** Create a new object from the existing one  */   \
+                    virtual Baseclass::Pointer Clone() const;           \
+                    /** Class ID for FEM object factory */              \
+                    static const int CLID;                              \
+                    /** Virtual function to access the class ID */      \
+                    virtual int ClassID() const                         \
+                      { return CLID; }                                  \
+                    /** Object creation in an itk compatible way */     \
+                    static Self::Pointer New()                          \
+                      { return new Self(); }                            \
+                  private:"                                             \
+                  "FREEVERSION" "ERROR_CHECKING"                        \     
+                "HAS_TIFF" "HAS_JPEG" "HAS_NETLIB" "HAS_PNG" "HAS_ZLIB" \
+                "HAS_GLUT" "HAS_QT"                                     \
+               "VCL_USE_NATIVE_STL=1" "VCL_USE_NATIVE_COMPLEX=1"        \
+               "VCL_HAS_BOOL=1" "VXL_BIG_ENDIAN=1" "VXL_LITTLE_ENDIAN=0"\
+               "VNL_DLL_DATA=" "size_t=vcl_size_t"\
+               "ITK_HAS_INT_64"
+
+
+# If the MACRO_EXPANSION and EXPAND_ONLY_PREDEF tags are set to YES then 
+# this tag can be used to specify a list of macro names that should be expanded. 
+# The macro definition that is found in the sources will be used. 
+# Use the PREDEFINED tag if you want to use a different macro definition.
+
+EXPAND_AS_DEFINED      = 
+
+# If the SKIP_FUNCTION_MACROS tag is set to YES (the default) then 
+# doxygen's preprocessor will remove all function-like macros that are alone 
+# on a line, have an all uppercase name, and do not end with a semicolon. Such 
+# function macros are typically used for boiler-plate code, and will confuse 
+# the parser if not removed.
+
+SKIP_FUNCTION_MACROS   = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration::additions related to external references   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The TAGFILES option can be used to specify one or more tagfiles. 
+# Optionally an initial location of the external documentation 
+# can be added for each tagfile. The format of a tag file without 
+# this location is as follows: 
+#   TAGFILES = file1 file2 ... 
+# Adding location for the tag files is done as follows: 
+#   TAGFILES = file1=loc1 "file2 = loc2" ... 
+# where "loc1" and "loc2" can be relative or absolute paths or 
+# URLs. If a location is present for each tag, the installdox tool 
+# does not have to be run to correct the links.
+# Note that each tag file must have a unique name
+# (where the name does NOT include the path)
+# If a tag file is not located in the directory in which doxygen 
+# is run, you must also specify the path to the tagfile here.
+
+TAGFILES               =
+
+# When a file name is specified after GENERATE_TAGFILE, doxygen will create 
+# a tag file that is based on the input files it reads.
+
+GENERATE_TAGFILE       = @PROJECT_BINARY_DIR@/Doxygen/InsightDoxygen.tag
+
+# If the ALLEXTERNALS tag is set to YES all external classes will be listed 
+# in the class index. If set to NO only the inherited external classes 
+# will be listed.
+
+ALLEXTERNALS           = NO
+
+# If the EXTERNAL_GROUPS tag is set to YES all external groups will be listed 
+# in the modules index. If set to NO, only the current project's groups will 
+# be listed.
+
+EXTERNAL_GROUPS        = YES
+
+# The PERL_PATH should be the absolute path and name of the perl script 
+# interpreter (i.e. the result of `which perl').
+
+PERL_PATH              = /usr/bin/perl
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the dot tool   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the CLASS_DIAGRAMS tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate a inheritance diagram (in HTML, RTF and LaTeX) for classes with base 
+# or super classes. Setting the tag to NO turns the diagrams off. Note that 
+# this option is superseded by the HAVE_DOT option below. This is only a 
+# fallback. It is recommended to install and use dot, since it yields more 
+# powerful graphs.
+
+CLASS_DIAGRAMS         = YES
+
+# If set to YES, the inheritance and collaboration graphs will hide 
+# inheritance and usage relations if the target is undocumented 
+# or is not a class.
+
+HIDE_UNDOC_RELATIONS   = YES
+
+# If you set the HAVE_DOT tag to YES then doxygen will assume the dot tool is 
+# available from the path. This tool is part of Graphviz, a graph visualization 
+# toolkit from AT&T and Lucent Bell Labs. The other options in this section 
+# have no effect if this option is set to NO (the default)
+
+HAVE_DOT               = YES
+
+# If the CLASS_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for each documented class showing the direct and 
+# indirect inheritance relations. Setting this tag to YES will force the 
+# the CLASS_DIAGRAMS tag to NO.
+
+CLASS_GRAPH            = YES
+
+# If the COLLABORATION_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for each documented class showing the direct and 
+# indirect implementation dependencies (inheritance, containment, and 
+# class references variables) of the class with other documented classes.
+
+COLLABORATION_GRAPH    = YES
+
+# If the GROUP_GRAPHS and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for groups, showing the direct groups dependencies
+
+GROUP_GRAPHS           = YES
+
+# If the UML_LOOK tag is set to YES doxygen will generate inheritance and 
+# collaboration diagrams in a style similar to the OMG's Unified Modeling 
+# Language.
+
+UML_LOOK               = NO 
+
+# If set to YES, the inheritance and collaboration graphs will show the 
+# relations between templates and their instances.
+
+TEMPLATE_RELATIONS     = YES
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING, SEARCH_INCLUDES, INCLUDE_GRAPH, and HAVE_DOT 
+# tags are set to YES then doxygen will generate a graph for each documented 
+# file showing the direct and indirect include dependencies of the file with 
+# other documented files.
+
+INCLUDE_GRAPH          = YES
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING, SEARCH_INCLUDES, INCLUDED_BY_GRAPH, and 
+# HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen will generate a graph for each 
+# documented header file showing the documented files that directly or 
+# indirectly include this file.
+
+INCLUDED_BY_GRAPH      = YES
+
+# If the CALL_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen will 
+# generate a call dependency graph for every global function or class method. 
+# Note that enabling this option will significantly increase the time of a run. 
+# So in most cases it will be better to enable call graphs for selected 
+# functions only using the \callgraph command.
+
+CALL_GRAPH             = NO
+
+# If the GRAPHICAL_HIERARCHY and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will graphical hierarchy of all classes instead of a textual one.
+
+GRAPHICAL_HIERARCHY    = YES
+
+# If the DIRECTORY_GRAPH, SHOW_DIRECTORIES and HAVE_DOT tags are set to YES 
+# then doxygen will show the dependencies a directory has on other directories 
+# in a graphical way. The dependency relations are determined by the #include
+# relations between the files in the directories.
+
+DIRECTORY_GRAPH        = YES
+
+# The DOT_IMAGE_FORMAT tag can be used to set the image format of the images 
+# generated by dot. Possible values are png, jpg, or gif
+# If left blank png will be used.
+
+DOT_IMAGE_FORMAT       = png
+
+# The tag DOT_PATH can be used to specify the path where the dot tool can be 
+# found. If left blank, it is assumed the dot tool can be found in the path.
+
+DOT_PATH               = 
+
+# The DOTFILE_DIRS tag can be used to specify one or more directories that 
+# contain dot files that are included in the documentation (see the 
+# \dotfile command).
+
+DOTFILE_DIRS           = 
+
+# The MAX_DOT_GRAPH_WIDTH tag can be used to set the maximum allowed width 
+# (in pixels) of the graphs generated by dot. If a graph becomes larger than 
+# this value, doxygen will try to truncate the graph, so that it fits within 
+# the specified constraint. Beware that most browsers cannot cope with very 
+# large images.
+
+MAX_DOT_GRAPH_WIDTH    = 1024
+
+# The MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT tag can be used to set the maximum allows height 
+# (in pixels) of the graphs generated by dot. If a graph becomes larger than 
+# this value, doxygen will try to truncate the graph, so that it fits within 
+# the specified constraint. Beware that most browsers cannot cope with very 
+# large images.
+
+MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT   = 1024
+
+# The MAX_DOT_GRAPH_DEPTH tag can be used to set the maximum depth of the 
+# graphs generated by dot. A depth value of 3 means that only nodes reachable 
+# from the root by following a path via at most 3 edges will be shown. Nodes 
+# that lay further from the root node will be omitted. Note that setting this 
+# option to 1 or 2 may greatly reduce the computation time needed for large 
+# code bases. Also note that a graph may be further truncated if the graph's 
+# image dimensions are not sufficient to fit the graph (see MAX_DOT_GRAPH_WIDTH 
+# and MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT). If 0 is used for the depth value (the default), 
+# the graph is not depth-constrained.
+
+MAX_DOT_GRAPH_DEPTH    = 0
+
+# Set the DOT_TRANSPARENT tag to YES to generate images with a transparent 
+# background. This is disabled by default, which results in a white background. 
+# Warning: Depending on the platform used, enabling this option may lead to 
+# badly anti-aliased labels on the edges of a graph (i.e. they become hard to 
+# read).
+
+DOT_TRANSPARENT        = NO
+
+# Set the DOT_MULTI_TARGETS tag to YES allow dot to generate multiple output 
+# files in one run (i.e. multiple -o and -T options on the command line). This 
+# makes dot run faster, but since only newer versions of dot (>1.8.10) 
+# support this, this feature is disabled by default.
+
+DOT_MULTI_TARGETS      = YES
+
+# If the GENERATE_LEGEND tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate a legend page explaining the meaning of the various boxes and 
+# arrows in the dot generated graphs.
+
+GENERATE_LEGEND        = YES
+
+# If the DOT_CLEANUP tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# remove the intermediate dot files that are used to generate 
+# the various graphs.
+
+DOT_CLEANUP            = YES
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration::additions related to the search engine   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The SEARCHENGINE tag specifies whether or not a search engine should be 
+# used. If set to NO the values of all tags below this one will be ignored.
+
+SEARCHENGINE           = NO
diff --git a/Doxygen/itkdoxygen.pl.in b/Doxygen/itkdoxygen.pl.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..33054b5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,9 @@
+# for vxl files run the vxl_doxy.pl script, and use itkgroup.pl for all other files
+if ( $ARGV[0] =~ /(vxl|vcl|vnl)/) 
+{
+    system ("perl @ITK_SOURCE_DIR@/Utilities/Doxygen/vxl_doxy.pl $ARGV[0]");
+}
+else
+{
+    system ("perl @ITK_SOURCE_DIR@/Utilities/Doxygen/itkgroup.pl $ARGV[0]");
+}
diff --git a/Doxygen/itkgroup.pl b/Doxygen/itkgroup.pl
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f5276d3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,84 @@
+# if regular doxycomment add a @{
+# at next empty line add a //@}
+
+$ingroup = 0;
+$semicount =0;
+$endbracecount = 0;
+$endparencount = 0;
+while(<>)
+{
+    chomp;
+    $line = $_;
+# if the line is not an empty line
+    if( $line =~ /\S+/ )
+    {
+       if ( /\/\*\*(.*)/ )
+       {
+            # I guess it was not a group, dump savebuffer
+            if($ingroup)
+            { 
+                print "/**" . $savebuffer . "\n";
+            }
+            # if it is a class or brief then output the line but
+            # do not start a group
+           if ( /(\\class|\\brief)/ )
+           {
+               print $line . "\n";
+           }
+            # must be a group so start saving
+           else
+           {
+                $savebuffer = "$1" . "\n";
+               $ingroup = 1;
+                $semicount = 0;
+                $endbracecount = 0;
+                $endparencount = 0;
+           }
+       }
+       else
+       {
+            # add to save buffer if in group
+            if($ingroup)
+            {
+                $savebuffer = $savebuffer . $_ . "\n";
+            }
+            else
+            {
+                # non empty line that is not the start of a doxy comment
+                print $_ . "\n";
+            }
+       }
+        if($line =~ /;/ )
+        {
+            $semicount = $semicount + 1;
+        }
+        if($line =~ /\}/ )
+        {
+            $endbracecount = $endbracecount + 1;
+        }
+        if($line =~ /\)/ )
+        {
+            $endparencount = $endparencount + 1;
+        }
+    }
+    else
+    {
+       if($ingroup)
+       {
+            if($endparencount > 1 && ($semicount > 1 || $endbracecount > 1))
+            {
+                print "/**@\{" . $savebuffer . "//@}\n\n";
+            }
+            else
+            {
+                print "/**" . $savebuffer . "\n";
+            }
+            $savebuffer = "";
+           $ingroup = 0;
+       }
+       else
+       {
+           print $line . "\n";
+       }
+    }
+}
diff --git a/Doxygen/vxl_doxy.pl b/Doxygen/vxl_doxy.pl
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f359025
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,127 @@
+#!/bin/sh
+# -*- perl -*-
+exec perl -w -x $0 ${1+"$@"}
+#!perl
+#line 6
+# If Windows barfs at line 3 here, you will need to run perl -x vxl_doxy.pl
+# You can set up as a permanent file association using the following commands
+#  >assoc .pl-PerlScript
+#  >ftype PerlScript=Perl=C:\Perl\bin\Perl.exe -x "%1" %* 
+
+# Script to change the perceps documentation format to Doxygen (JavaDoc) format
+# Authors:
+#         Dave Cooper
+#         Maarten Vergauwen
+# Date:
+#      17/02/2000
+# Modified:
+# 11 April 2001 Ian Scott.   Remove support for old perceps commands
+#  5 May   2001 Geoff Cross. Correctly handle end of verbatim blocks. Allow two contiguous comments
+#  10 May  2001 Ian Scott. Merged Geoffs and my changes
+
+
+# patterns to be matched
+$verbpatt = '\\\\verbatim';
+$endverbpatt = '\\\\endverbatim';
+$slashslashpatt = '^\\s*//';
+$slashslashcolonpatt = '^\\s*//:';
+$slashstarstarpatt = '/**';
+$spacespacepatt = '  ';
+$starpatt = '*';
+$starslashpatt = '*/';
+
+# variables that keep state:
+
+# comment found -> first line should start with /**, next lines with *, last line with */
+$comment = 0;
+
+# verbatim found -> lines should not start with * (visible in Doxygen)
+$verbatim = 0;
+# finish verbatim mode at the end of this line.
+$should_end_verbatim = 0;
+
+$debug = 0;
+
+# mainloop
+while (<>)
+{
+    # preprocessing
+    s/\bVCL_SUNPRO_CLASS_SCOPE_HACK\s*\([^()]*\)//g;
+    s/\bVCL_SUNPRO_ALLOCATOR_HACK\s*\(([^()]*)\)/$1/g;
+    s/\bVCL_CAN_STATIC_CONST_INIT_(INT|FLOAT)\b/1/g;
+    s/\bVCL_STATIC_CONST_INIT_(INT|FLOAT)\s*\(([^()]*)\)/= $2/g;
+    s/\bVCL_DFL_TYPE_PARAM_STLDECL\s*\(([^,()]*),([^,()]*)\)/class $1 = $2 /g;
+    s/\bDECLARE_DYNCREATE\s*\([^()]*\)//g; # for MFC
+
+    if ( $should_end_verbatim )
+    {
+        $verbatim = 0;
+        $should_end_verbatim = 0;
+    }
+
+    # found verbatim ?
+    if ( m/$verbpatt/ ) { $verbatim = 1; };
+
+    # found endverbatim ?
+    if ( m/$endverbpatt/ ) { $should_end_verbatim = 1; };
+
+    # found start of comment: "//:"  ?
+    if ( s!$slashslashcolonpatt!$slashstarstarpatt! )
+    {
+        chomp; s/\s*$//;
+        # escape a space following a dot, add a dot at the end,
+#       # and finish brief doc, unless the line is empty or only has '\file':
+        unless (m!^\s*\/\*\*\s*(\\file)?\s*$!) {
+#         s/\. /.\\ /g; s/(\.)?\s*$/. \*\/\n\/\*/;
+          s/\. /.\\ /g; s/(\.)?\s*$/.\n/;
+        }
+        else { s/$/\n/; }
+
+        if ($comment)
+        {
+            # Previous comment hasn't ended--two contiguous comment blocks.
+            # (Should not happen.)
+            print STDERR "Two contiguous comment blocks -- this should not happen\n";
+            print "*/\n";
+        }
+        $comment = 1;
+        print; next;
+    }
+
+    # Replace '$' with '\f$' (TeX math mode)
+    s/(\\f)?\$(.+?)(\\f)?\$/\\f\$$2\\f\$/g if ($comment);
+
+    # found continuation of comment WITH verbatim -> no "*"
+    if ( m!$slashslashpatt! && $verbatim && $comment)
+    {
+        s!$slashslashpatt!$spacespacepatt!;
+#       # Make 'Modifications' a section title:
+#       s!\b(Modifications?)\b\:?!\<H2\>$1\<\/H2\>!;
+        # remove lines of the form ========= or +-+-+-+-+ or ********* or longer:
+        print unless m/^\s*[*=+-]{9,}\s*$/; next;
+    }
+
+    # found continuation of comment WITHOUT verbatim -> start line with "*"
+    if ( m!$slashslashpatt! && $comment )
+    {
+        s!$slashslashpatt!$starpatt!;
+        # remove lines of the form ========= or +-+-+-+-+ or ********* or longer:
+        print unless m/^\s*[*=+-]{9,}\s*$/; next;
+    }
+
+    # found end of comment -> start line with */
+    # NOTE that *every* line within a comment (also empty lines) *must* start with // !
+    # (In an earlier version of this script, empty lines were allowed inside comments.)
+    if ( $comment && ! m!$slashslashpatt!  )
+    {
+        print "$starslashpatt\n";
+        $comment = 0;
+        print; next;
+    }
+
+    # just print line if not in comment or in file
+    if ( !$comment ) { print; next; }
+
+    # debug - print unprocessed lines (s.b. none)
+    if ($debug) { print "LNP:\t"; print; }
+}