]> Creatis software - gdcm.git/commitdiff
Pour décoder proprement les champs de 'value Multiplicity' > 1
authorjpr <jpr>
Mon, 10 Mar 2003 10:39:04 +0000 (10:39 +0000)
committerjpr <jpr>
Mon, 10 Mar 2003 10:39:04 +0000 (10:39 +0000)
ex : Unsigned Short, longueur 8 ...

src/gdcmCommon.h
src/gdcmElValSet.cxx
src/gdcmElValSet.h
src/gdcmFile.cxx
src/gdcmFile.h
src/gdcmHeader.cxx

index ba376a4228e5d2468a886f483008c1b6c71fa402..4041279b27425ca3bd2ea56e4713e0d83fb44875 100644 (file)
@@ -7,11 +7,15 @@
 #include <stdint.h>
 #define guint16 uint16_t
 #define guint32 uint32_t
+#define gint16  int16_t
+#define gint32  int32_t
 #endif
 
 #ifdef _MSC_VER 
 typedef  unsigned short guint16;
 typedef  unsigned int   guint32;
+typedef  short                 gint16;
+typedef  int                   gint32;
 #endif
 
 #ifdef _MSC_VER
index cd60c7643e1b8ef423dcbc82b83342240569fc4d..cfdae3cfe9b9fb5b4a29fc59fa79ba7e0955cd46 100644 (file)
@@ -3,6 +3,11 @@
 #include "gdcmUtil.h"
 #include "gdcmElValSet.h"
 
+
+#include <vector>
+static void Tokenize (const string& str, vector<string>& tokens, const string& delimiters = " ");
+
+
 TagElValueHT & ElValSet::GetTagHt(void) {
        return tagHt;
 }
@@ -142,8 +147,13 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) {
        guint32 lgr;
        const char * val;
        string vr;
-       guint32 val_int32;
-       guint16 val_int16;
+       guint32 val_uint32;
+       gint32  val_int32;
+       guint16 val_uint16;
+       gint16  val_int16;
+       
+       vector<string> tokens;
+       
        void *ptr;
        char str_lgrCalcGroupe[10];
        
@@ -166,6 +176,8 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) {
        //
        // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
                
+       if (0)  // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment!
+       
        for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
                  tag != tagHt.end();
                  ++tag){
@@ -189,7 +201,7 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) {
                        }       
                        
                        if (deja) {
-                               sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
+                               //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
                                elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe);
                                lgrCalcGroupe = 0;
                        }
@@ -208,7 +220,6 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) {
                        lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();  // Gr + Num + Lgr + LgrElem 
                        
                        printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe);
-
                }               
        }
        
@@ -224,11 +235,6 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) {
        for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
                  tag2 != tagHt.end();
                  ++tag2){
-
-               // Question :
-               // peut-on se passer des affectations?
-               // - passer l'adresse du resultat d'une fonction (???)
-               // - acceder au champ sans passer par un accesseur ?
                
                gr =  tag2->second->GetGroup();
                el =  tag2->second->GetElement();
@@ -243,19 +249,201 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) {
                
                // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr  + VR)
                
-               fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);                       //lgr
+               fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);               //lgr
+               
+               tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
+               Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
+               
+               //printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
+               //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());}
+               
                
                if (vr == "US" || vr == "SS") {
+                       /*
                        val_int16 = atoi(val);
                        ptr = &val_int16;
                        fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        
                        continue;
+                       */
+                       
+                       for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+                               val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());           
+                               ptr = &val_uint16;
+                               fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+                       }
+                       continue;
+                       
                }
                if (vr == "UL" || vr == "SL") {
+                       /*
                        val_int32 = atoi(val);
                        ptr = &val_int32;
                        fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);        
                        continue;
+                       */
+                       
+                       
+                       for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+                               val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());           
+                               ptr = &val_uint32;
+                               fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+                       }
+                       continue;                               
+                       
+               }       
+               
+               // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
+               if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
+
+               fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
+       }
+               
+       return(1);
+}
+
+
+
+
+int ElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) {
+
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+// ATTENTION : fusioner le code avec celui de lValSet::Write
+
+
+       guint16 gr, el;
+       guint32 lgr;
+       const char * val;
+       string vr;
+       guint32 val_uint32;
+       gint32  val_int32;
+       guint16 val_uint16;
+       gint16  val_int16;
+       
+       vector<string> tokens;
+       
+       void *ptr;
+       char str_lgrCalcGroupe[10];
+       
+       //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write
+       
+       // Utilisées pour le calcul Group Length
+       int deja = 0;
+       guint32 lgrCalcGroupe=0;
+       ElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
+       guint16 grCourant = 0;
+       
+       // Question :
+       // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
+       // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
+       //
+
+       // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
+       // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
+       // dans l'image native
+       //
+       // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
+               
+       if (1)  // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment!
+       
+       for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
+                 tag != tagHt.end();
+                 ++tag){
+
+               elem = tag->second;
+               //printf("gr %04x el %04x lgr %d\n",elem->GetGroup(), elem->GetElement(), elem->GetLength());
+       
+               if ( (elem->GetGroup() != grCourant) &&   
+                        (elem->GetGroup() != 0xfffe)   ) {     // On arrive sur un nv Groupe
+                        
+               //printf("Nouv Groupegr %04x el %04x \n",elem->GetGroup(), elem->GetElement());
+
+                       elemZ = elem; 
+                        
+                       if(elemZ->GetElement() != 0x0000) {     // pas d'element 'Lgr groupe'
+                               // On crée
+                               gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(grCourant, 0x0000, "UL");
+                               elemZ = new ElValue(tagZ); // on le cree
+                               elemZ->SetLength(4);
+                               Add(elemZ);                                      // On l'accroche à sa place    
+                       }       
+                       
+                       if (deja) {
+                               //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
+                               elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe);
+                               lgrCalcGroupe = 0;
+                       }
+                       deja = 1;
+                       
+                       lgrCalcGroupe =  12; //2 + 2 + 4 + 4; // Gr + Num + Lgr + LgrGroupe
+                       //printf ("lgrCalcGroupe %d\n",lgrCalcGroupe);
+                       
+                       elemZPrec = elemZ;
+                       grCourant = elem->GetGroup();
+                                                       
+               } else {                // On n'EST PAS sur un nv Groupe
+               
+                       //printf ("lgrCalcGroupe avant : %d LgrElem %d\n",lgrCalcGroupe,elem->GetLength());
+
+                       lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();  // Gr + Num + Lgr + LgrElem 
+                       
+                       //printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe);
+               }               
+       }
+       
+       // Si on fait de l'implicit VR little Endian 
+       // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
+       // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID
+       
+       // supprime par rapport à Write         
+       //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);        
+       //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);  // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas 
+               
+       // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
+       
+       for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+                 tag2 != tagHt.end();
+                 ++tag2){
+
+               gr =  tag2->second->GetGroup();
+                                               // saut des groupes speciaux DICOM V3
+               if (gr < 0x0008) continue;      // ajouté par rapport à Write
+                                               // saut des groupes impairs
+               if (gr %2)       continue;      // ajouté par rapport à Write
+               
+               el =  tag2->second->GetElement();
+               lgr = tag2->second->GetLength();
+               val = tag2->second->GetValue().c_str();
+               vr =  tag2->second->GetVR();
+                       
+               fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        //group
+               fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        //element
+                               
+               // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr  + VR)
+               
+               fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);               //lgr
+               
+               tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
+               Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
+               
+               if (vr == "US" || vr == "SS") {
+
+                       for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+                               val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());           
+                               ptr = &val_uint16;
+                               fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+                       }
+                       continue;
+                       
+               }
+               if (vr == "UL" || vr == "SL") {
+                       for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+                               val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());           
+                               ptr = &val_uint32;
+                               fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+                       }
+                       continue;                               
+                       
                }       
                
                // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
@@ -266,3 +454,19 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) {
                
        return(1);
 }
+
+
+
+
+// mettre ça dans une bibliothèque d'utilitaires ?
+// ca peut servir
+
+static void Tokenize (const string& str, vector<string>& tokens, const string& delimiters = " ") {
+       string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters,0);
+       string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters,lastPos);
+       while (string::npos != pos || string::npos != lastPos) {
+               tokens.push_back(str.substr(lastPos, pos - lastPos));
+               lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
+               pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
+       }
+}
index e59c9fe3875208497803614dd805fd42cdb9b254..eccd5584ab8e15cc35cf6bdc8f4b210f2650fdb5 100644 (file)
@@ -21,6 +21,7 @@ public:
        void Print(ostream &);
        void PrintByName(ostream &);
        int  Write(FILE *fp);
+       int  WriteAcr(FILE *fp);
        ElValue* GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element);
        ElValue* GetElementByName  (string);
        string   GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element);
index 73bc1756cdae9b7efbcbdb95af9755be7f68ea82..0a71c03e104d1099805d51b33570bd7dc62618ad 100644 (file)
@@ -450,4 +450,42 @@ int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) {
        return(1);
 }
        
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup   gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA 
+ * \ (a l'attention des logiciels cliniques 
+ * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
+ * \ si un header DICOM est fourni en entree,
+ * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
+ * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * \ (Equivalent a IdDcmWrite) 
+ *
+ * @param 
+ *
+ * @return     
+ */
+
+int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
 
+       FILE * fp1;
+       fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+       if (fp1 == NULL) {
+               printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+               return (0);
+       } 
+
+       // un accesseur de + est obligatoire ???
+       // pourtant le ElValSet contenu dans le gdcmHeader 
+       // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
+       
+       GetPubElVals().WriteAcr(fp1);
+               
+       fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
+
+       fclose (fp1);
+       return(1);
+}
index 2afd67c701ecbeb493bb7a8993e5bfc9c435ef8f..90ec3b85c97507edd3ba31af38363b1737baa6d2 100644 (file)
@@ -95,6 +95,7 @@ public:
                
        int WriteRawData (string nomFichier);
        int WriteDcm     (string nomFichier);
+       int WriteAcr     (string nomFichier);
 };
 
 #endif
index bac92ce95997e8092fc801018dddf1cb5a983d26..cfa470a3cc374fb748e1632dddc93b345c9947a4 100644 (file)
@@ -913,19 +913,34 @@ bool gdcmHeader::IsAnInteger(ElValue * ElVal) {
          dbg.Error("gdcmHeader::IsAnInteger",
                    "Erroneous Group Length element length.");
    }
-   
+   /*          
+   // on le traite tt de même (VR peut donner l'info)
+               // faire qq chose + ruse (pas de test si pas de VR)  
    if ( group % 2 != 0 )
       // We only have some semantics on documented elements, which are
       // the even ones.
-      return false;
+      return false; 
+    */
    
+   /*
    if ( (length != 4) && ( length != 2) )
       // Swapping only make sense on integers which are 2 or 4 bytes long.
+               
+               // En fait, pour les entiers de 'Value Multiplicity' supérieur a 1
+               // la longueur n'est pas forcement 2 ou 4 
+               // ET il faudra swapper.
       return false;
+    */
    
    if ( (vr == "UL") || (vr == "US") || (vr == "SL") || (vr == "SS") )
       return true;
    
+   
+   // est-ce encore utile?
+   // mieux vaut modifier le source du Dicom Dictionnaty 
+   // et remplacer pour ces 2 cas  RET par US
+   
    if ( (group == 0x0028) && (element == 0x0005) )
       // The "Image Dimensions" tag is retained from ACR/NEMA and contains
       // the number of dimensions of the contained object (1 for Signal,