]> Creatis software - clitk.git/commitdiff
remove the old filters directory
authorschaerer <schaerer>
Tue, 27 Jul 2010 08:17:13 +0000 (08:17 +0000)
committerschaerer <schaerer>
Tue, 27 Jul 2010 08:17:13 +0000 (08:17 +0000)
filters/.cvsignore [deleted file]
filters/CMakeLists.txt [deleted file]
filters/clitkBinarizeImage.ggo [deleted file]
filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.cxx [deleted file]
filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.h [deleted file]
filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.txx [deleted file]

diff --git a/filters/.cvsignore b/filters/.cvsignore
deleted file mode 100644 (file)
index 59659d6..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-*_ggo.*
diff --git a/filters/CMakeLists.txt b/filters/CMakeLists.txt
deleted file mode 100644 (file)
index 9225fd7..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,30 +0,0 @@
-#=========================================================
-INCLUDE(../cmake/common.cmake)
-
-#=========================================================
-# make clitk libraries
-
-# WRAP_GGO(clitkFilters_GGO_C
-#   clitkBinarizeImage.ggo
-#   clitkUnsharpMask.ggo
-#   clitkFooImage.ggo
-#   clitkImageArithm.ggo
-#   clitkMedianImageFilter.ggo
-#   clitkAutoCrop.ggo
-#   clitkImageResample.ggo
-# )
-
-# SET(clitkFilters_SRC
-#   ${clitkFilters_GGO_C}
-#   clitkGuerreroVentilationGenericFilter.cxx
-#   clitkImageConvertGenericFilter.cxx
-#   clitkImageFillRegionGenericFilter.cxx
-#   clitkImageResampleGenericFilter.cxx
-#   ../tools/clitkResampleImageGenericFilter.cxx
-#   clitkSplitImageGenericFilter.cxx
-#   clitkVFResampleGenericFilter.cxx
-#   clitkMedianImageGenericFilter.cxx
-# )  
-
-
-# ADD_LIBRARY(clitkFilters STATIC ${clitkFilters_SRC})
diff --git a/filters/clitkBinarizeImage.ggo b/filters/clitkBinarizeImage.ggo
deleted file mode 100644 (file)
index 6f99548..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,18 +0,0 @@
-#File clitkBinarizeImage.ggo
-package "clitkBinarizeImage"
-version "1.0"
-purpose ""
-
-option "config"                -       "Config file"                     string        no
-option "verbose"       v       "Verbose"                         flag          off
-option "imagetypes"    -       "Display allowed image types"     flag          off
-
-option "input"         i       "Input image filename"            string        yes
-option "output"        o       "Output image filename"           string        yes
-option "lower"         l       "Lower intensity (default=min), fg is greater than this value"    double        no
-option "upper"         u       "Upper intensity (default=max), fg is lower than this value"      double        no
-
-option "fg"                    -       "Foreground (FG) or 'inside' value"               double        no      default="1"
-option "bg"                    -       "Background (BG) or 'ouside' value"               double        no      default="0"
-option "mode"          -       "Use FG and/or BG values (if FG, the BG is replaced by the input image values)" values="FG","BG","both"  default="both" required
-
diff --git a/filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.cxx b/filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.cxx
deleted file mode 100644 (file)
index 6e5a5f4..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,32 +0,0 @@
-/*=========================================================================
-  Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
-
-  Authors belong to:
-  - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
-  - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
-  - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
-
-  This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
-  the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
-  PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
-
-  It is distributed under dual licence
-
-  - BSD        See included LICENSE.txt file
-  - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
-======================================================================-====*/
-#ifndef clitkBinarizeImageGenericFilter_cxx
-#define clitkBinarizeImageGenericFilter_cxx
-
-/* =================================================
- * @file   clitkBinarizeImageGenericFilter.cxx
- * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
- * @date   29 june 2009
- *
- * @brief
- *
- ===================================================*/
-
-#include "clitkBinarizeImageGenericFilter.h"
-
-#endif  //#define clitkBinarizeImageGenericFilter_cxx
diff --git a/filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.h b/filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.h
deleted file mode 100644 (file)
index 7f6ba4c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,74 +0,0 @@
-/*=========================================================================
-  Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
-
-  Authors belong to: 
-  - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
-  - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
-  - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
-
-  This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
-  the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
-  PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
-
-  It is distributed under dual licence
-
-  - BSD        See included LICENSE.txt file
-  - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
-======================================================================-====*/
-
-#ifndef CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_H
-#define CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_H
-
-#include "clitkIO.h"
-#include "clitkImageToImageGenericFilter.h"
-
-//--------------------------------------------------------------------
-namespace clitk 
-{
-  
-  template<class args_info_type>
-  class ITK_EXPORT BinarizeImageGenericFilter: 
-    public ImageToImageGenericFilter<BinarizeImageGenericFilter<args_info_type> >
-  {
-    
-  public:
-
-    //--------------------------------------------------------------------
-    BinarizeImageGenericFilter();
-
-    //--------------------------------------------------------------------
-    typedef BinarizeImageGenericFilter         Self;
-    typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
-    typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
-   
-    //--------------------------------------------------------------------
-    // Method for creation through the object factory
-    // and Run-time type information (and related methods)
-    itkNewMacro(Self);  
-    itkTypeMacro(BinarizeImageGenericFilter, LightObject);
-
-    //--------------------------------------------------------------------
-    void SetArgsInfo(const args_info_type & a);
-
-    //--------------------------------------------------------------------
-    // Main function called each time the filter is updated
-    template<class InputImageType>  
-    void UpdateWithInputImageType();
-
-  protected:
-    template<unsigned int Dim> void InitializeImageType();
-    args_info_type mArgsInfo;
-    
-  }; // end class
-  //--------------------------------------------------------------------
-    
-} // end namespace clitk
-//--------------------------------------------------------------------
-
-//--------------------------------------------------------------------
-#ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
-#include "clitkBinarizeImageGenericFilter.txx"
-#endif
-//--------------------------------------------------------------------
-
-#endif // #define clitkBinarizeImageGenericFilter_h
diff --git a/filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.txx b/filters/clitkBinarizeImageGenericFilter.txx
deleted file mode 100644 (file)
index 61a4277..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,168 +0,0 @@
-/*=========================================================================
-  Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
-
-  Authors belong to:
-  - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
-  - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
-  - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
-
-  This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
-  the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
-  PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
-
-  It is distributed under dual licence
-
-  - BSD        See included LICENSE.txt file
-  - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
-======================================================================-====*/
-
-#ifndef CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_TXX
-#define CLITKBINARIZEIMAGEGENERICFILTER_TXX
-
-// itk include
-#include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
-#include "itkMaskImageFilter.h"
-#include "itkMaskNegatedImageFilter.h"
-
-#include <clitkCommon.h>
-// #include <tiff.h>
-
-namespace clitk
-{
-
-//--------------------------------------------------------------------
-template<class args_info_type>
-BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::BinarizeImageGenericFilter():
-  ImageToImageGenericFilter<Self>("Binarize")
-{
-  InitializeImageType<2>();
-  InitializeImageType<3>();
-  InitializeImageType<4>();
-}
-//--------------------------------------------------------------------
-
-
-//--------------------------------------------------------------------
-template<class args_info_type>
-template<unsigned int Dim>
-void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
-{
-  ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
-}
-//--------------------------------------------------------------------
-
-
-//--------------------------------------------------------------------
-template<class args_info_type>
-void BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
-{
-  mArgsInfo=a;
-  SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
-  if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
-
-  if (mArgsInfo.input_given) {
-    SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
-  }
-  if (mArgsInfo.output_given) {
-    SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
-  }
-}
-//--------------------------------------------------------------------
-
-
-//--------------------------------------------------------------------
-// Update with the number of dimensions and the pixeltype
-//--------------------------------------------------------------------
-template<class args_info_type>
-template<class InputImageType>
-void
-BinarizeImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
-{
-
-  // Reading input
-  typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
-
-  // Main filter
-  typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
-  typedef itk::Image<uchar, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
-
-  // Filter
-  typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
-  typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
-  thresholdFilter->SetInput(input);
-  thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
-
-  if (mArgsInfo.lower_given) thresholdFilter->SetLowerThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.lower_arg));
-  if (mArgsInfo.upper_given) thresholdFilter->SetUpperThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.upper_arg));
-
-  // DD(mArgsInfo.lower_given);
-  // DD(mArgsInfo.upper_given);
-  // DD(mArgsInfo.lower_arg);
-  // DD(mArgsInfo.upper_arg);
-  // DD(mArgsInfo.fg_arg);
-  // DD(mArgsInfo.bg_arg);
-  // DD(mArgsInfo.fg_given);
-  // DD(mArgsInfo.bg_given);
-  // DD(mArgsInfo.mode_arg);
-
-//     DD(mArgsInfo.useFG_flag);
-//     DD(mArgsInfo.useBG_flag);
-
-//     thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
-
-//     // Keep BG value to 0 if maskFilterType is used after
-//     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
-//       thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
-//     }
-//     else {
-//       DD("0");
-//       thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
-//     }
-
-//     // thresholdFilter->Update();
-
-//     // If no BG or no FG : new image, copy input with MaskImageFilter
-//     // If setFG -> FG BG have been changed
-//     if (mArgsInfo.useBG_flag && mArgsInfo.useFG_flag) {
-// =======
-  /* Three modes :
-     - FG -> only use FG value for pixel in the Foreground (or Inside), keep input values for outside
-     - BG -> only use BG value for pixel in the Background (or Outside), keep input values for inside
-     - both -> use FG and BG (real binary image)
-  */
-  if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("both")) {
-    thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
-    thresholdFilter->Update();
-    //>>>>>>> 1.5
-    typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
-    this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
-  } else {
-    typename InputImageType::Pointer outputImage;
-    thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
-    if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("BG")) {
-      typedef itk::MaskImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
-      typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
-      maskFilter->SetInput1(input);
-      maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
-      maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
-      maskFilter->Update();
-      outputImage = maskFilter->GetOutput();
-    } else {
-      typedef itk::MaskNegatedImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
-      typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
-      maskFilter->SetInput1(input);
-      maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
-      maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
-      maskFilter->Update();
-      outputImage = maskFilter->GetOutput();
-    }
-    // Write/Save results
-    this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage);
-  }
-}
-//--------------------------------------------------------------------
-
-
-}//end clitk
-
-#endif //#define clitkBinarizeImageGenericFilter_txx