]> Creatis software - clitk.git/commitdiff
Reformat with astyle, Kumar had to convert it to dos style
authorsrit <srit>
Thu, 16 Sep 2010 15:47:28 +0000 (15:47 +0000)
committersrit <srit>
Thu, 16 Sep 2010 15:47:28 +0000 (15:47 +0000)
itk/itkBinaryThinningImageFilter3D.txx

index e219c1602ab50653b3273838dfa517988a20a90a..b9115a98b620fb929b9fb1fd70a5405cbe3931ee 100644 (file)
-#ifndef _itkBinaryThinningImageFilter3D_txx\r
-#define _itkBinaryThinningImageFilter3D_txx\r
-\r
-#include <iostream>\r
-\r
-#include "itkBinaryThinningImageFilter3D.h"\r
-#include "itkImageRegionConstIterator.h"\r
-#include "itkImageRegionIterator.h"\r
-#include "itkNeighborhoodIterator.h"\r
-#include <vector>\r
-\r
-namespace itk\r
-{\r
-\r
-/**\r
- *    Constructor\r
- */\r
-template <class TInputImage,class TOutputImage>\r
-BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>\r
-::BinaryThinningImageFilter3D()\r
-{\r
-\r
-  this->SetNumberOfRequiredOutputs( 1 );\r
-\r
-  OutputImagePointer thinImage = OutputImageType::New();\r
-  this->SetNthOutput( 0, thinImage.GetPointer() );\r
-\r
-}\r
-\r
-/**\r
- *  Return the thinning Image pointer\r
- */\r
-template <class TInputImage,class TOutputImage>\r
-typename BinaryThinningImageFilter3D<\r
-  TInputImage,TOutputImage>::OutputImageType * \r
-BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>\r
-::GetThinning(void)\r
-{\r
-  return  dynamic_cast< OutputImageType * >(\r
-    this->ProcessObject::GetOutput(0) );\r
-}\r
-\r
-\r
-/**\r
- *  Prepare data for computation\r
- *  Copy the input image to the output image, changing from the input\r
- *  type to the output type.\r
- */\r
-template <class TInputImage,class TOutputImage>\r
-void \r
-BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>\r
-::PrepareData(void) \r
-{\r
-  \r
-  itkDebugMacro(<< "PrepareData Start");\r
-  OutputImagePointer thinImage = GetThinning();\r
-\r
-  InputImagePointer  inputImage  = \r
-    dynamic_cast<const TInputImage  *>( ProcessObject::GetInput(0) );\r
-\r
-  thinImage->SetBufferedRegion( thinImage->GetRequestedRegion() );\r
-  thinImage->Allocate();\r
-\r
-  typename OutputImageType::RegionType region  = thinImage->GetRequestedRegion();\r
-\r
-\r
-  ImageRegionConstIterator< TInputImage >  it( inputImage,  region );\r
-  ImageRegionIterator< TOutputImage > ot( thinImage,  region );\r
-\r
-  it.GoToBegin();\r
-  ot.GoToBegin();\r
-\r
-  itkDebugMacro(<< "PrepareData: Copy input to output");\r
\r
-  // Copy the input to the output, changing all foreground pixels to\r
-  // have value 1 in the process.\r
-  while( !ot.IsAtEnd() )\r
-      {\r
-      if ( it.Get() )\r
-        {\r
-        ot.Set( NumericTraits<OutputImagePixelType>::One );\r
-        }\r
-      else\r
-        {\r
-        ot.Set( NumericTraits<OutputImagePixelType>::Zero );\r
-        }\r
-      ++it;\r
-      ++ot;\r
-      }\r
-  itkDebugMacro(<< "PrepareData End");    \r
-}\r
-\r
-/**\r
- *  Post processing for computing thinning\r
- */\r
-template <class TInputImage,class TOutputImage>\r
-void \r
-BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>\r
-::ComputeThinImage() \r
-{\r
-  itkDebugMacro( << "ComputeThinImage Start");\r
-  OutputImagePointer thinImage = GetThinning();\r
-\r
-  typename OutputImageType::RegionType region = thinImage->GetRequestedRegion();\r
-  \r
-  ConstBoundaryConditionType boundaryCondition;\r
-  boundaryCondition.SetConstant( 0 );\r
-\r
-  typename NeighborhoodIteratorType::RadiusType radius;\r
-  radius.Fill(1);\r
-  NeighborhoodIteratorType ot( radius, thinImage, region );\r
-  ot.SetBoundaryCondition( boundaryCondition );\r
-\r
-  std::vector < IndexType > simpleBorderPoints;\r
-  typename std::vector < IndexType >::iterator simpleBorderPointsIt;\r
-\r
-  // Define offsets\r
-  typedef typename NeighborhoodIteratorType::OffsetType OffsetType;\r
-  OffsetType N   = {{ 0,-1, 0}};  // north\r
-  OffsetType S   = {{ 0, 1, 0}};  // south\r
-  OffsetType E   = {{ 1, 0, 0}};  // east\r
-  OffsetType W   = {{-1, 0, 0}};  // west\r
-  OffsetType U   = {{ 0, 0, 1}};  // up\r
-  OffsetType B   = {{ 0, 0,-1}};  // bottom\r
-\r
-  // prepare Euler LUT [Lee94]\r
-  int eulerLUT[256]; \r
-  fillEulerLUT( eulerLUT );\r
-  // Loop through the image several times until there is no change.\r
-  int unchangedBorders = 0;\r
-  while( unchangedBorders < 6 )  // loop until no change for all the six border types\r
-  {\r
-    unchangedBorders = 0;\r
-    for( int currentBorder = 1; currentBorder <= 6; currentBorder++)\r
-    {\r
-      // Loop through the image.\r
-      for ( ot.GoToBegin(); !ot.IsAtEnd(); ++ot )\r
-      { \r
-        // check if point is foreground\r
-        if ( ot.GetCenterPixel() != 1 )\r
-        {\r
-          continue;         // current point is already background \r
-        }\r
-        // check 6-neighbors if point is a border point of type currentBorder\r
-        bool isBorderPoint = false;\r
-        if( currentBorder == 1 && ot.GetPixel(N)<=0 )\r
-          isBorderPoint = true;\r
-        if( currentBorder == 2 && ot.GetPixel(S)<=0 )\r
-          isBorderPoint = true;\r
-        if( currentBorder == 3 && ot.GetPixel(E)<=0 )\r
-          isBorderPoint = true;\r
-        if( currentBorder == 4 && ot.GetPixel(W)<=0 )\r
-          isBorderPoint = true;\r
-        if( currentBorder == 5 && ot.GetPixel(U)<=0 )\r
-          isBorderPoint = true;\r
-        if( currentBorder == 6 && ot.GetPixel(B)<=0 )\r
-          isBorderPoint = true;\r
-        if( !isBorderPoint )\r
-        {\r
-          continue;         // current point is not deletable\r
-        }        \r
-        // check if point is the end of an arc\r
-        int numberOfNeighbors = -1;   // -1 and not 0 because the center pixel will be counted as well  \r
-        for( int i = 0; i < 27; i++ ) // i =  0..26\r
-          if( ot.GetPixel(i)==1 )\r
-            numberOfNeighbors++;\r
-\r
-        if( numberOfNeighbors == 1 )\r
-        {\r
-          continue;         // current point is not deletable\r
-        }\r
-\r
-        // check if point is Euler invariant\r
-        if( !isEulerInvariant( ot.GetNeighborhood(), eulerLUT ) )\r
-        {\r
-          continue;         // current point is not deletable\r
-        }\r
-\r
-        // check if point is simple (deletion does not change connectivity in the 3x3x3 neighborhood)\r
-        if( !isSimplePoint( ot.GetNeighborhood() ) )\r
-        {\r
-          continue;         // current point is not deletable\r
-        }\r
-\r
-        // add all simple border points to a list for sequential re-checking\r
-        simpleBorderPoints.push_back( ot.GetIndex() );\r
-      } // end image iteration loop\r
-\r
-      // sequential re-checking to preserve connectivity when\r
-      // deleting in a parallel way\r
-      bool noChange = true;\r
-      for( simpleBorderPointsIt=simpleBorderPoints.begin(); simpleBorderPointsIt!=simpleBorderPoints.end(); simpleBorderPointsIt++)\r
-      {\r
-       // 1. Set simple border point to 0\r
-        thinImage->SetPixel( *simpleBorderPointsIt, NumericTraits<OutputImagePixelType>::Zero);\r
-        // 2. Check if neighborhood is still connected\r
-        ot.SetLocation( *simpleBorderPointsIt );\r
-        if( !isSimplePoint( ot.GetNeighborhood() ) )\r
-        {\r
-          // we cannot delete current point, so reset\r
-          thinImage->SetPixel( *simpleBorderPointsIt, NumericTraits<OutputImagePixelType>::One );\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          noChange = false;\r
-        }\r
-      }\r
-      if( noChange )\r
-        unchangedBorders++;\r
-\r
-      simpleBorderPoints.clear();\r
-    } // end currentBorder for loop\r
-  } // end unchangedBorders while loop\r
-\r
-  itkDebugMacro( << "ComputeThinImage End");\r
-}\r
-\r
-/**\r
- *  Generate ThinImage\r
- */\r
-template <class TInputImage,class TOutputImage>\r
-void \r
-BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>\r
-::GenerateData() \r
-{\r
-\r
-  this->PrepareData();\r
-\r
-  itkDebugMacro(<< "GenerateData: Computing Thinning Image");\r
-  this->ComputeThinImage();\r
-} // end GenerateData()\r
-\r
-/** \r
- * Fill the Euler look-up table (LUT) for later check of the Euler invariance. (see [Lee94])\r
- */\r
-template <class TInputImage,class TOutputImage>\r
-void \r
-BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>\r
-::fillEulerLUT(int *LUT)\r
-{\r
-  LUT[1]  =  1;\r
-  LUT[3]  = -1;\r
-  LUT[5]  = -1;\r
-  LUT[7]  =  1;\r
-  LUT[9]  = -3;\r
-  LUT[11] = -1;\r
-  LUT[13] = -1;\r
-  LUT[15] =  1;\r
-  LUT[17] = -1;\r
-  LUT[19] =  1;\r
-  LUT[21] =  1;\r
-  LUT[23] = -1;\r
-  LUT[25] =  3;\r
-  LUT[27] =  1;\r
-  LUT[29] =  1;\r
-  LUT[31] = -1;\r
-  LUT[33] = -3;\r
-  LUT[35] = -1;\r
-  LUT[37] =  3;\r
-  LUT[39] =  1;\r
-  LUT[41] =  1;\r
-  LUT[43] = -1;\r
-  LUT[45] =  3;\r
-  LUT[47] =  1;\r
-  LUT[49] = -1;\r
-  LUT[51] =  1;\r
-\r
-  LUT[53] =  1;\r
-  LUT[55] = -1;\r
-  LUT[57] =  3;\r
-  LUT[59] =  1;\r
-  LUT[61] =  1;\r
-  LUT[63] = -1;\r
-  LUT[65] = -3;\r
-  LUT[67] =  3;\r
-  LUT[69] = -1;\r
-  LUT[71] =  1;\r
-  LUT[73] =  1;\r
-  LUT[75] =  3;\r
-  LUT[77] = -1;\r
-  LUT[79] =  1;\r
-  LUT[81] = -1;\r
-  LUT[83] =  1;\r
-  LUT[85] =  1;\r
-  LUT[87] = -1;\r
-  LUT[89] =  3;\r
-  LUT[91] =  1;\r
-  LUT[93] =  1;\r
-  LUT[95] = -1;\r
-  LUT[97] =  1;\r
-  LUT[99] =  3;\r
-  LUT[101] =  3;\r
-  LUT[103] =  1;\r
-\r
-  LUT[105] =  5;\r
-  LUT[107] =  3;\r
-  LUT[109] =  3;\r
-  LUT[111] =  1;\r
-  LUT[113] = -1;\r
-  LUT[115] =  1;\r
-  LUT[117] =  1;\r
-  LUT[119] = -1;\r
-  LUT[121] =  3;\r
-  LUT[123] =  1;\r
-  LUT[125] =  1;\r
-  LUT[127] = -1;\r
-  LUT[129] = -7;\r
-  LUT[131] = -1;\r
-  LUT[133] = -1;\r
-  LUT[135] =  1;\r
-  LUT[137] = -3;\r
-  LUT[139] = -1;\r
-  LUT[141] = -1;\r
-  LUT[143] =  1;\r
-  LUT[145] = -1;\r
-  LUT[147] =  1;\r
-  LUT[149] =  1;\r
-  LUT[151] = -1;\r
-  LUT[153] =  3;\r
-  LUT[155] =  1;\r
-\r
-  LUT[157] =  1;\r
-  LUT[159] = -1;\r
-  LUT[161] = -3;\r
-  LUT[163] = -1;\r
-  LUT[165] =  3;\r
-  LUT[167] =  1;\r
-  LUT[169] =  1;\r
-  LUT[171] = -1;\r
-  LUT[173] =  3;\r
-  LUT[175] =  1;\r
-  LUT[177] = -1;\r
-  LUT[179] =  1;\r
-  LUT[181] =  1;\r
-  LUT[183] = -1;\r
-  LUT[185] =  3;\r
-  LUT[187] =  1;\r
-  LUT[189] =  1;\r
-  LUT[191] = -1;\r
-  LUT[193] = -3;\r
-  LUT[195] =  3;\r
-  LUT[197] = -1;\r
-  LUT[199] =  1;\r
-  LUT[201] =  1;\r
-  LUT[203] =  3;\r
-  LUT[205] = -1;\r
-  LUT[207] =  1;\r
-\r
-  LUT[209] = -1;\r
-  LUT[211] =  1;\r
-  LUT[213] =  1;\r
-  LUT[215] = -1;\r
-  LUT[217] =  3;\r
-  LUT[219] =  1;\r
-  LUT[221] =  1;\r
-  LUT[223] = -1;\r
-  LUT[225] =  1;\r
-  LUT[227] =  3;\r
-  LUT[229] =  3;\r
-  LUT[231] =  1;\r
-  LUT[233] =  5;\r
-  LUT[235] =  3;\r
-  LUT[237] =  3;\r
-  LUT[239] =  1;\r
-  LUT[241] = -1;\r
-  LUT[243] =  1;\r
-  LUT[245] =  1;\r
-  LUT[247] = -1;\r
-  LUT[249] =  3;\r
-  LUT[251] =  1;\r
-  LUT[253] =  1;\r
-  LUT[255] = -1;\r
-}\r
-\r
-/** \r
- * Check for Euler invariance. (see [Lee94])\r
- */\r
-template <class TInputImage,class TOutputImage>\r
-bool \r
-BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>\r
-::isEulerInvariant(NeighborhoodType neighbors, int *LUT)\r
-{\r
-  // calculate Euler characteristic for each octant and sum up\r
-  int EulerChar = 0;\r
-  unsigned char n;\r
-  // Octant SWU\r
-  n = 1;\r
-  if( neighbors[24]==1 )\r
-    n |= 128;\r
-  if( neighbors[25]==1 )\r
-    n |=  64;\r
-  if( neighbors[15]==1 )\r
-    n |=  32;\r
-  if( neighbors[16]==1 )\r
-    n |=  16;\r
-  if( neighbors[21]==1 )\r
-    n |=   8;\r
-  if( neighbors[22]==1 )\r
-    n |=   4;\r
-  if( neighbors[12]==1 )\r
-    n |=   2;\r
-  EulerChar += LUT[n];\r
-  // Octant SEU\r
-  n = 1;\r
-  if( neighbors[26]==1 )\r
-    n |= 128;\r
-  if( neighbors[23]==1 )\r
-    n |=  64;\r
-  if( neighbors[17]==1 )\r
-    n |=  32;\r
-  if( neighbors[14]==1 )\r
-    n |=  16;\r
-  if( neighbors[25]==1 )\r
-    n |=   8;\r
-  if( neighbors[22]==1 )\r
-    n |=   4;\r
-  if( neighbors[16]==1 )\r
-    n |=   2;\r
-  EulerChar += LUT[n];\r
-  // Octant NWU\r
-  n = 1;\r
-  if( neighbors[18]==1 )\r
-    n |= 128;\r
-  if( neighbors[21]==1 )\r
-    n |=  64;\r
-  if( neighbors[9]==1 )\r
-    n |=  32;\r
-  if( neighbors[12]==1 )\r
-    n |=  16;\r
-  if( neighbors[19]==1 )\r
-    n |=   8;\r
-  if( neighbors[22]==1 )\r
-    n |=   4;\r
-  if( neighbors[10]==1 )\r
-    n |=   2;\r
-  EulerChar += LUT[n];\r
-  // Octant NEU\r
-  n = 1;\r
-  if( neighbors[20]==1 )\r
-    n |= 128;\r
-  if( neighbors[23]==1 )\r
-    n |=  64;\r
-  if( neighbors[19]==1 )\r
-    n |=  32;\r
-  if( neighbors[22]==1 )\r
-    n |=  16;\r
-  if( neighbors[11]==1 )\r
-    n |=   8;\r
-  if( neighbors[14]==1 )\r
-    n |=   4;\r
-  if( neighbors[10]==1 )\r
-    n |=   2;\r
-  EulerChar += LUT[n];\r
-  // Octant SWB\r
-  n = 1;\r
-  if( neighbors[6]==1 )\r
-    n |= 128;\r
-  if( neighbors[15]==1 )\r
-    n |=  64;\r
-  if( neighbors[7]==1 )\r
-    n |=  32;\r
-  if( neighbors[16]==1 )\r
-    n |=  16;\r
-  if( neighbors[3]==1 )\r
-    n |=   8;\r
-  if( neighbors[12]==1 )\r
-    n |=   4;\r
-  if( neighbors[4]==1 )\r
-    n |=   2;\r
-  EulerChar += LUT[n];\r
-  // Octant SEB\r
-  n = 1;\r
-  if( neighbors[8]==1 )\r
-    n |= 128;\r
-  if( neighbors[7]==1 )\r
-    n |=  64;\r
-  if( neighbors[17]==1 )\r
-    n |=  32;\r
-  if( neighbors[16]==1 )\r
-    n |=  16;\r
-  if( neighbors[5]==1 )\r
-    n |=   8;\r
-  if( neighbors[4]==1 )\r
-    n |=   4;\r
-  if( neighbors[14]==1 )\r
-    n |=   2;\r
-  EulerChar += LUT[n];\r
-  // Octant NWB\r
-  n = 1;\r
-  if( neighbors[0]==1 )\r
-    n |= 128;\r
-  if( neighbors[9]==1 )\r
-    n |=  64;\r
-  if( neighbors[3]==1 )\r
-    n |=  32;\r
-  if( neighbors[12]==1 )\r
-    n |=  16;\r
-  if( neighbors[1]==1 )\r
-    n |=   8;\r
-  if( neighbors[10]==1 )\r
-    n |=   4;\r
-  if( neighbors[4]==1 )\r
-    n |=   2;\r
-  EulerChar += LUT[n];\r
-  // Octant NEB\r
-  n = 1;\r
-  if( neighbors[2]==1 )\r
-    n |= 128;\r
-  if( neighbors[1]==1 )\r
-    n |=  64;\r
-  if( neighbors[11]==1 )\r
-    n |=  32;\r
-  if( neighbors[10]==1 )\r
-    n |=  16;\r
-  if( neighbors[5]==1 )\r
-    n |=   8;\r
-  if( neighbors[4]==1 )\r
-    n |=   4;\r
-  if( neighbors[14]==1 )\r
-    n |=   2;\r
-  EulerChar += LUT[n];\r
-  if( EulerChar == 0 )\r
-    return true;\r
-  else\r
-    return false;\r
-}\r
-\r
-/** \r
- * Check if current point is a Simple Point.\r
- * This method is named 'N(v)_labeling' in [Lee94].\r
- * Outputs the number of connected objects in a neighborhood of a point\r
- * after this point would have been removed.\r
- */\r
-template <class TInputImage,class TOutputImage>\r
-bool \r
-BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>\r
-::isSimplePoint(NeighborhoodType neighbors)\r
-{\r
-  // copy neighbors for labeling\r
-  int cube[26];\r
-  int i;\r
-  for( i = 0; i < 13; i++ )  // i =  0..12 -> cube[0..12]\r
-    cube[i] = neighbors[i];\r
-  // i != 13 : ignore center pixel when counting (see [Lee94])\r
-  for( i = 14; i < 27; i++ ) // i = 14..26 -> cube[13..25]\r
-    cube[i-1] = neighbors[i];\r
-  // set initial label\r
-  int label = 2;\r
-  // for all points in the neighborhood\r
-  for( int i = 0; i < 26; i++ )\r
-  {\r
-    if( cube[i]==1 )     // voxel has not been labelled yet\r
-    {\r
-      // start recursion with any octant that contains the point i\r
-      switch( i )\r
-      {\r
-      case 0:\r
-      case 1:\r
-      case 3:\r
-      case 4:\r
-      case 9:\r
-      case 10:\r
-      case 12:\r
-        Octree_labeling(1, label, cube );\r
-        break;\r
-      case 2:\r
-      case 5:\r
-      case 11:\r
-      case 13:\r
-        Octree_labeling(2, label, cube );\r
-        break;\r
-      case 6:\r
-      case 7:\r
-      case 14:\r
-      case 15:\r
-        Octree_labeling(3, label, cube );\r
-        break;\r
-      case 8:\r
-      case 16:\r
-        Octree_labeling(4, label, cube );\r
-        break;\r
-      case 17:\r
-      case 18:\r
-      case 20:\r
-      case 21:\r
-        Octree_labeling(5, label, cube );\r
-        break;\r
-      case 19:\r
-      case 22:\r
-        Octree_labeling(6, label, cube );\r
-        break;\r
-      case 23:\r
-      case 24:\r
-        Octree_labeling(7, label, cube );\r
-        break;\r
-      case 25:\r
-        Octree_labeling(8, label, cube );\r
-        break;\r
-      }\r
-      label++;\r
-      if( label-2 >= 2 )\r
-      {\r
-        return false;\r
-      }\r
-    }\r
-  }\r
-  //return label-2; in [Lee94] if the number of connected compontents would be needed\r
-  return true;\r
-}\r
-\r
-/** \r
- * Octree_labeling [Lee94]\r
- * This is a recursive method that calulates the number of connected\r
- * components in the 3D neighbourhood after the center pixel would\r
- * have been removed.\r
- */\r
-template <class TInputImage,class TOutputImage>\r
-void \r
-BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>\r
-::Octree_labeling(int octant, int label, int *cube)\r
-{\r
-  // check if there are points in the octant with value 1\r
-  if( octant==1 )\r
-  {\r
-       // set points in this octant to current label\r
-       // and recurseive labeling of adjacent octants\r
-    if( cube[0] == 1 )\r
-      cube[0] = label;\r
-    if( cube[1] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[1] = label;        \r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[3] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[3] = label;        \r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[4] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[4] = label;        \r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[9] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[9] = label;        \r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[10] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[10] = label;        \r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[12] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[12] = label;        \r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-    }\r
-  }\r
-  if( octant==2 )\r
-  {\r
-    if( cube[1] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[1] = label;\r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[4] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[4] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[10] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[10] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[2] == 1 )\r
-      cube[2] = label;        \r
-    if( cube[5] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[5] = label;        \r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[11] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[11] = label;        \r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[13] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[13] = label;        \r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-  }\r
-  if( octant==3 )\r
-  {\r
-    if( cube[3] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[3] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[4] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[4] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[12] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[12] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[6] == 1 )\r
-      cube[6] = label;        \r
-    if( cube[7] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[7] = label;        \r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[14] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[14] = label;        \r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[15] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[15] = label;        \r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-  }\r
-  if( octant==4 )\r
-  {\r
-       if( cube[4] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[4] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-    }\r
-       if( cube[5] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[5] = label;        \r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[13] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[13] = label;        \r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[7] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[7] = label;        \r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[15] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[15] = label;        \r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[8] == 1 )\r
-      cube[8] = label;        \r
-    if( cube[16] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[16] = label;        \r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-  }\r
-  if( octant==5 )\r
-  {\r
-       if( cube[9] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[9] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[10] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[10] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[12] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[12] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[17] == 1 )\r
-      cube[17] = label;        \r
-    if( cube[18] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[18] = label;        \r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[20] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[20] = label;        \r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[21] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[21] = label;        \r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-  }\r
-  if( octant==6 )\r
-  {\r
-       if( cube[10] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[10] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[11] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[11] = label;        \r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[13] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[13] = label;        \r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[18] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[18] = label;        \r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[21] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[21] = label;        \r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[19] == 1 )\r
-      cube[19] = label;        \r
-    if( cube[22] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[22] = label;        \r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-  }\r
-  if( octant==7 )\r
-  {\r
-       if( cube[12] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[12] = label;        \r
-      Octree_labeling( 1, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-    }\r
-       if( cube[14] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[14] = label;        \r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[15] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[15] = label;        \r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[20] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[20] = label;        \r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[21] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[21] = label;        \r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-    if( cube[23] == 1 )\r
-      cube[23] = label;        \r
-    if( cube[24] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[24] = label;        \r
-      Octree_labeling( 8, label, cube);\r
-    }\r
-  }\r
-  if( octant==8 )\r
-  {\r
-       if( cube[13] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[13] = label;        \r
-      Octree_labeling( 2, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-    }\r
-       if( cube[15] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[15] = label;        \r
-      Octree_labeling( 3, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-    }\r
-       if( cube[16] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[16] = label;        \r
-      Octree_labeling( 4, label, cube);\r
-    }\r
-       if( cube[21] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[21] = label;        \r
-      Octree_labeling( 5, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-    }\r
-       if( cube[22] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[22] = label;        \r
-      Octree_labeling( 6, label, cube);\r
-    }\r
-       if( cube[24] == 1 )\r
-    {\r
-      cube[24] = label;        \r
-      Octree_labeling( 7, label, cube);\r
-    }\r
-       if( cube[25] == 1 )\r
-      cube[25] = label;        \r
-  } \r
-}\r
-\r
-\r
-/**\r
- *  Print Self\r
- */\r
-template <class TInputImage,class TOutputImage>\r
-void \r
-BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>\r
-::PrintSelf(std::ostream& os, Indent indent) const\r
-{\r
-  Superclass::PrintSelf(os,indent);\r
-  \r
-  os << indent << "Thinning image: " << std::endl;\r
-\r
-}\r
-\r
-} // end namespace itk\r
-\r
-#endif\r
+#ifndef _itkBinaryThinningImageFilter3D_txx
+#define _itkBinaryThinningImageFilter3D_txx
+
+#include <iostream>
+
+#include "itkBinaryThinningImageFilter3D.h"
+#include "itkImageRegionConstIterator.h"
+#include "itkImageRegionIterator.h"
+#include "itkNeighborhoodIterator.h"
+#include <vector>
+
+namespace itk
+{
+
+/**
+ *    Constructor
+ */
+template <class TInputImage,class TOutputImage>
+BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>
+::BinaryThinningImageFilter3D()
+{
+
+  this->SetNumberOfRequiredOutputs( 1 );
+
+  OutputImagePointer thinImage = OutputImageType::New();
+  this->SetNthOutput( 0, thinImage.GetPointer() );
+
+}
+
+/**
+ *  Return the thinning Image pointer
+ */
+template <class TInputImage,class TOutputImage>
+typename BinaryThinningImageFilter3D<
+TInputImage,TOutputImage>::OutputImageType *
+BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>
+::GetThinning(void)
+{
+  return  dynamic_cast< OutputImageType * >(
+            this->ProcessObject::GetOutput(0) );
+}
+
+
+/**
+ *  Prepare data for computation
+ *  Copy the input image to the output image, changing from the input
+ *  type to the output type.
+ */
+template <class TInputImage,class TOutputImage>
+void
+BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>
+::PrepareData(void)
+{
+
+  itkDebugMacro(<< "PrepareData Start");
+  OutputImagePointer thinImage = GetThinning();
+
+  InputImagePointer  inputImage  =
+    dynamic_cast<const TInputImage  *>( ProcessObject::GetInput(0) );
+
+  thinImage->SetBufferedRegion( thinImage->GetRequestedRegion() );
+  thinImage->Allocate();
+
+  typename OutputImageType::RegionType region  = thinImage->GetRequestedRegion();
+
+
+  ImageRegionConstIterator< TInputImage >  it( inputImage,  region );
+  ImageRegionIterator< TOutputImage > ot( thinImage,  region );
+
+  it.GoToBegin();
+  ot.GoToBegin();
+
+  itkDebugMacro(<< "PrepareData: Copy input to output");
+
+  // Copy the input to the output, changing all foreground pixels to
+  // have value 1 in the process.
+  while( !ot.IsAtEnd() ) {
+    if ( it.Get() ) {
+      ot.Set( NumericTraits<OutputImagePixelType>::One );
+    } else {
+      ot.Set( NumericTraits<OutputImagePixelType>::Zero );
+    }
+    ++it;
+    ++ot;
+  }
+  itkDebugMacro(<< "PrepareData End");
+}
+
+/**
+ *  Post processing for computing thinning
+ */
+template <class TInputImage,class TOutputImage>
+void
+BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>
+::ComputeThinImage()
+{
+  itkDebugMacro( << "ComputeThinImage Start");
+  OutputImagePointer thinImage = GetThinning();
+
+  typename OutputImageType::RegionType region = thinImage->GetRequestedRegion();
+
+  ConstBoundaryConditionType boundaryCondition;
+  boundaryCondition.SetConstant( 0 );
+
+  typename NeighborhoodIteratorType::RadiusType radius;
+  radius.Fill(1);
+  NeighborhoodIteratorType ot( radius, thinImage, region );
+  ot.SetBoundaryCondition( boundaryCondition );
+
+  std::vector < IndexType > simpleBorderPoints;
+  typename std::vector < IndexType >::iterator simpleBorderPointsIt;
+
+  // Define offsets
+  typedef typename NeighborhoodIteratorType::OffsetType OffsetType;
+  OffsetType N   = {{ 0,-1, 0}};  // north
+  OffsetType S   = {{ 0, 1, 0}};  // south
+  OffsetType E   = {{ 1, 0, 0}};  // east
+  OffsetType W   = {{-1, 0, 0}};  // west
+  OffsetType U   = {{ 0, 0, 1}};  // up
+  OffsetType B   = {{ 0, 0,-1}};  // bottom
+
+  // prepare Euler LUT [Lee94]
+  int eulerLUT[256];
+  fillEulerLUT( eulerLUT );
+  // Loop through the image several times until there is no change.
+  int unchangedBorders = 0;
+  while( unchangedBorders < 6 ) { // loop until no change for all the six border types
+    unchangedBorders = 0;
+    for( int currentBorder = 1; currentBorder <= 6; currentBorder++) {
+      // Loop through the image.
+      for ( ot.GoToBegin(); !ot.IsAtEnd(); ++ot ) {
+        // check if point is foreground
+        if ( ot.GetCenterPixel() != 1 ) {
+          continue;         // current point is already background
+        }
+        // check 6-neighbors if point is a border point of type currentBorder
+        bool isBorderPoint = false;
+        if( currentBorder == 1 && ot.GetPixel(N)<=0 )
+          isBorderPoint = true;
+        if( currentBorder == 2 && ot.GetPixel(S)<=0 )
+          isBorderPoint = true;
+        if( currentBorder == 3 && ot.GetPixel(E)<=0 )
+          isBorderPoint = true;
+        if( currentBorder == 4 && ot.GetPixel(W)<=0 )
+          isBorderPoint = true;
+        if( currentBorder == 5 && ot.GetPixel(U)<=0 )
+          isBorderPoint = true;
+        if( currentBorder == 6 && ot.GetPixel(B)<=0 )
+          isBorderPoint = true;
+        if( !isBorderPoint ) {
+          continue;         // current point is not deletable
+        }
+        // check if point is the end of an arc
+        int numberOfNeighbors = -1;   // -1 and not 0 because the center pixel will be counted as well
+        for( int i = 0; i < 27; i++ ) // i =  0..26
+          if( ot.GetPixel(i)==1 )
+            numberOfNeighbors++;
+
+        if( numberOfNeighbors == 1 ) {
+          continue;         // current point is not deletable
+        }
+
+        // check if point is Euler invariant
+        if( !isEulerInvariant( ot.GetNeighborhood(), eulerLUT ) ) {
+          continue;         // current point is not deletable
+        }
+
+        // check if point is simple (deletion does not change connectivity in the 3x3x3 neighborhood)
+        if( !isSimplePoint( ot.GetNeighborhood() ) ) {
+          continue;         // current point is not deletable
+        }
+
+        // add all simple border points to a list for sequential re-checking
+        simpleBorderPoints.push_back( ot.GetIndex() );
+      } // end image iteration loop
+
+      // sequential re-checking to preserve connectivity when
+      // deleting in a parallel way
+      bool noChange = true;
+      for( simpleBorderPointsIt=simpleBorderPoints.begin(); simpleBorderPointsIt!=simpleBorderPoints.end(); simpleBorderPointsIt++) {
+        // 1. Set simple border point to 0
+        thinImage->SetPixel( *simpleBorderPointsIt, NumericTraits<OutputImagePixelType>::Zero);
+        // 2. Check if neighborhood is still connected
+        ot.SetLocation( *simpleBorderPointsIt );
+        if( !isSimplePoint( ot.GetNeighborhood() ) ) {
+          // we cannot delete current point, so reset
+          thinImage->SetPixel( *simpleBorderPointsIt, NumericTraits<OutputImagePixelType>::One );
+        } else {
+          noChange = false;
+        }
+      }
+      if( noChange )
+        unchangedBorders++;
+
+      simpleBorderPoints.clear();
+    } // end currentBorder for loop
+  } // end unchangedBorders while loop
+
+  itkDebugMacro( << "ComputeThinImage End");
+}
+
+/**
+ *  Generate ThinImage
+ */
+template <class TInputImage,class TOutputImage>
+void
+BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>
+::GenerateData()
+{
+
+  this->PrepareData();
+
+  itkDebugMacro(<< "GenerateData: Computing Thinning Image");
+  this->ComputeThinImage();
+} // end GenerateData()
+
+/**
+ * Fill the Euler look-up table (LUT) for later check of the Euler invariance. (see [Lee94])
+ */
+template <class TInputImage,class TOutputImage>
+void
+BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>
+::fillEulerLUT(int *LUT)
+{
+  LUT[1]  =  1;
+  LUT[3]  = -1;
+  LUT[5]  = -1;
+  LUT[7]  =  1;
+  LUT[9]  = -3;
+  LUT[11] = -1;
+  LUT[13] = -1;
+  LUT[15] =  1;
+  LUT[17] = -1;
+  LUT[19] =  1;
+  LUT[21] =  1;
+  LUT[23] = -1;
+  LUT[25] =  3;
+  LUT[27] =  1;
+  LUT[29] =  1;
+  LUT[31] = -1;
+  LUT[33] = -3;
+  LUT[35] = -1;
+  LUT[37] =  3;
+  LUT[39] =  1;
+  LUT[41] =  1;
+  LUT[43] = -1;
+  LUT[45] =  3;
+  LUT[47] =  1;
+  LUT[49] = -1;
+  LUT[51] =  1;
+
+  LUT[53] =  1;
+  LUT[55] = -1;
+  LUT[57] =  3;
+  LUT[59] =  1;
+  LUT[61] =  1;
+  LUT[63] = -1;
+  LUT[65] = -3;
+  LUT[67] =  3;
+  LUT[69] = -1;
+  LUT[71] =  1;
+  LUT[73] =  1;
+  LUT[75] =  3;
+  LUT[77] = -1;
+  LUT[79] =  1;
+  LUT[81] = -1;
+  LUT[83] =  1;
+  LUT[85] =  1;
+  LUT[87] = -1;
+  LUT[89] =  3;
+  LUT[91] =  1;
+  LUT[93] =  1;
+  LUT[95] = -1;
+  LUT[97] =  1;
+  LUT[99] =  3;
+  LUT[101] =  3;
+  LUT[103] =  1;
+
+  LUT[105] =  5;
+  LUT[107] =  3;
+  LUT[109] =  3;
+  LUT[111] =  1;
+  LUT[113] = -1;
+  LUT[115] =  1;
+  LUT[117] =  1;
+  LUT[119] = -1;
+  LUT[121] =  3;
+  LUT[123] =  1;
+  LUT[125] =  1;
+  LUT[127] = -1;
+  LUT[129] = -7;
+  LUT[131] = -1;
+  LUT[133] = -1;
+  LUT[135] =  1;
+  LUT[137] = -3;
+  LUT[139] = -1;
+  LUT[141] = -1;
+  LUT[143] =  1;
+  LUT[145] = -1;
+  LUT[147] =  1;
+  LUT[149] =  1;
+  LUT[151] = -1;
+  LUT[153] =  3;
+  LUT[155] =  1;
+
+  LUT[157] =  1;
+  LUT[159] = -1;
+  LUT[161] = -3;
+  LUT[163] = -1;
+  LUT[165] =  3;
+  LUT[167] =  1;
+  LUT[169] =  1;
+  LUT[171] = -1;
+  LUT[173] =  3;
+  LUT[175] =  1;
+  LUT[177] = -1;
+  LUT[179] =  1;
+  LUT[181] =  1;
+  LUT[183] = -1;
+  LUT[185] =  3;
+  LUT[187] =  1;
+  LUT[189] =  1;
+  LUT[191] = -1;
+  LUT[193] = -3;
+  LUT[195] =  3;
+  LUT[197] = -1;
+  LUT[199] =  1;
+  LUT[201] =  1;
+  LUT[203] =  3;
+  LUT[205] = -1;
+  LUT[207] =  1;
+
+  LUT[209] = -1;
+  LUT[211] =  1;
+  LUT[213] =  1;
+  LUT[215] = -1;
+  LUT[217] =  3;
+  LUT[219] =  1;
+  LUT[221] =  1;
+  LUT[223] = -1;
+  LUT[225] =  1;
+  LUT[227] =  3;
+  LUT[229] =  3;
+  LUT[231] =  1;
+  LUT[233] =  5;
+  LUT[235] =  3;
+  LUT[237] =  3;
+  LUT[239] =  1;
+  LUT[241] = -1;
+  LUT[243] =  1;
+  LUT[245] =  1;
+  LUT[247] = -1;
+  LUT[249] =  3;
+  LUT[251] =  1;
+  LUT[253] =  1;
+  LUT[255] = -1;
+}
+
+/**
+ * Check for Euler invariance. (see [Lee94])
+ */
+template <class TInputImage,class TOutputImage>
+bool
+BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>
+::isEulerInvariant(NeighborhoodType neighbors, int *LUT)
+{
+  // calculate Euler characteristic for each octant and sum up
+  int EulerChar = 0;
+  unsigned char n;
+  // Octant SWU
+  n = 1;
+  if( neighbors[24]==1 )
+    n |= 128;
+  if( neighbors[25]==1 )
+    n |=  64;
+  if( neighbors[15]==1 )
+    n |=  32;
+  if( neighbors[16]==1 )
+    n |=  16;
+  if( neighbors[21]==1 )
+    n |=   8;
+  if( neighbors[22]==1 )
+    n |=   4;
+  if( neighbors[12]==1 )
+    n |=   2;
+  EulerChar += LUT[n];
+  // Octant SEU
+  n = 1;
+  if( neighbors[26]==1 )
+    n |= 128;
+  if( neighbors[23]==1 )
+    n |=  64;
+  if( neighbors[17]==1 )
+    n |=  32;
+  if( neighbors[14]==1 )
+    n |=  16;
+  if( neighbors[25]==1 )
+    n |=   8;
+  if( neighbors[22]==1 )
+    n |=   4;
+  if( neighbors[16]==1 )
+    n |=   2;
+  EulerChar += LUT[n];
+  // Octant NWU
+  n = 1;
+  if( neighbors[18]==1 )
+    n |= 128;
+  if( neighbors[21]==1 )
+    n |=  64;
+  if( neighbors[9]==1 )
+    n |=  32;
+  if( neighbors[12]==1 )
+    n |=  16;
+  if( neighbors[19]==1 )
+    n |=   8;
+  if( neighbors[22]==1 )
+    n |=   4;
+  if( neighbors[10]==1 )
+    n |=   2;
+  EulerChar += LUT[n];
+  // Octant NEU
+  n = 1;
+  if( neighbors[20]==1 )
+    n |= 128;
+  if( neighbors[23]==1 )
+    n |=  64;
+  if( neighbors[19]==1 )
+    n |=  32;
+  if( neighbors[22]==1 )
+    n |=  16;
+  if( neighbors[11]==1 )
+    n |=   8;
+  if( neighbors[14]==1 )
+    n |=   4;
+  if( neighbors[10]==1 )
+    n |=   2;
+  EulerChar += LUT[n];
+  // Octant SWB
+  n = 1;
+  if( neighbors[6]==1 )
+    n |= 128;
+  if( neighbors[15]==1 )
+    n |=  64;
+  if( neighbors[7]==1 )
+    n |=  32;
+  if( neighbors[16]==1 )
+    n |=  16;
+  if( neighbors[3]==1 )
+    n |=   8;
+  if( neighbors[12]==1 )
+    n |=   4;
+  if( neighbors[4]==1 )
+    n |=   2;
+  EulerChar += LUT[n];
+  // Octant SEB
+  n = 1;
+  if( neighbors[8]==1 )
+    n |= 128;
+  if( neighbors[7]==1 )
+    n |=  64;
+  if( neighbors[17]==1 )
+    n |=  32;
+  if( neighbors[16]==1 )
+    n |=  16;
+  if( neighbors[5]==1 )
+    n |=   8;
+  if( neighbors[4]==1 )
+    n |=   4;
+  if( neighbors[14]==1 )
+    n |=   2;
+  EulerChar += LUT[n];
+  // Octant NWB
+  n = 1;
+  if( neighbors[0]==1 )
+    n |= 128;
+  if( neighbors[9]==1 )
+    n |=  64;
+  if( neighbors[3]==1 )
+    n |=  32;
+  if( neighbors[12]==1 )
+    n |=  16;
+  if( neighbors[1]==1 )
+    n |=   8;
+  if( neighbors[10]==1 )
+    n |=   4;
+  if( neighbors[4]==1 )
+    n |=   2;
+  EulerChar += LUT[n];
+  // Octant NEB
+  n = 1;
+  if( neighbors[2]==1 )
+    n |= 128;
+  if( neighbors[1]==1 )
+    n |=  64;
+  if( neighbors[11]==1 )
+    n |=  32;
+  if( neighbors[10]==1 )
+    n |=  16;
+  if( neighbors[5]==1 )
+    n |=   8;
+  if( neighbors[4]==1 )
+    n |=   4;
+  if( neighbors[14]==1 )
+    n |=   2;
+  EulerChar += LUT[n];
+  if( EulerChar == 0 )
+    return true;
+  else
+    return false;
+}
+
+/**
+ * Check if current point is a Simple Point.
+ * This method is named 'N(v)_labeling' in [Lee94].
+ * Outputs the number of connected objects in a neighborhood of a point
+ * after this point would have been removed.
+ */
+template <class TInputImage,class TOutputImage>
+bool
+BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>
+::isSimplePoint(NeighborhoodType neighbors)
+{
+  // copy neighbors for labeling
+  int cube[26];
+  int i;
+  for( i = 0; i < 13; i++ )  // i =  0..12 -> cube[0..12]
+    cube[i] = neighbors[i];
+  // i != 13 : ignore center pixel when counting (see [Lee94])
+  for( i = 14; i < 27; i++ ) // i = 14..26 -> cube[13..25]
+    cube[i-1] = neighbors[i];
+  // set initial label
+  int label = 2;
+  // for all points in the neighborhood
+  for( int i = 0; i < 26; i++ ) {
+    if( cube[i]==1 ) {   // voxel has not been labelled yet
+      // start recursion with any octant that contains the point i
+      switch( i ) {
+      case 0:
+      case 1:
+      case 3:
+      case 4:
+      case 9:
+      case 10:
+      case 12:
+        Octree_labeling(1, label, cube );
+        break;
+      case 2:
+      case 5:
+      case 11:
+      case 13:
+        Octree_labeling(2, label, cube );
+        break;
+      case 6:
+      case 7:
+      case 14:
+      case 15:
+        Octree_labeling(3, label, cube );
+        break;
+      case 8:
+      case 16:
+        Octree_labeling(4, label, cube );
+        break;
+      case 17:
+      case 18:
+      case 20:
+      case 21:
+        Octree_labeling(5, label, cube );
+        break;
+      case 19:
+      case 22:
+        Octree_labeling(6, label, cube );
+        break;
+      case 23:
+      case 24:
+        Octree_labeling(7, label, cube );
+        break;
+      case 25:
+        Octree_labeling(8, label, cube );
+        break;
+      }
+      label++;
+      if( label-2 >= 2 ) {
+        return false;
+      }
+    }
+  }
+  //return label-2; in [Lee94] if the number of connected compontents would be needed
+  return true;
+}
+
+/**
+ * Octree_labeling [Lee94]
+ * This is a recursive method that calulates the number of connected
+ * components in the 3D neighbourhood after the center pixel would
+ * have been removed.
+ */
+template <class TInputImage,class TOutputImage>
+void
+BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>
+::Octree_labeling(int octant, int label, int *cube)
+{
+  // check if there are points in the octant with value 1
+  if( octant==1 ) {
+    // set points in this octant to current label
+    // and recurseive labeling of adjacent octants
+    if( cube[0] == 1 )
+      cube[0] = label;
+    if( cube[1] == 1 ) {
+      cube[1] = label;
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+    }
+    if( cube[3] == 1 ) {
+      cube[3] = label;
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+    }
+    if( cube[4] == 1 ) {
+      cube[4] = label;
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+    }
+    if( cube[9] == 1 ) {
+      cube[9] = label;
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+    }
+    if( cube[10] == 1 ) {
+      cube[10] = label;
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+    }
+    if( cube[12] == 1 ) {
+      cube[12] = label;
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+    }
+  }
+  if( octant==2 ) {
+    if( cube[1] == 1 ) {
+      cube[1] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+    }
+    if( cube[4] == 1 ) {
+      cube[4] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+    }
+    if( cube[10] == 1 ) {
+      cube[10] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+    }
+    if( cube[2] == 1 )
+      cube[2] = label;
+    if( cube[5] == 1 ) {
+      cube[5] = label;
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+    }
+    if( cube[11] == 1 ) {
+      cube[11] = label;
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+    }
+    if( cube[13] == 1 ) {
+      cube[13] = label;
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+  }
+  if( octant==3 ) {
+    if( cube[3] == 1 ) {
+      cube[3] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+    }
+    if( cube[4] == 1 ) {
+      cube[4] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+    }
+    if( cube[12] == 1 ) {
+      cube[12] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+    }
+    if( cube[6] == 1 )
+      cube[6] = label;
+    if( cube[7] == 1 ) {
+      cube[7] = label;
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+    }
+    if( cube[14] == 1 ) {
+      cube[14] = label;
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+    }
+    if( cube[15] == 1 ) {
+      cube[15] = label;
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+  }
+  if( octant==4 ) {
+    if( cube[4] == 1 ) {
+      cube[4] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+    }
+    if( cube[5] == 1 ) {
+      cube[5] = label;
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+    }
+    if( cube[13] == 1 ) {
+      cube[13] = label;
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+    if( cube[7] == 1 ) {
+      cube[7] = label;
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+    }
+    if( cube[15] == 1 ) {
+      cube[15] = label;
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+    if( cube[8] == 1 )
+      cube[8] = label;
+    if( cube[16] == 1 ) {
+      cube[16] = label;
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+  }
+  if( octant==5 ) {
+    if( cube[9] == 1 ) {
+      cube[9] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+    }
+    if( cube[10] == 1 ) {
+      cube[10] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+    }
+    if( cube[12] == 1 ) {
+      cube[12] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+    }
+    if( cube[17] == 1 )
+      cube[17] = label;
+    if( cube[18] == 1 ) {
+      cube[18] = label;
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+    }
+    if( cube[20] == 1 ) {
+      cube[20] = label;
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+    }
+    if( cube[21] == 1 ) {
+      cube[21] = label;
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+  }
+  if( octant==6 ) {
+    if( cube[10] == 1 ) {
+      cube[10] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+    }
+    if( cube[11] == 1 ) {
+      cube[11] = label;
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+    }
+    if( cube[13] == 1 ) {
+      cube[13] = label;
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+    if( cube[18] == 1 ) {
+      cube[18] = label;
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+    }
+    if( cube[21] == 1 ) {
+      cube[21] = label;
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+    if( cube[19] == 1 )
+      cube[19] = label;
+    if( cube[22] == 1 ) {
+      cube[22] = label;
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+  }
+  if( octant==7 ) {
+    if( cube[12] == 1 ) {
+      cube[12] = label;
+      Octree_labeling( 1, label, cube);
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+    }
+    if( cube[14] == 1 ) {
+      cube[14] = label;
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+    }
+    if( cube[15] == 1 ) {
+      cube[15] = label;
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+    if( cube[20] == 1 ) {
+      cube[20] = label;
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+    }
+    if( cube[21] == 1 ) {
+      cube[21] = label;
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+    if( cube[23] == 1 )
+      cube[23] = label;
+    if( cube[24] == 1 ) {
+      cube[24] = label;
+      Octree_labeling( 8, label, cube);
+    }
+  }
+  if( octant==8 ) {
+    if( cube[13] == 1 ) {
+      cube[13] = label;
+      Octree_labeling( 2, label, cube);
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+    }
+    if( cube[15] == 1 ) {
+      cube[15] = label;
+      Octree_labeling( 3, label, cube);
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+    }
+    if( cube[16] == 1 ) {
+      cube[16] = label;
+      Octree_labeling( 4, label, cube);
+    }
+    if( cube[21] == 1 ) {
+      cube[21] = label;
+      Octree_labeling( 5, label, cube);
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+    }
+    if( cube[22] == 1 ) {
+      cube[22] = label;
+      Octree_labeling( 6, label, cube);
+    }
+    if( cube[24] == 1 ) {
+      cube[24] = label;
+      Octree_labeling( 7, label, cube);
+    }
+    if( cube[25] == 1 )
+      cube[25] = label;
+  }
+}
+
+
+/**
+ *  Print Self
+ */
+template <class TInputImage,class TOutputImage>
+void
+BinaryThinningImageFilter3D<TInputImage,TOutputImage>
+::PrintSelf(std::ostream& os, Indent indent) const
+{
+  Superclass::PrintSelf(os,indent);
+
+  os << indent << "Thinning image: " << std::endl;
+
+}
+
+} // end namespace itk
+
+#endif