From: jpr Date: Tue, 1 Apr 2003 14:07:40 +0000 (+0000) Subject: Update for writting DCM files X-Git-Tag: Version0.3~71 X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=commitdiff_plain;h=45c3270f0afbdb22a10da1fa2c993125ca960304;p=gdcm.git Update for writting DCM files --- diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx index d20f5eb2..8a647039 100644 --- a/src/gdcmElValSet.cxx +++ b/src/gdcmElValSet.cxx @@ -4,6 +4,8 @@ #include "gdcmUtil.h" #include "gdcmElValSet.h" +#define DEBUG 0 + TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) { return tagHt; @@ -14,26 +16,6 @@ void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) { NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue; } -// TODO : faire un gdcmElValSet::ReplaceOrCreate qui remplace si ça existe, qui cree sinon - -void gdcmElValSet::ReplaceOrCreate(gdcmElValue * newElValue) { - - TagKey key = newElValue->GetKey(); - - if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber", - "multiple entries for this key (FIXME) !"); - - if (tagHt.count(key)) { - tagHt.erase(key); - tagHt.erase(newElValue->GetName()); - } - - tagHt [key] = newElValue; - NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue; -} - - void gdcmElValSet::Print(ostream & os) { for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); @@ -43,7 +25,7 @@ void gdcmElValSet::Print(ostream & os) { os << "[" << tag->second->GetName() << "]"; os << "[" << tag->second->GetVR() << "]"; os << " lgr : " << tag->second->GetLength(); - os << endl; + os << endl; } } @@ -96,8 +78,12 @@ string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) { return NameHt.find(TagName)->second->GetValue(); } + int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content, guint32 group, guint32 element) { + +// TODO : comprendre pourquoi ils sont déclares comme des guint32, alors que c'est des guint16 + TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return 0; @@ -105,7 +91,8 @@ int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content, dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByNumber", "multiple entries for this key (FIXME) !"); return (0); - } + } + tagHt[key]->SetValue(content); // Question : m à j LgrElem ? @@ -166,31 +153,23 @@ int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) { } // Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today -#define DEBUG 0 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) { -// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) - guint16 gr, el; guint32 lgr; const char * val; string vr; guint32 val_uint32; - gint32 val_int32; guint16 val_uint16; - gint16 val_int16;; vector tokens; void *ptr; - char str_lgrCalcGroupe[10]; - string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // Utilisées pour le calcul Group Length - int deja = 0, prem=0; guint32 lgrCalcGroupe=0; gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; guint16 grCourant = 0; @@ -205,9 +184,7 @@ int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) { // dans l'image native // // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c - -if (1) { // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment! - + // On fait de l'implicit VR little Endian // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) // On force le TRANSFERT SYNTAX UID @@ -254,14 +231,14 @@ if (1) { // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute p if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); } else { elemZ=elem; - if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n"); + if(DEBUG)printf("maj elemZ\n"); } - ostringstream fock; - fock << lgrCalcGroupe; + ostringstream f; + f << lgrCalcGroupe; //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); - elemZPrec->SetValue(fock.str()); - if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant); + elemZPrec->SetValue(f.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant); if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str()); if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; elemZPrec=elemZ; @@ -274,9 +251,6 @@ if (1) { // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute p } } -} // fin if (1) - - // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); @@ -331,50 +305,36 @@ if (1) { // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute p } - - int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) { - - -// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) -// ATTENTION : fusioner le code avec celui de lValSet::Write - +// +// ATTENTION : fusioner le code avec celui de gdcmElValSet::Write +// guint16 gr, el; guint32 lgr; const char * val; string vr; guint32 val_uint32; - gint32 val_int32; guint16 val_uint16; - gint16 val_int16; vector tokens; void *ptr; - char str_lgrCalcGroupe[10]; //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write // Utilisées pour le calcul Group Length - int deja = 0; + guint32 lgrCalcGroupe=0; gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; guint16 grCourant = 0; - // Question : - // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , - // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) - // - // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu // dans l'image native // // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c - - - + TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); elem = tag->second; @@ -402,6 +362,11 @@ int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) { elem = tag->second; gr = elem->GetGroup(); el = elem->GetElement(); + vr = elem->GetVR(); + + if (vr == "SQ") continue; // pas SEQUENCE en ACR-NEMA + // WARNING : risque de pb + // si on est descendu 'a l'interieur' des SQ if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe (el != 0xfffe) */ ) { @@ -417,11 +382,10 @@ int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) { if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n"); } - ostringstream fock; - fock << lgrCalcGroupe; - //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); - elemZPrec->SetValue(fock.str()); - if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant); + ostringstream f; + f << lgrCalcGroupe; + elemZPrec->SetValue(f.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant); if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str()); if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; elemZPrec=elemZ; @@ -497,3 +461,171 @@ int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) { return(1); } + +// Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today + +int gdcmElValSet::WriteExplVR(FILE * _fp) { + +// +// ATTENTION : fusioner le code avec celui de gdcmElValSet::Write +// + + guint16 gr, el; + guint32 lgr; + const char * val; + string vr; + guint32 val_uint32; + guint16 val_uint16; + guint16 z=0, shortLgr; + + vector tokens; + + void *ptr; + + string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1"; + + // Utilisées pour le calcul Group Length + guint32 lgrCalcGroupe=0; + gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; + guint16 grCourant = 0; + + // Question : + // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , + // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) + // + + // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' + // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu + // dans l'image native + // + // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c + + + // On fait de l'Explicit VR little Endian + + + SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); + SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas // ??? + + TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if (el != 0x0000) { + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n"); + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZPrec->SetLength(4); + Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place + } else { + elemZPrec = elem; + if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); + } + lgrCalcGroupe = 0; + if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + grCourant = gr; + + for (tag = ++tagHt.begin(); + tag != tagHt.end(); + ++tag){ + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe + (el != 0xfffe) */ ) { + + if (el != 0x0000) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); // On l'accroche à sa place + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); + } else { + elemZ=elem; + if(DEBUG)printf("maj elemZ\n"); + } + + ostringstream f; + f << lgrCalcGroupe; + //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); + elemZPrec->SetValue(f.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str()); + if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; + elemZPrec=elemZ; + lgrCalcGroupe = 0; + grCourant = gr; + if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); + } + } + + // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + + for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + gr = tag2->second->GetGroup(); + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); + + fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group + fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element + + // On est en EXPLICIT VR + if (gr == 0x0002) { + fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + + if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) { + fwrite ( &z, (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); + + } else { + shortLgr=lgr; + fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + } + } else { + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); + } + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + if (vr == "US" || vr == "SS") { + for (unsigned int i=0; iGetOffset(); else @@ -1092,7 +1106,7 @@ gdcmDictEntry * gdcmHeader::GetDictEntryByName(string Name) { * "gdcm::Unfound" otherwise. */ string gdcmHeader::GetPubElValByNumber(guint16 group, guint16 element) { - return PubElVals.GetElValueByNumber(group, element); + return PubElValSet.GetElValueByNumber(group, element); } /** @@ -1110,7 +1124,7 @@ string gdcmHeader::GetPubElValByNumber(guint16 group, guint16 element) { * and the string "gdcm::Unfound" otherwise. */ string gdcmHeader::GetPubElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element) { - gdcmElValue* elem = PubElVals.GetElementByNumber(group, element); + gdcmElValue* elem = PubElValSet.GetElementByNumber(group, element); if ( !elem ) return "gdcm::Unfound"; return elem->GetVR(); @@ -1125,7 +1139,7 @@ string gdcmHeader::GetPubElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element) { * "gdcm::Unfound" otherwise. */ string gdcmHeader::GetPubElValByName(string TagName) { - return PubElVals.GetElValueByName(TagName); + return PubElValSet.GetElValueByName(TagName); } /** @@ -1142,7 +1156,7 @@ string gdcmHeader::GetPubElValByName(string TagName) { * and the string "gdcm::Unfound" otherwise. */ string gdcmHeader::GetPubElValRepByName(string TagName) { - gdcmElValue* elem = PubElVals.GetElementByName(TagName); + gdcmElValue* elem = PubElValSet.GetElementByName(TagName); if ( !elem ) return "gdcm::Unfound"; return elem->GetVR(); @@ -1158,7 +1172,7 @@ string gdcmHeader::GetPubElValRepByName(string TagName) { * and the string "gdcm::Unfound" otherwise. */ string gdcmHeader::GetShaElValByNumber(guint16 group, guint16 element) { - return ShaElVals.GetElValueByNumber(group, element); + return ShaElValSet.GetElValueByNumber(group, element); } /** @@ -1176,7 +1190,7 @@ string gdcmHeader::GetShaElValByNumber(guint16 group, guint16 element) { * and the string "gdcm::Unfound" otherwise. */ string gdcmHeader::GetShaElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element) { - gdcmElValue* elem = ShaElVals.GetElementByNumber(group, element); + gdcmElValue* elem = ShaElValSet.GetElementByNumber(group, element); if ( !elem ) return "gdcm::Unfound"; return elem->GetVR(); @@ -1191,7 +1205,7 @@ string gdcmHeader::GetShaElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element) { * "gdcm::Unfound" otherwise. */ string gdcmHeader::GetShaElValByName(string TagName) { - return ShaElVals.GetElValueByName(TagName); + return ShaElValSet.GetElValueByName(TagName); } /** @@ -1208,7 +1222,7 @@ string gdcmHeader::GetShaElValByName(string TagName) { * and the string "gdcm::Unfound" otherwise. */ string gdcmHeader::GetShaElValRepByName(string TagName) { - gdcmElValue* elem = ShaElVals.GetElementByName(TagName); + gdcmElValue* elem = ShaElValSet.GetElementByName(TagName); if ( !elem ) return "gdcm::Unfound"; return elem->GetVR(); @@ -1292,7 +1306,7 @@ string gdcmHeader::GetElValRepByName(string TagName) { /** * \ingroup gdcmHeader - * \brief Accesses an existing gdcmElValue in the PubElVals of this instance + * \brief Accesses an existing gdcmElValue in the PubElValSet of this instance * through it's (group, element) and modifies it's content with * the given value. * @param content new value to substitute with @@ -1302,23 +1316,23 @@ string gdcmHeader::GetElValRepByName(string TagName) { int gdcmHeader::SetPubElValByNumber(string content, guint16 group, guint16 element) { - return ( PubElVals.SetElValueByNumber (content, group, element) ); + return ( PubElValSet.SetElValueByNumber (content, group, element) ); } /** * \ingroup gdcmHeader - * \brief Accesses an existing gdcmElValue in the PubElVals of this instance + * \brief Accesses an existing gdcmElValue in the PubElValSet of this instance * through tag name and modifies it's content with the given value. * @param content new value to substitute with * @param TagName name of the tag to be modified */ int gdcmHeader::SetPubElValByName(string content, string TagName) { - return ( PubElVals.SetElValueByName (content, TagName) ); + return ( PubElValSet.SetElValueByName (content, TagName) ); } /** * \ingroup gdcmHeader - * \brief Accesses an existing gdcmElValue in the PubElVals of this instance + * \brief Accesses an existing gdcmElValue in the PubElValSet of this instance * through it's (group, element) and modifies it's length with * the given value. * \warning Use with extreme caution. @@ -1327,15 +1341,15 @@ int gdcmHeader::SetPubElValByName(string content, string TagName) { * @param element element of the ElVal to modify * @return 1 on success, 0 otherwise. */ + int gdcmHeader::SetPubElValLengthByNumber(guint32 length, guint16 group, - guint16 element) -{ - return ( PubElVals.SetElValueLengthByNumber (length, group, element) ); + guint16 element) { + return ( PubElValSet.SetElValueLengthByNumber (length, group, element) ); } /** * \ingroup gdcmHeader - * \brief Accesses an existing gdcmElValue in the ShaElVals of this instance + * \brief Accesses an existing gdcmElValue in the ShaElValSet of this instance * through it's (group, element) and modifies it's content with * the given value. * @param content new value to substitute with @@ -1344,20 +1358,19 @@ int gdcmHeader::SetPubElValLengthByNumber(guint32 length, guint16 group, * @return 1 on success, 0 otherwise. */ int gdcmHeader::SetShaElValByNumber(string content, - guint16 group, guint16 element) -{ - return ( ShaElVals.SetElValueByNumber (content, group, element) ); + guint16 group, guint16 element) { + return ( ShaElValSet.SetElValueByNumber (content, group, element) ); } /** * \ingroup gdcmHeader - * \brief Accesses an existing gdcmElValue in the ShaElVals of this instance + * \brief Accesses an existing gdcmElValue in the ShaElValSet of this instance * through tag name and modifies it's content with the given value. * @param content new value to substitute with * @param TagName name of the tag to be modified */ int gdcmHeader::SetShaElValByName(string content, string TagName) { - return ( ShaElVals.SetElValueByName (content, TagName) ); + return ( ShaElValSet.SetElValueByName (content, TagName) ); } /** @@ -1371,7 +1384,7 @@ void gdcmHeader::ParseHeader(bool exception_on_error) throw(gdcmFormatError) { CheckSwap(); while ( (newElValue = ReadNextElement()) ) { SkipElementValue(newElValue); - PubElVals.Add(newElValue); + PubElValSet.Add(newElValue); } } @@ -1399,7 +1412,6 @@ void gdcmHeader::AddAndDefaultElements(void) { else NewElVal->SetValue("0"); - NewElVal = NewManualElValToPubDict("gdcmYSize", "US"); if (!NewElVal) return; NewVal = GetElValByName("Columns"); @@ -1461,7 +1473,7 @@ gdcmElValue* gdcmHeader::NewManualElValToPubDict(string NewTagName, string VR) { guint32 FreeElem = 0; gdcmDictEntry* NewEntry = (gdcmDictEntry*)0; - FreeElem = PubElVals.GenerateFreeTagKeyInGroup(StuffGroup); + FreeElem = PubElValSet.GenerateFreeTagKeyInGroup(StuffGroup); if (FreeElem == UINT32_MAX) { dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::NewManualElValToPubDict", "Group 0xffff in Public Dict is full"); @@ -1470,8 +1482,9 @@ gdcmElValue* gdcmHeader::NewManualElValToPubDict(string NewTagName, string VR) { NewEntry = new gdcmDictEntry(StuffGroup, FreeElem, VR, "GDCM", NewTagName); NewElVal = new gdcmElValue(NewEntry); - PubElVals.Add(NewElVal); + PubElValSet.Add(NewElVal); return NewElVal; + } /** @@ -1481,14 +1494,14 @@ gdcmElValue* gdcmHeader::NewManualElValToPubDict(string NewTagName, string VR) { */ void gdcmHeader::LoadElements(void) { rewind(fp); - TagElValueHT ht = PubElVals.GetTagHt(); + TagElValueHT ht = PubElValSet.GetTagHt(); for (TagElValueHT::iterator tag = ht.begin(); tag != ht.end(); ++tag) { LoadElementValue(tag->second); } } void gdcmHeader::PrintPubElVal(ostream & os) { - PubElVals.Print(os); + PubElValSet.Print(os); } void gdcmHeader::PrintPubDict(ostream & os) { diff --git a/src/gdcmHeader.h b/src/gdcmHeader.h index a7d2241f..91b92549 100644 --- a/src/gdcmHeader.h +++ b/src/gdcmHeader.h @@ -47,9 +47,9 @@ private: gdcmDict* RefShaDict; /// ELement VALueS parsed with the PUBlic dictionary. - gdcmElValSet PubElVals; + gdcmElValSet PubElValSet; /// ELement VALueS parsed with the SHAdow dictionary. - gdcmElValSet ShaElVals; + gdcmElValSet ShaElValSet; /// Refering underlying filename. string filename; FILE * fp; @@ -144,9 +144,9 @@ public: string GetPubElValRepByName(string TagName); string GetPubElValRepByNumber(guint16 group, guint16 element); - TagElValueHT & GetPubElVal(void) { return PubElVals.GetTagHt(); }; + TagElValueHT & GetPubElVal(void) { return PubElValSet.GetTagHt(); }; void PrintPubElVal(ostream & os = cout); - void PrintPubDict(ostream & os = cout); + void PrintPubDict (ostream & os = cout); // TODO Swig string* GetShaTagNames(); string GetShaElValByName(string TagName); @@ -164,9 +164,10 @@ public: int SetShaElValByName(string content, string ShadowTagName); int SetShaElValByNumber(string content, guint16 group, guint16 element); - int SetPubElValLengthByNumber(guint32 lgr, guint16 group, guint16 element); + int SetPubElValLengthByNumber(guint32 lgr, guint16 group, guint16 element); + int ReplaceOrCreateByNumber(guint16 Group, guint16 Elem, string Value); - gdcmElValSet GetPubElVals() { return(PubElVals); } + gdcmElValSet GetPubElValSet() { return(PubElValSet); } }; #endif