Add output dicom filename to clitkImage2Dicom

With -o option, the result is stored into the folder defined by -o, we cannot add a prefix filename
The -n option add this prefix filename

Add pixel coordinate instead of mm coordinates into Xml2DicomRTStruct

For some CT with transformation matrix, it's better to convert Xml struct using pixel coordinate. In such case, I need the path to the dicom CT

Revert previsous commit with Roi name

With RoiType instead of RoiName, the name of the previous ROI is not correct (ORGAN)
and the name of the new ROI correspond to the filename with ROIName
So I choose to pass ROIName and to change the name of the new ROI to the same than in RoiType

Changment of cursor color value to keep the same color than before VTK8

With VTK update, the color of the cursor was white
I found that, passing value from int (base 256) to double (base 1.0) change the behavior
So I adapted the color to keep the red for the activated image, the green, unactivated slice and light blue for unactivated linked image

Add scalar into clitkImageArithm operation

For absolute difference and squared difference, the scalar can be included like in ImageAritmh GUI into vv

Change comment to be correct

Into ImageArithm GUI in vv, add other operations
Add Difference and relative difference between 2 images
Add Divide, normalize and log for single image
Rename, 2 buttons to adapt to real function (without V)

Better control to avoid segfault

With one input, the accept function is called 3 times instead of 2 (I do not know why)
It leads to a segfault in mListOfSimpleInputWidget[3] so to avoid it I added a check

Change name of the button in Image Arithm tool

Before, it was QDialogButtonBox::Discard, but according to https://doc.qt.io/archives/qt-4.8/qdialogbuttonbox.html#StandardButton-enum
it can be displayed "Don't save".
For this tool, we want to select 1 image instead of 2, so the name of the button is not appropriate.
Moreover in skip function, the comparision to "Discard" can be complicated with another name.

So I prefer to use Ignore button because it's more appropriate

Inverse VTK_VERSION VERSION_GREATER to VERSION_LESS
It seems that VERSION_GREATER is not granter and equal, so I prefer to use VERSION_LESS to include the version 8.2.0

QVTKOpenGLNativeWidget is available from VTK8.2
Before this version (eg VTK8.1.1), use QVTKWidget

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Add clitkImage2Dicom tool

The difference with clitkWriteDicomSerie is that the number of slice can be different between the input image and the input dicom

Add reverse flag in clitkDicom2Image

Sometimes (eg: with MR from HEH), the basic algorithm is not sufficient to sort dicom slices
The sorting reverse the slice order

Add instanceNumber sorting for clitkDicom2Image

Sometimes (eg: with MR from HEH), the basic algorithm is not sufficient to sort dicom slices
It is the case when multiples sequences are in the same image, the z position is the same for a same slice in all sequences, it creates conflict
In such a case, we can sort slices according instanceNumber

Change header includion from .h to .cxx file
With ITK5, it was not possible to compile clitkAffineRegistrationGenericFilter with the included file clitkTransformUtilities.h
when the include were in the .h file
With include in the .cxx file it works

Remove vnl_math dependency into registration codes
Necessary because ITK5 remove vnl_math dependency

Remove itkMultiThreader dependency because it does not exist with ITK5
It still compile, does this inslude is necessary?

Change itkSimpleFastMutexLock to std::mutex
This is mandatory with ITK5 and c++11

The filters created an itk::Image<itk::SimpleFastMutexLock, dim> but this procedure is not possible with itk::Image<std::mutex, dim>
(cannot copy a mutex)
So I created a mutex alone and lock/unlock it when it is necessary

Change vnl_math_abs to std::
This changement is mandatory for ITKv5
All recent compiler are able to compile with std::

With ITK 5.0, itk::ProcessObject::VerifyInputInformation are now declared const

Change itk version for travis from v5.0b01 to v5.0rc01
The RC version is more actual than the beta version

Remove vcl_math calls

In the early days of itk development, many c++ compilers treated
math functions inconsistently. The vcl_math routines provided a
platform independent interface. Now, with modern c++ compilers, math
functions are treated more uniformly. This patch removes the vcl_math
calls. The extra layer provided by vcl is no longer needed and may
even cause problems with newer compilers.

Update ggo for clitkMergeSequence
Add version
Update purpose to give more information about the spacing option

Add pixel type options for clitkMergeSequence (double and unsigned char)
Indent correctly

Change tab to spaces
Indent correctly

Change description for clitkMergeSequence
The previous one was a wrong copy of another filter

Correct roi name into DicomRTStruct

Replace RoiName by RoiType because into the DicomRTStruct, before, it displayed the RoiName (name of the file) instead of the name of the ROI (RoiType)

Add a watcher to file

vv reload automatically a file if it changed on the disk.
The watcher is on the mhd file, and when it send a signal:
we find the item in the data tree corresponding to that file (in the data tree the items are written with an extra 0 at the end of the pathname)
We reload all these items stored in a vector

Cosmetic

Remove trailing spaces and indent correctly

Comment snoutID

In clitkDicomRTPlan2Gate, I commented the part of code about snout ID because the variable snoutID is not used at all

Change paradigm to find files

When we find the files to sort them with itk::GDCMSeriesFileNames, I just have to remove the first ./ if present

Moreover, sliceIndex has to be the sorting vector (it was not correct before)

Do not use Series Details

The Serie UID got reading the file corresponds to the less detailed serie UID of the itk::GDCMSeriesFileNames

Remove extract_series option

With the itk::GDCMSeriesFileNames, we automatically have the dicom sorted according series, so this option is not necessary anymore.
So I removed the option in the .ggo file and I remove the if conditions.

I add .c_str() to series_UID to remove trailling white spaces

Add condition into clitkDicom2Image

The name return by GDCMSeriesFileNames starts by ./ if it is in the current folder or not if not. And the filenames never stat by ./
So I need to remove ./ only if it starts with ./

Change dicom file sorting procedure in clitkDicom2Image

In clitkDicom2Image, the sorting of files was based on the slice position but it's not correct when a transformation matrix is set.
It's ok when you open a dicom serie with vv. So I used GDCMSeriesFileNames like with vv to sort filenames correctly

Change serie number to serie UID
In clitkDicom2Image, change serie number to serie UID.
Serie UID is more restrictive and better to separate series
Change number to string because series UID is a string

Series UID is better to use itk::GDCMSeriesFileNames

Open image, overlay, fusion taking into account the interpolation settings

It reads in vv_settings.txt the status of the interpolation

Set vv settings if they are not present when the user open vv

Add the use of user parameters in vv_settings

For now, just the interpolation is taken into account
But now, the user car save it's own settings modifying the vv_settings file

Debug opening dicom with rotation matrix

With the introduction of the choose in the Image reader to open the dicom with or without the patient coordinate system, I need to pass the value of the patient flag to take into account the transformation matrix

Prefer to use link instead of copy for ccIn2p3 data

Before, the job copied data into the temp calculation folder. We prefer to avoid copy of large data, so we use link now

add JOB_ID as alias

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Add clitkScintivolStats

It use to compute statistics for Scintivol project

Change N formula

N is the number of primaries and is determine using the value of std, edep and squared edep. If it is null, we look for the next line, etc...

Add comment to precise the functionality of the inputs

Add double image managment for clitkAffineTransform

By default, the image use Float and did not manage double images. I add a condition to handle double image

Debug: correct wrong flag in condition

When the flag patientSystem was introduced in clitkDicom2Image to save the patient matrix, the flag to check the tool has to compute this matrix was not correct

Cosmetic

Align all elements in clitkSUVPeak.ggo

Add option to define the volume of the filter in clitkSUVPeak in cc

Before, the volume was fixed to 1cc
Now, if the volume option is set, multiply the given volume by 1000 to have in mc

Check if mask and input have the same spacing to compute SUVPeak

Before, the output of the SUVPeak was unrealistic with a mask with a spacing different from the input.
Now, check if they have the same spacing. If not, the script raises an error.

I add an option (--allow_resize) to automatically resize the mask according to the input like in the clitkImageStatistics script

Cosmetic
Align all elements in ggo file

Precise the unite of the bounding box for clitkCropImageFilter

Change behavior of clitkCropImage with like option

Before, if we cropped an image like another, the output's origin was set at the origin of the input.
But we prefer to keep the registration correctly, so we prefer to have an output's origin defined to still have the registration between the output and the input.
This is the normal behavior of the itk::PasteImageFilter.

I removed the SetNumberOfRequiredInputs to avoid this error: PasteImageFilter(0x1927770): At least 2 of the first 2 indexed inputs are required but only 1 are specified. The required inputs are expected to be the first inputs.

I add the updateOrigin flag to keep the previous behavior. If the flag is set to On (default is off), the origin of the output is set to the same origin than the input.

I update the description of the filte about this origin managment

Merge dose by region uncertainties using Gate uncertainty calculation

Instead of using partial uncertainty, I use the total dose or edep and the square of the dose and edep like
I removed a bash function because it's useless

Precise information about RTStruct statistics in comments and output

Precise information about SUV peak in comments and output

Remove trailing spaces and tab

Allow compilation with ITK4.13.0

With initialisation of the smart pointer to NULL, it failed to compile (error of conversion from int to smart pointer). I removed the NULL

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Modify mergeDoseByRegion

Before, it summed 2 files to write the result.
But I had to modify it to be able to sum partial std. So I created 3 functions:
 -addToPartialResult with the previous code
 - addWithoutPartialResult for the first file
 - divideUncertaintyResult for the last step

Change addition from bash bc to python

Before, with floating number, the script used bc to add numbers. But it failed with scientific notation. I chose to use python to compute it

Reindentation of the ggo file

Add like option in clitkExtrude tool

Before we had to set size, spacing and origin for the new dimension
But we could want to have the same size, spacing and origin than another image.
So I add the like option

I remove the required for the size option because if like is set , size is not mandatory
I controled that like and origin, size or spacing are not set at the same time

Add clitkExtrude tool

With this tool, you can copy the image i N times along the last dimension

Convert Drag/Drop opening file function to c++ < c++11

Merge branch 'm-pilia-drop_files'

Merge branch 'drop_files' of https://github.com/m-pilia/vv into m-pilia-drop_files

Remove verbose for travis
When untar cmake

Update QVTKWidget to QVTKOpenGLNativeWidget for VTK > 8.1

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Ensure compatibility with ITK < 4.12 for throw exception

Upgrade cmake version to >3.10 for ITK 5

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script 4/n

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script 3/n

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script 2/n

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script

Open files by dropping them inside the window

Set the window to allow drag events entering it, and add an handler to
open files dropped within the window.

Remove clitkAffineRegistrationLib compilation when CLTK_USE_REGISTRATION is OFF

Ensure compatibility with newer version of VTK9

VTK remove ImmediateModeRendering due to
Does not make sense for OpenGL2 and is not implemented

Add AffineRegistration library to avoid compilation error
With a lot of cores, clitkElastixTransformToMatrix (that need clitkAffineTransform) can be compiled before clitkAffineTransform
And the gengetopt of clitkAffineTransform is not compiled leading to an error

Remove throw to avoid warning with c++11

Remove throw to avoid warnings with c++11

Update to enable GDCMv3

Ensure compatibility with ITK5
Change NumberOfThreads to NumberOfWorkUnits

cosmetic

Debug fusion display value for very small value
Use scientific representation

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

cosmetic and remove useless part in clitkSpect2Dicom

Remove ssh connection to creatis cluster from ccIn2p3

Rename clitkImage2DicomSeries to clitkSpect2Dicom

Functionnal version

Ensure to have the correct name for dicom files

Add description

cosmetic

cosmetic

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv