Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Make clitkDicomWave2Text compile with itk4

- Protect the code with GDCM_MAJOR_VERSION < 2 and print an error
  message when compiled with 2.x GDCM version.

removing stray characters from beginning of files

- patch sent by Joël Schaerer

Compilation error related to GDCM-2

Remove debug and correct slice position for CaudlaMarginOf BV

Add comment (future changes todo)

Change comments

SaveScreenshotAllSlices : filenames correction and correct update to force the display of ROI.

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clitkDicomWave2Text tool added

install of motion_amplitude script

calculation of an RTstruct's motion amplitude

clitkImageStatistics - small robustness issue

clitkImageStatistics - support for 4D images

- label mask may also be (n-1)D

Add an option to the screenshots menu to save all slices (with ROI and transparency)

Remove debug and check that options are correct

Add station 5 and 6

Add Station 5 and 6

Correct bug in support for 4RL

Station 4RL is not ok

Correct PrintOptions

Add "SliceBySliceBuildLineSegmentAccordingToMinimalDistanceBetweenStructures" (and win the best price for the longest function name in clitk)
Add DistanceMap
Add ComputeClosestPoint
Correct JoinSlices (with ImageBase instead of Image as option)

clitkImageStatistics supports multi-channel images

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more changes related to fusion control

corrections in overlay opacity and threshold

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how to make nightly builds and to test tools

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Add checking of the options

remove options for some stations

New version of S3P (simpler)

Add S4ARL station extraction

small bug (current step number)

Remove VertebralBody

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sorted directory is put outside the original one

print directory when no phase found

test for warpImage 3d

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forgot to uncomment...

when a tool failed, no mhd was produced but the test still succeeded.

testing tools doesnt require vv

cl was not valid for setBackground

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search prefix and suffix

clitkSetBackground and renaming binarize

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mhd files are compared ignoring the ITK_InputFilterName line added by itkv4

Now inherit from clitkStructuresExtractionFilter

Now inherit from clitkStructuresExtractionFilter

Simplification of options

Cosmetic

Adapted with RelativePostion list management

Add dependence with RelativePosition ggo

Remove debug messages

Remove debug

Cosmetic

Small options modification

Comment ImageToDicomRT because does not work

File to manage a list of RelativePosition filters

Extraction of S1RL

Change "UseASingleObjectConnectedComponentBySlice" by "UseTheLargestObjectCCL"

Add "Or" function

Add PrintOptions and change orientation type names

Add VerboseImageSize flag

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installation of more scripts

morphoMath tests

test for lung3d.mhd

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support for mha images

- another patch by Joël

comparing raw files automatically. refFile can end with .mhd or not

add tests for imageArithm

undoing StructureSet-related patch

- the one sent by Joël

Attempt to manually adjust the layout of the overlay panel for fusion to minimize its width

Files were not opened in binary mode which caused problems with vox files under windows

Do both OuputDebugString and standard output for DD on Windows

Bug/issue 704

- Made clitkPadImage generic (no support for 4D images for the moment).

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replacing \r\n by \n in generated mhd files when running toolTestRunner

No .gitignore file Joël! Put .gitignore in your .gitignore file.

finer control over fusion transparency

- addition of a spin box to set the values

applying another patch from Joel

patches sent from Joel Schaerer

itkv4 migration

- Add call to SetDirectionCollapseToSubmatrix needed by the
  ExtractImageFilter.

itk4 Remove ITK_USE_OPTIMIZED_REGISTRATION_METHODS

- Bypass all ITK_USE_OPTIMIZED_REGISTRATION_METHODS with ITK 4. All
optimized version are now the normal version in itk4.
- Include itkImageToImageMetric.h instead of itkOptImageToImageMetric.h
- Rename GetJacobian to ComputeJacobianWithRespectToParameters.

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error in the install of segmentation tools

itk4 Rename DeformationField to DisplacementField

Revert "[BUG] Use POSIX local before call to GDCM"

This reverts commit a1dbb1f955409410f9402f9f257482a03bb5d5d6.
Corrected by 98eb0c23b8066792d7a77e571fb7d48c9fe02db6.

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locale bug in vv with French

- An error when resetting the locale to its original value caused the previous setting to be undone...

[BUG] Use POSIX local before call to GDCM

- Force the use of POSIX local to read dicom headers with gdcm

Revert "itkv4 migration: Rename itkBSplineDeformableTransform to itkBSplineTransform"

This reverts commit ba207d8b674671e4e3e1ce6d4171e84474c4cfd9.

itkv4 propagate Transform<*>::NumberOfParametersType

- Propagate itk::Transform<*>::NumberOfParametersType typedef into our
homemade transforms.

itkv4 Replace ITK_TYPENAME by typename

- ITK_TYPENAME disappeared in itkv4. It was in itkv3 to remove some warning
with MS VC++ 6.0 which is not supported by itk anymore.