Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

added target image translation in gamma index

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Be compatible with itk 3.20 with debug on

BLUT interpolation is really fast ... again!

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

remove gitignore

add first version of LabelOverlapMeasuresImageFilter (dice computation)

Change output display

Comment CricoidCartilag limit (put in support)

New way to extract support

Simplify 4R 4L seg

Second version of rel pos analyzer

Remove old stuff

New ComputeOptimalThreshold

Correct angle units

To be consistant, crop strictly above (not above or equal)

Second version of databse of rel pos

First version of rel pos database builder

First version of the builder of relpos database

Explicit units for Angle (rad or deg)

corrections in mid-P scripts

- when checking clitk tools' return values

clitkExtractLung - new option

- doNotSeparateLungs

more refined abort-on-exception mechanism

- new macro defined in clitkCommon.h
- abort execution with a proper return code
- only used in tools related to mid-P calculation, for now
- mid-P scripts interpret return codes

Second version of clitkRelativePositionAnalyzer

Add afdb_path option

Add --afdb_path option

Add --afdb_path option

Add path when loading an image

First version of the clitkRelativePositionDataBase struct

Add the tool clitkRelativePositionDataBaseAnalyzer

Add first version of clitkRelativePositionDataBaseAnalyzer

Second version of RelativePositionAnalyzer

Add New(), GetValueTag and Path (to search for image)

Cosmetic

Change comments

Add MapToVec (first/second) functions.

Removed unused file

Sync changes with RTK

basic GUI state reading/saving

- read/save only images and overlays for now
- menu option to read/save state
- "--state XMLFILE" to read state from cmd line

basic GUI state loading/saving functionality

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write gate ascii format

output saving using vvImageWriter

fixed over_one counter

fixing clitk gamma for profiles

reading for gate ascii format

Add ComputeBBUnion

Add ResizeImageLike with region or bb

Add SliceBySliceRelativePosition with angles

Add code for computing FuzzyMap only (without threshold)

Add FloatSliceType

Correct but when using LimitsWithTrachea (not taken into account)

First version of RelativePositionAnalyzer

Add AFDB support

Add AFDB support

Remove comments

Correct the way to set angles

First version of clitkLabelImageOverlapMeasure

Add GetAngle

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Add clitkLabelImageOverlapMeasure and clitkRelativePositionAnalyzer

read gate ascii file header

Check VTK_VERSION with a valid syntax

Don't use VTK_LIBRAARIES with old VTK versions

Remove old scripts from CMakeLists

- Remove installation of scripts thathas been removed of the repository.

ignoring build directory

started io support for gate ascii file

clitkGammaIndex switched to vvImage

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

showing step size in gradient descent

remove old scripts from install

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Change include (clitkBoundingBoxUtils)

Remove ResizeImageLike (put in CropLikeImageFilter) and BoundingBox (put in clitkBoundingBoxUtils)

Utils for bounding box calculation (formerly in clitkSegmentationUtils)

Add CropLikeImageFilter include

Add a convenient function

Add first version of RelativePositionAnalyzer

Set the inverse orientation flag after the addorientation

Correct the #define

Remove debug

Remove unused files

Add one slice for the S1RL support

Write dilated Aorta in afdb

Add clitkMeshToBinaryImage tool

- Add clitkMeshToBinaryImage tool based on the filter of the same name.

Add Extrude option to clitkMeshToBinaryImageFilter

- Set default value to true for backward compatibility

Add missing include

Read CricoidCartilag image or Point position (simpler)

Add VerboseTracking for debug

Add VerboseTracking for debug

Protect 'crop' if given parameters are larger than image size

Remove debug

Add info in the command line help

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calculation of motion amplitude itself...

- that is, (max - min) over time

Comment temporary stuf (station 7,8)