fetch data pull or clone

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

scripts to pull data
todo : pull instead of clone if it already exists

Modification for nightly builds

transform_grid  option was not working for flips

Fix for bug Bug #670: closing and opening do the same as successive
erosion/dilation

Removed call to UpdateOrientation in SetFusion and SetOverlay to avoid
changing slice when reloading.

No need for typename outside template declarations (compiling error on
        msvc++)

Allowed arithmetic operations between 2 inputs even if they don't have the same spacing.

Added HaveSameSize

Portability issue

Added --transform_grid which uses input->GetDirection
(output->GetDirection is identity) and transform matrix
to determine the output grid.

Inverse transform matrix to be consistent witk ITK (see longer comment in vvImageReader.cxx)

Account for itk origin when using itk direction to build vv transform

Added ExtractBonesLower2 and FillingLevel options

Copy pasted common.sh code

simple tool to create an image with a sphere

- still to be improved

jacobian image filter

- calculate the jacobian of a vector field

moved $CLITK3/vv/scripts to $CLITK3/scripts

- added create_midP_masks.sh

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

use of find_xxx to find googleframework and data paths

Missing include

uint is not a type

Fix for bug #274: move ExtractSlices definition in .h

Oups, wrong exception message

Resample is not robust to i/o spacings with different signs => launch
exception

The order of the libraries seemed to cause problem. Changed it...

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Use Qt variables in vv/CMakeList.txt

Use ${QT_QTNETWORK_LIBRARY} instead of QtNetwork that didn't worked with
window Qt library named QtNetwork4.lib

orientation change should not change T slice

- time never changes when just the image orientation is changed...

Fix for bug #609

Change key for going to coordinate system origin. Now CTRL+g

Removed unused text variable

QtNetwork is a required dependency of vvRegisterForm

Obsolete header replaced with correct header

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

windows compatibility for tools
 (size_t vs uint...)
and tests (.lib vs .a)

add QtNetwork for Fedora build

add QtNetwork for Fedora build

Add padding in clitkExtractLung

Add padding around the patient to form one big air area around him.
ExtractLung relies on this assumption which was false for dir-labs
patients cropped around the ribcage.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Add test outside SearchForTrackea to avoid infinite loop

When clitkExtractLung did not find the trackea it looped infinitly.

Add --noAutoCrop option to clitkExtractLung

Remove comments

Add "normalize" and "divide by a scalar"

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

still on bug 375

- image origin is now also updated to cope with crop

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Updating reslice filter information  in UpdateDisplayExtent was not enough, calling
AdjustResliceToSliceOrientation does a better job although it should not
be necessary.

Added "Reset transformation to identity" in image right-click menu

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

solved bug 375 (Binarize after crop)

- image index is now forced to zero after passing through cropping filter
        + apparently solved other crop-related bugs... (please test!)
- also did some refactoring and clean-up

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Remove trailing whitespace

Add padding in clitkExtractPatient

Add padding around the patient to form one big air area around the
patient. ExtractPatient relies on this assumption which was false for
dir-labs patients cropped around the ribcage.

Removed empty file

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

solved bug 442 (2D+t vector field)

- added another image type: VECTORFIELDWITHTIME

solved bug 519 (Fusion flickering)

removal of threshold test for random point selection

removal of threshold test for point selction

Merge branch 'master' into blutdirmaster

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Trasnparency of color maps in fusion images

- finer control of transparency is given through a transparency threshold

Add ComputeLabelMap and Clone

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Clean up of unused functions / signals

[VV] New feature to jump on image origin

Only display data value in corner annotation if ImageActor is visible

Always UpdateCursorPosition even if ImageActor is not visible, drawing
of slicer is handled by the renderer draw mode

SetDisplayMode only changes draw mode of renderer

Rolled back to drawing parent image if it were selected before instead
of every time parent is changed

Let vvSlicer handle visibility

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Force visilibty of base image on first click of him or one of his
children

Undo previous change: the visibility has to change for correct
interaction

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Do not change visilibity of actors when changing renderer drawing action

Make fusion, overlay and vf visible by default

Set colormaps even if corresponding actor is not visible

Removed unused and unuseful function

Modified DisplayChanged to master the logic of the image tree and
correct some bugs. Added comments to facilitate future debugging (there will be some!)

debugging messages

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Add panel shift in y direction in Cone Beam Project

- Add it in the filter.
- Modify the ggo and generic filter to handle it.

Handle panel shift in Backprojection

Handle panel shift in x and y direction to generate back projected
images.

[BUG] use itk interpolator

Use itk interpolator instead of a home made implementation that
generated NaN in many cases.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Added "image" in actor type for SetActorVisibility and added
corresponding GetActorVisibility.

Corrected tooltip with absolute file path

Accessor to list of filenames

Unitialized variable was causing crash at startup on Windows

Use OutputDebugString for DD on Windows

Add clitkBool to perform boolean operation

solved bug 457

- overall, just a matter of calling Render() after updating the contours
- another issue corrected: change of slice orientation didn't change contour orientation
- still existing issue: flickering and delay in contour update when navigating across slices (added to bug tracker)

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server