Change dicom file sorting procedure in clitkDicom2Image

In clitkDicom2Image, the sorting of files was based on the slice position but it's not correct when a transformation matrix is set.
It's ok when you open a dicom serie with vv. So I used GDCMSeriesFileNames like with vv to sort filenames correctly

Change serie number to serie UID
In clitkDicom2Image, change serie number to serie UID.
Serie UID is more restrictive and better to separate series
Change number to string because series UID is a string

Series UID is better to use itk::GDCMSeriesFileNames

Open image, overlay, fusion taking into account the interpolation settings

It reads in vv_settings.txt the status of the interpolation

Set vv settings if they are not present when the user open vv

Add the use of user parameters in vv_settings

For now, just the interpolation is taken into account
But now, the user car save it's own settings modifying the vv_settings file

Debug opening dicom with rotation matrix

With the introduction of the choose in the Image reader to open the dicom with or without the patient coordinate system, I need to pass the value of the patient flag to take into account the transformation matrix

Prefer to use link instead of copy for ccIn2p3 data

Before, the job copied data into the temp calculation folder. We prefer to avoid copy of large data, so we use link now

add JOB_ID as alias

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Add clitkScintivolStats

It use to compute statistics for Scintivol project

Change N formula

N is the number of primaries and is determine using the value of std, edep and squared edep. If it is null, we look for the next line, etc...

Add comment to precise the functionality of the inputs

Add double image managment for clitkAffineTransform

By default, the image use Float and did not manage double images. I add a condition to handle double image

Debug: correct wrong flag in condition

When the flag patientSystem was introduced in clitkDicom2Image to save the patient matrix, the flag to check the tool has to compute this matrix was not correct

Cosmetic

Align all elements in clitkSUVPeak.ggo

Add option to define the volume of the filter in clitkSUVPeak in cc

Before, the volume was fixed to 1cc
Now, if the volume option is set, multiply the given volume by 1000 to have in mc

Check if mask and input have the same spacing to compute SUVPeak

Before, the output of the SUVPeak was unrealistic with a mask with a spacing different from the input.
Now, check if they have the same spacing. If not, the script raises an error.

I add an option (--allow_resize) to automatically resize the mask according to the input like in the clitkImageStatistics script

Cosmetic
Align all elements in ggo file

Precise the unite of the bounding box for clitkCropImageFilter

Change behavior of clitkCropImage with like option

Before, if we cropped an image like another, the output's origin was set at the origin of the input.
But we prefer to keep the registration correctly, so we prefer to have an output's origin defined to still have the registration between the output and the input.
This is the normal behavior of the itk::PasteImageFilter.

I removed the SetNumberOfRequiredInputs to avoid this error: PasteImageFilter(0x1927770): At least 2 of the first 2 indexed inputs are required but only 1 are specified. The required inputs are expected to be the first inputs.

I add the updateOrigin flag to keep the previous behavior. If the flag is set to On (default is off), the origin of the output is set to the same origin than the input.

I update the description of the filte about this origin managment

Merge dose by region uncertainties using Gate uncertainty calculation

Instead of using partial uncertainty, I use the total dose or edep and the square of the dose and edep like
I removed a bash function because it's useless

Precise information about RTStruct statistics in comments and output

Precise information about SUV peak in comments and output

Remove trailing spaces and tab

Allow compilation with ITK4.13.0

With initialisation of the smart pointer to NULL, it failed to compile (error of conversion from int to smart pointer). I removed the NULL

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Modify mergeDoseByRegion

Before, it summed 2 files to write the result.
But I had to modify it to be able to sum partial std. So I created 3 functions:
 -addToPartialResult with the previous code
 - addWithoutPartialResult for the first file
 - divideUncertaintyResult for the last step

Change addition from bash bc to python

Before, with floating number, the script used bc to add numbers. But it failed with scientific notation. I chose to use python to compute it

Reindentation of the ggo file

Add like option in clitkExtrude tool

Before we had to set size, spacing and origin for the new dimension
But we could want to have the same size, spacing and origin than another image.
So I add the like option

I remove the required for the size option because if like is set , size is not mandatory
I controled that like and origin, size or spacing are not set at the same time

Add clitkExtrude tool

With this tool, you can copy the image i N times along the last dimension

Convert Drag/Drop opening file function to c++ < c++11

Merge branch 'm-pilia-drop_files'

Merge branch 'drop_files' of https://github.com/m-pilia/vv into m-pilia-drop_files

Remove verbose for travis
When untar cmake

Update QVTKWidget to QVTKOpenGLNativeWidget for VTK > 8.1

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Ensure compatibility with ITK < 4.12 for throw exception

Upgrade cmake version to >3.10 for ITK 5

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script 4/n

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script 3/n

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script 2/n

Add VTK 8.1.1 and ITK 5 beta
Clean travis script

Open files by dropping them inside the window

Set the window to allow drag events entering it, and add an handler to
open files dropped within the window.

Remove clitkAffineRegistrationLib compilation when CLTK_USE_REGISTRATION is OFF

Ensure compatibility with newer version of VTK9

VTK remove ImmediateModeRendering due to
Does not make sense for OpenGL2 and is not implemented

Add AffineRegistration library to avoid compilation error
With a lot of cores, clitkElastixTransformToMatrix (that need clitkAffineTransform) can be compiled before clitkAffineTransform
And the gengetopt of clitkAffineTransform is not compiled leading to an error

Remove throw to avoid warning with c++11

Remove throw to avoid warnings with c++11

Update to enable GDCMv3

Ensure compatibility with ITK5
Change NumberOfThreads to NumberOfWorkUnits

cosmetic

Debug fusion display value for very small value
Use scientific representation

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

cosmetic and remove useless part in clitkSpect2Dicom

Remove ssh connection to creatis cluster from ccIn2p3

Rename clitkImage2DicomSeries to clitkSpect2Dicom

Functionnal version

Ensure to have the correct name for dicom files

Add description

cosmetic

cosmetic

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Merge branch 'clitkImage2Dicom'

cosmetic
Remove tabs

Add statistical tool to compute speed up for gate jobs

Correct merger in gate_power_merge

Add merger for DoseByRegions

Change default value in clitkDicomRTStruct2ImageFilter for vtk mesh

Add clitkChangeDicomTag tool

Add clitkXml2DicomRTStructFilter
To Convert Struct from Osirix (HEH) plist (.xml) file to RTStruct
Use pugixml to parse xml

Copy input direction into output in clitkImageArithmGenericFilter

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Allow to save vtk mesh in RTStruct2Image

cosmetic

cosmetic: remove tab

cosmietic: remove useless spaces

Add Option to use external GDCM
The previous test does not work with ITK > 4.13 at least

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

cp all files from the mac folder

add normalisation wrt the total image intensity sum

Increase display speed while w is pressed

Remove compilation warning

Remove cout

Remove compilation warnings
Cosmetics removing tabs by spaces

Addapt if statement for older cmake

Merge branch 'ITKv5' of https://github.com/open-vv/vv into ITKv5

Merge branch 'master' into ITKv5

Add c++11 flags with ITKv5

Change from minimal version of ITK4.5 to ITK4.6

change travis

COMP: fix compilation errors for ITKv5

Set the Root Tree maximum size to 1TB instead of 1GB

Add Dockerfile

Be sure Number of Frame of Rotation exists in dicom tags

Windows compilation
Remove error due to M_PI
Remove error due to and
Remove warning due to unused variables

Add windows maths include