Coding style : remove useless trailing ';' from inline function definition

Add the command line argument manager option
dict=fullPathNamePricateDictionaryFile
to allow user to see with no extra coding what differences makes the use or not
of a private Dicom Dictionary.
e.g.

PrintFile filein=myGEdicomFile.dcm dict=/user/userName/gdcm/Dict/GEMS-Advance.dic

Add the methods Dict:AddDict(fullPathPrivateDictionaryFileName)
 and Dict::RemoveDict(fullPathPrivateDictionaryFileName)
 to allow user to choose the 'Private Dictionary' he wants to work with.
One can dream about a better API;
This one allow right now anybody to see very easyly
if the use of a given private dicom dictionary is of any help or not.

STYLE: typo

STYLE: typo

ENH: Some cleanup, and support cmake206

Replace
<       <LI> Allow parsing the <TT>Shadow groups</TT> against a user supplied
<            private <TT>Dicom Dictionary</TT> (pfff!...)
By
>       <LI> Allow manual adjunction / automatic recognition (pfff!...)
>            of the private <TT>Dicom Dictionary</TT>
>            to be used to parse <TT>Shadow groups</TT> against.

Comments: It shouldn't be too difficult to 'manualy' ask memory merging
          of a Private Dict into the public one (I can do it soon).
 Automatic recognition of the Private Dict to be used seems hopeless.

Solve other minor Doxygen pb

Minor Doxygen problems

ENH: Adding todo for automatic recognition of DICOM dict

Update News.html

Replace stupid method names :
DicomDir::WriteDicomDir and DicomDir::AnonymizeDicomDir
by
DicomDir::Write and DicomDir::Anonymize
Thx to Benoit for repporting oddity

   * Fix JPR compilation errors on MSVC.Net 2003
   -- BeNours

Typo

Add examples of use of
SerieHelper::SetUserLessThanFunction(userSuppliedLessThanFunction)
use
order=group1-elem1,group2-elem2,...
     (in hexa, no space)
  if you want to use them as a sort criterium
  Right now : ValEntries only -just an example-
or
order=name
    if you want to sort on the file name (Why not? Just an example...)

Fix Benoit's bug :
Passing the right number of files should help vtkGdcmReader to work
with the result of SerieHelper
Well ...
TestSerieHelper has to be enforced ;-)

Use the result of GetVersion better than hard coded value

Closing the file even when something wrong happens should avoid some memory
leaks.
Thx to Benoit for reporting bug.

ENH: As per Benoit's request, increase gdcm version. This is the only central place holder that are reperecuted in the c++ code

int vs unsigned int to avoid warning
CVSi: ----------------------------------------------------------------------

   * Remove #define and replace then by the call to the corresponding
     variables (in the LodModeType enum) - Thanks to Mathieu
   -- BeNours

   * Rename the NO_SEQ, NO_SHADOW, NO_SHADOWSEQ to
     GDCM_LD_NOSEQ, GDCM_LD_NOSHADOW,
     GDCM_LD_NOSHADOWSEQ
   * Now vtkgdcmReader parses only one time each files
   -- BeNours

Reverse order sorting now works, even with user supplied function.
Thx to Benoit for telling how to.

ENH: Add new task, and add comment on kwsys

Some updates to the gdcm/TODO file

Add some verbosity while running tests

Update 'New Features', 'Known Buggs', 'Fixed buggs' entries

According to some requierements, if user knows more about his images
than gdcm does, he may supply his own comparison function.

void SerieHelper::SetUserLessThanFunction(UserLessThanFunction);
with
bool UserLessThanFunction(File *, File*);

English typo

BUG: I hate cmake...

BUG: Need to declate gdcm_wrap.cxx as a generated target

ENH: Cleanup the cmakelist, cmake 1.8 was barely supported anyway

ENH: Adding check of dict

BUG: A SQ is always VM=1, corrected typo from document: www.medical.philips.com/main/company/connectivity/assets/docs/dicomcs/mr91.pdf, thanks to JP for report

Fix typo in VM of a SQ

Finish (?) a cleaning out session, while time consuming hunting party ...

Add
void Document::AddForceLoadElement(uint16_t group, uint16_t elem); method
to allow forcing the loading of some elements, even if they exceed
the current MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE  (default : 4096)

   * Fix bug while wrapping python. The DicomDir SetStart/Progress/EndMethod are accessible in python
   -- BeNours

Add forceload= command line argument, to allow user to load some Entries
whose length exceeds the current value of MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE (4096);

Use it as :
PrintFile filein=MR_forceLoad29-1010_29-1020.dcm forceload=29-1010,29-1020

   * Bug fix for python use
     Python doesn't like the C++ dynamic_cast on the this pointer (or a
     variable corresponding to it)
   -- BeNours

ENH: Another attempt to get rid of jasper warning

Fix English typo

declare once the variables

Update web pages

Add PatchHeader

// ------------------------------------------------------------------------
// gdcm mechanisms don't allow user to read an image
// whose header contains wrong physical info (say : wrong Row Number ...)
// and re-write with a right value.
// This program does the job by brutally overwritting the wrong values.
// It may be usefull to save a set of images ...
// (It dosn't allow to *add* a missing field)
// ------------------------------------------------------------------------

   "\n PatchHeader :\n                                                        ",
   " Allows aware user to patch an image header, without loading image.       ",
   "         Warning : the image(s) is/are overwritten                        ",
   "                   to preserve image(s) integrity, use a copy.            ",
   "         WARNING : *NO CHECK* is performed on the new values.             ",
   "                   Use only if you are sure the original values are wrong ",
   "                   *and* your values are right...                         ",
   "usage: PatchHeader {filein=inputFileName|dirin=inputDirectoryName}        ",
   "               [ { [size=] | [rows=][columns=] } ] [planes=]              ",
   "               [bitsallocated=] [bitsstored=]                             ",
   "               [highbit=] [samplesperpixel=]                              ",
   "               [pixelrepresentation=] [samplesperpixel=]                  ",
   "               [ { [noshadowseq] | [noshadow][noseq] } ] [debug]          ",
   "                                                                          ",
   "       inputFileName : Name of the (single) file user wants to modify     ",
   "       inputDirectoryName : user wants to modify *all* the files          ",
   "                            within the directory                          ",
   "       size            : new (square) size, to owerwrite old (wrong) one  ",
   "         or                                                               ",
   "       rows            : new Rows number,    to owerwrite old (wrong) one ",
   "       columns         : new Columns number, to owerwrite old (wrong) one ",
   "       planes          : new Planes number,  ...                          ",
   "       bitsallocated   : new Bits Allocated number,  ...                  ",
   "       bitsstored      : new Bits Stored number,  ...                     ",
   "       highbit         : new High Bit number,  ...                        ",
   "       samplesperpixel : new Samples Per Pixel, ...                       ",
   "       pixelrepresentation : new Pixel Representation, ...                ",
   "                                                                          ",
   "       noshadowseq: user doesn't want to load Private Sequences           ",
   "       noshadow   : user doesn't want to load Private groups (odd number) ",
   "       noseq      : user doesn't want to load Sequences                   ",
   "       debug      : user wants to run the program in 'debug mode'         ",

PrintFile can now print *all* the file within a given directory.
(usefull to grep the result, when looking for an oddity)

modif in DocEntry::Print() method (for 'long' values)

Bug fix in command line argument manager

ENH: Remove some complain from bcc32

Update ChangeLog

Now Print displays the BinEntry Content (if it's printable, and loaded)
Usefull for a lot od Implicit VR 'Bin'Entry (if we knew there VR, they wouldn't
be Bin ...)
Appreciate the difference having a look at PrintFile result for
gdcmData/SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq0.dcm.

Add methods to check the 'printability' of a bin area

According to Mathieu's suggestion, Print now display FL BinEntries in a human
readable form

According to Mathieu's suggestion, *all* the elements 0x000
are now named 'Group Length' (even if they belong to a Shadow Group')

ENH: Adding Group Length

ENH: Adding group length and the e0* dicom tags

Remove printf
:-(

Removal of QD patch for Private Sequence + Immplicit VR.
Add a clean solution (Backtracking if an Item Starter is found
    out of any SQItem)

COMP: Fix compilation for VS6

ENH: Ok if there is one more time a Warning(504): Function gdcm::GDCM_LEGACY must have a return type...

ENH: Adding proper dependencies so that gdcm rebuild when needed

ENH: Adding some more tag from Philips Intera Achieva DICOM conformance doc

ENH: Update dict to make Peter's image more readable

To avoid spuroius warning messages when debug is ON

Improve 'Print' methods

 Brutal patch, waiting till we find a clever way to guess
       if a doc entry is a Sequence,
        - when it's odd number
  - and the file is Implicit VR Transfert Syntax

It solves temporarily some Philips Medical Systems image problems

COMP: Fix compilation with SWIG, GDCM_LEGACY* options do not affect SWIG generated interface

Save a *few* microseconds at run time : inline method Util::GetVersion()
;-)

COMP: Remove problem with static being define in a common header file

Temporarlily ask not to swig for Python SetUserFunction and SetCoherentFileList

Replace
   void SetLoadMode (int mode)
by
   vtkSetMacro(LoadMode, int);
   vtkGetMacro(LoadMode, int);
   vtkBooleanMacro(LoadMode, int);
to be vtk compilant

Replace
void SetCheckFileCoherenceLight();
by
vtkSetMacro(AllowLightChecking, int);
vtkGetMacro(AllowLightChecking, int);
vtkBooleanMacro(AllowLightChecking, int);
to be vtk compliant

Comments

update usage

gdcm::File::File() and gdcm::DicomDir::DicomDir() are no longer ignored

Update CMakeLists.txt

Remove exBuildUpDicomDir.cxx (TestBuildUpDicomDir.cxx already in Testing)

Comment

Remove useless exAnonymize.cxx (use Anonymize.cxx)

Remove useless exAnonymizeNoLoad (use AnonymizeNoload)

Update usage

Use new style for File constructor

Use new style for DicomDir constructor

Update web pages

COMP: Ok quickly fix comp problem on golgot with -pain in the neck- gcc 4.x

Use new style FileHelper contructor

FileHelper::Initialize() doesn't call GrabInformationFromFile(),
in order not to do the job twice when using new style FileHelper Constructor.

ENH: Provide a GetVersion function, apparently need for python

ENH: Tons of cleanup

ENH: Ok serioulsy nobody was updating this file - removed

ENH: Should fix installation of gdcm

Some never comitted before comments.

Initialize UserFunction pointer to 0, even for 'deprecated' form of constructor.

COMP: Fix compilation on gcc4

COMP: Get rid of: Function gdcm::GDCM_LEGACY must have a return type.

vtkgdcmSerieViewer shows an example for using user supplied function.
(it uses now the Argument Manager)
    vtkgdcmSerieViewer :
   Display a Serie within a Directory
   You can navigate through the stack by hitting any character key.
   usage: vtkgdcmSerieViewer filein=fileName [noshadowseq][noshadow][noseq]
                             [reverse] [{[mirror]|[topdown]|[rotate]}]
                             [check][debug]

vtkGdcmReader takes into account the user supplied function to reorder the
pixels

  User is now allowed to pass a Pointer to a function of his own
      to allow modification of pixel order (i.e. : Mirror, TopDown, )
      to gdcm::FileHeleper, using SetUserFunction(userSuppliedFunction)

      described as : void userSuppliedFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f);

      NB : the "uint8_t *" type of first param is just for prototyping.
        User will Cast it according what he founds with f->GetPixelType()
        See ctkgdcmSerieViewer for an example