Mathieu Malaterre :
- From gdcm 1.x to gdcm 2.0
- Upgrade RT_StructureSet

Mathieu Malaterre :
- From gdcm 1.x to gdcm 2.0
- Upgrade RT_Contour

We need to find a better way to fix this.
The problem arises when a target depends on a ggo.h but does not depends on the
ggo.c.
When a target depends on a ggo.c it is explicitly listed in its dependencies
including the custom command that generates it.
When the ggo.h is include in a cxx included in a target CMake has no way to
know it and does not include the custom command that generates it.

In this patch I manually add the dependency between the cxx and the ggo.h.

Constructor of vvImageWriter is now private

Romulo:
- Finally solved bug 243 (moving linked images)
  + when propagating,  vvMainWindow::UpdateLinkedNavigation was always using slicer[0] as the reference. Now, the reference vvSlicer
 is passed as an argument from vvSlicerManager::UpdateLinkedNavigation.

- More corrections wrt bug 283 - cursor rendering... (accidentally removed from the bug tracker)
  + better treatment of cursor rendering when images are linked
  + there are still corrections to be made wrt to the corner annotations.

Remove leaks related to vvImageWriter

Mathieu Malaterre :
  - From gdcm 1.x to gdcm 2.0
clitk should compile with itk 3.20 and gdcm 2.0

Add missing ifdef.

Romulo:
- removed #include <vtkColor.h>

Romulo:
- solved bug #283
   + rendering logic in vvSlicer::Render was blocking cursor updates if corner annotation was not visible

Removed unused file

Removed unused vvs.cxx

Remove clitkTestFilter also in CMakelist.txt

[BUG] change __APPLE__ to APPLE the first is the C/C++ macro defined by CMake
and the second the CMake macro.

remove test files

Remove test file

Windows compiling errors (ambiguous call to pow and variable in switch)

Add EPID conversion (2^16 - value)/alpha

From gdcm 1.x to gdcm 2.0

Removed debug stuff

Use QSharedPointers for vvROIActors

Error in loop for removing actors in destructor

Rounding errors in display extent of overlay, fusion and vf.

Add clitkDD for debug

add SliceBySliceBuildLineSegmentAccordingToExtremaPosition

Use smart pointers for vvSlicers

Memory leak hunt: vvBinaryImageOverlayActor vvImageContour vVImageReader are now itk::LightObject, use QSharedPointer in vvToolStructureSetManager

Useless to clear in destructor

Romulo:

- Tool now supports files in pts (Jef) and txt (VV) formats (-t/--type option)

Account for transform when updating display extent of vf, fusion and overlay

Fix for bug #274: move JoinSlices definition in .h

do not need clitkSegmentationUtils

Last errors

Errors in previous commit

Temp fix (see http://kingkong.grid.creatis.insa-lyon.fr:9002/issues/274)

Another lrint

Removed warning (same name used twice for layout widgets)

Replace rint with portable function

Correct last commit

MSVC++ seems a bit more strict than gcc with c++...

Put mMesh in smart pointer

More vtkSmartPointer

Delete widget first, the image data after

Romulo:
Add --output (-o) option. stdout is now used for verbose mode only.

Attempt to remove some leaks. DicomRT_Contour, DicomRT_ROI and DicomRT_StructureSet are now itk::LightObjects with private constructors

Romulo:
A couple of corrections and more debug info...

Romulo:
- new tool: clitkTransformLandmarks
Trasnform a set of landmarks with the given 4x4 matrix. Output to stdout.

Removed old file from compilation list

Removed old files, now in common

clitkGammaIndex uses vtkCellLocator

*** empty log message ***

Improvement of clitkGammaIndex.cxx by changing distance computation class.

Put mDefaultLUTColor in smart pointer to avoid memory leak

Correct VFResample (now should work)

h now hides corner annotations as well

h now hides corner annotations as well

[BUG] Change to signed distance.

Add S3A, correct minors for S7

Add reference count for list of loaded image in the afdb

Add object uniqueCCL flag for SliceBySliceRelativePosition

Add "NotLeftTo" relative position and other

pgueth:
  + Add clitkGammaIndex computation.

Romulo:
- Corrected bug when the size of the dicom template should be used as the reference for the resampling, instead of the spacing
- Added a command line option to for the size as the reference (--useSizeAsReference - default=off)

Romulo:
- Corrected bug when the size of the dicom template should be used as the reference for the resampling, instead of the spacing
- Added a command line option to for the size as the reference (--useSizeAsReference - default=off)

New icon for the MIP tool

Put this tool in the tools menu (remove from experimental)
Display an error message for 2D images

Correct bug in the filename when the same filename is used

*** empty log message ***

Remove old MaximumIntensityProjection (menu and callback)

Remove old MaximumIntensityProjection

Adapt vv RPATH to remove useless building path.
Install vv in bin subdirectory.

Remove vtkHybrid from clitkCommon and add it only when it is needed
(clitkRTStruct).

Fixed bugs in libstatgrab

Romulo:
- set Link/Link All functionality
  + when linking two images: take the one in the first combo box (left) as the reference for viewing adjustments
  + when linking all images: take the last manipulated image as the reference. The last manipulated image is the one with which the user last interacted using the mouse (mouseclick, mousewheel, but NOT mousemove)

Removed cmake memory option

MSVC++ complains that the exception is not used, put debugging message back

Fixed compiling error by MSVC++

Corrected bug when opening unexisting file (introduced by myself in version 1.52)

Update panel height

Check image size before performing operation

Resample tool now use new resampleImage class (use the right number of thread)

Add new resampleImageLib

Correct tool name

Remove debug verbose

Add ResampleImage library for vv

Add HaveSameSizeAndSpacingThan function

slight changes to use nex clitkVFResample.ggo

remove olf clitkImageResample (keep clitkResampleImage)

first version (copy of old clitkImageResample.ggo)

remove unused code for imageresample. The "true" one is clitkResampleImage and not clitkImageResample

Display values of two images and their difference in the same way instead of rounding to the second decimal

Romulo:
1) Perform image resampling if the spacing of the MHD file doesn't match the slice thickness found in the reference dicom series. Use the dicom spacing as the output.
2) Remove files from the dicom series if the number of slices in the MHD doesn't match the number of files in the image (it may be smaller due to rounding of image resampling). An error is still generated if there are more slices than files, though.
- issue: VV somehow still detects all images (Open Dicom), but the number of files and the series itself are correctly read.
3) Warnings are printed in both cases above if "verbose" is enabled.

Romulo: changed rounding of image resampling to floor() because, from a clinical point of view, it seems to be better to miss a slice than to add information that didn't exist in the original image.

Attempted to fix the mess of the resample fucker wrt to setting spacing and dims

Added reference to bug report for previous commit

Force update of display extents to fix linked navigation bug + move propagation out of loop

Romulo: invert matrix in .mat to be consistent with mhd matrices handled by itk

Return nan when quering scalar value outside whole extent

Romulo: fixed crash on display transform for vf, overlay and fusion images

Romulo: fixed log file, AppendOn was missing