Add 0x0008,0000 DataElement, to verify it's kept only for ACR files

Some ACR readers *need* the DataElement (0x0008,0x0000), and cannot recognize
gdcm-written ACR files :-(
DataElement (0x0008,0x0000) is now added to ACR-files.
(I guess nobody cares, but people from Cardiological Hospital,
 using *very* old clinical Softwares)

Some wrecked ACR-NEMA-like images begin by group 0028 (?!?)
DicomWorks reads them.
Why gdcm shouldn't do it, as well ?
Fixed !

FileHelper::CheckMandatoryElements() now checks as well
Pixel Representation (0028_0103) and defailts it as 0 (unsigned) if missing
to avoid unexpected behavior for images written by unaware users.

Deal with Endianness

Avoid memory leaks

Sorting the file list on 'file name' should work on any platform!

My previous patch hanged on images with Bits Allocated = 12.
(Not so common, but not a bug)
This one should be the final one (hope so !)

Fix message for View Position

Avoid propagating bugs when ReWrite an image 'not 8 bits- not 16 Bits'
BitsAllocated

Forget to commit this one (Bits Allocated related pb)

Old uncommited comments

Bypass a stupid bug in some headers
(when bits allocated >8 <16, force result of GetPixelType() to "16... )

Fix comments

Don't polute generated image header with meaningless stuff!

Fix writting of Overlays image
(Thx to Mathieu for provining accurate data, to check)

To help Google user to reach gdcm Home page

ENH: Make code a little more const correct

ENH: a fix for a broken compiler should NOT impact other compiler

COMP: Backport from gdcm1.2

COMP: Attempt to fix jpr code

Usage

Use gdcm1.3 features, to save CPU time

Remove trailing spaces

Remove now useless PhilipsToBrucker2.cxx
(replaced formerly by more general ToInTag.cxx)

Mind the swap code, as well!

   "   Extracts user supplied tags (identified by group number-element number)",
   "   and writes their values in a text file.                                ",
   "   (file will be used as input by BrainVisa software )                    ",

   " - Converts the Siemens Sonata MRI '*tfl2d1' DICOM files                  ",
   " to be processable by MriRegister software                                ",
   " - May be used as a template for gdcm::SerieHelper use.                   ",

Use proper type for iterators

Mind the Time Triggers, as well

Sometimes, two values are *not separated by a white space.
Fortunately, the second one is negative.
I had better to rewrite atof (?!)
eg
"-0.00801272 0.0320147-7.09668e-005 -0.0501062 -0.0879057 -0.101794"

Deal with trailing anatomical images (juste after parametric ones)

ENH: Minor patch

ENH: Adding ExportConfiguration

fix mistyping

  * This program
  * - explores recursively the (single Patient, single Study) directory
  * - examines the ".txt" Dense multiframe files
  * - Converts the files into 16 bits Dicom Files
  * WARNING : directory must contain ONLY .txt files

  (Probabely some more refinements to be added, but I wouldn't like to loose
   the source)

Fix Z position component within Image Position Patient

//
// This program is used to convert huge amounts of functionnal (3D + T) MR images
// into 'image tiles' (one title per volume) processable by clinical softwares
//

Forgot to comment out Linux specific code (CPU time computation)

Add 32 bits support

Minor changes

Some old versions of VTK? ITK ? SeriesWriter weren't too much strict
 when they did the job.
 A lot of people has a lot of 'supposed to be Serie' directories
 that, actually, aren't at all.
 The following program converts them (hope so!)

Add info on gdcm1.2/gdcm1.3 API breaking modifs

Add a gdcm1.3 syntax version of WriteDicomAsJPEG2000.cxx

Use a small (8 bytes) buffer to mininize time consuming freads
during the reding process of the beginning (group+element+vr+length)
of DataEntries.

Avoid polluting command line applications output when no Ethernet cable !

- Avoid useless creation of std::string
- Avoid loosing time with std::string comparisons

- (try to) optimize time consuming IsItemStarter() method.
- inline Isxxx methods (well, with gcc it seems not to have any effect)

info on API breaking modif (since 1.2)

Avoid using std::string stuff when it's useless (CPU time saving)

Returning a const ref is quicker than returning a value.
Thx to Benoit for provinding enhencement.

char *[] instead of char ** to avoid M$ troubles

Port Mathieu's modif for writting JPEG2000

Forgot to commit/upload some valEntry,BinEntry vs DataEntry usefull info

Add small utility to convert 'Dense' file format iamges into DICOM images
(will be usefull to anybody that have such images ...)

Avoid warnings Darwin-gcc

comment out Txt2Mat

'Acr-NEMA' data elements
0008,0001 Length to End
0008,0010 Recognition Code
0028,0005 Image Dimension
are now automaically pushed out by FileHelper::CheckMandatoryElements
when somebody rewrittes ACR into DICOM.
Thx to Mathieu for reporting the pb.

Port Mathieu's patch from gdcm 1.2 (in gdcmValEntry.cxx)
ENH: Better patch. Always pad with space except if VR is UI
(Shouldn't we think in unifying gdcm1.3 an cvs version -post gdcm1.3-
a lot of work is done twice; interesting enhencements are now in gdcm1.3
The only pb is New vs new, right?

Add WriteDicomAsJPEG

Port Mathieu'a modif in gdcm1.2
ENH: More work toward JPEG support

Works for more old ACR-NEMA images

Display Spacings

Add uint64_t related checks

Add comments/warnings

Add verbosity

Avoid warnings

Try to remove valgrind useless warnings

Add comments on the use od Rescale Slope / Intercept

Doxygenation

Add verbosity when something wrong happens

Hope, on a day, GetYSpacing will return accurate info, for any image

Some US images have NO Pixel Spacing nor Pixel Ratio
:-(

Try to take into account 'Pixel Aspect Ratio', etc to compute Spacings.
(More to be added)

 Little patch for strange PMS Gyroscan Intera images
( Item 'starter' has a tag : 0x3f3f,0x3f00, for no apparent reason )
'PMS' means 'Philips Medical Systems', as you can guess !

Fix misstyping

Avoid messing written Dicom images when no Study UID is found

Add some comments about pixel spacing

Forgot commenting out

avoid 'type qualifier on return type is meaningless' warning with
dash8.kitware -- GDCM-ecc-64bits

Avoid some warnings

Avois some warnings

Add a *really* empty test, to know if gdcm dll is loadable or not :-(

Fix misstyping

BUG: Report bug

Add a (very) small User Guide.
More is comming.

Add some DICOM 2005 entries
(remaining ones to come)

Black outing the burnt-in number of some MRI images

avoid warnings

Waiting for the final removal of MagnetomVisionToBrucker.cxx, commented out.

Avoid Warning

Follow Mathieu's advice on #include

Avoid warnings

Check MD5

Use ToInTag
Drop PhilipsToBrucker2

Replace stupid name 'PhilipsToBrucker2' by 'ToInTag'

use AnonymizeMultiPatient.cxx

Fix troubles in AnonymizeMultiPatient.
(It ensures (hope so) that all the Patient names will be different
after anonymization.
It will probabely replace AnonymizeNoLoad

Comment out over verbose messages

Add an open source code for MD5.
This will allowed to use a rough way to anonymize Patient's name, instead of
writing an arbitrary value.
(When we anonymized a multi-patient Directory, it leaded to a mees -all the
patients with the same name-)