clitkDicomRTStruct2Image: new features

- support conversion given ROI name or substring

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

addition of verbose messages

removing debug messages

fixed root cmake lookup

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vvSlicer.cxx

Changes rounding to nearest slice with a comment to explain that the
slice might never be visible (bug #1883).

Rolled back to previous rounding to reslice overlay/fusion.

VectorArithm: make Norm(0) = 0

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

support different series in a single dicom folder in Dicom2Image

added clitkVectorArithm tool (correction in commit)

    - removed all vector support from clitkImageArithm

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added clitkVectorArithm tool

- removed all vector support from clitkImageArithm

Fixes for bug #1883

Fix for bug 1882

correct bugs related to new window/level option

- also refactored to avoid similar problems in the future

added tool to interpolate VFs

- support for float/double;Dim=3;Comp=3; vectors only

added window/level preset for head/brain

- same as Focal

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circumventing apparent bug in BSplineTransform of ITK 4.x

- SetCoefficientImages doesn't seem to take all images of fields of the flat vector image
- Created the flat parameters-image myself and used SetParameters() instead

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vvMainWindow.cxx
vv/vvMainWindow.h

improved behavior when closing an image related to a fusion sequence (not fully finished)

Fix for bug #1881

itk4.3 compatibility

- Use Update instead of StartRegistration

itk4.3 compatibility

- itkCompose3DVectorImageFilter is now itkComposeImageFilter

Remove itkAnalyzeImageIO

- itkAnalyzeImageIO was used to force identity matrix when reading
analyze images. itk now uses another reader that does not apply fancy
matrix when reading analyze file, previous code is not needed anymore.

fixed the TSliders issues for FusionSequence, and prepared ground for temporal synchronization, which still needs to be implemented...

continued the fusion sequence visualization mode

trying to improve display and window behavior
and preparing ground for temporal synchronization
seems broken however... as loading an image causes a crash...

Added GoToLandmark functionality

- like GoToCursor, but when we double-click a landmark in the landmark panel's table

add "Remove All" landmarks

(more) robust handling of landmarks in time-sequences

- --landmarks [--sequence] cmd line option (including help message!)
- landmark display follows time-frame
- landmark addition/removal also matches time-frame

added --landmarks to vv's help message

- we can generate a new release now...

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

added new cmd line option: --landmarks

- guess what it does...

added support to new landmark-file type

- .pts from Jef's studies

improved the FusionSequence visualization mode, by linking to the 2nd sequence (US).

todo: the positions of horizontal sliders are not properly updated, but the display is OK.
Still the display bug for the fused US image...

1/ some minor changes for compilation under windows / VC++ 2010 Express

2/ 1st prototype version of the sequence fusion visualization mode (not so clean, but it works)

Remove check on image information when loading merged image with time
from GUI to be consistent with command line. Since we are reslicing
anyway, there is no need to have similar info anymore.

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Added ImagX file format from RTK

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Handling SYSTEM GDCM build and install trees (correction)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

ITK4 compatibility

handling SYSTEM_GDCM from build and install trees

Added support for ESRF reconstructions

Copied ESRF Edf processing from rtk and use rtk file names to emphasize that they are comming from rtk.

Copied His processing from rtk and use rtk file names to emphasize that they are comming from rtk.

Copied Hnd processing from rtk and use rtk file names to emphasize that they are comming from rtk.

added support for more VF file types

Removed git tag on VV to compile HEAD

compilation issues

- simplification of RPATH assignment when make-installing
- handling the use of ITK with USE_SYSTEM_GDCM

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Add option to detect too small segmented structures

Add option to detect too small segmented structures

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correctly reading contour colours for GDCM 2.x

adjusting dependencies

Sorry I push the wrong file

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vvMainWindow.cxx

Add nii.gz as file extension

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added svl file format (Clarity)

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Fixed slice error: check that it is in extent before updating extents

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

bug removal

- correcting iterator regions

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

bug removal

- was accessing pixel neighbours outside the image buffer...

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

updated the render window for the labeled landmarks

No typename outside template (MSVC sensitive)

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

added labels to landmarks

Clean-up while debugging

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

further changes to solve bug #1714

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

BUG: Problem with absolute paths

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix for Bug #1714: only check on sliders of the visible vvSlicer.

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

VV: added links to Read/Save state

Change comment for buggy part

Default opacity is now 0.5

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

vv: corrected tree column updates when maximizing view

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

VV panning: middlebutton = left button + shift

- a change made specially for mac owners and their mice-without-middle-button issues... ;-)

updated help message concerning window/level cmd line option

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vv.cxx
vv/vvSlicerManager.cxx
vv/vvSlicerManagerCommand.cxx

Add option to detect too small CCL (stomach)

window/level in read/save state

accepts multiple window/level in cmd-line

- window/level is applied to set of images (sequences too) appearing before the window/level
- useful when opening, eg, different modalities at the same time

preserve crosshair position when changing orientation

- it used to jump to the slice in the middle of the volume

maximizes the selected slicer

- before it was just the NW one.

gdcm 1.X compatibility