Doxygen

Doxygen disagrees with comments on deprecated methods

// -->
// --> Can't understand *why* TestWriteSimple fails since the commit
// --> for dealing with GE Private Transfer Syntax.
// --> commented out, to be sure the troubles started from here.
// --> JP

   * Fix the unix installation for the python part
   -- BeNours

Shorten up the code, and avoid memory leaks.
Thx to Benoit for reporting trouble.

   * Fix compilation error for the Python part
   -- BeNours

   * Remove obvious Example that don't pass on Windows
   -- BeNours

   * Fix bug... sorry, too quick commit when correcting memory leaks
   -- BeNours

   * Fix compilation errors due to the 'virtual' key-word
   -- BeNours

   * Fix memory leaks
   -- BeNours

Comment out TestVR.
(probabely useless -except for testcoverage ?- and polutes the dashbord.
Uncomment it when the mess is fixed.

Doxygen disagrees with commented 'deprecated' methods

Add exInline.cxx, to 'visualize' the difference betwwen inline an not inline
functions.
Well...
We see there is no difference ?!?

Comments

Normalization

add comments

Add some prints

Use SetLoadMode(gdcm::LD_ALL), better than 0

   * Fix bug when reading the DicomVR.dic file
   -- BeNours

   * bug fix in the Python demos, due to the recent changes
   -- BeNours

Comment out, using C style, C++ style comments, to avoid warnings.

   * Remove compilation warnings
   -- BeNours

Doxygenation

Seems some compiler disagree with trailing semi-column at end of
 gdcmTypeMacro( ...)

COMP: Fix comp on VS6... not sure what it was supposed to do

   * Add a RefCounter object that is deleted only when it's reference count is
     to 0.
   * DicomEntry (thus, DictEntry) inherits from RefCounter... next stage to do,
     all classes inherit from RefCounter
   * Remove the VirtualDictEntry use, now useless due to the reference
     counting. So, there will be no memory leaks.
   -- BeNours

COMP: I don't think this is needed

ENH: Add a very bizarre case

Remove deprecated method names 'GetFirstCoherentFileList' 'GetNextCoherentFileList'
replace by GetFistSingleSerieUIDFileSet, GetNextSingleSerieUIDFileSet

ENH: Fix TestVR on VS6, while preserving inline optimization on working compiler

ENH: Previous code did not work on VS6

ENH: Saving a comment for a better approach in cmake 2.2 (later)

COMP: Fix bcc55

ENH: Saving some stuff from an explicit image...if I remember correctly

STYLE: Some minor comment

   * Remove missed FASTTAGKEY (due to the integration of the
     gdcm::TagKey class).
     Thx to Mathieu

Last (?) stage of Private GE Syntax Transer name normalization

   * Fix some compilation warnings
   * Amelioration of Test's output
   -- BeNours

   * Coding style
   -- BeNours

Oops.
Forgot to commit this one.
Thx, Benoit!

-> Fix the pb of 'Private GE Transfer Syntax' for 16 bits images.
-> The expressions related to 'ImplicitVRLittleEndianDLXGE' are changed to talk
about 'Implicit VR Big Endian Transfer Syntax', that's the term commonly used in
the literature.
--> Merge ITK comments (much more detailled than mines) in the gdcm code.

Coding style

Try to make a more kosher Dicom Header (improve various UID consistebcy)

In order to get UID without padding to even-length string, add a '.' before
random number.

Fix 'delimitors' Print()

ENH: Tons of change now support creation of basic table offset to please dicom reader like dicomworks.

STYLE: Imager Pixel Spacing

ENH: Still cleaning up stuff

ENH: properly return 0 when everything was ok, 1 otherwise

STYLE: Fix comment

COMP: That was simply a typo

COMP: remove suspend comp warn

ENH: Reorganize the code to prepare multiple fragments

COMP: Please VS6

   * Remove the Key information in Entry
   * Create a DicomEntry parent of DictEntry
   * Remap correctly the TagKey
   -- BeNours

   * Remove memory leaks
   -- BeNours

   * Fix compilation errors for the Python part
   * Fix errors in the Python tests
   -- BeNours

   * Amelioration of error messages
   -- BeNours

   * Error message amelioration
   -- BeNours

*** empty log message ***

   * Fix some bugs
   -- BeNours

STYLE: A Debug statement is not a warning, a warning is not an error.. you get the picture...

ENH: Hoorray the first gdcm-jpeg image written from scratch :)

ENH: Getting real close to having JPEG support in gdcm... jpeg offset table still missing

ENH: Several change, fix compilation warnings, and update to newer API...no comment

COMP: Fix other people warnings

ENH: Adding *very* experimental support for writting DICOM file as JPEG

ENH: Adding example on how to write a dicom file as jpeg

   * Remove bad print - sorry
   -- BeNours

   * Fix compilation error for python due to my commit on DataEntry changes
   -- BeNours

   * Correctly use the VRKey for all vr variables... instead of TagName
     or std::string
   * Replace the definition of VRKey from std::string to a class
     containing a char[2]. All methods are inline to have no speed low
   * Create the GDCM_VRUNKNOWN = "  " for the VR values
   -- BeNours

Force a  default 'Recognition Code' when ACR-NEMA writting is required.

Coding style : no more than 80 char per line!

Fix cleanly (hope so) the mess in gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm header
(a fffe|0000 impossible tag + a spurious item starter!)
--> Probabely we shouls propagate this fix to yesterday branch)

Fix internal name for :
1.2.840.113619.5.2 : Implicit VR Big Endian DLX (G.E Private)
as ImplicitVRBigEndianPrivateGE

Avoid warnings : NULL is a 'pointer';
Don't assign it to a 'char'

   * Remove useless constructor of gdcm::Document
   * Remove useless parameter in the constructor of gdcm::ElementSet
   * Split gdcmCommon to separate the System specifications to the gdcm
     specifications
   -- BeNours

   * Minor coding-style clean up
   * Replace the ContentEntry and its derived classes (BinEntry and ValEntry)
     by the DataEntry. This unique entry considers all datas like binary datas.
     Some methods are added to interpret - at fly - the binary datas.
     Due to this important change, some methods of the DocEntrySet, concerning
     the BinEntry and ValEntry classes, are erased ; and new methods for the
     DataEntry class are created.
     Some methods to set the ValEntry or the BinEntry are renamed to
     correspond to the new DataEntry, like for example :
      - SetValEntry -> SetEntryString
      - SetBinEntry -> SetEntryBinArea
     This change will remove all useless creation of the string when working
     directly on values.
   -- BeNours

   * Prepare the modifications for a new DocEntry structuration
   * Update the version and do a CVS branch
   -- BeNours

To avoid warning about shadowed variables.

COMP: Fix compilation for gdcmPython... hopefully

COMP: Fix comp on bcc55

"UN" is an actual VR!
Thx to NA-MIC for providing data to fix the bug.

Fix bug in computing XSpacing.
(Fortunalely, manufacturers *don't* follow the norm, and
ImagerPixelSpacing (0x0018,0x1164) never exists !)

Thx to Benoit for reviewing code and reporting possible trouble.

Update News

Remove useless Example/TestFromScratch.cxx (Example/TestCopyDicom does the same jpb)

Remove TestWrite

Remove now useless Example/TestWrite.cxx

Merge Example/ReWrite.cxx and Example/TestWrite.cxx

Don't use any longer deprecated method names

SerieHelper Normalization : stage 1
-------------------------
- Put as 'deprecated' the confusing method names GetFirstCoherentFileList(),
                                                 GetNextCoherentFileList()
      (the only 'cohenrence' they have is that they all have the same "Series
      Instance UID")
- Add less confusing method names GetFirstSingleSerieUIDFileSet,
                                  GetNextSingleSerieUIDFileSet().
The 3 following are not seen by end user :
- Replace the private attribute CoherentFileListHT by SingleSerieUIDFileSetHT
- Replace private typedef CoherentFileListmap by SingleSerieUIDFileSetmap.
- Replace iterator ItListHt by iterator ItFileSetHt

- Keep the public 'FileList' typedef, in order not to break the API
  (this -little bit- confusing name should be changed to FileSet : it's not a
   std::list, it's a std::vector; user don't care about it, but it's better to
   use meaningfull names)

SerieHelper Extention : stage 1
---------------------
 In the following stuff,  'XCoherent' stands for 'Extra Coherent',
  (The name 'Coherent' would be enough but it was used before;
  I don't want to put a bomb in the code)
  Any 'better name' is welcome !

 Add some methods, to split a 'SingleSerieUID' Fileset into 'Extra Coherent'
   FileSets.
   They return a std::map of Filesets (actually : std::vector of gdcm::File*)
   The key is the 'Orientation', the 'Position' or the 'Tag value'

   XCoherentFileSetmap SplitOnOrientation(FileList *fileSet);
   XCoherentFileSetmap SplitOnPosition(FileList *fileSet);
   XCoherentFileSetmap SplitOnTagValue(FileList *fileSet,
                                            uint16_t group, uint16_t element);

 Theese methods must be called by user, depending on what he wants to do, at
 application time.
 - *he* only  knows what his Series contain !-

COMP: Fix problem with partly bracket

STYLE: Cleanup

Display some more usefull Orientation/Position info

Add, as a  'Note to developpers' a very detailled post from David Clunie,
 on the troubles caused 'non standard' LUT and LUT description
 We shall have to take it into accound in our code.
Some day ...

COMP: I am not joking gdcm wont compile otherwise on newest mingw32, for a trailing slash in the path...

COMP: I am not joking gdcm wont compile otherwise on newest mingw32, for a trailing slash in the path...

ENH: Remove duplicate file

* gdcmPython/CMakeList.txt : the previous patch was unix-specific

ENH: Update j2k status and openjpeg