improvements to the build process:

* vv should build whether or CLITK_BUILD_TOOLS is activated
* _ggo.c files used by vv are put into a lib by directory
* big generic filters are compiled into a lib per generic filter, to avoid recompilation

Adapted ggo include dir to new structure

fix instantiation problem

fix vtk mesh opening

Used GetInput method for reading input images

minor changes

Include directories: segmentation and registration

add

*** empty log message ***

*** empty log message ***

filterbase initialization

small GUI update

add extract patient tool

cosmetic

cosmetic

add set filter base

check upper/lower threshold validity

change 'Package' to 'package' (do not compile on certain gengetopt)

update folder

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

comment binarizeimage because already exist in tools

correct 'Package' to 'package'

*** empty log message ***

Added comment

initial entry

*** empty log message ***

*** empty log message ***

build segmentation by default as it is needed for vv

*** empty log message ***

move resampleimage into tools

move into tools

add tool: convert a DicomStruct into a binary image

remove argsinfo template

convert a DicomStruct into a binary image

add wait icon to mouse pointer

add cancel button

image unique filename bug correction

put a filter in a thread. Can be canceled.

future possibility to choose the tool menu

now threaded segmentation (can be canceled)

cosmetic

correct currentIndex bug

add draft bronchus decomposition

Implementation of a 3D thinning algorithm
http://www.insight-journal.org/browse/publication/181

replace "RegionOfInterest" filter with "ExtractImage" (keep origin and so on)

cosmetic

add MustStop function (for interrupting a filter)

Inherits from ImageToImageGenericFilter

exported pieces of code to clitkAffineRegistrationGenericFilter.txx file

inherits from ImageToImageGenericFilter class

Templatized...

qt_ui/vvToolSimpleInputSelectorWidget.ui is required to compile

Replaced round function with portable rint function

Changes template name to accomodate VC++10

Fixed ambiguous overloading

Removed nasty and useless hard coded include directory for gdcm. Use Cmake!

Corrected bugs regarding the rigid case and the initialization.

Removed default template implementation of GetBackwardAffineMatrix

Added templated version of GetBackwardAffineMatrix for clitkAffineRegistration (sr+bharath)

gdcm stuff doesn't compile with recent ITK releases. Should not be in clitkImageCommon anyway => commented out.

Added Varian OBI file format

Added png support with window/level options to clitkSplitImage

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

some small corrections

some small correction

textbox for loading initial transform included

Added Loading initial transformation functionality

commented affinetransf header

Loaded Initial Transform functionality

SetTransform has been removed from vvImage since we obtain a pointer to the transform with GetTransform and we can act on it directly.

Modified transform in vvImage. Now a vtkGeneralTransform which composes a vtkGridTransform with the (already there) vtkTransform.
Removed CLITK_EXPERIMENTAL condition.

extract a slice from a 3D image

relative position 2D slice by slice (attempt)

correct output bug

plastimatch icons

load binary image widget

widget to load binary image

add Extract Lung Tool (experimental)

Plastimatch tool

add plastimatch tool

add Plastimatch icon

cosmetic

add static "AddImage" to load ROI from other tools

correct GetScalarTypeAsITKString

always set trachea as output

change "SegFunction" to "SegUtils"

correct "Has" -> "Have"

prevent padding if same size/spacing

correct output bug

add resample function

add AutoCrop function

correct GetScalarTypeAsITKString

add "havesamespacing" utility

change GetScalarTypeAsString to GetScalarTypeAsITKString to make explicit that type name string is the convention of ITK (not VTK)

add conversion utility from vtk to itk

cosmetic