Remove bug introduced in previeous patch about initial coeficients

*** empty log message ***

*** empty log message ***

Abort if no phase found

Removed specific autoscale for unsigned_char and short

Use MultipleBSplineDeformableTransform instead of BSplineDeformableTransform in
clitkBLUTDIR, allowing the user to register different regions of an image at
the same time.

Add a boolean to Reset the jacobian memory just when it is needed.
Add SetJacobianImageData and friendship with MultipleBSplineDeformableTransform
to facilitate and optimise wrapping.

Add a new Transformation that wraps multiple BSplineDeformableTransform to be
able to optimize them at the same time.

Resample mask to overcome the bug with mask that doesn't have the same
resolution as the fixed image.

Toggle interpolation for fusion and overlay actors to (when applicable)

Use itkLabelGeometryImageFilter instead of itkLabelStatisticsImageFilter it
seems more intuitive to extract a bounding box and propably less expensive.

various update

test

better manage resizing roi tool

various update

add short type

add test

add enlarge capability

add crop flag

add relativeposition tool

remove debug

remove debug, new orientation option

new crop like (allow to enlarge image)

resizeImageLike

add autocrop and options

cosmetic

add exception if error

Manually add a dependency on clitkAffineRegistration_ggo.h for
clitkGenericAffineTransform.cxx in order to include the rule to generate it in
the makefile.

Add missing ifdef ITK_USE_OPTIMISED_REGISTRATION_METHODS present in the H file
but not in the TXX file.

Removed unfinished work of Jef

Copy to "unsorted" directory if dicom key not found

works even if there are several "/" "\" or "*" in the dicom field and even if there are several fields with the same name

works with the new create_mhd_4D.sh

don't crash if ther is a "/" in the dicom field

clitkDicomToImage added to clitk3

Corrected erroneous free when a real RECTILINEAR field is detected

*** empty log message ***

*** empty log message ***

temporal median of a sequence of images, to be used for the mid P project

MIP tool using David's framework

Removed warning

Removed vc2010 warnings

cli tool for mip computation

remove useless txx

Removed exception handling at a low level, let them be handled at a higher, e.g. with qt errors. Only update itk pipeline for reading in vvImage to avoid reading unnecessary parts of the image.

fix warning

MS compiler compatibility issues

make difference between 2D and 3D with a single slice image (Dim obtained from ITK reader)

DB of anatomical features

new FillMask with itk filter

dummy ui

add slider for temporal dim (not used)

compile all tools

remove debug

auto init args ggo

updated crop image with itk filter (and no vtk)

cosmetic

small improvement

new FillMask with itk filter

remove debug messages

add clitkExceptionMacro

simplified image pointer (const/non const)

new CropImage with AutoCrop and CropLike

remove itk:ostringstream dependence

cosmetic

make explicit write/read on disk

remove unused

cosmetic

fix warning

Implemented alternative to former split: split on open.

Implemented new vvImage scheme: the itk to vtk image converter is now kept as a class member for improved memory handling.

Removed action split image from menu, will be reimplemented as a read option

Disable tools crop and rigid registration

itkv4 compatibility

space-proofness

Corrected use of vtkSmartPointers and mistakes in constructor / destructor

add clitkCommon.h

-add dependencies for all autotools

fix linking problem

change include (itkMacro) to help compilation with ITK4

mechanism for handling tool dependencies in a modular way.

We still need to describe those dependencies more finely

separate tools from the rest

Removed vtkGridTransform and turned off vtkImageReslice with a define

add clitkCommon.h

lrint is still not portable

ostream does not handle std::string (check http://www.cplusplus.com/reference/iostream/ostream/operator%3C%3C/)

revived old fast_make script / clean some dependencies

remove unused file

create clitkDD.h to avoid the heavy dependency on clitkCommon.h only for DD

allow the user to chose the axis along which to compute the mip

move clitkConfiguration.h out of clitkCommon to avoid costly recompilations
fix harmless warning

- remove unuseful file

*** empty log message ***

new Airway filter (experimental)

separate airway tracking from extract lung

remove debug DD

correct bug (copy message)

documentation for tree.hh

manage tree structures

manage anatomical features DB