BUG: Moving gdcmCommon to gdcm namespace broke some examples, fix those

BUG: Fix compilation problem with VS7. Unknow was not /really/ within gdcm namespace, now this should be fixed. Thanks to Jean-Michel Rouet for patch

ENH: There were minors typoes in the previous dict

ENH: Firs step to have the dicom dict as resource

ENH: Dont use capital letter for hex integer

BUG: The previous code did not compile on Big endian machine

ENH: For some reason it was commented

ENH: Ooops new cmake version didn't like previous verion

ENH:
- cosmetic cleanup in TODO, we should remove entries fixed
- some other cleanup at some other places
- adding a first implementation for the binary_write function
- adding big endian flag in cmake cache

ENH: Fix a warning %n should be a pointer to an int.

BUG: Previous code did not compile with all (=busted) compilers

BUG: Fix mem leak

ENH: Minor cleanup, mostly cosmetic

BUG: the fonction was broken but pass all tests...

ENH: Minor cleanup

ENH: Minor cleanup, mostly remove comments

ENH: Remove any possible leaks with the dictionary. Now there is no /new/ anymore, everything is by reference

ENH: Exact same fix as gdcmTS

ENH: Minor cleanup in arg passing to be const ref, instead of bycopy

ENH: Add patch from JPR, to support RLE and RGB from d. clunie testing suite

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword (4)

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword (3)

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword (2)

STYLE: ivars should start with a capital letter. Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). remove virtual as style specify sub class shouldn't reuse the keyword

ENH: minor cleanup patch, use TagName instead of std:string for clarification. Don't use capital letter for VR

  * Doc/Dicom2004_Part5.pdf added (thanks to JPR).
  * Dicts/dicomTS2004.dic, dicomV3VM2004.dic, groupNameAbbreviations2004.dic
    new 2004 dictionaries added (thanks to JPR).
  * FIX dashboard warning RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
  * CLEANUP_ROUND (15) for gdcmPixelConvert
    - RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
    - gdcmFile::GetImageData(), GetImageDataIntoVector(), GetImageDataRaw()
      are now all based on PixelConverter. ::GetImageDataIntoVectorRaw()
      no longer exists.

ENH: Initial work in gathering all transfer syntax accessors. clearly IsDecompressed/IsJPEG2000/IsJPEGLossless/IsRLELossless shouldn't be all ivars, but only one transfersyntax (class) ivar with equivalent method on the class.

ENH: Removed all FILE* ref and replace by ifstream/ofstream. For now I use a temp solution with the two files jdatadst.cxx and jdatasrc.cxx, this need to be discussed (plus I didn't like having a 2000 lines patch not commited)

  * src/gdcmDocument.cxx: wrong type on return fixed (thanks dashboard)
  * CLEANUP_ROUND (14) for gdcmPixelConvert
    - PixelConvert::GetLutRGBA(FILE*) is now GetLutRGBA() (no fp needed)
    - PixelConvert::BuildRGBImage()(FILE*) is now BuildRGBImage() (no fp needed)
    - File::GetImageDataIntoVector() doesn't need unnecessary OpenFile() and
      CloseFile() anymore.
    - File::GetImageDataRaw() doesn't call GetImageDataIntoVectorRaw()
      anymore and hence avoids storing a copy of PixelConvert::Decompressed
      into File::Pixel_Data.

Ooops...

  * src/gdcmDocument.cxx ftell() return properly stored in a long (i.e.
    no longer depends on's programmers PMS = Preposterous Mood Swings ;).
  * CLEANUP_ROUND (13) for gdcmPixelConvert
    Substituted File::ParsePixelData() with PixelConvert::Print() new
    method:
    - src/gdcmParsePixels.cxx removed (only contained File::ParsePixelData())
    - src/gdcmRLEFrame.cxx, gdcmJPEGFragment.cxx added. Added a ::Print()
      method to those classes.
    - src/gdcmFile.[cxx|h]:
      -- Added a ::Print() method.
      -- PixelConverter is now a reference instead of a member.
      -- gdcmPython/gdcm.i: added "using namespace gdcm" in order for
         gdcm_wrap.cxx to "understand" File::GetPixelConverter()

2004-10-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
  * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: when dot is present the
    collaboration diagram and inheritance diagram should be generated with
    doxygen.
  * Doc/Website/Sidebar.html: Dashboard is now also in the sidebar.
  * gdcmPython/gdcm.i: gdcmRLEFramesInfo.h gdcmJPEGFragmentsInfo.h are
    pointlessly wrapped (see
    http://www.creatis.insa-lyon.fr/pipermail/dcmlib/2004-October/000692.html )
  * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (sugar is my friend stage)
    - Header::GetLUTRGBA() moved to PixelConvert::GetLutRGBA()
    - vtk/vtkGdcmReader.cxx: adapted to displacment of Header::GetLUTRGBA()
    - Document::RLEInfo and JPEGInfo are now pointer members (Swig thing)
    - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
      -- File::Initialise: PixelConverter setup moved away to
           PixelConverter::GrabInformationsFromHeader()
      -- File::GetImageDataIntoVector(): Lut R + Lut G + Lut B color table
         interpretation moved away to PixelConverter::BuildRGBImage()

ENH: hum I guess this one slept through my cleaning

ENH: Try to reuse result from a map query, eventhough this is optimised we should reuse result when possible

ENH: A few minor cosmetic cleanups, mostly some const correctness on gdcmDict* classes, also remove a printf in jpeg parsing

ENH: Remove GDCM_EXPORT keyword from gdcm::DirList

COMP: ijg compiles now with '-pedantic -Werror' this way this is more VC6 compliant

ENH: Remove debug

ENH: as frog mention there were images that could be read, but still blacklisted

  * src/gdcmDebug.cxx last ditch attempt to get warning/error messages
    displayed on Win32 when a brutal abort() occurs (because of uncatched
    exception). See TODO new entry of this commit for more on this.
  * TODO added new entry.
  * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (nicotine is my friend stage)
    src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
    - HandleColor is no longer called from gdcmFile.cxx
    - gdcmPixelConvert.cxx clean up on method arguments and internal
      variable names for semantical coherence.

ENH: * Finished lossless transition, not only do we now read all lossless jpeg
  images, without the need of the Cornwell lib, but we do read them properly now
  * To reduce code (well to avoid code duplication), I defined a common place
  for jpeg read/write: gdcmJpeg.cxx. Now gdcmJpeg[8,12 16] include this file and
  redefine symbols. This is not prefect but this the best solution I found for a
  compilation time jpeg option.

ENH: Afterall change my mind we need a common place: gdcmJpeg to define the reading of jpeg file, then gdcmJpeg[8,12,16] are just a kludge because of this compile time option in ijg

COMP: Fix compilation

COMP: Fix Win32 compilation

ENH: update

ENH: update gdcm to have the dcmtk copyright since we use their bugfixes

ENH: update comments for ijg patching

ENH: ok making too many mistakes time to go to bed

ENH: ooops forgot the cmakelists file

ENH: update cmakelist for 16bits + some tweaks

:ENH: Adding the 16bits ijg jpeg lib. This is only the lossless part since there is no 16bits DCT algorithm

COMP: Painfully (re)fix all the warnings when compiled with -W -Wall

ENH: update jpeg lib with ls patch and 2 bugfix patch

ENH: Doh! I made a mistake when commiting only one single file, what should you expect when I commit 87 files...

ENH: update cmakelists accordingly to new ijg architecture

ENH: Update the jpeg library. This patch is the result of the ijg lib + ls-patch freely available on the web under a BSD like license (aka Standford implementation) + 2 home-made patchs (one based on dcmtk bug-fixes and one from previous ijg bug-fixes in gdcm)
- Also removed all tabs using sed -i 's/\t/  /g' *.c *.h

Let's be clearly/cleanly dirty ;)

  * Doc/Website/MailingList.html added (Sidebar.html changed accordingly).
  * gdcmPython/gdcm.i: fix for compilation of wrappers (Note: %include order
    matters, as stated in warning note at begining of %include section).
  * src/gdcmDicomDir*.[cxx|h]: coding style
  * src/gdcmDocument.h: doxygen \ref seems uncompatible with \todo.
  * src/gdcmJpeg8.cxx: doxygen fix.
  * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (seing the ligth stage)
    src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: color handling moved
    from File:: to PixelConvert::.

COMP: Fix some compilations warnings

COMP: Fix compilation on cygwin

COMP: warning C4390: ';' : empty controlled statement found; is this the intent?

ENH: update my recent changes, sorry for troubles

  * CLEANUP_ROUND (11) for gdcmPixelConvert (cafeine is my friend stage)
    src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
     - more code moved away from File:: to PixelConvert::
     - fat setup of PixelConverter set in place in File::Initialise.

ENH: Adding 'gdcm' namespace. Be nice with me this was a ~13000 lines patch. Also commit consequent modifications

ENH: Fix compilation on Win32

  * CLEANUP_ROUND (10) for gdcmPixelConvert (Xanax is my friend stage)
    The JPEG fragments are now parsed at the same stage than the RLE
    information. All code related to JPEG is now in gdcmPixelConvert:
    - src/gdcmJPEGFragment.h and gdcmJPEGFragmentsInfo.[h|cxx] added
    - src/gdcmJpeg12.cxx, gdcmJpeg2000.cxx and gdcmJpeg8.cxx no longer
      export a gdcmFile:: method. Those are simply global functions
      (for the time being this is better than having them attach to
       either gdcmFile:: or gdcmPixelConvert::).
    - src/gdcmDocument.[cxx|h], gdcmDocument:: now parser the JPEG fragments
      and stores the result in a gdcmJPEGFragmentsInfo.
    - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: all JPEG related
      code (among other stuff) moved away from gdcmFile:; to
      gdcmPixelConvert::

ENH: Fix a warning with gcc4: TestHash.cxx:20: warning: deprecated conversion from string constant to char*

ENH: Fix various warnings

ENH: Move the old setup.py to its new home

ENH: Finally fix setup.py.in. both binary and install mode are working again

ENH: minor cleanup to use siwg's outdir instead of manually copying gdcm.py

ENH: Encapsulate global functions within gdcmUtil class as static functions. No difference at all, just slightly cleaner

ENH: Some fixes for gdcm installation

ENH: Remove three more sprintf, the last ones

ENH: Remove three more sprintf ... well actually one is still duplicated for no reason ...

ENH: Remove one more sprintf

ENH: remove three more sprintf, but this is really ugly now

ENH: Still remove some sprintf and rework internals

:ENH: carefully one at a time modify gdcm src. For now rewrite gdcmDictEntry. Modify gdcmUtil to have a sprintf like method called Format. We should really do a gdcmUtil class to encapsulate all those globals fonctions.

ENH: minor style issue
- gdcmFile: Move 12bits into separate ifelse to be able to fail properly

  * CLEANUP_ROUND (9) for gdcmPixelConvert
    - src/gdcmFile.[cxx|h} gdcmPixelConvert.[cxx|h], SwapZone(),
      ConvertReorderEndianity(), ConvertDecmpres12BitsTo16Bits() moved
      away from gdcmFile:: to gdcmPixelConvert::.

  * CLEANUP_ROUND (8) for gdcmPixelConvert (end of RLE nigthmare)
    - src/gdcmRLE.cxx removed
    - src/gdcmPixelConvert.cxx all RLE code is now in PixelConvert::
    - src/CMakeLists.txt gdcmFile.[cxx|h] changed accordingly
    - src/gdcmRLEFrame*.h gdcmPixelConvert is now a friend class.

Add error handling in jpeg code

ENH: properly template TODO list and add some tweaks

ENH: update my tasks

todo : kwsys

  * CLEANUP_ROUND (7) for gdcmPixelConvert (lost at sea)
    - src/gdcmFile.h gdcmPixelConvert.cxx gdcmPixelConvert.h gdcmRLE.cxx:
      clean up of RLE related code.

Typos on refs to docs.

   src/gdcmCommon.h now declares int8_t for non stdint.h plateforms.

Typos on references.

Dash board entry point added.

note on stl header .

ENH:  Minor cleanup, still removing stdio.h and co ...

ENH: If possible move the stl include after the gdcm ones, to avoid vc warnings
deprecated eatwhite I wasn't able to find the ref in any c++ refs, only microsoft implement it, thus fallback to a more standart c++ approach. This is mainly to get rid of any 'c' like include header
- and some minor cleanups

ENH: Hopefully these were the last remaining warnings

ENH: Seriously removed warnings

ENH: slowly removing warnings

ENH: Please include stl header AFTER gdcm ones, otherwise pragma warnings won't work

BUG: doh, remove empty file

ENH: TestHash.cxx add gdcm header to shut up stoopid warnings
- gdcmCommon.h some typoes
- gdcmDirList some style