Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

new script for merging dose per energy files

added DosePerEnergy merger and modified filename for mergeStats

Made .mat reading robust to non matrix files (e.g., Gate material files)

Corrected cluster job to move current output before deleting the rest of
the macro files

Added trap as suggested by Fabrice

Force 1 thread only

Modified to use .bashrc settings as default

merging

stat file unittest

merge release script

Fix job file name after moving files from Pierre's repository

bugfix in cluster jobs and submission script

merge details

root merge warning to error

gate_power_merge support interfile sinogramme

just cp when all txt files are identical

bugfix merge

bugfix in gate_power_merge.sh

gate_power_merge sould support mhd now!!

bugfix

new power merge with unkown txt output support

latest version

save params in merged dir and merge detection script

indent

return if any merge call fail

refactor

nice print and verbose

less verbose

more verbose merge and more robust merge_make_release.sh

power merge merger selection

renamed

new version

new release 07a

upgraded release

perturbation amplitude and params file on cluster

bugfix in cluster jobs and submission script

works on cc!!!

Rename common to gate_common

Add common.sh (pierre)

updated common.dh for release relplicaion

new release dir

more strict

more grid script

bugfix

upload_workflow script works

wrote upload function

check if file already exists

started upload script

rename file

indent

mv upload_release from pierre repo to clitk

wrote upload function

check if file already exists

started upload script

upload release script works

more grid scripts

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Temporary comment for roi color

Allow to write only new structures (do not copy older ones)

Change help info

Add gate_make_release for the gatelab (Pierre)

new releas

moved

clitkVectorImageToImage bug correction

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Allow to insert several images/contours at one time

Remove not needed library dep

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix reload bug

Check if it is really a rt-struct dicom before opening it

Copy pasted code from overlay to fusion for sequences. This yet another
illustration that fusion and overlay are essentially the same. This should
replace the function of Remi, SetFusionSequence. All this is to be done...

Fixed wrong commit on this file

Fixed script for my mac

Turns out that there were 2 make_new_tool.sh. Obviously I had taken the
wrong one for the last 2 tools I've done...

Added new tool to change image information. Replaces deprecated tools
clitkSetOrigin and clitkSetSpacing + new Direction functionality

Removed clitkMakeSphereImage because it is available in RTK and we don't
want to support several tools doing the same thing

New clitkAnistropicDiffusionFilter for ESRF team

Allow execution

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Attempt to clean the gdcm mess. At least one include was missing when using the package. Note that clitkCommon is linked to ITK and VTK libraries so there is no reason to add ITK_LIBRARIES or VTK_LIBRARIES when linking to clitkCommon.

Allow no -i in clitkImageStatistics

Missing update prevented png to work

Add gdcm dependencies

Include lib gdcm in each subfolder

itk3 compatibility

move from test_dav to tools

First working version (allow to write rt-struct)

First version of clitkImage2DicomRTStruct

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

First working version (allow to write rt-struct)

Merge branch 'rtstruct-with-itk4'

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Remove debug

Prevent to use deprecated function

Remove debug.

Prevent to reload if contours from dicom-rt-struct

cosmetic

Remove debug verbose

Remove open dicom struct -> use tool ROI instead