Merge branch 'master' into PacsConnection

Go from matrix to elastix file

When resampling, keeping the same origin seems wrong because the origin
is not the corner of the image but the center of the first pixel

Moved Elastix stuff to a separate file

Added missing include

Merge branch 'PacsConnection' of ssh://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk into PacsConnection

sort files in lexicographical order

Merge branch 'master' into PacsConnection

Fixes for linux compilation

Add missing clitkElastixTransformToMatrix

Add missing clitkElastixTransformToMatrix

First version to submit jobs on a single multithread machine (if no qsub command exist)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Change the default fgate name to gate

clean move directory

add move directory to store dicom files

Add needed merger for stat file (python)

add move a single image

put queries in Factory

clean

add cmove for all levels

simplify query/retrieve calls

cleanup

Add patient ID and patient name search available.

set VV Dicom client parameter

move works for patient retrieve.
Need to work around to smooth things.

set bc scale by default to 30 decimals in mergeDosePerEnergy

remove double patients in PatientTree

modify settings save

Update README.md

Create README.md

Add tool to convert Elastix param into matrix file

pacs only if clitk_use_system_gdcm is defined

Add pacs classes

on_importData

ImagesModel correction

Settings dialog to add new dicom server

Dicom server connection

Rolled back to Pierre's version of stat merger

merge details

added hdr image to power_merge

merging

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

new script for merging dose per energy files

added DosePerEnergy merger and modified filename for mergeStats

Made .mat reading robust to non matrix files (e.g., Gate material files)

Corrected cluster job to move current output before deleting the rest of
the macro files

Seeds are now given in mm (not in pixels ; bug)

corrections for recent version of gdcm

Add option to display series and filename

Compile PACS stuff only if GDCM system is used

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

first developments for PacsConnection

Added trap as suggested by Fabrice

Force 1 thread only

Modified to use .bashrc settings as default

merging

stat file unittest

merge release script

Fix job file name after moving files from Pierre's repository

bugfix in cluster jobs and submission script

merge details

root merge warning to error

gate_power_merge support interfile sinogramme

just cp when all txt files are identical

bugfix merge

bugfix in gate_power_merge.sh

gate_power_merge sould support mhd now!!

bugfix

new power merge with unkown txt output support

latest version

save params in merged dir and merge detection script

indent

return if any merge call fail

refactor

nice print and verbose

less verbose

more verbose merge and more robust merge_make_release.sh

power merge merger selection

renamed

new version

new release 07a

upgraded release

perturbation amplitude and params file on cluster

bugfix in cluster jobs and submission script

works on cc!!!

Remove comment

Allow to convert/write uint image (dose from eclipse)

Rename common to gate_common

Add common.sh (pierre)

updated common.dh for release relplicaion

new release dir

more strict

more grid script

bugfix

upload_workflow script works

wrote upload function

check if file already exists

started upload script

rename file