Fix some comments

Example a using new features .
DO NOT use right now; checking not achieved !

*** empty log message ***

Add ReWriteExtended.cxx to show the result of the new
SetContentType((gdcm::ImageContentType)filecontent); method

Fix some comments

initialize enum to 1.

BUG: Newer version of the software on Siemens MR write proper lenght.
GDCM was overriding without checking for wrong length first.
Can now read old (broken) and new Siemens DICOM files.
Thx to Mathieu.

// User should ask gdcm to write an image in Explicit VR mode
    // only when he is sure the VR of *all* the DataElements is known.
    // i.e : when there are *only* Public Groups,
    // or *all* the Shadow Groups are fully described in
    // the relevant Shadow Dictionnary.
    // Let's just *dream* about it; *never* trust a user !
    // If he doesn't, it write process will produce an 'illegal' Dicom image.
    // (it doesn't bother most of Dicom readers, but ...
    // Therae are enought illegal Dicom image in the world.
    // Don't add illegal gdcm-written Dicom images !

In order to avoid furter troubles,
We turn to Implicit VR if at least the VR of one element is unknown.

Fix stupid and riskless) bug :
fffe e000 (Item) was droped out SQItem at read time
(was automatically re-added at write time)

Just to avoid further gcm unexpected crash :
Some G.E. private Transfert Syntax :-(

1.2.528.1.1001.4.1.1.2   Explicit VR, AMI Wavelet Progressive Lossy Compression  (G.E Private)
1.2.528.1.1001.4.2.1.1   Explicit VR, AMI JPEG Lossy Compression 8-bit (G.E Private)
1.2.528.1.1001.4.2.1.2   Explicit VR, AMI JPEG Lossy Compression 12-bit (G.E Private)
1.2.528.1.1001.4.4.1     Explicit VR, AMI ZLIB Lossless Compression (G.E Private)

Fix misstyping

Fix misstyping in the comments (not in the code)

Minor comment fixes

Forget to commit this one !

use new SetContentType method.

Some clinical softwares refuse to perform some operations, when images are 'not
native' (i.e. SOP Class UID -> [Secondary Capture Image Storage]), and
gdcm-written images fail.

At write time, gdcm has absolutely *no way* to guess if the image is 'native' or
not.
User is now allowed to specifiy what he wants to do (*he* knows, not gdcm !)
using the method :
void FileHelper::SetContentType (ImageContentType c);
(if you find a more significant name, feel free to tell me ...)
just before writting.
We have to deal with 4 *very* different cases :
-1) user created ex nihilo his own image and wants to write it as a Dicom image.
    c : USER_OWN_IMAGE
-2) user modified the pixels of an existing image, using mathematical operations.
   c : FILTERED_IMAGE
-3) user created a new image, using existing images (eg MIP, MPR, cartography image)
   c : CREATED_IMAGE
-4) user modified/added some tags *without processing* the pixels (anonymization..
   c : UNMODIFIED_PIXELS_IMAGE

'Image Type'                  (0x0008,0x0008)
Conversion Type               (0x0008,0x0064)
are set to values supposed to be constistant (hope so)
The reminding of the private method FileHelper::CheckMandatoryElements() remains
unimpared.

add bool DataEntry::GetDSValue(std::vector <double> &valueVector) method.

/**
 * \brief Gets a std::vector <double> holding the value(s) of a DS DataEntry
 * @param valueVector std::vector <double> of value(s)
 * \return false if VR not "DS" or DataEntry empty
 */
 Thx to Vicent Daanen for suggesting.

>   # Seems this one hangs on 64 bits processors ?!?
>   # I blacklist it untill the pb is solved.
>   (to get some more green on the Dasboards)
>   "MR_Philips-Intera_BreaksNOSHADOW.dcm"

Remove an empty line, to be sure the file is commited (and the Black list
updated!)

ENH: Insert dummy value until a better solution is found

ENH: One more sync with gdcm12

ENH: Try to sync gdcm CVS and gdcm 1.2. ~2000 lines of changes, please be gentle if something breaks.

Update comments on blacklisted images

BUG: Sync with ITK/gdcm CVS HEAD

I Think I didn't black list the write one !

Add
#include <typeinfo> // for typeif ,
needed by __BORLANDC__ version 6.
Thx to Luca Picello for the fix

Revert to blacklist rle16sti.dcm

remove some now useless stuff

Add comment on broken image

'if then', 'or else' don't exist in C++

Forgot to blacklist :
 "MR_Philips_Intera_in_SQ_2001_e05f_item_wrong_lgt_use_NOSHADOWSEQ.dcm"

Avoid dciodvfy warning when creating ex-nihilo a Dicom File

Some more tellg seekg removal

COMP: Fix warning on bcc551

Remove some useless seekg, tellg.
Add redundant comments to make the sources grepable

ENH: Redo the BUILD_SHARED_LIBS -one more time- hopefully this time for real

ENH: update to openjpeg CVS

ENH: Try to keep up with the openjpeg build changes

misstyping

take into account taggrid

Some minor comments modifications

Avoid polluting the output

New fashion Patient Name, to avoid dciodvfy warning

Since we don't modify pixels -> keep unchanged the following :
      // 'Media Storage SOP Class UID' (0x0002,0x0002)
      // 'SOP Class UID'               (0x0008,0x0016)
      // 'Image Type'                  (0x0008,0x0008)
      // 'Conversion Type'             (0x0008,0x0064)
 We use :
 fh->SetKeepMediaStorageSOPClassUID(true);

Now the names will be correctly sorted.
eg: patName_2 vs patName_100 / patName_002 vs patName_100

Since grid tagging is quote either 'ROW' or 'COL' (nobody can guess it !),
user is kindly requested to supply the autoref keyword 'taggrid' when he knows.

Should generate MatLab readable Dicom files.
(We don't mix any longer ExplicitVR and ImplicitVR within the same shadow group)

To avoid some warnings

Add the method int ElementSet::IsVRCoherent( uint16_t group )

To check whether *all* the DataEntries of the group have all
       the same type for VR (ImplicitVR or ExplicitVR)
@param group group number to be checked
@return 1:ImplicitVR 2:ExplicitVR -1:NotCoherent

The automatic set to VR = "LO" for shadow elements that could be
is now commented out in order not to generate 'Shadow Groups' where some
Data Elements are Explicit VR and some other ones Implicit VR
(Stupid MatLab DICOM Reader couldn't read gdcm-written images)

the 'FileIdentifier' is now tokenizable on %%%.
(Previous tokenization on "_" failed if a field contained '_'
Of course!

Forgot to commit the Python part for GDCM_FILESEPARATOR

Add #include for BCC.
Thx to Luca Picello for providing fix.

Add #include for BCC
Thx to Luca Picello for providing fix.

COMP: Fix comp on WIN32 os

COMP: Fix comp on borland

ENH: Some more const correctness...until I hit strtok

ENH: Finally I got ArgMgr to be const string instead of char*... strcasecmp is POSIX why not use it...

Try to warn user when 'DeflatedExplicitVR' Transfer Syntax found.
--> Still to be done :
find a trick to stop the processing.
--> Still to be done (*later*)
. find a trick to uncompress the whole Dataset and go on Parsing, whitout having
to create a temporary file
. find a trick not to uncompress the Pixel Group every time !

Don't try to 'Read Pixels' when 'DeflatedExplicitVRLittleEndian' Transfer Syntax

SerieHelper::CreateUserDefinedFileIdentifier doesn't convert unfound fields
when convertion is asked

ENH: gdcm does not support deflate

If TriggerTime is missing (?!?) try a desperate one : replace by last file name.
Hope the file name is lexicographically correct :-(

COMP: Remove warning about unused var

ENH: Change the name

ENH: Backport from openjpeg CVS

Enforce consistency check

When Split is ON, only *one* slice in each directory
-> number must be always 1

Add MagnetomVisionToBrucker
Fix PhilipsToBrucker2

BUG: Who blamed vs7.1 it actually caught a big fat bug...

ENH: Should be a little faster since no function call

COMP: atof return a double

COMP: Why do people use microsoft extension...

COMP: Make bcc55 happy

BUG: Free mem properly now that it works

BUG: Trying to get openjpeg to work

ENH: Get openjpeg working

ENH: Nice trick to set a prefix to the lib

ENH: Adding a unix file

ENH: Adding a dos file

BUG: No cvs script to make sure this is unix eol

ENH: Huge update to openjpeg 1.0 (actually more CVS)...

COMP: Fix compilation

Update News

Fix Doxygenation

Add comments on the way gdcm::FileHelper:CheckMandatoryElements() works

Add 'input' param to PhilipsToBrucker2

To please M$VC6

ENH: Add support for broken JPEG implementation in DICOMObjects

Fix stupid syntax like :
 fh->gdcm::FileHelper::Delete();
 to :
fh->Delete();
to please M$VC6

To please M$VC6 :
Doesn't understand syntax as follow :
       std::sort(fileList->begin(), fileList->end(),
                                          SerieHelper::ImageNumberLessThan )
Add a method like:
Sort(fileList,SerieHelper::ImageNumberLessThan);

Fix comments

User may choose the name of the generated dicomdir

minor misstyping

(try to) solve the trouble with leading / in filenames

STYLE: Minor doc

Deal with :
PhilipsToBrucker
PhilipsToBrucker2

PhilipsToBrucker2 allows splitting the files into a directory tree-like
structure
   " - fills a tree-like structure of directories as :                        ",
   "        - Patient                                                         ",
   "        -- Serie                                                          ",
   "        --- Position                                                      ",
   "            Images are (sorted by Trigger Time /                          ",
   "                     Encoding Direction (Row, Column)                     ",
   "      use :                                                               ",
   "           0x0021, 0x1020 : 'SLICE INDEX'                                 ",
   "           0x0021, 0x1040 : 'FRAME INDEX'                                 ",
   "           0x0020, 0x0012 : 'SESSION INDEX'  (Acquisition Number)         ",

Display some more informations

Forgot to commit this one!
(declaration of const char GDCM_FILESEPARATOR)