cosmetic and remove useless part in clitkSpect2Dicom

Remove ssh connection to creatis cluster from ccIn2p3

Rename clitkImage2DicomSeries to clitkSpect2Dicom

Functionnal version

Ensure to have the correct name for dicom files

Add description

cosmetic

cosmetic

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Merge branch 'clitkImage2Dicom'

cosmetic
Remove tabs

Add statistical tool to compute speed up for gate jobs

Correct merger in gate_power_merge

Add merger for DoseByRegions

Change default value in clitkDicomRTStruct2ImageFilter for vtk mesh

Add clitkChangeDicomTag tool

Add clitkXml2DicomRTStructFilter
To Convert Struct from Osirix (HEH) plist (.xml) file to RTStruct
Use pugixml to parse xml

Copy input direction into output in clitkImageArithmGenericFilter

Merge branch 'master' of https://github.com/open-vv/vv

Allow to save vtk mesh in RTStruct2Image

cosmetic

cosmetic: remove tab

cosmietic: remove useless spaces

Add Option to use external GDCM
The previous test does not work with ITK > 4.13 at least

Increase display speed while w is pressed

Remove compilation warning

Remove cout

Remove compilation warnings
Cosmetics removing tabs by spaces

Addapt if statement for older cmake

Merge branch 'ITKv5' of https://github.com/open-vv/vv into ITKv5

Merge branch 'master' into ITKv5

Add c++11 flags with ITKv5

Change from minimal version of ITK4.5 to ITK4.6

change travis

COMP: fix compilation errors for ITKv5

Set the Root Tree maximum size to 1TB instead of 1GB

Add Dockerfile

Be sure Number of Frame of Rotation exists in dicom tags

Windows compilation
Remove error due to M_PI
Remove error due to and
Remove warning due to unused variables

Add windows maths include

Add orientation in clitkImage2DicomDose

Deal with Dose Grid Scaling Dicom tag in clitkImage2DicomDose
The tag is not support by ITK 4.13 (or less) contrary to ITK 4.5.1

Be more precise for log in clitkImageArithm

#61 Remove undesired variable declaration in vvBinaryImageOverlayActor

Merge pull request #61 from djboersma/fixROIsegfault

avoid segfault when adding ROI to image w/o trafo

Update explanation about clitkExtractPatient

avoid segfault when adding ROI to image w/o trafo

we got segfaults with VV when doing the following
1. start VV
2. select CT image set (DICOM)
3. open ROI from DICOM

The segfault happened right after we had selected the names of the ROIs to be selected from the RS.* file.

After compiling VV as a "Debug" build and running the above steps in gdb, the
backtrace showed that the crash was caused in line 125 of
vvBinaryImageOverlayActor.cxx.  Apparently our CT image was represented without
any transformation at that point in the code, while the code assumed that there
would always be a transformation.

If it is DICOM-wise or VTK-wise legal for an image to have an empty vector of
transformations, then I think that my fix is sufficient.

If you think that it is anomalous that this vector was empty in our case, then
I think more work is needed. For instance, if this situation could really only
happen if the input data is somehow corrupt, then the user should get an
informative error message about that, and maybe VV just terminates after that
in a more controlled way. Or maybe VV should just provide identity trafo to
images that have an empty trafo vector. Or, less likely, maybe the image did
have a trafo but VV somehow manages to lose it? In all these cases this PR is
insufficient. I can't tell myself, because I am not an image expert. :-)

Quality SonarCloud things

close #59 #58 Change clitkAffineTransform --transform_grid
Take into account the output bounding box correctly
Correct spacing to avoid null spacing

Remove useless variable

Add saveAs function to save a text file in clitkHistogramImage

close #57 The origin is modify in autoCrop, do not modify it again in cropFilter

Update Readme.md to add SonarCloud pins

Add SonarCloud files

Update SonarCloud properties

Add sonarCloud

Add sonarCloud

Add ITK v4.13.0

Add correct travis cache

Update Travis file to manage cache failure
Add sonarcloud project

Add -e output for qsub in gate_run_submit_cluster

close #56 Remove ITK_Review dependency
 Change in clitkBLUTDIRGenericFilter from itk::LabelGeometryImageFilter to itk::LabelStatisticsImageFilter

Add new dicom tag in clitkImage2DicomDose

Add correct scaling filter for clitkImage2DicomDoseGenericFilter
Output to unsigned short int for ITK

Be sure to have the correct origin in clitkImage2DicomDose output

Use ITK-gdcm with clitkImage2DicomDoseGenericFilter

Debug verbosity in clitkImage2DicomDose

Describe clitkUnsharpMask

Add localization of max and min in clitkImageStatistics

Exception when tag is not found

Precision on clitkBlurImage help

Debug default value when dividing by 0 in clitkImageArithm

COMP: fix test logic for ITK version which failed with the new ITK v5

COMP: renamed min max macros which are no longer allowed

Problem showed up on mac os:
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/include/c++/v1/__undef_min_max:29:2:
warning: : macro max is incompatible with C++.  #undefing max

Initialize mConcatenatedFusionTransform

Update README

Update README with installation instructions

Update README with installation instructions

Update clitk for travis

Update itk for travis

Update travis file for VTK

clitkDicom2Image with imaging machine coordinate system (Identity matrix) by default
Add an option to have it with patient coordinate system

Open Dicom with imaging machine coordinate system (Identity matrix) by default
Add a check box to open it with patient coordinate system

Clear previous commits for clitkDicom2Image

Debug clitkDicom2Image with focal_origin option

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix init for clitk image formats

Debug #54

Add include

Remove warning with VTK8.1

Update to OpenGL2

Update SplitFilename function

Debug #54

Add ;

Try to debug RTStruct with rotation matrix
Work for clitkDicomRTStruct2ImageFilter not for vv

Reslice axis for overlay, fusion and vf

Reslice with correct spacing

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