Coding Style + Doxygenation

COMP: Adding some random lib to allow compilation

COMP: Some minor fix on Win32

COMP: on win32 sintrgs.h does not exist

ENH: GetMacAddress in Util

ENH: update test for tesing MAC adrress

ENH: Found a Win32 version that seems to be working

ENH: Saving temp code until I have time for Win32 version. This will return the MAC adress which is much more intelligent than returning the IP adress

   * src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx] : Remove used methods
   -- BeNours

   * src/gdcmDocument.[h|cxx] : remove all copy of DocEntry when parsing a file
   -- BeNours

Doxygenation
+ modif Coding style :
According with Benoit (and Doxygen) we shall use, just like anybody :
T *foo
or
T &foo
and NOT
T* foo
or
T & foo
(that was gdcm-special)

Doxygenation

Doxygenation

Doxygenation

   * src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx], gdcmDocument.[h|cxx] : amelioration of
     ValEntry, BinEntry, SeqEntry creation or replace
   -- BeNours

add 1.2.840.113619.5.2       Implicit VR - Little Endian GE DLX xadc

Doxygenation

Removal of last occurence of 'GetxxxByName'

   * src/gdcmDictEntry.h : now, the IsVRUnknown is correct
   * src/gdcmDocument.[h|cxx] : simplify the search of VR value when parsing
     a file
   * src/gdcmDocEntrySet.cxx : now the created DocEntry without values is good
     when specifying the VR
   * src/gdcmVR.[h|cxx] : add usefull method to test the validity of a VR
   * src/gdcmDocEntry.cxx : amelioration of print
   -- BeNours

Add Rescale Slope, Rescale Intercept

   * src/gdcmDocument.cxx : amelioration of code
   -- BeNours

Update ChangeLog

   * src/gdcmDocument.cxx : correct last JPR committed code source
   -- BeNours

removal of method WriteBase

ENH : now  parsing creates a Vitual DictEntry for Pixels Element,
      in order to allow further VR modification by user

ADD : Method ComputeGroupLength

   * src/gdcmCommon.h : add the GDCM_UNKNOWN constant. This constant is to
     replace the different values "??", "Unkn", "Unknown".
   * src/gdcmDicomDirElement.h, gdcmDictEntry.h, gdcmDictSet.h,
     gdcmDocEntry.cxx, gdcmDocEntrySet.[h|cxx], gdcmDocument.h, gdcmSQItem.cxx,
     gdcmVR.cxx : use the GDCM_UNKNOWN constant.
   * Appears a bug in gdcmDictEntry : IsVRUnknown always returns false... bad
   -- BeNours

   ADD : Add the method IsCurrentProcessorBigEndian
      (we'll need it for 'Explicit VR Big Endian' Transfert Syntax)

BUG: Thanks to JP for bug report.

ENH: Fixing another warning about unused var

ENH: Fixing some warning about unknown class gdcm::Base

ENH: Each time a *.dic file is changed, force a complete rebuild of Dicts/ directory

BUG: Some David Clunie's baseline image have a Pixel Spacing of 0,0

   * src/gdcmBase.[h|cxx] : new base class. Contains the PrintLevel and an
     empty Print Method
   * Set the gdcm::Base class to some Printable classes
   -- BeNours

   * src/gdcmFile.[h|cxx] : add the Print method
   * src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx] : add the generalized Print method
   * src/gdcmDocEntrySet.h : generalize the Print with the PrintLevel
   * src/gdcmDocument.h : remove the PrintLevel informations
   * Example/PrintFile.cxx : use the new gdcm::File::Print
   -- BeNours

   * src/gdcmFile.cxx : Add the code of ReplaceOrCreateByNumber to not have
     problems when compiling with the python wrapping
   -- BeNours

   * src/gdcmFile.cxx : bug fix. Omitted a Push in the DocEntryArchive when
     writting in ImplicitVR
   -- BeNours

COMP: Fix warnings

   * Fix few compilation warnings
   -- BeNours

  * fixed some compilation warnings, and for(;;) scope error in VS6.

ENH: update for JM

dos test

ENH: Thanks to JMR patch we can now properly read jpeg fragments images, thus un black list: GE_RHAPSODE-16-MONO2-JPEG-Fragments.dcm

ENH: Apply JMR patch for gethostname

ENH: dos2unix

BUG: On VS6 the for loop does not respect scope. Therefore we either need to rename iterator or declare it outside of the for loop

BUG: On a few platerform we cannot use ios_base, we are better of using ios, for portability (Borland 5.5 and gcc 2.96)

  * FIX: new handling of JPEG decompression, especially when dicom
    frames are split into several JPEG Fragments. This makes use of
    jpeg decompression from memory buffer.  This solves reading for
    example gdcm-JPEG-Lossless_Thoravision.dcm.

  * FIX: modified DirList::Explore in order to make it work under
    Cygwin when GDCM_DATA_ROOT is a defined by CMake as a unix
    path. The patch consists in not using the FindFirstFile win32api
    function under cygwin but rather the open dir *nix method.

Added return status variable initialization.

ENH: a few tweaks

ENH: Thanks to Benoit example I was able to rewrite the damn thing, hopefully it should work on win32

ENH: Adding an example that only work on linux, not on Win32. It shows how to create a DICOM image from scratch, we are only allowed to copy the string based entry from a previous DICOM

   * Add a Writer from nothing test
   -- BeNours

   * src/gdcmHeader.cxx : change the initialisation of default header.
     Now, this header is readable by gdm, e-film, DicomWorks
   -- BeNours

   * src/gdcmFile.[h|cxx], gdcmPixelReadConvert.[h|cxx] : change the API.
     Rename Decompressed to Raw
   * Use the API changes in gdcm::File.
   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add the possibility to write in other modes
     Memory leaks fixed
   -- BeNours

   * Black listing of GE_RHAPSODE-16-MONO2-JPEG-Fragments.dcm
     because when can't correctly read it at this time.
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmWriter.cxx, Example/WriteDicomSimple.cxx : add comments for
     each added entry in the header. Replace the 'Planes' field by the 'Number
     of Frames' field
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : now can write stack of images.
   * vtk/vtkWriteDicom.cxx : can write 2D stack or 3D image
   -- BeNours

   * Example/WriteDicomSimple.cxx : example to write a dicom file from nothing.
     At this time, this image isn't readable by e-film... waiting JPR help to
     solve it.
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcm*.[h|cxx] : remove warnings. Add header to files

   * src/gdcmPixelReadConvert.cxx : bug fix when would forcing load of a
     DocEntry. Now use methods of the Document !
   -- BeNours

   * Test/ShowDicomSeq.cxx : bug fix
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : bug fix. Plane order isn't inverted
   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : correctly write images (the Y axis is inverted)
   * Test/ShowDicomSeq.cxx : new test to verify the use of AddFileName method
   * Test/ShowDicom.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : set the threshold of regression
     test to 0.0
   * Test/TestCopyRescaleDicom.cxx : remove unused variable
   * Test/CMakeLists.txt : add the creation of the gdcmDataSeqImages.h file
     containing found sequences
   -- BeNours

   * Bug fix.
   -- BeNours

ADD todo about gdcmDebug

   * Test/ShowDicom.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : bug fix, now this test pass
     not at all time
   * Test/TestCopyRescaleDicom.cxx : rearrange the test to correctly pass...
     Some fields in BinEntry must be copied to not seg fault when making the :
              gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
     and tests are now made on good variables
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add a first version of vtkGdcmWriter
   * src/gdcmValEntry.cxx : bug fix when setting the value. Problems of odd
     length
   * src/gdcmHeader.cxx : Remove a useless call to Util::DicomString
   * Add vtkGdcmWriter example and test
   -- BeNours

ENH: Adding a non-working test again

ENH: jpeg_memory_src depend on the bit depth, need to mangle the name

ENH: Temporarily add jmemsrc. Patch suggest by Jean Michel Rouet, it enhance the jpeg lib to be able to decompress jpeg stream directly from memory + remove tabs

   * Test/TestUtil.cxx : reformat the source code
   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : remove and change prints
   * src/gdcmValEntry.[cxx|h] : now set the length of the value when calling
     SetValue
   * src/gdcmBinEntry.[cxx|h] : SetValue method don't set the length
   * src/*.cxx : remove all useless call to SetLength of a ValEntry object
   -- BeNours

   * src/gdcmPixelWriteConvert.[h|cxx] : ficnished this class
   * src/gdcmFile.cxx : finished the correctly use of PixelWriteConvert
   -- BeNours

   * Comment unused variables
   -- BeNours

STYLE: Minor cleanup + speedup

ENH: Rewrote the cmakelist

   * src/gdcmDocument.cxx : bug fix when opening the file. All read is followed
     by an eof to prevent all bad read of the file... and in this case, the
     file isn't readable.
   -- BeNours

   * Example/Volume2Dicom.cxx : comment unused variables
   * Test/PrintDicomDir.cxx : comment unused variables
   * Test/BuildUpDicomDir.cxx : remove dbg.Verbose. Remove the FIXME.
   * src/SQItem.[h|cxx] : remove the PtagHT variable. Remove the AddDocEntry
     method that is redondant with AddEntry.
   * src/gdcmDocEntrySet.h : add pure virtual methods common to ElementSet and
     SQItem
   -- BeNours

BUG: This solve the infinite loop on gcc-64bits

BUG: Could not compile with gcc 64bits

   * src/gdcmFile.h : bug fix. Variable type and variable name had same name
   -- BeNours

   * Bug fix due my last commit (compilation under Windows).
   * Example/Volume2Dicom : bug fix in the file and reformatting source code
   -- BeNous

   * Example/Volume2Dicom.cxx : commit with the good format
   -- BeNours

COMP: Borland could not compile gdcm... BTW there is something fishy with the protected on Borland

ENH: * Huge cleanup:
     - Remove printf / sprintf
     - include iostream AFTER gdcm so we don't get warnings
     - GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM shouldn't be used explitely ouside of gdcm source
     - Also remove tons of include from header files, hopefully this should speeup the compilation time, since it was becoming a dog slow.
     - Remove gdcm.h as it include way too many files and slow down compilation (plus it is not up to date)
     - remove /using namespace std/ this is BAD

ENH: Get rid of -Wall / -W / -pedantic if present this should get rid of the warnings produced by SWIG

   * Remove memory leaks on the DicomDir
   * Remove some useless datas in DicomDirObject
   * Add usefull methods in SQItem, to be complient withe the ElementSet
   -- BeNours

ENH: Remove warnings on gcc296 about aggregate partly bracketed initializer

   * src/gdcmFile.[h|cxx] : now use FileType instead of TWriteType.
   -- BeNours

   * src/gdcmPixelWriteConvert.[h|cxx] : new class to write datas (and in the
     future, with convertion)
   * src/gdcmFile.[h|cxx] : the PixelWriteConverter instance replace Pixel_Data
     and ImageDataSize values. Remove the method to get the PixelReadConverter
     from the output of the class
   -- BeNours

   * Rename src/gdcmPixelConvert.[h|cxx] to src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx]
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : correct error in vtkDebugMacro, vtkWarningMacro
     and vtkErrorMacro use.
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : correct error in vtkDebugMacro, vtkWarningMacro
     and vtkErrorMacro use.
   * gdcmPython/gdcm.i : corrections to avoid warnings at compilation
   -- BeNours

   * Test/TestCopyDicom.cxx : the new dicom created is created empty, without
     file name in input
   * src/gdcmSeqEntry.cxx : bug fix in destruction of an element
   * src/gdcmHeader.cxx : bug fix. Keep the string, otherwise it is destroyed.
     The string leaves only in the fonction. So when we make a .c_str(), we
     get the pointeur on the first element, element that will be destroyed
     immediately after thee instruction.
   * src/gdcmDocument.cxx : remove memory leaks. Bug fix when testing if the
     file has been opened : the test must be made on the content of the
     pointer and not directly on the pointer !
     Code formatting
   -- BeNours

*** empty log message ***

   * gdcmPython/gdcm.i : change gdcmHeaderHelper to gdcmSerieHeader. Now,
     the python part recompiles
   -- BeNours

COMP: Fix comp on gcc295

COMP: Once and for all fix this typo in main CVS

COMP: Compilation was broken on borland/vc6

ENH: Minor tweaks