To please M$VC6

ENH: Add support for broken JPEG implementation in DICOMObjects

Fix stupid syntax like :
 fh->gdcm::FileHelper::Delete();
 to :
fh->Delete();
to please M$VC6

To please M$VC6 :
Doesn't understand syntax as follow :
       std::sort(fileList->begin(), fileList->end(),
                                          SerieHelper::ImageNumberLessThan )
Add a method like:
Sort(fileList,SerieHelper::ImageNumberLessThan);

Fix comments

User may choose the name of the generated dicomdir

minor misstyping

(try to) solve the trouble with leading / in filenames

STYLE: Minor doc

Deal with :
PhilipsToBrucker
PhilipsToBrucker2

PhilipsToBrucker2 allows splitting the files into a directory tree-like
structure
   " - fills a tree-like structure of directories as :                        ",
   "        - Patient                                                         ",
   "        -- Serie                                                          ",
   "        --- Position                                                      ",
   "            Images are (sorted by Trigger Time /                          ",
   "                     Encoding Direction (Row, Column)                     ",
   "      use :                                                               ",
   "           0x0021, 0x1020 : 'SLICE INDEX'                                 ",
   "           0x0021, 0x1040 : 'FRAME INDEX'                                 ",
   "           0x0020, 0x0012 : 'SESSION INDEX'  (Acquisition Number)         ",

Display some more informations

Forgot to commit this one!
(declaration of const char GDCM_FILESEPARATOR)

Add verbosity

Last Version (hope so)

Add
GDCM_EXPORT extern const char GDCM_FILESEPARATOR
to allow user to manage file names/directory names without using too much
#ifdef WIN32

ENH: Add some comment

Refine message displaying. Now, we have :
 * Warning  : Warns the user when some oddity occured, and we used an heuristics
 *            to bypass the trouble.
 *            e.g.  : SamplesPerPixel missing, we assume it's a grey level image
 *            e.g   : Pixel Representation missing : we assume 'unsigned'
 *            (we hope our assumption is OK, but user may disagree.)
 * Log      : we display messages when anything is not Dicom Kosher
 *            e.g. : non even length field
 *            e.g  : file is declared as Explicit VR, but a DataElement
 *                 is Implicit
 *            e.g  : a file holds an illegal group (0x0005, ...)
 * Debug : We help developper to trace, at a glance, the execution.
           (before refining with a debugging tool)
 * Setting ON Debug leads to set ON Warning (but not Log)
 * Setting ON Log   leads to set ON Warning (but not Debug)

ENH: Cleanup

ENH: Adding a CT-PET matcher

ENH: update doc

STYLE: minor

STYLE: Minor doc

COMP: Fix comp, should still be DICOM valid

ENH: Add a small bug

ENH: Add TODO + comment

ENH: Hack to remove duplicate

ENH: Add HOWTO for PET-CT

ENH: Proper spelling

ENH: adding ref

ENH: Adding some more private tags from GE

Add verbosity when something wrong occurs

Fix misstyping

PhilipsToBrucker --> last stage : image convertion

PhilipsToBrucker -> second stage : deal with series selection

Minor Typo

Fix pb of GetListOfXXX when nothing was found.

Convert MRI Philips images into 'Brucker style' images, to make them InTag
processable.
-> First stage : deal with the filestore

Type 1C Conditional Element value cannot be empty!
Try to make gdcm-made DICOMDIRs usable by more clinaical softwares.

minor typo

Avoid polluting the witten DICOMDIR with unfound values.
(and make gdcm_made DICOMDIRs usavle by more clinical softwares)

 - void AddSeriesDetail(uint16_t group, uint16_t elem, bool convert);
   has a new bool param : convert, to tell wether we want 'convertion',
   to allow further ordering
   e.g : 100 would be *before* 20; 000020.00 vs 00100.00 : OK

 - std::string CreateUserDefinedFileIdentifier( File * inFile );
   allows user to build a Tokenizable and sortable File identifier of his own.
   (user knows more than we do about his files)

 At least with my gcc4.0.1, unfound char results in pos=4294967295 ...
 -> Fix Util::GetName().

User is allowed to give a "patient name"

Minor typo

Avoid warnings

New method SerieHelper::AddSeriesDetail() to allow user to specifiy
his own Tags Of Interest,
that will be used in SerieHelper::CreateUniqueSeriesIdentifier.
Mathieu's default ones are not enought for 'Tagging' series.

Avoid warnings

Add RawToDicom

Add RawToDicom;
Should help people to convert their images

Minor Doxygen

Make sure Pixel Spacing is always written

Forget to Black list : MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm

*Default* Pixel Spacing with 1.0\1.0, don't *force* it!

Let's take into account (again) LoadMode !
(Test suite was not strong enough to find the bug :-( )

Minor typo

ISO C++ forbids variable-size array ...

The first letter of each file name was missing.
--> Test suite is not strong enough
:-(

Fix Sequence Terminator length

   * Improve the error message
   -- BeNours

Fix length of Item Terminators 0 instead of 0xFFFFFFFF, at writting time.

ENH: Adding a batch convert for Jim (dicom newsgroup)

*** empty log message ***

   * Fix bug for the installed files
   -- BeNours

Fix bug (Thx, Manu)

ENH:add toshiba

ENH: Save some ELSCINT tags...very hard to find

ENH: New Siemens/Philips tag: 0029,xx03 Edge Enhancement

Since vtkImageViewer and vtkImageViewer2 don't behave the same way, I add
vtkgdcmSerieViewer2 (I keep vtkgdcmSerieViewer, user will choose the one he
likes more !)

Minor typo fixes

File::GetImageOrientationPatient now acts as follow :
/**
  * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
  *                   or from 0020 0035 : Image Orientation (RET)
  *
  * (needed to organize DICOM files based on their x,y,z position)
  *
  * @param iop adress of the (6)float array to receive values.
  *        (defaulted as 1.,0.,0.,0.,1.,0. if nothing -or inconsistent stuff-
  *        is found.
  * @return true when one of the tag -with consistent values- is found
  *         false when nothing or inconsistent stuff - is found
  */

First check to extract overlays.
(Necessary, to visualize Scout views and/or results of medical processings
performed on clinical consoles)

Update Black List

ENH: Quickly saving toshiba stuff from dicom newgroup

   * Update the version to 1.3.0
   -- BeNours

Bug fix : Sequence Delimitor Items were written with a 0xffffffff instead of
0x00000000.
Some dicom viewers don't care, some other ones *does* !

FileHelper has CallProgressMethod and others
(works only on uncompressed files)

Update progress bar counter

Don't call fileList.size() inside a loop (time consuming)

cosmetics

Avoid troubles with progress bar.

Inline some methods

   * Fix compilation warnings
   -- BeNours

To prepare use of progression bar in all types of Document
- move CallStartMethod, etc to Document
- begin frame by frame reading (not finished : only for uncompressed files,
right now)

remove comments

Avoid Doxygen Warnings

avoid Doxygen warnings

make output more readable

   * Improvement of the TestInline
   -- BeNours

   * Add the Copy method in all datas
   * Remove the MoveItem in the SQItem... that was a stuff for the DicomDir
   -- BeNours

   * Fix compilation errors
   -- BeNours

Comment out 'assert' (a library *never* have to decide to exit the application)

   * Add the CommandPy and CommandManager to the python wrapping
   -- BeNours

testinfo instead of testinfo.h should avoid compile errors

   * Fix compilation warnings on linux
   -- BeNours

Restore previous state (double/float)

   * Fix compilation error due to the introduction of the CommandManager
   -- BeNours

   * Remove all gdcmStaticXxxMacro with Xxx : Debug, Warning, Error or Assert when the method isn't static
   -- BeNours

   * Improvement #2 : the CommandManager is now a static class so,
     there is no inheritance from it. And thus, only one hash-table for all objects.
     This will gain some of memory
   -- BeNours

Track troubles on Big endian processors