Add SliceBySliceSetBackgroundFromPoints, GetMinMaxBoundary, FillRegionWithValue

Change 3 by ImageDimension

replaces round by itk:Math:Round (because round not found in Msvc2008)
replaces uint by clitk::uint because uint not available in windows
replaces typename outside template declaration (msvc compilation error)

create_mhd_4D

- avoid recusrive directory searches
+ find -maxdepth 1 ...

compilation of clitkPadImage

clitkExtractPatient's memory use...

...has been improved by releasing intermediate image data
- special cases may still use a lot of memory, but this is an ITK issue

fine tuning clitkPadImage

corrections in padding tool

add final opening

Add initial step: select BB supports.

Add clitkAnd, SliceBySliceSetBackgroundFromSingleLine, FillRegionWithValue

Add clitkAnd, SliceBySliceSetBackgroundFromSingleLine, FillRegionWithValue

Add post limits with VertebralBody and ant limits with Sternum.

add final opening

add final opening

Add final open

Add initialisation to avoid warning

Change default (bug): CCLSelection is off by default (we do not consider a single Connected Component Label in the object)

Correct bug: when crop is only performed along a single direction.

add initialisation to avoid warning

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Conflicts:
tests/tools/CMakeLists.txt

tests for clitkGet*

update of TOOLS_PATH in tests

tests for getSpacing and getInfo

getSpacing

Added FindGengetopt.cmake which compiles gengetopt if not installed.
Also upgraded cmake version required to 2.8 because was solving issues
regarding ADD_DEFINITION with quoted strings

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Padding tool

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

optional opening after 1st step in ExtractPatient

- controlled by the radius given on the cmd line

macro for SET_IF_NOT_SET

Allow submit to other dashboard than vv's dashboard

clitkImageInfo tests

obsolete dartConfig file

renaming clitk_data_path in clitk_test_data_path
"factorizing" git repo in CTestConfig

publishing to vv's dashboard

testing with a simple executable

fetch data pull or clone

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

scripts to pull data
todo : pull instead of clone if it already exists

Modification for nightly builds

Added mha next to mhd (similar but in one file)

Minor gui text corrections

transform_grid  option was not working for flips

Fix for bug Bug #670: closing and opening do the same as successive
erosion/dilation

Removed call to UpdateOrientation in SetFusion and SetOverlay to avoid
changing slice when reloading.

No need for typename outside template declarations (compiling error on
        msvc++)

Allowed arithmetic operations between 2 inputs even if they don't have the same spacing.

Added HaveSameSize

Portability issue

Added --transform_grid which uses input->GetDirection
(output->GetDirection is identity) and transform matrix
to determine the output grid.

Inverse transform matrix to be consistent witk ITK (see longer comment in vvImageReader.cxx)

Account for itk origin when using itk direction to build vv transform

Added ExtractBonesLower2 and FillingLevel options

Copy pasted common.sh code

simple tool to create an image with a sphere

- still to be improved

jacobian image filter

- calculate the jacobian of a vector field

moved $CLITK3/vv/scripts to $CLITK3/scripts

- added create_midP_masks.sh

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

use of find_xxx to find googleframework and data paths

Missing include

uint is not a type

Fix for bug #274: move ExtractSlices definition in .h

Oups, wrong exception message

Resample is not robust to i/o spacings with different signs => launch
exception

The order of the libraries seemed to cause problem. Changed it...

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Use Qt variables in vv/CMakeList.txt

Use ${QT_QTNETWORK_LIBRARY} instead of QtNetwork that didn't worked with
window Qt library named QtNetwork4.lib

orientation change should not change T slice

- time never changes when just the image orientation is changed...

Fix for bug #609

Change key for going to coordinate system origin. Now CTRL+g

Removed unused text variable

QtNetwork is a required dependency of vvRegisterForm

Obsolete header replaced with correct header

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

windows compatibility for tools
 (size_t vs uint...)
and tests (.lib vs .a)

add QtNetwork for Fedora build

add QtNetwork for Fedora build

Add padding in clitkExtractLung

Add padding around the patient to form one big air area around him.
ExtractLung relies on this assumption which was false for dir-labs
patients cropped around the ribcage.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Add test outside SearchForTrackea to avoid infinite loop

When clitkExtractLung did not find the trackea it looped infinitly.

Add --noAutoCrop option to clitkExtractLung

Remove comments

Add "normalize" and "divide by a scalar"

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

still on bug 375

- image origin is now also updated to cope with crop

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Updating reslice filter information  in UpdateDisplayExtent was not enough, calling
AdjustResliceToSliceOrientation does a better job although it should not
be necessary.

Added "Reset transformation to identity" in image right-click menu

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

solved bug 375 (Binarize after crop)

- image index is now forced to zero after passing through cropping filter
        + apparently solved other crop-related bugs... (please test!)
- also did some refactoring and clean-up

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Remove trailing whitespace

Add padding in clitkExtractPatient

Add padding around the patient to form one big air area around the
patient. ExtractPatient relies on this assumption which was false for
dir-labs patients cropped around the ribcage.

Removed empty file

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

solved bug 442 (2D+t vector field)

- added another image type: VECTORFIELDWITHTIME

solved bug 519 (Fusion flickering)