add example

Fix troubles with  :
- 'Station Name' vs 'Model Name'
- Series Description

Fix default spacing cvalue

Port Mathieu's fix (from gdcm1.2) to be able to read Spacings
in "Enhanced MR Image Storage"

Remove useless ref to namespace

In order to allow to use current version (1.3) of gdcm *and* ITK (that includes
gdcm1.2) developper may, at CMake time, choose his own 'namespace' name,
e.g. gdcm13

Fix an old bug 'DicomDir Private' related.

Minor update

English mistakes

To allow testsuite go on.

Fix the bug on US,UL while creating a DICOMDIR

Comments

Fix comment

 new int(4) vs new int[4] (as usual ?)

new int[4] should be better than new int(4) to allocate an array :-(

To avoid warnings on Darwin g++

bool -> int to avoid win32 warnings

Add class DicomDirPrivate, for dealing with SERIE/PRIVATE
(mainly used, rigth now, for SIEMENS 'CSA non image')

Fix mistyping

Deal with PRIVATE (at PrintDicomDir time, not MakeDicomDir time ...)

Fix some comments

Typo

Minor modifications

Deal with PRIVATE within SERIE (SIEMENS 'CSA non image')
*PrintDicomDir* deals with them, not the curently bugged MakeDicomDir

Fix misstyping

Update

Add a small utility to extract (and create DICOM images) the overlays from all the
images within a directory

Allow user to extract a subimage, within a limited number of frames.
(OK, this is not *really* a 'ReWrite' problem, but so many users asked for it)

new optional keywords :
         ROI=xBegin,xEnd,yBegin,yEnd
         firstframe=beg lastframe=end

ENH: Fix a couple of typos in the dictionary

Still trying

Try to solve devil SIEMENS MRC35150 images,
where images are flagged as ROW, whatever they are tagged as ROW or COLUMN

prevent Print from any CR at end of 'name' in dicomV3.dcm
(hope it's enought!)

ENH: update to DICOM 2007

BUG: Those tags are RET

ENH: Adding patch from david clunie data dict contains some fixes

ENH: Apply a patch of 1400 lines to bring the DICOM dict in sync with the 2006 edition. Only one difference was being rejected: 4000 0010. And 0018 9445 was given random values... sigh

ENH: Yes we handle j2k and lossless now

Allow wrapping of DirList

Add GetImagePositionPatient() checking

Print some more usefull info

In order to avois futher post processing trouble,
   force a default PatientOrientation(Patient) and PatientPosition(Patient)

To please Python, add accesors on each  Orientation cosine

To please python :

-> remove default value for constructor.
-> add Get/Set accessors

   * Test for a bug fix
   -- BeNours

Hope application can link against non-installed version of gdcm

make warning message more explicit (?)

add method
bool File::GetImagePositionPatient( float ipp[3] )

Some bozzos declare a 'ExplicitVRBigEndian' syntax within the meta elements
but write the file as a ExplicitVRLittleEndian' syntax one.
-> We no longer trust what we where told (by meta elements)
   (we only trust what we see!)

(Try to) make ToMRIregister produces troubleless ACR files

Add 0x0008,0000 DataElement, to verify it's kept only for ACR files

Some ACR readers *need* the DataElement (0x0008,0x0000), and cannot recognize
gdcm-written ACR files :-(
DataElement (0x0008,0x0000) is now added to ACR-files.
(I guess nobody cares, but people from Cardiological Hospital,
 using *very* old clinical Softwares)

Some wrecked ACR-NEMA-like images begin by group 0028 (?!?)
DicomWorks reads them.
Why gdcm shouldn't do it, as well ?
Fixed !

FileHelper::CheckMandatoryElements() now checks as well
Pixel Representation (0028_0103) and defailts it as 0 (unsigned) if missing
to avoid unexpected behavior for images written by unaware users.

Deal with Endianness

Avoid memory leaks

Sorting the file list on 'file name' should work on any platform!

My previous patch hanged on images with Bits Allocated = 12.
(Not so common, but not a bug)
This one should be the final one (hope so !)

Fix message for View Position

Avoid propagating bugs when ReWrite an image 'not 8 bits- not 16 Bits'
BitsAllocated

Forget to commit this one (Bits Allocated related pb)

Old uncommited comments

Bypass a stupid bug in some headers
(when bits allocated >8 <16, force result of GetPixelType() to "16... )

Fix comments

Don't polute generated image header with meaningless stuff!

Fix writting of Overlays image
(Thx to Mathieu for provining accurate data, to check)

To help Google user to reach gdcm Home page

ENH: Make code a little more const correct

ENH: a fix for a broken compiler should NOT impact other compiler

COMP: Backport from gdcm1.2

COMP: Attempt to fix jpr code

Usage

Use gdcm1.3 features, to save CPU time

Remove trailing spaces

Remove now useless PhilipsToBrucker2.cxx
(replaced formerly by more general ToInTag.cxx)

Mind the swap code, as well!

   "   Extracts user supplied tags (identified by group number-element number)",
   "   and writes their values in a text file.                                ",
   "   (file will be used as input by BrainVisa software )                    ",

   " - Converts the Siemens Sonata MRI '*tfl2d1' DICOM files                  ",
   " to be processable by MriRegister software                                ",
   " - May be used as a template for gdcm::SerieHelper use.                   ",

Use proper type for iterators

Mind the Time Triggers, as well

Sometimes, two values are *not separated by a white space.
Fortunately, the second one is negative.
I had better to rewrite atof (?!)
eg
"-0.00801272 0.0320147-7.09668e-005 -0.0501062 -0.0879057 -0.101794"

Deal with trailing anatomical images (juste after parametric ones)

ENH: Minor patch

ENH: Adding ExportConfiguration

fix mistyping

  * This program
  * - explores recursively the (single Patient, single Study) directory
  * - examines the ".txt" Dense multiframe files
  * - Converts the files into 16 bits Dicom Files
  * WARNING : directory must contain ONLY .txt files

  (Probabely some more refinements to be added, but I wouldn't like to loose
   the source)

Fix Z position component within Image Position Patient

//
// This program is used to convert huge amounts of functionnal (3D + T) MR images
// into 'image tiles' (one title per volume) processable by clinical softwares
//

Forgot to comment out Linux specific code (CPU time computation)

Add 32 bits support

Minor changes

Some old versions of VTK? ITK ? SeriesWriter weren't too much strict
 when they did the job.
 A lot of people has a lot of 'supposed to be Serie' directories
 that, actually, aren't at all.
 The following program converts them (hope so!)

Add info on gdcm1.2/gdcm1.3 API breaking modifs

Add a gdcm1.3 syntax version of WriteDicomAsJPEG2000.cxx

Use a small (8 bytes) buffer to mininize time consuming freads
during the reding process of the beginning (group+element+vr+length)
of DataEntries.

Avoid polluting command line applications output when no Ethernet cable !

- Avoid useless creation of std::string
- Avoid loosing time with std::string comparisons

- (try to) optimize time consuming IsItemStarter() method.
- inline Isxxx methods (well, with gcc it seems not to have any effect)

info on API breaking modif (since 1.2)

Avoid using std::string stuff when it's useless (CPU time saving)

Returning a const ref is quicker than returning a value.
Thx to Benoit for provinding enhencement.