Add test outside SearchForTrackea to avoid infinite loop

When clitkExtractLung did not find the trackea it looped infinitly.

Add --noAutoCrop option to clitkExtractLung

solved bug 375 (Binarize after crop)

- image index is now forced to zero after passing through cropping filter
        + apparently solved other crop-related bugs... (please test!)
- also did some refactoring and clean-up

Remove trailing whitespace

Add padding in clitkExtractPatient

Add padding around the patient to form one big air area around the
patient. ExtractPatient relies on this assumption which was false for
dir-labs patients cropped around the ribcage.

solved bug 442 (2D+t vector field)

- added another image type: VECTORFIELDWITHTIME

solved bug 519 (Fusion flickering)

removal of threshold test for random point selection

removal of threshold test for point selction

Merge branch 'master' into blutdirmaster

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Trasnparency of color maps in fusion images

- finer control of transparency is given through a transparency threshold

[VV] New feature to jump on image origin

Only display data value in corner annotation if ImageActor is visible

Always UpdateCursorPosition even if ImageActor is not visible, drawing
of slicer is handled by the renderer draw mode

SetDisplayMode only changes draw mode of renderer

Rolled back to drawing parent image if it were selected before instead
of every time parent is changed

Let vvSlicer handle visibility

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Force visilibty of base image on first click of him or one of his
children

Undo previous change: the visibility has to change for correct
interaction

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Do not change visilibity of actors when changing renderer drawing action

Make fusion, overlay and vf visible by default

Set colormaps even if corresponding actor is not visible

Removed unused and unuseful function

Modified DisplayChanged to master the logic of the image tree and
correct some bugs. Added comments to facilitate future debugging (there will be some!)

debugging messages

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Add panel shift in y direction in Cone Beam Project

- Add it in the filter.
- Modify the ggo and generic filter to handle it.

Handle panel shift in Backprojection

Handle panel shift in x and y direction to generate back projected
images.

[BUG] use itk interpolator

Use itk interpolator instead of a home made implementation that
generated NaN in many cases.

Added "image" in actor type for SetActorVisibility and added
corresponding GetActorVisibility.

Corrected tooltip with absolute file path

Accessor to list of filenames

Unitialized variable was causing crash at startup on Windows

Use OutputDebugString for DD on Windows

solved bug 457

- overall, just a matter of calling Render() after updating the contours
- another issue corrected: change of slice orientation didn't change contour orientation
- still existing issue: flickering and delay in contour update when navigating across slices (added to bug tracker)

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Comment unused executable

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Remove warning

Comment MedianImageFilter

comment clitkExtractLymphStations

Add AutoCrop

Remove debug

Remove debug

Correct extrusion (-spacing instead of spacing)

Remove deltaZ computation

Remove DeltaZ computation (false)

solved bug 457

- but there's another bug
+ change of orientation does not work

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

just removed some debugging messages

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

fix crash due to clicking the reload button when we have a cropTool popup opened

solved bug 316

- also refactored the code a bit...

solved bug 317

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

migration gdcm 2.0

- Rewrite the RT_Struct reader using gdcm 2.0

Add verboseFile to display the contents of all struct in the dicom file

Do not seg fault anymore with GDCM1 if the name of the structure does not exist.

Do not segfault any more if a struct exist with no contours. Ok for GDCM1 and 2.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Fix error when cropping.
The mean was computed with a minus operator...
New problem identified : when SetImage is called after the crop, the SliceOrientation is always 2!

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

fix the crash when we crop on an image that had been cropped.
short remove of dupplication code
It still gives an error when we crop on the Z dimension

Add options

add options ; "last chance" etc

Add options (threshold and cie)

Add seed/name and others options

Change Trunk -> Artery (more consistent)

remove comments

UseBorder off by default -> seems buggy ?

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Check on VTK_USE_FFMPEG_ENCODER in case vtkFFMPEGWriter.h is not
included

Change current image when using tab key

Fixed bug #472: unchecking of slicer was disabled by resetting the
Qt::CheckStateRole of the checkbox but the tree state was not updated. A
recursive call seems to do the trick.

bad fix for vvToolCropImage. The seg occurs (also) on the mReducedExtent array

just a test

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

disable tools at startup of vv
tools are enabled when a ImageInfosChanged is triggered.

Merge branch 'mesh-test' of ../clitk3.withdata

fix segfault when accessing vvToolCropImage in toolMenu when no image are opened.
This case should not happen if tools are disabled (see issue #461) when no image are opened.

itkv4 migration

- Add call to SetDirectionCollapseToSubmatrix needed by the
  ExtractImageFilter.

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Replace || by &&

- I commited my last patch a bit too fast.

SkipComment also skip empty lines

Revert previous patch on CTestConfig.cmake

- CTestConfig.cmake is used to send result on the Insight Dashboard:
  http://www.cdash.org/CDash/index.php?project=Insight

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Increment patch version number

add vvToolStructureSetManager

Further increased the width of the registration form for the static
versions

Reflect in gui what is actually sent

Added adressing information because architecture does not provide this
information on Windows

Changed text reference to button from "No, thanks" to "Cancel"

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