Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added animated GIF video snapshot (CLITK_EXPERIMENTAL yet)

Added Windows avi possibility

Simplified video capture code

Simplified image snapshot code

Added CMakeFile with minimum set of cpp files for creating animated gifs

Disable ROI gui if no roi are selected.

Remove debug

Change configuration for portability issues and only activate gif format

CxImage sources taken from
http://www.codeproject.com/KB/graphics/cximage/cximage600_full.zip

Add comments on the extrusion filter (Scaling not set)

Add boolean macro for Extrude flag

Remove debug message

Remove gtest reference

Prevent segfault on close ; remove actors when close

Slitghly more compact design

Add dice with reference image

Add dice with ref measure

Add FastFlag and radius option

Compute dice and not another overlap measure (2*i/add)

Resize fuzzymap is spacing enabled

add support for Nifti and Nrrd

Signed-off-by: Romulo Pinho <romulo.pinho@lyon.unicancer.fr>

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Add FastFlag and Radius options (from initial RP)

Add verbose for Fast and Radius options

Small debug for args_info stuff

Remove comments

Set tab "image" open (instead of ROI)

Temporary hide "open dicom" button

option to output the distance map in motion mask

midp scripts with mask_type option

- either mm, lungs, or patient for the moment

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

small correction for BitRateTolerance

Frame rate selection window added for ffmpeg and BitRateTolerance
forced to a non-zero value

LINK_DIRECTORIES(${LIBSTATGRAB}/../lib) and
LINK_DIRECTORIES(${LIBSTATGRAB}/../lib64) added

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

INCLUDE_DIRECTORIES(${LIBSTATGRAB}/../include) added to find statgrab.h
after make install of libstatgrab

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

corrected make install issue for Mac

Merge branch 'master' of tux.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Replace tabulations with space in pts_to_landmarks script

--centre added to BLUTDIR call in midP

initial image centralization (BLUT) is optional

- with --centre flag

added initial image centralization to BLUTDIR

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

small bug when opening .mat files in VV

Add callback for open dicom rt dialog (not done yet)

Change minimumSize to zero

Enable icons in the menu

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk
add qvtk
Conflicts:
cmake/dependencies.cmake

First version in tab.

replaced deprecated clitk tools in midP creation

added support to new vector type arithmetics

added support to new vector pixel types

correction in QVTK dependency

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

corrected error when opening 4D VFs

new vector cast filter

- contrary to ITK's equivalent, supports fields with different number components per pixel

Revert "corrected error when opening 4D vector fields"

This reverts commit 832f2cee39cf5f9c4eab850124dff5c96ea0b15c.

corrected error when opening 4D vector fields

itk4 compatibility

Removed typename outside template which prevents MSVC compilation

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Add vtkQVTK to VTK_LIBRARIES for old VTK.

Add image name in labelInfo

Add callbacks, now works.

Change gui (try to squeeze)

First version that allow to open file (no button feedback yet)

Slight gui modification

add new ROIManager tool (attempt)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Added support to vector field arithmetics

Use real image center as default rotation center

Gui bug fix: x and z val were inverted

Apply dcoeurjo patch (lib qvtk for mac)

clitkSetBackground accepts vector fields

new SetBackground filter

- Accepts inputs and masks with different origins/spacings/dimensions. Only matching pixels are then processed. Non-mathcing pixels are directly copied from the input to the output.
- Inhreits from new filter: itk::FlexibleBinaryFunctorImageFilter

Added --help option for vv

Keep displayed angles in [-360,360] instead of [-180,180]

Removed typename outside template which prevents MSVC compilation

ITK v4 compatibility

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

itk4 compatibility

Removed unnecessary includes and dependencies

Put back and refactored manual rigid registration

Change font of matrix to typewriter type

Really hide input selector

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
common/clitkCoeffsToDVF.h
tools/clitkCoeffsToDVF.cxx

This is a combination of 3 commits.
new filter to convert from BLUT coeffs to DVF

- refactoring of clitkConvertBSplineDeformableTransformToVFGenericFilter

corrections in last commit

removal of redundant coeffs to dvf tool

- updates in original coeffs to dvf tool
+ new clitk class/filter
- related toos use the new clitk filter

BUG wrong tool name added to TOOLS_INSTALL

- clitkAffineTransform and clitkImageMoment were not added to
  TOOLS_INSTALL. clitkDicom2Image was added multiple time instead.

Modified the string output of 4x4 matrix, now public for use in other
parts of the code

Remove warning for rtplan 2 gate tool

small WRAP_GGO issue fixed

clitkDicomRTPlan2Gate tool added

Convert coeffs to VF with itk bspline

- conversion with BLUT has bugs (grid appears in VF's jacobian with anisotropic spacing)
- disabled 4D convertion (spatio temporal)
- conversion with BLUT still possible (type = 1, not default)
- input coefficient image is always in BLUT style
- input is converted to is converted to ITK style (one image per component) if type = 0

Fixed cmake version problem

Missing typenames, MSVC is less strict than gcc on that

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fixed MSVC issues

Fixed issue when the package is called from another directory