Remove useless Example/TestFromScratch.cxx (Example/TestCopyDicom does the same jpb)

Remove TestWrite

Remove now useless Example/TestWrite.cxx

Merge Example/ReWrite.cxx and Example/TestWrite.cxx

Don't use any longer deprecated method names

SerieHelper Normalization : stage 1
-------------------------
- Put as 'deprecated' the confusing method names GetFirstCoherentFileList(),
                                                 GetNextCoherentFileList()
      (the only 'cohenrence' they have is that they all have the same "Series
      Instance UID")
- Add less confusing method names GetFirstSingleSerieUIDFileSet,
                                  GetNextSingleSerieUIDFileSet().
The 3 following are not seen by end user :
- Replace the private attribute CoherentFileListHT by SingleSerieUIDFileSetHT
- Replace private typedef CoherentFileListmap by SingleSerieUIDFileSetmap.
- Replace iterator ItListHt by iterator ItFileSetHt

- Keep the public 'FileList' typedef, in order not to break the API
  (this -little bit- confusing name should be changed to FileSet : it's not a
   std::list, it's a std::vector; user don't care about it, but it's better to
   use meaningfull names)

SerieHelper Extention : stage 1
---------------------
 In the following stuff,  'XCoherent' stands for 'Extra Coherent',
  (The name 'Coherent' would be enough but it was used before;
  I don't want to put a bomb in the code)
  Any 'better name' is welcome !

 Add some methods, to split a 'SingleSerieUID' Fileset into 'Extra Coherent'
   FileSets.
   They return a std::map of Filesets (actually : std::vector of gdcm::File*)
   The key is the 'Orientation', the 'Position' or the 'Tag value'

   XCoherentFileSetmap SplitOnOrientation(FileList *fileSet);
   XCoherentFileSetmap SplitOnPosition(FileList *fileSet);
   XCoherentFileSetmap SplitOnTagValue(FileList *fileSet,
                                            uint16_t group, uint16_t element);

 Theese methods must be called by user, depending on what he wants to do, at
 application time.
 - *he* only  knows what his Series contain !-

COMP: Fix problem with partly bracket

STYLE: Cleanup

Display some more usefull Orientation/Position info

Add, as a  'Note to developpers' a very detailled post from David Clunie,
 on the troubles caused 'non standard' LUT and LUT description
 We shall have to take it into accound in our code.
Some day ...

COMP: I am not joking gdcm wont compile otherwise on newest mingw32, for a trailing slash in the path...

COMP: I am not joking gdcm wont compile otherwise on newest mingw32, for a trailing slash in the path...

ENH: Remove duplicate file

* gdcmPython/CMakeList.txt : the previous patch was unix-specific

ENH: Update j2k status and openjpeg

Revert to initial code : TestWriteSimple hangs on Darwin
*extra* clever stuff is necessary !

Comment out strangr code nad replace by simpler one.
Does anybody remember its genesis?

BUG: How in the world did it never show up before... Thanks to Benoit Regrain for report

Comment out DebugOn(), in order not to trouble Benoit with too many messages ;-)

ENH: Add description from previous revision

* Builder/gdcm.spec.in : this spec file works on Fedora Core 4.

* CMakeLists.txt : install the pth file in the right place.

   * Fix cmakelists bug when the GDCM_DATA_ROOT isn't specified
   -- BeNours

  The way we dealt with 16 bits 'Pixel Data' on Big Endian processors
  *looked* us very clever.
  but it does exactly the opposite of what we expected.
  (i.e. we get the the result we were affraid to obtain
  *without* our clever stuff :-( )
  Since I've no access for the moment to a big endian proc
  I comment it out, to see the result on the dash board

Add GDCM_PIXELDATA const

Within Print method, change the 'warning value' for Pixel Data,
       to avoid reader to be confused by 'gdcm::NotLoaded'

BUG: When reading 32bits data on BigEndian system you have to swap...

ENH: Adding it to the list

ENH: Adding a small ex to quickly extract a binary field

ENH: Adding a conversion from acronym data type to the full desc

STYLE: Typo

ENH: Adding the ex to the list

ENH: Adding an example for reading and playing with Curve Data (500x,3000)

   * fix GDCM_NOASCII bug... please report your modif in the python part !!!
   -- BeNours

Doxygenation

Default Pixel Spacing to 1.0\1.0 when writing an image ex nihilo

ENH: Using http://www.gehealthcare.com/usen/xr/dicom/docs/2153427_100r02.pdf, I could find all missing tags for GE_DLX-8-MONO2-PrivateSyntax.dcm

BUG: Have to remove assert since 00191113.dcm is off by one byte... also remove cerr

ENH: ReadAndSkip became ReadAndNotSkip, the basic offset from the table are now stored and compared when reading individual fragments/frames

STYLE: Remove old comments

Some more precisions in the comments

Add some verbosity, to help tracking the trouble, when bugged header image...

COMP: Try to fix compilation on VS7

ENH: Refactorize code, from PrintFile into the class, to allow user to reuse the code.

DOC: Adding comment by JPR, for non-medical user (=me)

Add the commented out XMedcon-like code.

Dont print Orientations when they're empty ...

Add the printing od 'Orientaion' information
(Read in the header, or 'user friendly' computed values)

Fix bug in Orientation::VerfCriterion
Thx to Eduardo Davila.

Add a small example on how to extract Dicom tags
(as requiered by people of DataGrid)
May be usefull as an example for others (hope so)

Add verbosity

Avoid Warning

Comments

Add TestLoadAllDocumentsNoPrivNoSeq, to improve test coverage

STYLE: Minor typo

Comments

add std::string Orientation::GetOrientation ( File *f ) method, that
computes the Patient Orientation relative to the image plane
from the 'Image Orientation (Patient)' :

           The first entry is the direction of the rows, given by the
           direction of the last pixel in the first row from the first
           pixel in that row.
           The second entry is the direction of the columns, given by
           the direction of the last pixel in the first column from the
           first pixel in that column.
           Anatomical direction is designated by the capital
           letters: A (anterior), P (posterior), R (right),L (left),
           H (head), F (foot).
           Refinements in the orientation descriptions are designated
           by one or two additional letters in each value.

Remove useless extern declaration.

Fix typo

Remove TestWriteSimple from CMakeLists, as well.

Remove useless program (already in Testing)

Should avoid warnings

Add some comments

LO generated VR for odd groups will be displayed at Print() time

  //DICOM PS 3-5 7.8.1 a) states that those
      //(gggg-0010->00FF where gggg is odd) attributes have to be LO

--> Take it into account!

Two ;; at end of line can cause troubles

remove useless extern declaration

%d vs %i in fprintf for unsigned int, to avoid warnings (hope so)

remove useless assignation, to avoid warning

REmove useless variable assignation

Doxygen

To avoid warnings around 'catch'

Remove useless variable, to avoid warning

ENH: Need to access those var from c++

ENH: Adding an exe that seg fault on AMD64/gcc.

comment out TestAllEntryVerify

typo

To avoid bcc 5.5 warnings

Insert the original Python code, as a comment, to help debug stage

To display image 'orientation type'
When it works :-(

Black list some recently added images
(untill I fix the probable mess with the .png, .tst images)

ENH: Adding mention to current problem on ITK ML, and dlclose gdcm

Fix misstyping.
(still not works properly :-( )
Thx to Luca Picello for reporting it.

Try downcast to please MSVC

avoid bcc5.5 warnings

To avoid bcc5.5 warnings

ENH: Support space in the path

Remove useless affectation, to avoid bcc5.5 warnings

Remove useless affectation to avoid bcc5.5 warning

Hope bcc5.5 will have no longer objections

Fix typo

Cosmetics for making ProntFile more clear when forceLoad was asked

Add some verbosity when something wrong occurs

New 'quicker' code releases some BinEntries :-(
Revert to old one

Meta Elements group length (follows previous commit)

Fix bug when Writing Meta Elements Group (0x0002) on Big Endian Proc,
when requested Transfer Synatax is Implicit VR

English mistakes

Avoid infinite loop for 'long' image file names

Avoid warning

avoid warning