Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

bug removal

- correcting iterator regions

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

bug removal

- was accessing pixel neighbours outside the image buffer...

No typename outside template (MSVC sensitive)

Clean-up while debugging

further changes to solve bug #1714

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Fix for Bug #1714: only check on sliders of the visible vvSlicer.

VV: added links to Read/Save state

Change comment for buggy part

Default opacity is now 0.5

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vv: corrected tree column updates when maximizing view

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VV panning: middlebutton = left button + shift

- a change made specially for mac owners and their mice-without-middle-button issues... ;-)

updated help message concerning window/level cmd line option

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Conflicts:
vv/vv.cxx
vv/vvSlicerManager.cxx
vv/vvSlicerManagerCommand.cxx

Add option to detect too small CCL (stomach)

window/level in read/save state

accepts multiple window/level in cmd-line

- window/level is applied to set of images (sequences too) appearing before the window/level
- useful when opening, eg, different modalities at the same time

preserve crosshair position when changing orientation

- it used to jump to the slice in the middle of the volume

maximizes the selected slicer

- before it was just the NW one.

gdcm 1.X compatibility

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Conflicts:
vv/vv.cxx

Fix for MSVC CPack

Various fixes

Updated version for new release

Fix for old versions of gcc

corrections post- "-h" addition in VV

added "-h" for help option VV

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Sync gengetopt cmake files with rtk

use of relative path for default study/series description

error in dicom key setting...

default values for study's/series' ID, time, date, number, description

GDCM 1.x compatibility

newStudyUID forces newSeriesUID

- also some bug corrections...

corrections...

GDCM 1.x compatibility

create new files for new dicom study/series

auto generate dicom file UIDs when new series/study is specified

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gdcm 1.x compatibility

First version of the superbuild CMakeLists.txt.

new options to auto-generate dcm series UIDs

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Lungs window/level is now the same as in FOCAL

- (1700,-300)

small cout bug (cast bg to int instead of char)

Cosmetic

Cosmetic

Replace floor by rint to correct link error in vv

Add -h option

Correct bug when the user cancel the color selection

Set the contour to the same color than the overlay.
Correct bug when the user cancel the color selection.

Remove unused files

The merge of copy/pasted code did not account for the fact it had not
been copy pasted

Allow for overlay images with differing temporal length

Fixed reset after sequence reading bug and put copy/pasted code in
function

Open overlay sequence as sequence

Managed opening sequence of overlay images. Parser is ready for
fusion/vf/contour

Fix transform update in sequence of overlay/fusion

Account for reslicing transform in overlay and fusion (contours and vf
        have not been tested, TODO)

Fixed bug with linked temporal images

Merge /home/bpresles/Documents/US-IGRT/vv

us vox reader

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

itk4 compatibility

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Add possibility to resize/resample mask like input image

Allow region from a different image type

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

VF supported (SR)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

support for new pixel types

support for new pixel types

- removed midP stuff

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

some verbose/debug messages

Merge /home/srit/src/clitk/clitk

Added doc on transforms

Merge /home/srit/src/clitk/clitk

Fix for UpdateLinkedNavigation with transforms. This also simplifies the
previous code.

Merge /home/srit/src/clitk/clitk

Allow landmarking in tilted 2D slices

Fixed slice bug when toggling between voxels and world reslicing

Manage a list of transform for image sequences

First version of reslicing transform

simplified code

Update mask size when RG

Add RegionGrowing

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

mv clitkRegionGrovwing from private to segmentation

First trial for seg

Moved from repository clitk to clitk.private/tests_dav

_WIN32 is always defined and WIN32 maybe isn't, see
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/b0084kay%28v=vs.80%29.aspx