Some minor comments modifications

Avoid polluting the output

New fashion Patient Name, to avoid dciodvfy warning

Since we don't modify pixels -> keep unchanged the following :
      // 'Media Storage SOP Class UID' (0x0002,0x0002)
      // 'SOP Class UID'               (0x0008,0x0016)
      // 'Image Type'                  (0x0008,0x0008)
      // 'Conversion Type'             (0x0008,0x0064)
 We use :
 fh->SetKeepMediaStorageSOPClassUID(true);

Now the names will be correctly sorted.
eg: patName_2 vs patName_100 / patName_002 vs patName_100

Since grid tagging is quote either 'ROW' or 'COL' (nobody can guess it !),
user is kindly requested to supply the autoref keyword 'taggrid' when he knows.

Should generate MatLab readable Dicom files.
(We don't mix any longer ExplicitVR and ImplicitVR within the same shadow group)

To avoid some warnings

Add the method int ElementSet::IsVRCoherent( uint16_t group )

To check whether *all* the DataEntries of the group have all
       the same type for VR (ImplicitVR or ExplicitVR)
@param group group number to be checked
@return 1:ImplicitVR 2:ExplicitVR -1:NotCoherent

The automatic set to VR = "LO" for shadow elements that could be
is now commented out in order not to generate 'Shadow Groups' where some
Data Elements are Explicit VR and some other ones Implicit VR
(Stupid MatLab DICOM Reader couldn't read gdcm-written images)

the 'FileIdentifier' is now tokenizable on %%%.
(Previous tokenization on "_" failed if a field contained '_'
Of course!

Forgot to commit the Python part for GDCM_FILESEPARATOR

Add #include for BCC.
Thx to Luca Picello for providing fix.

Add #include for BCC
Thx to Luca Picello for providing fix.

COMP: Fix comp on WIN32 os

COMP: Fix comp on borland

ENH: Some more const correctness...until I hit strtok

ENH: Finally I got ArgMgr to be const string instead of char*... strcasecmp is POSIX why not use it...

Try to warn user when 'DeflatedExplicitVR' Transfer Syntax found.
--> Still to be done :
find a trick to stop the processing.
--> Still to be done (*later*)
. find a trick to uncompress the whole Dataset and go on Parsing, whitout having
to create a temporary file
. find a trick not to uncompress the Pixel Group every time !

Don't try to 'Read Pixels' when 'DeflatedExplicitVRLittleEndian' Transfer Syntax

SerieHelper::CreateUserDefinedFileIdentifier doesn't convert unfound fields
when convertion is asked

ENH: gdcm does not support deflate

If TriggerTime is missing (?!?) try a desperate one : replace by last file name.
Hope the file name is lexicographically correct :-(

COMP: Remove warning about unused var

ENH: Change the name

ENH: Backport from openjpeg CVS

Enforce consistency check

When Split is ON, only *one* slice in each directory
-> number must be always 1

Add MagnetomVisionToBrucker
Fix PhilipsToBrucker2

BUG: Who blamed vs7.1 it actually caught a big fat bug...

ENH: Should be a little faster since no function call

COMP: atof return a double

COMP: Why do people use microsoft extension...

COMP: Make bcc55 happy

BUG: Free mem properly now that it works

BUG: Trying to get openjpeg to work

ENH: Get openjpeg working

ENH: Nice trick to set a prefix to the lib

ENH: Adding a unix file

ENH: Adding a dos file

BUG: No cvs script to make sure this is unix eol

ENH: Huge update to openjpeg 1.0 (actually more CVS)...

COMP: Fix compilation

Update News

Fix Doxygenation

Add comments on the way gdcm::FileHelper:CheckMandatoryElements() works

Add 'input' param to PhilipsToBrucker2

To please M$VC6

ENH: Add support for broken JPEG implementation in DICOMObjects

Fix stupid syntax like :
 fh->gdcm::FileHelper::Delete();
 to :
fh->Delete();
to please M$VC6

To please M$VC6 :
Doesn't understand syntax as follow :
       std::sort(fileList->begin(), fileList->end(),
                                          SerieHelper::ImageNumberLessThan )
Add a method like:
Sort(fileList,SerieHelper::ImageNumberLessThan);

Fix comments

User may choose the name of the generated dicomdir

minor misstyping

(try to) solve the trouble with leading / in filenames

STYLE: Minor doc

Deal with :
PhilipsToBrucker
PhilipsToBrucker2

PhilipsToBrucker2 allows splitting the files into a directory tree-like
structure
   " - fills a tree-like structure of directories as :                        ",
   "        - Patient                                                         ",
   "        -- Serie                                                          ",
   "        --- Position                                                      ",
   "            Images are (sorted by Trigger Time /                          ",
   "                     Encoding Direction (Row, Column)                     ",
   "      use :                                                               ",
   "           0x0021, 0x1020 : 'SLICE INDEX'                                 ",
   "           0x0021, 0x1040 : 'FRAME INDEX'                                 ",
   "           0x0020, 0x0012 : 'SESSION INDEX'  (Acquisition Number)         ",

Display some more informations

Forgot to commit this one!
(declaration of const char GDCM_FILESEPARATOR)

Add verbosity

Last Version (hope so)

Add
GDCM_EXPORT extern const char GDCM_FILESEPARATOR
to allow user to manage file names/directory names without using too much
#ifdef WIN32

ENH: Add some comment

Refine message displaying. Now, we have :
 * Warning  : Warns the user when some oddity occured, and we used an heuristics
 *            to bypass the trouble.
 *            e.g.  : SamplesPerPixel missing, we assume it's a grey level image
 *            e.g   : Pixel Representation missing : we assume 'unsigned'
 *            (we hope our assumption is OK, but user may disagree.)
 * Log      : we display messages when anything is not Dicom Kosher
 *            e.g. : non even length field
 *            e.g  : file is declared as Explicit VR, but a DataElement
 *                 is Implicit
 *            e.g  : a file holds an illegal group (0x0005, ...)
 * Debug : We help developper to trace, at a glance, the execution.
           (before refining with a debugging tool)
 * Setting ON Debug leads to set ON Warning (but not Log)
 * Setting ON Log   leads to set ON Warning (but not Debug)

ENH: Cleanup

ENH: Adding a CT-PET matcher

ENH: update doc

STYLE: minor

STYLE: Minor doc

COMP: Fix comp, should still be DICOM valid

ENH: Add a small bug

ENH: Add TODO + comment

ENH: Hack to remove duplicate

ENH: Add HOWTO for PET-CT

ENH: Proper spelling

ENH: adding ref

ENH: Adding some more private tags from GE

Add verbosity when something wrong occurs

Fix misstyping

PhilipsToBrucker --> last stage : image convertion

PhilipsToBrucker -> second stage : deal with series selection

Minor Typo

Fix pb of GetListOfXXX when nothing was found.

Convert MRI Philips images into 'Brucker style' images, to make them InTag
processable.
-> First stage : deal with the filestore

Type 1C Conditional Element value cannot be empty!
Try to make gdcm-made DICOMDIRs usable by more clinaical softwares.

minor typo

Avoid polluting the witten DICOMDIR with unfound values.
(and make gdcm_made DICOMDIRs usavle by more clinical softwares)

 - void AddSeriesDetail(uint16_t group, uint16_t elem, bool convert);
   has a new bool param : convert, to tell wether we want 'convertion',
   to allow further ordering
   e.g : 100 would be *before* 20; 000020.00 vs 00100.00 : OK

 - std::string CreateUserDefinedFileIdentifier( File * inFile );
   allows user to build a Tokenizable and sortable File identifier of his own.
   (user knows more than we do about his files)

 At least with my gcc4.0.1, unfound char results in pos=4294967295 ...
 -> Fix Util::GetName().

User is allowed to give a "patient name"

Minor typo

Avoid warnings

New method SerieHelper::AddSeriesDetail() to allow user to specifiy
his own Tags Of Interest,
that will be used in SerieHelper::CreateUniqueSeriesIdentifier.
Mathieu's default ones are not enought for 'Tagging' series.

Avoid warnings

Add RawToDicom

Add RawToDicom;
Should help people to convert their images

Minor Doxygen

Make sure Pixel Spacing is always written

Forget to Black list : MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm