Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

how to make nightly builds and to test tools

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Add checking of the options

remove options for some stations

New version of S3P (simpler)

Add S4ARL station extraction

small bug (current step number)

Remove VertebralBody

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sorted directory is put outside the original one

print directory when no phase found

test for warpImage 3d

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forgot to uncomment...

when a tool failed, no mhd was produced but the test still succeeded.

testing tools doesnt require vv

cl was not valid for setBackground

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search prefix and suffix

clitkSetBackground and renaming binarize

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mhd files are compared ignoring the ITK_InputFilterName line added by itkv4

Now inherit from clitkStructuresExtractionFilter

Now inherit from clitkStructuresExtractionFilter

Simplification of options

Cosmetic

Adapted with RelativePostion list management

Add dependence with RelativePosition ggo

Remove debug messages

Remove debug

Cosmetic

Small options modification

Comment ImageToDicomRT because does not work

File to manage a list of RelativePosition filters

Extraction of S1RL

Change "UseASingleObjectConnectedComponentBySlice" by "UseTheLargestObjectCCL"

Add "Or" function

Add PrintOptions and change orientation type names

Add VerboseImageSize flag

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installation of more scripts

morphoMath tests

test for lung3d.mhd

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support for mha images

- another patch by Joël

comparing raw files automatically. refFile can end with .mhd or not

add tests for imageArithm

undoing StructureSet-related patch

- the one sent by Joël

Attempt to manually adjust the layout of the overlay panel for fusion to minimize its width

Files were not opened in binary mode which caused problems with vox files under windows

Do both OuputDebugString and standard output for DD on Windows

Bug/issue 704

- Made clitkPadImage generic (no support for 4D images for the moment).

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replacing \r\n by \n in generated mhd files when running toolTestRunner

No .gitignore file Joël! Put .gitignore in your .gitignore file.

finer control over fusion transparency

- addition of a spin box to set the values

applying another patch from Joel

patches sent from Joel Schaerer

itkv4 migration

- Add call to SetDirectionCollapseToSubmatrix needed by the
  ExtractImageFilter.

itk4 Remove ITK_USE_OPTIMIZED_REGISTRATION_METHODS

- Bypass all ITK_USE_OPTIMIZED_REGISTRATION_METHODS with ITK 4. All
optimized version are now the normal version in itk4.
- Include itkImageToImageMetric.h instead of itkOptImageToImageMetric.h
- Rename GetJacobian to ComputeJacobianWithRespectToParameters.

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error in the install of segmentation tools

itk4 Rename DeformationField to DisplacementField

Revert "[BUG] Use POSIX local before call to GDCM"

This reverts commit a1dbb1f955409410f9402f9f257482a03bb5d5d6.
Corrected by 98eb0c23b8066792d7a77e571fb7d48c9fe02db6.

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locale bug in vv with French

- An error when resetting the locale to its original value caused the previous setting to be undone...

[BUG] Use POSIX local before call to GDCM

- Force the use of POSIX local to read dicom headers with gdcm

Revert "itkv4 migration: Rename itkBSplineDeformableTransform to itkBSplineTransform"

This reverts commit ba207d8b674671e4e3e1ce6d4171e84474c4cfd9.

itkv4 propagate Transform<*>::NumberOfParametersType

- Propagate itk::Transform<*>::NumberOfParametersType typedef into our
homemade transforms.

itkv4 Replace ITK_TYPENAME by typename

- ITK_TYPENAME disappeared in itkv4. It was in itkv3 to remove some warning
with MS VC++ 6.0 which is not supported by itk anymore.

VTK 5.8.0 introduced a bug with overlay and fusion: default values for
output origin and spacing of vtkImageReslice had changed and the proper
functions were not used for their initialization. Fixed.

Compatibility with itk4, dont check image physical space (VerifyInputInformation)

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Removed unused files

Remove clitkBSplineDeformableRegistration from CMakeLists also...

Removed clitkBSplineDeformableRegistration which was not supported
anymore. Prefer using clitkBLUTDIR --itkbspline.

Added option itkbspline to use itk::BSpline instead of multilabels BLUTs

Added Get function for the vector of transforms

uint compilation error on Windows

Remove /lib from INSTALL_RPATH properties

- only needed on my computer with itkv4

Merge commit '488f24aa984ae24adc9458bf5fbf3b2351415742'

Conflicts:
registration/clitkBSplineDeformableRegistrationGenericFilter.txx

merge master

Attempt to make clitkBSplineDeformableRegistration work

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itk4 Renaming

- Rename GetJacobian to ComputeJacobianWithRespectToParameters
- Call Transform constructor without OutputDimension parameter
- Rename m_Jacobian to m_SharedDataBSplineJacobian and declare it

itk4 Rename DeformationField to DisplacementField when necessary

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Bug in clitkMedianTemporalDimension

- median taken was one position before or after the real median. results were actually unpredictable...
- also optimized the code a bit...

Limit uniformity test to first 3 dimensions (usually the spatial ones)
    to avoid problems when spacing was randomly assigned in 4th
    dimension

Allow unlinking of window/level of overlay, enable ctrl+w for local
windowing of fusion and overlay image

Added compression option to clitkImageConvert

[BUG] clitkImageInfo wasn't installed

- Replace clitkDicom2Image by clitkImageInfo CMakeLists

clitkTransformLandmarks

- can now transform using a matrix (file) and/or spacing (cmd line)

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itkv4 migration: Rename DifferenceImageFilter to ComparisonImageFilter

itkv4 migration: Rename itkBSplineDeformableTransform to itkBSplineTransform