Back to the correct version... I think I am right...

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Back to the correct version... Benoit you will be hanged !

new tool to normalize an image

Detect ITK_USE_SYSTEM_GDCM with target

Remove setmode definition since it was not used and it prevents
compilation on MacOS

Fixed issues with --like option

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Updated help of vv command line

Robust detection of GDCM compilation by ITK: made it robust to ITK installation

inverted IO reader order to solve a bug with vox files

deleted an extra space in order to be able to grep the results of clitkImageInfo

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

new tool to normalize image intensity

When clicking on the all button, also propagate fusion and overlay W/L

Added missing init for IO factories

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Tool to multiply 4x4 matrices

Option to save VV transform (mhd + .mat) in the new mhd

Merge several run results in one

Allow symbolic links

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added the possibility to compute the Laplacian of Gaussian (LoG) of an image

Remove itkSetMacro

In debug this Macro need the operator << (std::cout) which is not
defined for std::vector. Could be an idea to add a
clitkSetMacroWithoutDebug.

There is a discussion about this on the ITK developper ML :
http://www.itk.org/pipermail/insight-developers/2011-April/018174.html
But with no conclusion ...

Remove useless include and trailing whitespaces

Do not compile clitkDice with ITK < 4

clitkDice needs an itkLabelOverlapMeasuresImageFilter.h that was present
in clitk but has been removed (by David Sarrut !!) in
f4854864b1e9dacf51ffee720eeb4c72edb59e4f
The class is now part of ITK > 4.

new tool to compute the laplacian of an image

deleted an extra quote

added an optional mask + the possibility to get a normalized output image

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

gradient magnitude tool

Refactor cluster_tools CMakeLists

- Remove add_subdiretory in tools/CMakeLists.txt
- Add add_subdiretory in CMakeLists.txt
- Add test to install cluster_tools if CLITK_BUILD_TOOLS is ON

Removed warning introcued by commit 19f3573f7b12d29bb33c80311ee1e8ff7bcb01f3

Add mha in uncertainty files and error message if unhandled file format

Allow for uncertainties which name does not start with output

Remove warning with .mha files

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Improved Elastix conversion

revert the local CLITK_USE_SYSTEM_GDCM path - not wanted to commit it

Median Filter + some bug corrections in Resample Image Filter

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Use IsNormal instead of std::isnormal (C++11)

std::isnormal is a C++11 function not available in VS 2012
use IsNormal defined in clitkPortability instead

Revert "Remove C++11 call to isnormal"

This reverts commit a845c6a04ecfeedc8eced5f4051e06ee88c59e90.

Remove C++11 call to isnormal

- std::isnormal is not available under windows VS12. Implement it using
numeric_limits functions

Remove build clitk options in superbuild, add gdcm 2.2.4.

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Remove warning on mac (vtk)

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Superbuild : Change version gdcm - 2.2.4, itk 4.4.0 and add make install to VV.

Add cluster_tool scripts in install

First version of gate_make_merge_release (for gatelab)

Add clitkImageUncertainty (for gate dose uncertainty)

Moved from repository clitk.private to tools

uncertainty=100% when no dose in voxel (as in Gate)

compatibility with the newest gengetopt

- make compatible with new signal folder - add common.cmake (to generate ggo files)

tests_dav

Add computation of statistical uncertainty

indent

Add tool_install for clitkMergeRootFiles & clitkMergeAsciiDoseActor

Add clitkMergeRootFiles

Moved from repository clitk.private to tools

merger works when files are ordered

switched to gjm merger for pet

copied gatemergemanager from gate-creatis

mv file

remove files

Moved from repository clitk.private to tools

pet merger seams to work

merger works when files are ordered

switched to gjm merger for pet

more root merger

variable name set

pet output detection

fixed clitkMergeRootFiles build

TVirtualPlugin fix for non x system

- merger for gate

Add clitkMergeAsciiDoseActor

Moved from repository clitk.private to tools

- merger for gate

Fix compile issue (add include <iterator>)

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Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Add to superbuild gdcm and  option clitk registration, segmentation and tools.

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Tool to inverse a matrix

Move matrix to string conversion to common library

Add to VV superbuild gdcm option.

Allow reading .elx file for rigid transformations, i.e. the result of
Elastix' registration.

Used euler3DTransform instead of CenteredEulerTransform. Similar result
but more consistent with Elastix.

Add define to avoir vtk warning on mac

Add define to avoid vtk warning on mac

Go from matrix to elastix file

When resampling, keeping the same origin seems wrong because the origin
is not the corner of the image but the center of the first pixel

Moved Elastix stuff to a separate file

Support for mha

Add clitkDice tool

Set clitkDice tool into public repo