slight changes to use nex clitkVFResample.ggo

remove olf clitkImageResample (keep clitkResampleImage)

first version (copy of old clitkImageResample.ggo)

remove unused code for imageresample. The "true" one is clitkResampleImage and not clitkImageResample

Display values of two images and their difference in the same way instead of rounding to the second decimal

Romulo:
1) Perform image resampling if the spacing of the MHD file doesn't match the slice thickness found in the reference dicom series. Use the dicom spacing as the output.
2) Remove files from the dicom series if the number of slices in the MHD doesn't match the number of files in the image (it may be smaller due to rounding of image resampling). An error is still generated if there are more slices than files, though.
- issue: VV somehow still detects all images (Open Dicom), but the number of files and the series itself are correctly read.
3) Warnings are printed in both cases above if "verbose" is enabled.

Romulo: changed rounding of image resampling to floor() because, from a clinical point of view, it seems to be better to miss a slice than to add information that didn't exist in the original image.

Attempted to fix the mess of the resample fucker wrt to setting spacing and dims

Added reference to bug report for previous commit

Force update of display extents to fix linked navigation bug + move propagation out of loop

Romulo: invert matrix in .mat to be consistent with mhd matrices handled by itk

Return nan when quering scalar value outside whole extent

Romulo: fixed crash on display transform for vf, overlay and fusion images

Romulo: fixed log file, AppendOn was missing

Corrected log option for portability

Added VF color option and corresponding button

Disabled NKI transform function

small gui update

Set the correct window/level in the spinbox when preset is enabled

Do not compile those tests by default

MOST IMPORTANT CHANGE IN VV SINCE YEARS !! Now MemoryUsage is displayed in blue.

Remove "Panel" textlabel

Display 'NA' if memory usage is not available

Romulo:
- Add command-line option to set a log file for VTK and ITK messages
  + option is --log
  + file is stored as date_time.log in /tmp/vv-log for the moment
    * still to find a better location, so that it works in Windows and Linux

Romulo:
- Included visualization of the image's transformation interface on the main
window
- Removed panel information that preivously existed

Romulo:
- Corrected bug in --noAutoCrop function, both in ggo file and source code

Romulo:
- Added functionality to transform points based on the BSpline coefficients
  instead of the vector field
- Added new command-line option --coeff (mutual exclusive wrt --vf)

Romulo:
- Added functionality to generate the BSpline coefficients during the
registration.
- Added new command-line option --CoeffEveryN (requires --coeff and --verbose)
  - see ggo file
- Created new observer class (as specified by ITK) to catch iteration events
triggered by the optmizer

Return 0.0 if libstatgrab is not used

Replace vvImage::Pointer with raw pointer for function

Add a list of open images to correctly release memory when the tool is closed

Cosmetic

Correct destructor

Add smartpointer for vtk objects

*** empty log message ***

Make the tool work for all image pixel types

Removed direct modification of matrix elements which triggered vtk warnings.

Undo previous commit: itk MemoryUsageObserver slows down vv

Remove statgrab stuff, prefer portable ITK functions

MSVC++ was complaining of shadowed default parameters.

Don't feel the buffer in GenerateOutputInformation which can be called again after update...

Consistent GetScalarComponentAsDouble with the one in vvSlicer

Put GetScalarComponentAsDouble with required update in static function for use by other objects.

release memory when overlay and fusion images are closed
(change NumberOfSlicers by GetNumberOfSlicers)

add memory usage

put MemoryInfo in mebibytes and not megabytes

Only update cursor value when clicking point

Propagate new parameters after hitting r

Let the renderer do the computation

Compose transformation in .mat with current transformation

Account for ITK image direction

 add tooltip for MiB mebibytes / MB megabytes

(oups, remove the debug print) and update the memory each 5 seconds

remove "required" for flag 'mode'

change flag name "IntermediateSpacing"

change default -> do not use cache for contour (bug)

add memory usage info in panel (need libstatgrab)

cosmetic

small improvement for S8

replace old resize with new CropLikeImage

add "CopyInformation" when crop like another image

correct intermediate spacing flag

replace SmartPointer with raw pointer for function (recommended)

add getMemoryUsage

Remove useless UpdateReslice

Use transform for vvImage objects

Small changes, need refactoring

Enable resliced images, put in mTransformedVtkImages

Command line options --window --level. Both are required to be accounted for.

New functionality: button apply windowing to all images

Add tip on image file name with absolute path

Change namespace handling for MSVC++ compilation

BUG: Add PrintMemory Symbol to clitkCommon even if CLITK_MEMORY_INFO is OFF

Change preset 3 to 400/20 (like in [Chapet et al])

Correct contours position

Station8 almost ok.

cosmetic

Add LabelizeAndCountNumberOfObjects

Vivien, Simon stop watching these logs !

small bugs corrections

add lineseparation

remove extractXXX from compilation

correct bug when comment

correct bug when reload

remove option 'remove'

remove verbose

morpho math filter

Station8

add cache for read image

cosmetic

correct options scheme

add options

add default filename + exception on error

add lib dependence to some tools

add options ('keep object', 'inverse', verbose etc)

correction orientation, add 'keep object' option

add 'border' option

add 'OR' operation

add missing "allocate"

add findExtrema, jointSlices