dos test

ENH: Thanks to JMR patch we can now properly read jpeg fragments images, thus un black list: GE_RHAPSODE-16-MONO2-JPEG-Fragments.dcm

ENH: Apply JMR patch for gethostname

ENH: dos2unix

BUG: On VS6 the for loop does not respect scope. Therefore we either need to rename iterator or declare it outside of the for loop

BUG: On a few platerform we cannot use ios_base, we are better of using ios, for portability (Borland 5.5 and gcc 2.96)

  * FIX: new handling of JPEG decompression, especially when dicom
    frames are split into several JPEG Fragments. This makes use of
    jpeg decompression from memory buffer.  This solves reading for
    example gdcm-JPEG-Lossless_Thoravision.dcm.

  * FIX: modified DirList::Explore in order to make it work under
    Cygwin when GDCM_DATA_ROOT is a defined by CMake as a unix
    path. The patch consists in not using the FindFirstFile win32api
    function under cygwin but rather the open dir *nix method.

Added return status variable initialization.

ENH: a few tweaks

ENH: Thanks to Benoit example I was able to rewrite the damn thing, hopefully it should work on win32

ENH: Adding an example that only work on linux, not on Win32. It shows how to create a DICOM image from scratch, we are only allowed to copy the string based entry from a previous DICOM

   * Add a Writer from nothing test
   -- BeNours

   * src/gdcmHeader.cxx : change the initialisation of default header.
     Now, this header is readable by gdm, e-film, DicomWorks
   -- BeNours

   * src/gdcmFile.[h|cxx], gdcmPixelReadConvert.[h|cxx] : change the API.
     Rename Decompressed to Raw
   * Use the API changes in gdcm::File.
   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add the possibility to write in other modes
     Memory leaks fixed
   -- BeNours

   * Black listing of GE_RHAPSODE-16-MONO2-JPEG-Fragments.dcm
     because when can't correctly read it at this time.
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmWriter.cxx, Example/WriteDicomSimple.cxx : add comments for
     each added entry in the header. Replace the 'Planes' field by the 'Number
     of Frames' field
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : now can write stack of images.
   * vtk/vtkWriteDicom.cxx : can write 2D stack or 3D image
   -- BeNours

   * Example/WriteDicomSimple.cxx : example to write a dicom file from nothing.
     At this time, this image isn't readable by e-film... waiting JPR help to
     solve it.
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcm*.[h|cxx] : remove warnings. Add header to files

   * src/gdcmPixelReadConvert.cxx : bug fix when would forcing load of a
     DocEntry. Now use methods of the Document !
   -- BeNours

   * Test/ShowDicomSeq.cxx : bug fix
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : bug fix. Plane order isn't inverted
   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : correctly write images (the Y axis is inverted)
   * Test/ShowDicomSeq.cxx : new test to verify the use of AddFileName method
   * Test/ShowDicom.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : set the threshold of regression
     test to 0.0
   * Test/TestCopyRescaleDicom.cxx : remove unused variable
   * Test/CMakeLists.txt : add the creation of the gdcmDataSeqImages.h file
     containing found sequences
   -- BeNours

   * Bug fix.
   -- BeNours

ADD todo about gdcmDebug

   * Test/ShowDicom.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : bug fix, now this test pass
     not at all time
   * Test/TestCopyRescaleDicom.cxx : rearrange the test to correctly pass...
     Some fields in BinEntry must be copied to not seg fault when making the :
              gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
     and tests are now made on good variables
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add a first version of vtkGdcmWriter
   * src/gdcmValEntry.cxx : bug fix when setting the value. Problems of odd
     length
   * src/gdcmHeader.cxx : Remove a useless call to Util::DicomString
   * Add vtkGdcmWriter example and test
   -- BeNours

ENH: Adding a non-working test again

ENH: jpeg_memory_src depend on the bit depth, need to mangle the name

ENH: Temporarily add jmemsrc. Patch suggest by Jean Michel Rouet, it enhance the jpeg lib to be able to decompress jpeg stream directly from memory + remove tabs

   * Test/TestUtil.cxx : reformat the source code
   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : remove and change prints
   * src/gdcmValEntry.[cxx|h] : now set the length of the value when calling
     SetValue
   * src/gdcmBinEntry.[cxx|h] : SetValue method don't set the length
   * src/*.cxx : remove all useless call to SetLength of a ValEntry object
   -- BeNours

   * src/gdcmPixelWriteConvert.[h|cxx] : ficnished this class
   * src/gdcmFile.cxx : finished the correctly use of PixelWriteConvert
   -- BeNours

   * Comment unused variables
   -- BeNours

STYLE: Minor cleanup + speedup

ENH: Rewrote the cmakelist

   * src/gdcmDocument.cxx : bug fix when opening the file. All read is followed
     by an eof to prevent all bad read of the file... and in this case, the
     file isn't readable.
   -- BeNours

   * Example/Volume2Dicom.cxx : comment unused variables
   * Test/PrintDicomDir.cxx : comment unused variables
   * Test/BuildUpDicomDir.cxx : remove dbg.Verbose. Remove the FIXME.
   * src/SQItem.[h|cxx] : remove the PtagHT variable. Remove the AddDocEntry
     method that is redondant with AddEntry.
   * src/gdcmDocEntrySet.h : add pure virtual methods common to ElementSet and
     SQItem
   -- BeNours

BUG: This solve the infinite loop on gcc-64bits

BUG: Could not compile with gcc 64bits

   * src/gdcmFile.h : bug fix. Variable type and variable name had same name
   -- BeNours

   * Bug fix due my last commit (compilation under Windows).
   * Example/Volume2Dicom : bug fix in the file and reformatting source code
   -- BeNous

   * Example/Volume2Dicom.cxx : commit with the good format
   -- BeNours

COMP: Borland could not compile gdcm... BTW there is something fishy with the protected on Borland

ENH: * Huge cleanup:
     - Remove printf / sprintf
     - include iostream AFTER gdcm so we don't get warnings
     - GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM shouldn't be used explitely ouside of gdcm source
     - Also remove tons of include from header files, hopefully this should speeup the compilation time, since it was becoming a dog slow.
     - Remove gdcm.h as it include way too many files and slow down compilation (plus it is not up to date)
     - remove /using namespace std/ this is BAD

ENH: Get rid of -Wall / -W / -pedantic if present this should get rid of the warnings produced by SWIG

   * Remove memory leaks on the DicomDir
   * Remove some useless datas in DicomDirObject
   * Add usefull methods in SQItem, to be complient withe the ElementSet
   -- BeNours

ENH: Remove warnings on gcc296 about aggregate partly bracketed initializer

   * src/gdcmFile.[h|cxx] : now use FileType instead of TWriteType.
   -- BeNours

   * src/gdcmPixelWriteConvert.[h|cxx] : new class to write datas (and in the
     future, with convertion)
   * src/gdcmFile.[h|cxx] : the PixelWriteConverter instance replace Pixel_Data
     and ImageDataSize values. Remove the method to get the PixelReadConverter
     from the output of the class
   -- BeNours

   * Rename src/gdcmPixelConvert.[h|cxx] to src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx]
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : correct error in vtkDebugMacro, vtkWarningMacro
     and vtkErrorMacro use.
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : correct error in vtkDebugMacro, vtkWarningMacro
     and vtkErrorMacro use.
   * gdcmPython/gdcm.i : corrections to avoid warnings at compilation
   -- BeNours

   * Test/TestCopyDicom.cxx : the new dicom created is created empty, without
     file name in input
   * src/gdcmSeqEntry.cxx : bug fix in destruction of an element
   * src/gdcmHeader.cxx : bug fix. Keep the string, otherwise it is destroyed.
     The string leaves only in the fonction. So when we make a .c_str(), we
     get the pointeur on the first element, element that will be destroyed
     immediately after thee instruction.
   * src/gdcmDocument.cxx : remove memory leaks. Bug fix when testing if the
     file has been opened : the test must be made on the content of the
     pointer and not directly on the pointer !
     Code formatting
   -- BeNours

*** empty log message ***

   * gdcmPython/gdcm.i : change gdcmHeaderHelper to gdcmSerieHeader. Now,
     the python part recompiles
   -- BeNours

COMP: Fix comp on gcc295

COMP: Once and for all fix this typo in main CVS

COMP: Compilation was broken on borland/vc6

ENH: Minor tweaks

   * Test/ShowDicom.cxx : Change the test to only open one vtkImageViewer.
     Otherwise, under linux (Graphic card : NVidia / SE : FedoraCore 1) the
     X session is killed (for my computer... it seems to not be identic on
     all linux)
   -- BeNours

COMP: no ios_base in gcc2.95

COMP: ios is in std

ENH: Apply patch from ITK back to main CVS. Fix problem with gcc2.95, we may need a dashboard to make sure nobody remove those include files again...

   * Test/ShowDicom.cxx : now can be used with an off-screen rendering to
     avoid problems (otherwise, the difference test between the visible image
     and the reference is incorrect. If the reference is greater than the
     screen resolution, it's produce errors).
     Can be used for only one image. Can be used with a visible flag.
   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : remove commented codes.
   * vtk/vtkGdcmReader.h : add the gdcmCommon.h include file to avoid warnings
     under windows at compilation
   * vtk/vtkgdcmViewer.cxx : reformat the file. Apply a default window/level
     for grayscale images
   * vtk/GdcmToBaseline.cxx : new program to easy create the reference image
   -- BeNours

   * src/gdcmFile.[h|cxx] : bug fix for ACR-LIBIDO files when writting the file
   * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx : add
     tests on the image size X, Y, Z
   -- BeNours

   * Ommited change on the vtk part concerning the gdcmHeaderHelper file
   -- BeNours

   * Remove some useless methods in gdcm::Document, gdcm::Header and gdcm::File
   * Rename gdcmHeaderHelper.[h|cxx] to gdcmSerieHeader.[h|cxx] to be coherent
     between the class name and the file name
   -- BeNours

 fix compilation warnings for the gdcm::Document::TransferSyntaxStrings
     variable... create a static method in gdcm::Document to access to
     this variable content.
   -- BeNours

   * src/ : fix compilation warnings for the Write method (2 different
     proto). So Rename 'Write(ifstream* fp' into 'WriteContent(ifstream* fp'
   -- BeNours

   * src/gdcmDocument.[h|cxx] : set the Transfert Syntax values to the header
     file, to be accessed by other files (like gdcmFile). Remove commented
     code. Move the change of the header to the gdcmFile, using the
     DocEntryArchive
   * src/gdcmHeader.[h|cxx] : the write is completely made in the Header.
     To be sure of that (and simplify calls), the Write of the header now
     gets a file name and not a file pointer (std::ifstream).
   * src/gdcmFile.[h|cxx] : apply the write file type to the header, using the
     DocEntryArchive. Remove all open of the written file
   -- BeNours

   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : compilation bug fix for the vtk part
   -- BeNours

   * src/gdcmDocument.cxx : fix bug... test if the fp is opened to use it
   * src/gdcmPixelConvert.cxx : calculate the image size when while the grab of
     the header.
   * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove PixelRead and ImageDataSizeRaw variables and
     some corresponding methods. Write correctly the file and check before
     write
   * Test/TestCopyDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx,
     TestAllReadCompareDicom.cxx : pass the write of images to RGB and test
     is now on RGB datas (as before my last commit
   * Example/PrintHeader.cxx, PrintFile.cxx : repad files.
   -- BeNours

   * FIX : warning on linux plateforms for differents type of values comparison
   -- BeNours

   * src/gdcmBinEntry.cxx, gdcmSeqEntry.cxx, gdcmSQItem.cxx, gdcmValEntry.cxx :
     Add a print information of the type of the entry
   * src/gdcmDocument.cxx : add the write of the preambule of a Dicom file.
     It was in the gdcmFile, and all write have been regrouped
   * src/gdcmFile.[h|cxx] : add methods to get the Raw data elements and size.
     Write correctly all dicom files (in decompressed mode only at this time)
   * Test/ : test on files are now made using Raw datas and not color datas if
     any.
   * Example/PrintFile.cxx : add more printings
   -- BeNours

   * Amelioration of code, remove some code copy. For the loading of
     BinEntry (in gdcmDocument), add the test to verify if the file is already
     opened or not.
   -- BeNours

   * src/gdcmDocEntryArchive.[h|cxx] : bug fix and add a method to temporary
     remove a DocEntry in the header (push an empty DocEntry)
   * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove some useless variables, methods and code
     lines. Bug fix in the initialization of the PixelConvert and the
     DocEntryArchive
   * src/gdcmElementSet.[h|cxx] : add methods Initialize and GetNext to
     use in TestCopyDicom (now this test can run under windows... but fails)
   * Test/TestCopyDicom.cxx : amelioration of the test :
     - test the pixels written
     - add test points to quickly find where is the error
     - can set a file name input and output in arguments
   * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx :
     amelioration of the test output
   * TestCopyDicom always fails... but changes to solve it quickly
   -- BeNours

   * Add usefull comments in Header

   * src/gdcmDocEntryArchive.cxx : complete the print function, that prints
     all replaced DocEntry's
   * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove all changes of the header when getting datas.
     Now, each needed DocEntry to modify is duplicated, modified and inserted
     to the header using DocEntryArchive. Thus, after save, we can restore the
     header initial state.
   -- BeNours

   * FIX compilation error for zorglub and smallfry.­kitwareout
   -- BeNours

BUG: This should fix a problem on borland since direct.h does not exist

ENH: Mostly cosmetic, but in theory this should be faster

   * src/gdcmFile.h : fix compilation errors on zorglub linuc computer
   -- BeNours

   * src/gdcmDocEntry.cxx : remove the copy of the DictEntry... there isn't
     correct to copy it. The DictEntry is specified at the DocEntry creation,
     then, it musn't change in the time.
   * src/gdcmDocEntryArchive.[h|cxx] : new class. It's goal is to change the
     header correctly. At this time, the change is only made for the first
     level of the Document. In the future, it might consider sequences.
     The change is made by replacing a DocEntry by an other that is created
     outside the class. The old value is kept. When we restore the header
     status, the added DocEntry is deleted and replaced by the old value.
   * src/gdcmElementSet.h : Set the DocEntryArchive like friend.
   * src/gdcmFile.[h|cxx] : Use the gdcmDocEntryArchive. Add methods to
     set the write type to explicit VR, implicit VR or ACR. Add methods to set
     the write mode to native, decompressed or RGB (but not used at this time)
   -- BeNours

   * src/gdcmSeqEntry.cxx : add initialisation of variable SeqTerm
   * src/gdcmDocument.cxx : add delete of DocEntry's to remove some memory leaks
   -- BeNours

   * Example/TestCopyDicom.cxx : avoid compilation warnings
   -- BeNours

   * Test/TestCopyDicom.cxx : avoid compilation warnings.
   -- BeNours

ENH: Adding support for GE Private Transfer Syntax where file is in little endian and pixel data is in Big endian. I believe this should also be propagated to gdcmTS class ...

*** empty log message ***

   * src/gdcmDocument.cxx : now, when using the ReplaceOrCreateByNumber to
     set a BinEntry, the binArea is copied (like to set a ValEntry, the string
     is copied).
   * Test/TestCopyDicom.cxx, Example/TestCopyDicom.cxx : the image data isn't      set because already copied when copying the BinEntry's of the header
   * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx : remove warnings
   -- BeNours

ENH: Upcomming gcc4 is more picky about casting streampos to integer type

update my tasks

ENH: Apply patch from ITK back to gdcm. Solve problem when iterating over arbitrary DICOM file with no relation one to the other

BUG: Comitting patch from JPR, to support IRAD Data Set

BUG: Some compilers complain when isdigit/isalpha/isprint are being passed in a char (therefore it could be negative). Thanks to Jean Michel for patch

   * FIX : now, the DocEntries are all deleted in the gdcmElementSet.
     Two problems appear when doing it :
      - with the gdcmFile : when the GetImageData method is called, the pixels
        are stored in the gdcmPixelConvert, but a gdcmBinEntry link to these
        datas (pixels). And each structure destruct the datas when it's
        destructed. So we have two destructions for the same datas. To solve it,
        a flag is added in the gdcmBinEntry to indicate if the BinEntry owns the
        datas or not. If it doesn't own datas, then they will not destroyed by
        the gdcmBinEntry.
      - with the gdcmDicomDir : the sequences (gdcmSQItem) contain DocEntry
        elements. The DicomDir* (DicomDirPatient, etc.) inherit from SQItem.
        Thus destruct the DicomDir* elements and the TagHT of the ElementSet
        create a double destruction of the same DocEntry's. So, to solve it,
        the TagHT is simply cleared and the DicomDir* elements are destroyed.
   * TODO : add an entry concerning memory leaks in the DicomDir
   -- BeNours

   * src/gdcmDocument.cxx: FIX ::ComputeRLEInfo() rleSegmentOffsetTable[]
     was erroneously defined with a size of 15 instead of 16. [many thanks
     to Jean Michel Rouet for pointing out this bug].
   * FIX: src/* fix the doxygen warnings.
   * src/gdcmVR.cxx: removed some redundant tests (e.g. LO)

   * gdcmElementSet.cxx : Bad patch to pass the test suite. Patch because
     the pixel datas are deleted by the gdcmPixelData and the gdcmBonEntry
     (problem becomes when calling gdcmFile::GetImageData )

   * FIX : src/gdcmDocument.cxx Remove obvious code in the destructor
   * FIX : src/gdcmPixelConvert : Set to NULL the deleted structures in the
     squeeze method
   -- BeNours

   * FIX: src/gdcmUtil.cxx : to compile with MSVC6
   * src/gdcmDocument.cxx : fix memory leaks. Fix possible bugs : use an object
     after it have been deleted
   -- BeNours

   * FIX: src/* fix the doxygen warnings.